Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   

This is table  217  of  320  ( 38372 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
72622802--72622881
27
3.1
26
78
15
85
55
1
0
43
1.08
72622774--72622863
17
5.7
17
70
19
61
53
1
0
45
1.07
72622802--72622865
27
2.3
27
91
8
101
57
0
0
42
0.98
72622971--72623006
17
2.1
17
89
0
54
52
0
0
47
1.00
72622774--72623009
67
3.4
65
71
19
169
51
3
2
43
1.30
72623394--72623424
9
3.3
9
95
4
53
41
0
0
58
0.98
72634490--72634605
46
2.5
44
80
8
126
28
18
27
25
1.98
72634575--72634706
49
2.6
51
77
8
146
30
19
28
21
1.98
72648492--72648555
27
2.3
29
81
10
80
51
4
0
43
1.22
72658579--72658617
17
2.2
18
90
4
62
43
0
12
43
1.42
72659418--72659454
18
2.1
18
100
0
74
29
5
21
43
1.75
72662299--72662374
25
3.0
25
84
0
89
17
30
19
32
1.95
72664479--72664558
19
4.3
19
88
6
128
37
17
8
36
1.81
72664960--72665457
87
5.7
86
68
16
328
27
20
19
32
1.97
72665001--72665544
175
3.1
174
92
1
910
27
19
20
32
1.97
72665059--72665544
88
5.6
85
69
17
316
26
19
20
33
1.97
72665546--72666002
84
5.4
84
85
4
568
23
21
23
31
1.98
72665546--72666002
167
2.7
168
85
5
577
23
21
23
31
1.98
72671235--72671264
15
2.0
15
93
0
51
16
20
16
46
1.84
72673216--72673296
38
2.2
37
93
4
137
35
16
8
39
1.79
72673216--72673296
19
4.4
19
90
4
121
35
16
8
39
1.79
72675179--72675311
55
2.4
55
82
9
180
25
9
14
51
1.71
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
72677223--72677261
16
2.4
16
91
0
60
69
2
28
0
1.02
72678337--72678453
47
2.5
47
90
2
182
15
22
23
39
1.92
72678441--72678465
6
4.2
6
100
0
50
16
16
16
52
1.76
72678581--72678648
18
3.7
18
78
2
64
29
7
16
47
1.73
72680944--72681007
33
2.0
32
90
3
101
39
25
9
26
1.86
72681224--72681379
41
3.8
41
97
0
285
26
22
21
29
1.99
72688580--72688643
33
2.0
32
90
3
101
39
25
9
26
1.86
72688858--72688972
41
2.8
41
95
0
203
26
22
20
29
1.99
72693678--72693715
19
2.1
19
85
9
53
60
5
2
31
1.33
72702579--72702678
29
3.2
31
66
23
91
54
19
2
25
1.55
72702551--72702678
63
2.0
63
100
0
256
56
18
1
23
1.50
72703958--72704005
24
2.0
24
87
0
69
35
20
10
33
1.87
72705145--72705254
42
2.6
43
81
8
134
23
19
29
28
1.98
72706077--72706105
13
2.1
14
93
6
51
55
10
0
34
1.34
72710013--72710046
14
2.4
14
85
0
50
41
26
8
23
1.83
72710092--72710157
14
4.6
14
73
14
53
50
27
3
19
1.63
72727924--72728085
84
1.9
84
80
5
184
30
25
14
29
1.94
72729514--72729987
29
16.3
29
75
4
301
36
14
27
22
1.93
72729489--72729987
58
8.6
58
72
7
343
36
14
27
22
1.93
72729496--72729915
116
3.6
115
85
1
491
36
13
27
22
1.92
72733418--72733461
18
2.6
16
82
7
52
11
13
4
70
1.31
72733522--72733707
21
8.7
21
68
20
68
25
8
4
61
1.43
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
72733606--72733715
3
36.7
3
73
17
77
28
6
2
62
1.33
72733649--72733702
20
2.7
20
80
5
56
31
3
5
59
1.38
72733645--72733703
23
2.7
22
82
7
68
30
5
5
59
1.41
72733794--72733844
3
17.0
3
84
15
70
29
3
0
66
1.09
72739729--72739776
24
2.0
24
100
0
96
33
12
25
29
1.92
72746056--72746120
31
2.1
31
85
0
85
30
13
12
43
1.81
72748592--72748671
31
2.6
32
84
6
110
48
11
8
31
1.69
72749153--72749186
4
8.8
4
87
6
52
23
2
23
50
1.63
72749156--72749185
15
2.0
15
93
0
51
23
3
26
46
1.68
72756065--72756101
19
1.9
20
88
5
58
59
0
18
21
1.38
72760615--72760773
32
5.0
32
89
0
248
32
12
10
44
1.77
72760615--72760773
64
2.5
64
93
1
275
32
12
10
44
1.77
72774533--72774564
11
3.1
11
91
8
50
68
0
0
31
0.90
72774533--72774568
14
2.6
13
87
12
54
69
0
0
30
0.89
72776300--72776588
44
6.6
43
74
10
201
24
22
22
30
1.99
72776334--72776807
44
