Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   

This is table  7  of  320  ( 38372 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1875177--1875572
197
2.0
197
92
1
659
34
12
16
36
1.86
1876436--1876503
32
2.1
32
91
0
109
33
4
32
29
1.77
1877783--1877824
19
2.2
19
86
4
57
28
11
9
50
1.70
1878800--1878834
16
2.1
17
89
10
54
28
17
0
54
1.43
1879554--1879597
17
2.6
17
82
10
54
0
27
2
70
0.99
1879549--1879600
18
2.8
18
77
16
61
0
25
1
73
0.94
1881890--1881946
31
2.0
27
83
13
69
36
3
1
57
1.26
1887494--1887681
59
3.2
59
67
11
159
41
2
3
52
1.33
1887483--1887771
119
2.4
120
93
2
501
43
2
4
50
1.33
1887603--1887658
15
3.5
18
75
24
63
42
0
0
57
0.99
1887557--1887739
56
3.1
58
68
23
155
42
1
6
50
1.37
1887723--1887757
18
2.0
17
88
5
52
45
0
0
54
0.99
1887711--1887985
147
1.9
149
95
1
500
47
2
3
46
1.35
1887870--1887904
18
2.0
17
88
5
52
45
0
0
54
0.99
1888066--1888160
45
2.1
45
86
1
129
33
26
5
34
1.79
1888141--1888208
16
4.2
16
94
0
109
36
35
0
27
1.58
1891467--1891508
15
2.9
15
82
10
52
47
0
0
52
1.00
1891661--1891751
45
2.0
44
82
2
110
36
27
5
30
1.80
1891732--1891799
16
4.2
16
92
0
109
36
35
0
27
1.58
1891732--1891799
32
2.1
32
97
0
127
36
35
0
27
1.58
1894890--1894915
3
8.7
3
100
0
52
34
0
0
65
0.93
1897403--1897458
27
2.1
27
100
0
112
28
14
17
39
1.89
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1904590--1904705
46
2.4
46
82
5
133
27
23
14
34
1.94
1911467--1911525
26
2.3
25
80
13
66
49
1
8
40
1.43
1911468--1911523
28
2.1
26
83
12
69
51
1
7
39
1.40
1915295--1915320
13
2.0
13
100
0
52
30
7
0
61
1.24
1924963--1925036
21
3.3
22
74
17
62
44
0
4
51
1.20
1924971--1925042
24
3.0
24
75
17
78
41
0
2
55
1.14
1925026--1925083
21
2.8
20
82
14
66
36
0
1
62
1.06
1925039--1925098
20
3.1
19
80
11
68
41
0
0
58
0.98
1925290--1925328
19
1.9
19
90
10
60
48
0
7
43
1.31
1925327--1925375
13
3.7
13
78
5
53
65
0
2
32
1.04
1925339--1925374
7
5.3
7
86
6
56
66
0
2
30
1.06
1925327--1925379
20
2.7
20
82
11
81
64
0
1
33
1.05
1925397--1925441
18
2.6
17
90
10
74
37
4
0
57
1.19
1925470--1925530
17
3.4
17
76
13
50
18
6
1
73
1.12
1925469--1925515
20
2.3
20
75
13
51
17
8
0
74
1.05
1925532--1925579
14
3.5
13
88
5
60
20
0
2
77
0.88
1925608--1925656
4
11.8
4
81
16
55
18
4
0
77
0.92
1925612--1925675
18
3.7
17
81
8
67
20
3
0
76
0.92
1925612--1925666
15
3.7
15
73
22
62
18
3
0
78
0.90
1925704--1925749
21
2.1
23
92
8
78
39
0
0
60
0.97
1925704--1925747
22
2.0
23
90
4
72
40
0
0
59
0.98
1925716--1925818
33
3.1
32
89
8
145
37
1
0
59
1.15
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1925741--1925782
20
2.1
20
86
8
59
35
2
0
61
1.09
1925738--1925792
12
4.9
11
72
18
51
36
1
1
60
1.18
1925804--1925841
20
1.9
20
84
10
51
44
5
0
50
1.24
1925998--1926038
22
1.9
21
85
14
57
39
0
0
60
0.96
1926001--1926061
31
1.9
32
83
3
79
40
1
0
57
1.08
1925852--1926096
116
2.1
113
81
11
275
39
2
4
53
1.35
1926208--1926237
7
4.1
7
95
4
51
43
0
0
56
0.99
1929483--1929559
30
2.6
30
89
0
109
25
19
25
28
1.99
1931754--1931894
70
2.0
72
85
2
196
43
5
2
47
1.41
1931968--1932048
40
2.0
40
90
0
108
54
3
4
37
1.40
1931975--1932050
20
3.8
20
72
14
68
53
2
5
38
1.37
1932527--1932570
19
2.2
20
92
4
72
47
9
0
43
1.35
1932869--1932931
31
2.1
30
85
8
85
60
3
0
36
1.13
1932972--1933033
21
3.0
21
77
11
65
54
1
1
41
1.19
1932992--1933033
22
2.0
20
86
9
57
57
2
0
40
1.12
1932975--1933033
20
2.8
21
76
