genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.212.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   

This is table  212  of  320  ( 38372 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70847862--70847915	25	2.2	25	83	6	65	38	0	3	57	1.17
70847879--70847930	13	4.1	13	77	5	61	40	0	1	57	1.10
70847878--70847930	19	2.8	20	82	8	74	39	0	1	58	1.09
70848696--70848741	20	2.2	21	88	3	67	67	4	0	28	1.10
70869119--70869157	20	2.0	20	85	10	53	46	2	2	48	1.29
70872022--70872116	47	2.0	47	100	0	190	27	12	8	51	1.68
70872577--70872649	31	2.4	29	82	6	92	41	4	12	42	1.61
70876801--70876835	9	3.8	9	96	3	61	42	11	0	45	1.40
70880823--70880875	16	3.3	16	74	10	54	37	24	5	32	1.79
70881060--70881171	41	2.8	41	83	2	147	33	20	18	27	1.96
70882088--70882144	25	2.3	24	85	8	71	7	17	3	71	1.22
70882162--70882226	29	2.2	28	79	12	69	40	4	3	52	1.38
70899892--70899953	29	2.1	30	90	3	99	25	3	11	59	1.46
70905586--70905610	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
70912381--70912462	29	2.8	29	87	5	121	37	17	25	19	1.93
70919946--70920056	29	3.8	29	90	3	179	37	14	25	22	1.92
70921743--70921773	16	1.9	16	100	0	62	25	22	6	45	1.76
70930562--70930611	26	1.9	26	84	15	68	40	22	10	28	1.86
70933142--70933297	39	4.0	40	84	1	172	30	27	23	19	1.98
70945240--70945297	23	2.5	23	81	10	66	43	15	5	36	1.69
70949037--70949079	17	2.6	18	82	14	56	46	13	4	34	1.65
70956375--70956432	28	2.0	28	83	9	73	46	0	3	50	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70956696--70956735	18	2.3	18	91	4	64	65	2	0	32	1.06
70960529--70960573	6	7.2	6	80	9	54	62	4	0	33	1.15
70960547--70960573	14	1.9	14	100	0	54	59	3	0	37	1.15
70960529--70960587	24	2.5	24	81	8	68	62	3	1	32	1.21
70962892--70962937	16	2.9	16	86	0	56	45	21	23	8	1.80
70962887--70962921	8	4.4	8	92	0	61	51	22	22	2	1.61
70963051--70963109	30	2.0	30	86	0	82	28	18	1	50	1.56
70963057--70963138	30	2.7	30	79	3	85	31	21	2	43	1.66
70963383--70963423	16	2.7	15	82	10	57	63	14	7	14	1.50
70974001--70974178	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
70974022--70974177	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
70974255--70974329	27	2.8	27	87	0	114	29	26	14	29	1.95
70974090--70974402	152	2.1	152	100	0	626	26	26	17	29	1.98
70974810--70974839	14	2.1	14	100	0	60	43	0	6	50	1.28
70982828--70983389	87	6.7	86	79	10	566	28	16	20	35	1.93
70982837--70983237	172	2.3	174	87	4	562	26	15	21	36	1.93
70982828--70983316	259	1.9	251	85	5	669	27	15	20	36	1.93
70983156--70983434	74	3.7	74	78	4	292	29	15	17	36	1.92
70983296--70983469	78	2.3	78	82	11	191	27	16	18	37	1.93
70983658--70983768	30	3.7	30	83	3	127	31	23	2	42	1.68
70983997--70984038	15	2.7	16	85	3	59	64	14	7	14	1.48
70984792--70984852	17	3.8	17	78	18	60	36	6	3	54	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70984924--70985005	24	3.9	21	67	23	55	34	4	3	57	1.38
70984905--70984998	19	4.8	19	68	23	52	30	5	5	58	1.43
70985898--70986049	29	5.3	29	76	9	134	27	13	32	26	1.93
70985918--70986044	57	2.2	58	82	13	149	27	14	33	25	1.94
70990647--70990766	38	3.2	38	90	0	177	34	24	21	20	1.97
70990615--70990804	76	2.5	78	78	5	172	33	24	20	21	1.97
70997809--70997969	76	2.1	78	85	2	218	34	26	19	19	1.96
70997809--70997969	38	4.2	38	86	1	196	34	26	19	19	1.96
71001891--71001921	13	2.5	13	94	5	55	29	0	16	54	1.42
71005807--71005841	18	1.9	18	94	0	61	11	8	0	80	0.92
71008711--71008741	13	2.5	13	94	5	55	29	0	16	54	1.42
71016894--71016934	19	2.0	21	86	9	59	51	7	7	34	1.58
71016906--71016944	15	2.6	15	87	0	60	58	5	5	30	1.41
71018933--71019054	46	2.6	46	84	5	145	26	22	15	35	1.94
71020416--71020454	19	2.1	18	90	4	60	48	33	0	17	1.48
