genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.280.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   

This is table  280  of  320  ( 38372 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90322236--90322285	21	2.5	19	72	27	50	50	0	2	48	1.12
90322503--90322535	12	2.8	12	86	13	50	78	0	21	0	0.75
90322507--90322535	13	2.3	13	94	5	51	79	0	20	0	0.74
90324463--90324628	46	3.6	46	90	1	226	43	13	21	21	1.87
90326213--90326362	67	2.2	68	80	10	173	32	17	28	21	1.96
90326169--90326420	68	3.8	64	75	9	181	30	16	28	24	1.97
90330881--90330928	21	2.3	22	79	17	57	4	29	2	64	1.23
90330942--90330971	9	3.3	9	95	0	51	0	13	6	80	0.91
90336667--90336691	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
90337524--90337631	42	2.5	43	81	1	137	26	18	22	32	1.97
90348479--90348525	4	12.0	4	78	13	53	2	25	0	72	0.96
90348476--90348525	11	4.5	11	85	11	66	2	26	0	72	0.96
90352829--90352905	40	1.9	40	91	0	127	37	35	14	12	1.84
90355816--90355888	15	4.9	15	79	0	83	54	15	16	13	1.71
90358720--90358751	13	2.4	14	94	5	57	53	9	0	37	1.34
90363823--90363847	7	3.6	7	100	0	50	40	16	12	32	1.84
90363941--90364120	9	20.6	9	77	7	156	36	1	14	48	1.51
90363905--90364120	18	12.3	18	72	9	151	36	0	14	47	1.51
90363905--90364124	80	2.8	80	88	4	313	36	0	14	47	1.51
90364039--90364119	42	2.0	41	87	2	117	38	1	11	49	1.46
90363905--90364136	113	2.0	116	89	4	355	37	0	14	47	1.50
90364819--90364864	23	2.0	23	91	8	76	39	13	4	43	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90365538--90365584	24	2.0	24	91	0	76	29	14	40	14	1.87
90365710--90365754	14	3.5	14	71	22	53	37	6	13	42	1.70
90365713--90365762	24	2.1	24	96	0	91	40	8	10	42	1.68
90367395--90367498	20	5.2	21	70	17	96	11	26	23	38	1.89
90367377--90367516	39	3.6	39	93	0	235	12	27	24	36	1.91
90368208--90368263	28	2.0	28	82	6	69	75	3	1	19	1.05
90370915--90371029	55	2.1	56	83	8	146	34	21	24	19	1.96
90370940--90371029	27	3.2	27	85	7	119	32	23	24	20	1.98
90371135--90371227	28	3.3	28	95	0	159	29	7	26	36	1.84
90372313--90372344	5	6.4	5	92	0	55	78	0	21	0	0.76
90372309--90372348	10	4.3	10	87	9	50	75	0	25	0	0.81
90373855--90373905	18	2.9	17	77	5	57	25	0	35	39	1.56
90374023--90374132	40	2.8	40	80	0	130	30	20	15	34	1.93
90375192--90375271	38	2.2	36	88	8	117	45	26	2	26	1.66
90383801--90384290	44	11.1	44	82	1	491	33	18	18	28	1.95
90383805--90384313	132	3.9	132	80	3	551	33	18	19	29	1.95
90385541--90385599	25	2.4	24	81	10	66	25	25	18	30	1.98
90389930--90390039	55	2.0	55	98	0	211	21	19	25	33	1.97
90393107--90393165	29	2.0	30	83	9	77	20	20	23	35	1.96
90393462--90393500	10	3.8	10	93	6	69	30	17	17	33	1.94
90393462--90393501	21	1.9	21	100	0	80	30	17	17	35	1.93
90396642--90396677	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90399470--90399520	13	3.9	13	80	10	59	39	23	3	33	1.73
90406829--90406943	58	2.0	58	92	0	194	42	11	15	30	1.82
90415839--90416029	92	2.1	92	98	0	373	35	17	13	34	1.88
90437192--90437398	47	4.3	47	82	6	193	28	28	16	26	1.97
90440189--90440287	50	2.0	51	95	2	182	45	23	9	22	1.80
90442753--90442798	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
90442760--90442809	23	2.2	22	82	10	57	40	14	8	38	1.75
90450487--90450532	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
90450494--90450538	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
90454911--90455284	186	2.0	186	95	0	676	38	16	11	33	1.85
90472926--90472975	10	5.0	10	83	9	66	70	2	6	22	1.20
90474302--90474468	63	2.7	63	80	4	160	28	20	27	23	1.99
90481213--90481360	39	3.9	38	89	3	199	47	5	17	29	1.69
90481213--90481361	76	1.9	78	87	2	221	47	5	18	28	1.70
90482990--90483028	19	1.9	19	85	10	51	30	20	5	43	1.73
