genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.243.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79709596--79709624	12	2.4	12	100	0	58	0	31	0	68	0.89
79709583--79709615	17	2.0	17	88	5	50	3	27	0	69	1.03
79711655--79711692	16	2.2	18	90	9	62	39	10	5	44	1.61
79712708--79712857	76	2.0	76	97	0	282	39	12	9	38	1.76
79713361--79713386	13	2.0	13	100	0	52	61	7	30	0	1.24
79718625--79718752	64	2.0	64	96	0	238	36	14	24	25	1.92
79721528--79721604	21	3.7	21	92	0	127	18	14	49	18	1.80
79722941--79722989	23	2.1	23	85	7	64	24	14	16	44	1.84
79730219--79730269	26	2.0	26	96	0	93	17	15	0	66	1.25
79731717--79731752	18	2.1	17	89	5	54	44	0	22	33	1.53
79732132--79732217	44	2.0	44	84	9	113	20	20	23	34	1.96
79733859--79733888	15	2.0	15	100	0	60	53	6	13	26	1.64
79738620--79738652	14	2.2	16	89	10	52	30	0	0	69	0.88
79753059--79753086	14	2.0	14	100	0	56	35	21	14	28	1.92
79763903--79763999	47	2.1	47	96	0	176	38	19	14	27	1.91
79772651--79772687	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
79772682--79772747	29	2.2	30	86	10	91	51	0	3	45	1.16
79772701--79772750	16	3.2	16	70	18	52	50	0	0	50	1.00
79784713--79784745	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
79784867--79784929	30	2.1	30	93	0	108	52	14	7	25	1.68
79784969--79785031	22	2.9	22	81	9	67	60	4	14	20	1.52
79785002--79785032	11	2.8	11	95	0	53	70	0	9	19	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79785263--79785293	15	2.0	16	93	6	55	25	0	12	61	1.32
79787432--79787584	20	8.3	18	67	20	68	50	5	2	41	1.38
79787440--79787583	73	2.0	73	83	5	184	50	4	2	42	1.38
79790011--79790049	18	2.1	18	90	4	60	25	2	17	53	1.56
79790599--79790709	40	2.8	40	83	4	116	27	12	26	33	1.92
79790638--79790739	44	2.4	43	82	9	113	27	10	27	34	1.90
79795490--79795661	93	1.8	93	94	0	308	26	30	21	20	1.98
79795482--79795657	46	3.8	45	82	7	219	27	30	21	21	1.98
79797562--79797641	15	5.4	15	75	7	74	58	13	15	12	1.63
79797573--79797650	15	5.2	15	74	9	61	56	15	14	14	1.68
79800619--79800790	93	1.8	93	92	0	290	27	30	20	20	1.98
79800611--79800786	46	3.8	45	80	7	201	28	30	19	21	1.98
79803748--79804084	169	2.0	169	90	0	530	31	18	20	29	1.96
79806580--79806606	14	1.9	14	100	0	54	44	37	0	18	1.50
79805734--79807433	869	2.0	870	93	0	2891	36	23	12	28	1.91
79807455--79807479	13	1.9	13	100	0	50	52	40	0	8	1.31
79807493--79807544	14	3.6	14	76	5	50	44	34	3	17	1.67
79807599--79807659	22	2.7	22	76	5	59	52	22	1	22	1.56
79807636--79807720	41	2.1	40	84	6	109	52	31	0	15	1.43
79807706--79807746	21	2.0	21	90	9	66	41	34	4	19	1.73
79807929--79808043	7	16.9	7	68	12	53	47	30	1	20	1.60
79807929--79807980	14	3.7	14	77	10	61	51	25	1	21	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79808069--79808108	20	1.9	22	90	10	66	40	37	2	20	1.66
79808493--79808593	34	2.7	38	76	17	111	49	29	0	20	1.49
79808501--79808584	34	2.5	34	92	0	141	48	30	0	20	1.50
79808595--79808647	16	3.4	15	74	7	52	37	11	20	30	1.88
79809444--79809497	23	2.3	23	83	0	72	48	25	7	18	1.74
79810223--79810302	34	2.4	34	87	2	108	32	6	12	48	1.66
79810809--79810950	72	2.0	73	84	4	189	39	1	21	38	1.62
79813840--79813883	16	2.8	16	80	16	56	36	0	18	45	1.49
79816920--79817029	56	2.0	56	83	0	139	24	28	16	30	1.96
79821017--79821125	43	2.5	43	76	8	114	31	24	15	28	1.96
79821084--79821260	50	3.6	49	81	6	162	22	28	18	30	1.97
79826849--79826934	29	3.0	29	84	3	93	27	16	29	26	1.97
79828014--79828048	18	2.0	18	88	5	54	37	20	14	28	1.91
79843199--79843250	20	2.5	20	87	3	77	25	13	11	50	1.75
79846440--79846598	43	3.7	43	76	5	151	28	13	25	32	1.93
79848038--79848091	27	2.0	27	100	0	108	29	25	18	25	1.98