18
61
55
1
1
40
1.20
1933026--1933102
23
3.3
23
73
5
75
50
2
0
46
1.15
1933154--1933232
42
1.9
41
84
7
106
74
2
3
18
1.08
1933150--1933234
9
9.9
9
70
6
61
74
2
3
20
1.08
1933319--1933360
19
2.2
20
83
12
52
57
2
2
38
1.25
1933318--1933380
33
2.0
31
93
6
108
57
1
1
39
1.18
1933350--1933392
21
2.0
22
90
4
70
55
2
0
41
1.12
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1933382--1933428
22
2.0
22
84
8
58
46
0
0
53
1.00
1933382--1933428
24
2.0
22
88
8
67
46
0
0
53
1.00
1933432--1933466
10
3.7
9
88
11
52
77
0
0
22
0.78
1935865--1935913
20
2.5
21
77
12
59
53
10
2
34
1.47
1945980--1946114
72
1.9
73
98
1
263
34
8
14
41
1.78
1947146--1947183
20
1.9
20
94
0
67
55
18
0
26
1.43
1965969--1966041
30
2.3
31
83
6
94
27
15
34
23
1.94
1967595--1967624
14
2.1
14
93
0
51
46
3
6
43
1.46
1970334--1970394
29
2.1
29
84
0
77
18
16
21
44
1.87
1980935--1981010
39
1.9
39
91
0
125
14
23
22
39
1.91
1982718--1982756
19
2.1
19
85
9
53
43
2
0
53
1.14
1984703--1984745
22
2.0
21
81
4
50
18
11
9
60
1.57
1991873--1991906
15
2.3
15
89
0
50
8
8
2
79
1.03
1991986--1992052
20
3.3
20
97
0
125
46
2
0
50
1.16
1991966--1992162
20
9.4
21
74
13
113
42
3
1
53
1.25
1992084--1992164
22
3.7
22
75
4
74
39
3
1
55
1.25
1992165--1992218
11
5.1
11
84
8
67
40
1
0
57
1.09
1992165--1992228
21
3.0
21
84
6
85
40
1
0
57
1.08
1992028--1992224
104
1.9
102
82
12
242
39
2
1
57
1.19
1992170--1992228
31
1.9
31
86
6
84
40
1
0
57
1.09
1992165--1992228
10
6.1
10
79
16
60
40
1
0
57
1.08
1992171--1992236
21
3.1
21
84
4
80
42
1
0
56
1.08
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1998764--1998841
38
2.1
38
80
4
86
65
3
5
25
1.30
2002575--2002746
93
1.8
93
96
0
317
27
29
21
20
1.98
2002568--2002743
46
3.8
46
79
12
216
28
29
21
20
1.98
2010133--2010304
93
1.8
93
96
0
317
27
29
21
20
1.98
2010126--2010301
46
3.8
46
79
12
216
28
29
21
20
1.98
2017627--2017803
44
3.8
49
78
14
189
28
29
20
20
1.98
2017634--2017803
93
1.8
91
94
2
304
28
29
21
21
1.98
2040917--2041088
93
1.8
93
94
0
308
28
29
20
20
1.98
2040910--2041085
46
3.8
46
79
12
207
29
29
20
20
1.98
2041624--2041663
5
8.2
5
84
15
57
40
0
0
60
0.97
2041625--2041665
19
2.3
19
91
8
68
41
0
0
58
0.98
2041670--2041715
14
3.1
14
84
6
56
73
4
17
4
1.15
2041678--2041735
25
2.3
25
77
16
66
67
5
24
3
1.27
2041765--2041803
4
10.0
4
94
5
71
76
0
23
0
0.78
2042281--2042337
30
1.9
30
89
3
89
42
3
24
29
1.71
2042668--2042801
46
3.0
45
83
4
162
35
13
23
27
1.93
2045225--2045324
28
3.6
28
86
1
121
37
20
13
30
1.90
2047257--2047306
16
3.0
16
79
5
55
26
0
6
68
1.13
2047735--2047803
29
2.3
29
80
14
77
46
5
1
46
1.35
2052397--2052430
17
2.0
17
88
0
50
58
0
0
41
0.98
2057168--2057211
15
2.9
15
77
16
54
68
0
2
29
1.02
2066204--2066274
20
3.6
19
71
17
65
8
7
4
80
1.02
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
2066192--2066273
38
2.3
35
80
6
101
8
8
3
79
1.05
2066246--2066281
16
2.2
16
95
0
63
11
8
2
77
1.08
2066452--2066554
52
2.0
53
81
9
122
49
2
0
46
1.23
2066474--2066517
21
2.1
20
87
8
61
52
2
0
45
1.13
2066645--2066695
14
3.7
14
81
2
59
52
1
0
45
1.12
2066654--2066678
7
3.6
7
100
0
50
48
0
0
52
1.00
2066620--2066693
28
2.6
28
79
10
71
58
1
0
40
1.07
2066403--2066917
282
1.8
278
81
10
634
53
3
2
39
1.33
2066814--2066975
58
2.8
57
84
7
229
64
1
3
29
1.21
2067008--2067083
38
2.0
38
85
10
102
69
2
9
18
1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320