71024680--71024727	19	2.5	19	93	0	78	18	20	14	45	1.85
71027169--71027221	8	6.5	8	76	20	56	83	0	16	0	0.66
71027167--71027221	14	4.1	14	86	4	78	83	0	16	0	0.64
71027169--71027216	22	2.2	22	88	7	71	83	0	16	0	0.65
71028400--71028523	64	1.9	64	88	0	185	34	16	12	35	1.88
71030050--71030295	49	5.0	49	81	3	285	29	27	17	25	1.98
71030064--71030295	100	2.3	99	87	2	331	29	27	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71030617--71030683	35	1.9	35	93	0	116	50	13	1	34	1.51
71030629--71030686	19	3.2	19	68	22	61	51	10	1	36	1.46
71030876--71030936	30	2.0	30	87	6	88	29	26	8	36	1.85
71032280--71032319	19	2.1	19	95	0	71	52	32	0	15	1.43
71032283--71032327	19	2.4	19	88	0	63	48	31	2	17	1.59
71032579--71032613	16	2.1	16	89	5	52	5	8	2	82	0.91
71039025--71039193	39	4.3	39	89	1	248	28	17	23	29	1.97
71043711--71043757	14	3.4	14	85	14	62	78	14	0	6	0.93
71043720--71043761	14	3.0	14	89	0	66	76	11	0	11	1.03
71045282--71045395	37	3.0	37	76	15	99	22	6	8	62	1.47
71052966--71053264	39	7.6	40	89	3	360	27	28	19	24	1.99
71052966--71053225	79	3.3	78	89	3	344	27	28	19	24	1.99
71060926--71061228	40	7.6	40	89	2	396	27	28	20	24	1.99
71069019--71069287	40	6.8	40	79	2	274	35	17	28	18	1.93
71069098--71069237	20	7.1	20	64	16	76	35	16	30	17	1.92
71069018--71069287	119	2.3	118	83	5	339	35	17	28	18	1.93
71070526--71070584	25	2.4	25	91	0	91	59	1	1	37	1.18
71070526--71070572	13	3.8	12	76	18	51	61	2	0	36	1.08
71071265--71071330	34	1.9	34	100	0	132	46	13	3	36	1.59
71078551--71078936	200	1.9	200	86	1	549	40	11	15	32	1.82
71081177--71081228	9	5.8	9	95	0	86	23	9	28	38	1.86
71082024--71082081	29	1.9	30	86	6	82	31	10	13	44	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71082300--71082337	20	1.9	20	84	10	51	65	5	5	23	1.34
71082766--71082849	23	4.1	20	76	18	75	59	2	1	36	1.18
71082803--71082851	22	2.1	24	88	7	75	57	2	0	40	1.10
71082833--71082874	16	2.6	16	88	3	57	69	2	2	26	1.13
71085807--71085849	22	2.0	23	90	9	72	62	9	0	27	1.25
71086107--71086151	23	2.0	22	83	12	56	40	0	0	60	0.97
71087210--71087237	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
71087349--71087375	14	1.9	14	100	0	54	37	7	0	55	1.28
71087463--71087495	16	2.0	17	88	5	50	39	12	33	15	1.84
71092104--71092481	182	2.1	181	87	2	551	40	20	9	29	1.83
71098891--71098935	22	2.0	22	100	0	90	60	0	0	40	0.97
71098922--71098961	19	2.1	19	85	0	53	30	0	5	65	1.14
71098831--71098946	57	1.9	59	81	11	139	50	0	1	48	1.11
71099648--71099716	35	2.0	35	91	0	111	39	8	14	37	1.77
71106012--71106046	17	2.1	17	100	0	70	28	37	11	22	1.89
71116793--71116943	28	5.4	28	89	1	205	33	27	12	25	1.92
71125155--71125311	29	5.5	29	89	3	221	33	26	12	28	1.92
71125155--71125311	57	2.7	58	89	3	221	33	26	12	28	1.92
71128496--71128723	92	2.5	92	84	1	278	41	12	24	21	1.88
71128498--71128708	46	4.6	46	85	2	246	42	11	25	20	1.86
71131008--71131044	13	2.8	14	80	16	51	56	0	13	29	1.37
71131245--71131313	21	3.3	21	62	22	54	49	0	28	21	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71131237--71131320	42	2.0	42	97	0	159	48	0	26	25	1.51
71138586--71138844	46	5.6	46	89	1	349	40	13	23	22	1.89
71138633--71138704	21	3.2	21	64	21	56	38	9	25	26	1.86
71141909--71142225	47	6.7	47	97	1	580	31	8	29	30	1.87
71142343--71142421	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
71144366--71144484	57	2.1	58	90	1	186	39	3	4	52	1.37
71147029--71147203	46	3.8	45	77	7	172	28	29	21	21	1.98
71147036--71147208	93	1.9	93	91	0	283	27	30	21	21	1.98
71147080--71147223	46	3.1	46	69	21	120	29	27	19	22	1.98
71149606--71149683	15	5.2	15	80	6	79	55	14	16	14	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320