79855924--79855991	34	2.0	35	85	2	93	20	7	26	45	1.77
79859983--79860049	34	1.9	35	90	3	109	44	13	8	32	1.75
79860018--79860057	14	2.9	15	82	14	50	42	15	5	37	1.68
79872835--79872861	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
79881747--79881801	8	6.8	8	80	12	67	63	0	1	34	1.05
79896689--79896717	3	9.7	3	100	0	58	34	31	0	34	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79898298--79898327	15	2.0	15	100	0	60	26	13	6	53	1.64
79899947--79899985	19	2.0	20	90	5	62	20	0	7	71	1.10
79899966--79900011	25	1.9	23	86	8	65	28	0	8	63	1.24
79900144--79900174	16	1.9	16	93	0	53	16	51	29	3	1.59
79901265--79901412	75	2.0	76	95	1	271	30	10	12	46	1.75
79907262--79907359	33	2.9	35	73	19	91	46	2	0	51	1.12
79909008--79909051	18	2.5	17	82	10	52	65	2	4	27	1.23
79909072--79909179	13	8.5	13	68	20	52	57	3	1	37	1.27
79909077--79909177	22	4.3	23	71	14	73	58	2	1	36	1.25
79909077--79909158	42	2.0	40	81	13	94	58	2	1	37	1.19
79909451--79909487	14	2.4	16	86	13	51	64	5	2	27	1.28
79909945--79909991	2	23.5	2	95	0	85	0	48	0	51	1.00
79910813--79910860	25	1.9	25	95	0	87	29	10	31	29	1.90
79911148--79911205	29	2.0	29	89	0	89	24	36	20	18	1.95
79911196--79911398	74	2.7	75	90	4	347	33	19	15	31	1.93
79911314--79911638	85	3.8	85	82	8	365	33	20	18	27	1.96
79911269--79911710	172	2.7	162	80	13	481	33	20	17	28	1.95
79919991--79920046	15	3.7	16	76	11	64	51	3	19	25	1.62
79920005--79920049	22	2.0	22	91	0	72	44	4	22	28	1.72
79923827--79923934	13	8.5	13	68	20	52	57	3	1	37	1.27
79923769--79923936	73	2.4	68	79	12	176	57	2	5	35	1.35
79923832--79923932	22	4.3	23	71	14	73	58	2	1	36	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79923832--79923913	42	2.0	40	81	13	94	58	2	1	37	1.19
79924708--79924746	2	19.5	2	100	0	78	0	51	0	48	1.00
79928901--79928930	14	2.1	15	93	6	53	70	0	0	30	0.88
79939203--79939241	20	1.9	21	89	5	62	84	0	2	12	0.72
79949511--79949572	20	3.1	21	83	4	67	38	17	6	37	1.76
79949525--79949573	20	2.5	20	86	0	71	36	20	6	36	1.78
79949525--79949649	20	6.4	20	72	9	64	38	16	7	37	1.77
79949825--79949952	23	5.6	23	75	8	82	38	21	17	22	1.93
79949861--79949913	22	2.4	22	84	6	63	39	20	13	26	1.89
79971270--79971317	17	2.8	17	75	6	53	31	6	2	60	1.33
79971452--79971497	21	2.2	21	84	7	58	36	4	0	58	1.18
79973255--79973325	30	2.4	30	97	0	133	29	47	4	18	1.67
79973899--79974072	25	7.0	25	72	13	99	33	6	5	54	1.50
79973949--79973996	14	3.4	14	75	16	53	33	2	2	62	1.18
79973956--79974017	30	2.1	29	84	3	79	33	4	3	58	1.36
79974231--79974273	22	2.0	22	86	9	61	32	0	2	65	1.06
79978397--79978432	18	2.0	18	100	0	72	38	16	11	33	1.84
79982614--79982826	62	3.5	60	74	20	171	31	16	22	28	1.96
79982838--79982866	13	2.2	13	100	0	58	13	13	10	62	1.55
79982852--79983082	72	3.2	70	89	6	356	28	16	20	34	1.95
79983067--79983095	14	2.1	14	100	0	58	13	13	6	65	1.45
79982942--79983246	159	1.9	159	91	4	499	28	16	21	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79983082--79983277	73	2.7	73	88	3	297	29	15	22	33	1.94
80012251--80012298	17	2.8	17	75	6	53	31	6	2	60	1.33
80012432--80012479	22	2.2	22	85	7	62	35	4	0	60	1.16
80013688--80013716	1	29.0	1	100	0	58	100	0	0	0	0.00
80014242--80014312	30	2.4	30	97	0	133	29	47	4	18	1.67
80014879--80015054	25	7.0	25	70	15	85	34	6	5	53	1.49
80015203--80015250	16	3.1	15	90	6	69	31	2	2	64	1.16
80015203--80015254	8	6.5	8	82	8	61	30	1	1	65	1.14
80028284--80028809	73	6.9	73	78	12	490	27	17	21	32	1.96
80028559--80028586	14	2.0	14	100	0	56	14	21	7	57	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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