90499117--90499166	15	3.5	14	79	15	50	42	8	24	26	1.82
90503530--90503687	39	4.1	39	89	1	210	29	20	5	45	1.72
90503536--90503685	77	1.9	77	87	1	219	29	18	5	47	1.70
90523939--90523981	18	2.3	19	80	4	52	34	18	18	27	1.95
90532982--90533017	17	2.1	17	100	0	72	52	30	11	5	1.59
90533466--90533626	86	1.9	86	90	0	259	23	34	20	21	1.96
90567347--90567401	22	2.4	22	93	6	92	72	3	1	21	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90569423--90569464	19	2.3	18	87	4	57	76	0	2	21	0.90
90571214--90571852	133	4.7	133	75	9	389	29	20	17	31	1.96
90571195--90571855	44	14.7	44	74	7	445	29	20	17	31	1.96
90573621--90573689	34	2.0	34	100	0	138	36	31	14	17	1.90
90576393--90576442	25	2.0	26	88	4	75	48	0	24	28	1.52
90579127--90579160	16	2.1	16	94	0	59	23	5	2	67	1.26
90579350--90579398	22	2.1	24	81	7	57	32	2	8	57	1.40
90580735--90580763	13	2.2	13	100	0	58	51	6	13	27	1.66
90583988--90584077	42	2.1	43	83	2	110	31	24	18	25	1.98
90585245--90585280	17	2.1	17	100	0	72	30	41	27	0	1.56
90589169--90589203	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
90589447--90589578	25	5.6	24	71	10	85	55	3	6	34	1.43
90590058--90590111	18	3.3	18	66	28	57	22	7	48	22	1.75
90590053--90590151	30	3.3	30	92	0	171	18	6	49	26	1.70
90590777--90591368	87	6.7	87	79	7	463	36	17	16	28	1.92
90591171--90591204	12	2.6	14	81	18	54	55	5	14	23	1.61
90591171--90591204	13	2.6	13	86	13	52	55	5	14	23	1.61
90591275--90591664	73	5.3	74	83	8	483	33	19	16	29	1.94
90591297--90591664	146	2.5	146	94	0	628	32	20	16	30	1.95
90591589--90591749	86	1.8	88	85	4	227	36	18	15	29	1.92
90591645--90591840	107	1.9	106	81	4	245	41	17	15	25	1.89
90591761--90592004	77	3.2	73	84	8	303	34	20	17	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90591985--90592031	13	3.5	14	85	8	71	63	6	14	14	1.49
90591494--90592255	250	3.0	247	82	8	845	35	19	17	27	1.94
90592012--90592241	73	3.1	74	88	5	313	30	21	18	29	1.97
90603344--90603557	54	4.0	54	88	4	315	29	15	17	37	1.91
90603662--90603695	13	2.5	13	90	4	50	17	8	8	64	1.47
90605493--90605561	3	22.7	3	94	2	120	31	0	2	65	1.08
90605761--90605799	15	2.5	15	87	4	51	33	2	2	61	1.23
90609679--90609713	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
90609867--90609963	24	4.1	23	75	13	81	56	6	5	31	1.46
90609898--90609988	27	3.3	28	76	13	100	58	5	4	31	1.41
90609951--90610080	23	5.6	24	77	7	108	55	3	6	35	1.40
90609898--90610012	27	4.4	25	69	23	69	56	5	5	33	1.44
90610559--90610657	30	3.3	30	92	0	171	18	6	49	26	1.70
90610592--90610647	18	3.4	18	68	27	61	19	7	48	25	1.74
90612736--90612782	23	2.0	24	83	4	60	38	4	12	44	1.62
90615804--90615837	16	2.1	16	88	0	50	58	5	0	35	1.22
90617357--90617395	14	2.8	14	84	0	51	43	2	12	41	1.56
90618962--90619004	18	2.4	17	81	11	50	37	0	16	46	1.47
90647090--90647115	12	2.2	12	100	0	52	92	0	7	0	0.39
90662650--90662684	17	2.0	17	88	5	52	48	2	5	42	1.41
90663668--90663697	15	2.0	15	93	0	51	30	0	0	70	0.88
90671641--90671674	16	2.2	16	89	5	52	2	8	14	73	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90673793--90673872	30	2.6	31	88	5	119	18	3	52	25	1.62
90678915--90678943	13	2.1	14	93	6	51	58	10	0	31	1.31
90680438--90680467	12	2.5	12	100	0	60	26	40	26	6	1.81
90680691--90680721	11	2.8	11	95	0	53	29	6	16	48	1.70
90682292--90682336	21	2.0	21	83	12	54	55	2	15	26	1.52
90685734--90686037	46	6.6	46	90	0	455	41	13	22	22	1.88
90685781--90685852	21	3.2	21	66	27	58	40	11	23	25	1.87
90688362--90688411	11	4.4	11	82	9	64	64	2	0	34	1.05
90690030--90690081	21	2.5	21	87	0	77	30	23	28	17	1.97
90709379--90709432	28	1.9	28	100	0	108	40	14	3	40	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320