10.8
44
72
11
289
26
21
20
31
1.98
72776256--72776588
87
3.9
87
88
3
408
25
23
21
30
1.99
72776340--72776807
90
5.3
90
80
7
473
26
21
20
31
1.98
72789477--72789536
27
2.1
30
82
14
74
55
6
5
33
1.48
72789839--72789876
3
12.7
3
100
0
76
65
0
0
34
0.93
72790756--72790822
25
2.5
26
88
7
100
16
26
0
56
1.40
72790763--72790818
25
2.2
26
96
3
105
17
28
0
53
1.44
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
72791458--72791554
35
2.8
35
90
0
149
24
11
47
16
1.79
72792921--72792945
13
1.9
13
100
0
50
32
8
40
20
1.81
72795913--72796251
48
7.1
48
74
15
233
62
0
13
22
1.36
72795916--72796127
75
2.9
73
83
6
270
62
1
14
21
1.40
72795931--72796076
27
5.7
26
72
11
115
62
2
14
21
1.42
72796052--72796233
44
4.0
44
77
12
172
63
0
13
23
1.30
72796111--72796144
17
1.9
18
88
5
52
70
0
0
29
0.87
72796052--72796233
93
2.0
92
86
10
259
63
0
13
23
1.30
72796241--72796297
17
3.4
17
87
4
71
57
1
15
24
1.48
72796233--72796289
22
2.6
22
85
0
69
61
1
15
21
1.43
72796784--72796834
18
2.8
18
79
8
59
68
1
7
21
1.25
72796776--72796866
19
4.9
17
73
19
58
62
1
8
27
1.31
72796829--72796915
44
2.0
43
84
6
104
59
2
12
25
1.45
72796859--72796910
5
9.6
5
76
15
50
61
1
15
21
1.43
72796853--72796894
16
2.6
16
88
0
57
59
0
14
26
1.35
72800100--72800124
7
3.6
7
100
0
50
16
0
12
72
1.13
72820010--72820127
25
4.8
25
71
5
71
33
19
25
22
1.97
72820202--72820262
26
2.4
25
81
10
70
37
21
24
16
1.93
72820335--72820399
24
2.8
22
72
11
58
43
10
24
21
1.84
72821071--72821155
39
2.2
39
95
0
152
35
23
28
12
1.92
72823589--72823632
21
2.2
20
83
4
52
40
22
0
36
1.54
72824831--72824883
27
1.9
27
85
11
72
62
3
7
26
1.39
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
72837678--72837712
3
11.7
3
93
0
61
65
0
34
0
0.93
72851096--72851219
64
1.9
64
96
0
230
45
10
8
35
1.70
72852578--72852627
24
2.1
24
100
0
100
46
8
16
30
1.75
72856153--72856211
30
2.0
30
90
6
93
38
0
40
20
1.53
72858320--72858414
23
4.2
22
75
16
88
17
23
20
38
1.93
72858327--72858416
22
4.0
23
80
9
105
17
23
18
40
1.92
72858331--72858427
45
2.2
45
86
0
131
20
24
17
37
1.94
72864470--72864530
29
2.1
29
81
6
70
42
18
8
31
1.79
72865195--72865244
9
5.6
9
85
0
64
26
12
22
40
1.88
72865862--72865942
31
2.7
29
83
7
99
11
9
1
77
1.04
72865963--72866033
9
7.9
9
73
10
56
12
4
4
78
1.03
72865979--72866024
24
1.9
24
82
8
58
10
4
6
78
1.08
72865955--72866033
34
2.4
32
79
10
79
13
5
3
77
1.08
72866195--72866221
14
1.9
14
100
0
54
44
0
0
55
0.99
72866079--72866221
37
4.0
35
75
8
137
39
1
2
56
1.22
72866180--72866221
21
1.9
23
85
9
61
45
0
0
54
0.99
72866279--72866320
20
2.2
19
86
4
57
21
2
2
73
1.06
72866413--72866453
18
2.3
18
86
0
55
14
7
2
75
1.12
72866432--72866505
36
2.1
36
85
10
98
20
4
2
72
1.13
72866458--72866510
18
2.9
18
77
5
54
24
1
1
71
1.06
72866548--72866652
38
2.9
35
78
13
108
35
0
2
60
1.18
72866752--72866798
20
2.4
19
83
16
60
72
0
6
21
1.07
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
72866850--72866876
14
1.9
14
100
0
54
55
0
0
44
0.99
72866855--72866972
37
3.3
37
79
8
104
55
3
1
38
1.26
72866950--72866986
15
2.6
14
87
8
56
62
0
0
37
0.96
72867035--72867099
16
3.9
16
72
21
53
81
3
4
10
0.95
72867133--72867191
17
3.8
17
76
19
74
77
1
10
10
1.05
72867120--72867204
30
2.8
29
87
10
118
77
2
10
9
1.07
72868524--72869198
208
3.2
208
91
3
1107
42
6
11
39
1.67
72869303--72869376
29
2.5
29
88
4
103
50
13
14
21
1.78
72881072--72881102
12
2.6
12
100
0
62
25
35
25
12
1.92
72881391--72881425
3
11.7
3
100
0
70
68
31
0
0
0.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320