genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.298.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94830385--94830562	27	6.6	27	85	3	214	26	14	28	30	1.95
94830386--94830541	82	1.9	81	89	3	242	26	14	28	30	1.95
94830382--94830562	82	2.2	81	84	2	238	27	14	27	30	1.95
94832559--94832589	14	2.2	14	94	0	53	38	0	12	48	1.42
94833667--94833732	7	8.6	7	76	18	53	43	1	1	53	1.19
94833670--94833735	8	8.4	8	73	18	50	45	1	1	51	1.19
94833667--94833735	27	2.5	26	76	23	79	44	1	1	52	1.19
94833677--94833745	32	2.2	32	79	7	79	47	1	2	47	1.25
94833796--94833902	53	2.0	54	92	1	180	60	6	23	9	1.50
94834955--94834991	18	2.1	18	100	0	74	51	0	21	27	1.48
94835596--94835628	5	6.6	5	100	0	66	18	0	0	81	0.68
94839832--94839871	17	2.4	17	88	12	64	65	20	0	15	1.28
94840655--94841489	416	2.0	416	100	0	1670	33	15	23	27	1.95
94853619--94853788	88	1.9	88	93	0	295	37	21	15	25	1.93
94881647--94881708	29	2.1	29	82	14	74	50	19	8	22	1.74
94883160--94883187	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
94886167--94886348	88	2.1	88	91	0	292	35	19	8	36	1.83
94890382--94890445	6	10.7	6	89	0	65	23	34	28	14	1.93
94890374--94890445	18	4.0	18	75	0	63	25	31	29	13	1.94
94895921--94895954	17	2.0	17	94	0	59	55	0	5	38	1.24
94897369--94897420	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
94899339--94899390	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94899549--94899616	24	2.8	24	90	2	100	22	11	29	36	1.89
94899550--94899660	48	2.3	47	78	4	114	26	11	27	34	1.91
94905432--94905526	17	5.2	19	82	12	119	34	15	11	37	1.84
94906099--94906849	44	17.3	44	72	9	531	26	23	17	32	1.97
94906113--94906183	37	1.9	37	97	0	133	26	21	16	35	1.95
94906104--94906538	132	3.3	132	91	2	668	27	22	17	33	1.96
94906546--94906849	131	2.3	132	89	1	459	25	25	18	30	1.98
94906276--94906844	306	1.9	307	92	0	969	26	23	17	31	1.97
94907731--94907782	1	52.0	1	76	0	50	3	7	0	88	0.62
94907732--94907782	17	2.9	17	85	2	75	3	7	0	88	0.63
94913440--94913527	19	4.7	19	91	5	153	36	13	12	37	1.83
94914389--94914629	132	1.8	132	84	1	331	30	20	19	29	1.97
94914386--94914662	132	2.1	132	81	4	326	31	19	17	30	1.95
94914564--94914844	131	2.1	131	79	3	289	27	19	18	34	1.95
94915773--94915829	16	3.6	16	78	7	62	29	26	5	38	1.78
94917766--94917806	21	1.9	21	85	14	57	56	0	2	41	1.13
94922720--94922752	16	2.1	16	88	11	50	15	9	15	60	1.58
94925990--94926031	22	1.9	22	85	9	59	57	0	2	40	1.12
94927432--94927498	27	2.5	26	85	7	82	35	0	1	62	1.04
94927465--94927498	16	2.1	17	88	5	52	35	0	0	64	0.94
94928574--94928674	32	3.2	32	78	4	125	16	41	18	22	1.90
94928799--94928854	11	5.3	10	79	12	51	66	0	33	0	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94928795--94928876	14	6.0	14	76	12	66	63	0	36	0	0.95
94928795--94928883	17	5.2	17	67	19	51	65	0	34	0	0.93
94929001--94929096	33	3.1	32	66	25	80	35	0	11	53	1.37
94928987--94929117	59	2.2	60	87	1	192	32	0	12	55	1.37
94932254--94932285	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
94932380--94932621	50	4.7	50	84	4	279	27	23	28	19	1.99
94932380--94932629	100	2.4	103	86	6	346	26	23	28	20	1.99
94947511--94947537	1	27.0	1	100	0	54	100	0	0	0	0.00
94948438--94948471	13	2.6	14	90	9	54	26	0	0	73	0.83
94953207--94953273	30	2.2	30	86	0	89	53	1	16	28	1.52
94953207--94953273	15	4.5	15	76	12	66	53	1	16	28	1.52
94953711--94953751	21	2.0	21	85	9	57	48	2	9	39	1.49
94959575--94959605	13	2.4	13	94	0	53	32	0	12	54	1.38
94959703--94959934	49	4.8	50	88	5	325	26	22	29	20	1.99
94966963--94966994	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
94967089--94967330	50	4.7	50	85	4	288	26	23	29	19	1.99
94967089--94967338	100	2.4	103	87	6	355	26	23	29	20	1.99
94972671--94972748	27	2.9	27	88	0	120	26	26	23	23	2.00
94972671--94972781	54	2.1	54	82	0	132	25	27	23	24	2.00
94974217--94974270	27	1.9	29	85	7	76	62	5	1	29	1.28
94974325--94974369	20	2.2	20	84	4	54	64	2	4	28	1.25
94975376--94975435	17	3.4	17	75	13	59	35	3	5	56	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94975397--94975455	9	6.4	9	74	16	50	37	0	1	61	1.07
94975410--94975455	20	2.4	19	83	16	60	39	0	0	60	0.97
94979526--94979728	46	4.3	48	87	7	256	36	13	21	28	1.92
94979460--94979728	98	2.7	98	92	0	448	35	14	22	28	1.93
94979692--94979837	37	4.0	37	93	1	242	36	16	21	24	1.94
94981091--94981258	58	3.0	58	87	10	237	22	13	30	33	1.92
94981110--94981200	28	3.2	28	66	22	80	25	15	31	27	1.95
94981151--94981293	49	2.9	49	93	0	232	23	13	30	32	1.94
94984483--94984685	46	4.3	48	87	7	256	36	13	21	28	1.92
94984417--94984685	98	2.7	98	92	0	448	35	14	22	28	1.93
94984649--94984757	37	3.0	37	90	2	177	35	16	22	24	1.95
94990583--94990670	21	4.2	21	82	1	97	18	18	15	47	1.83
94990895--94990967	31	2.4	30	90	6	103	35	5	20	38	1.76
94990904--94990967	31	2.1	31	96	0	119	34	6	21	37	1.79
94993133--94993195	31	2.0	31	100	0	126	34	6	20	38	1.78
94994774--94995210	237	1.8	237	85	2	619	34	17	19	28	1.95
94996244--94996517	46	6.0	46	93	0	415	22	24	14	38	1.92
94999557--94999619	22	2.9	22	72	9	65	63	4	9	22	1.43
95000523--95000570	17	2.7	18	78	12	55	52	2	0	45	1.12
95001451--95001493	20	2.2	20	83	8	52	60	2	0	37	1.10
95005428--95005487	30	2.0	30	93	0	102	56	10	3	30	1.48
95009526--95009593	19	3.4	19	80	11	75	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95018082--95018106	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
95019899--95020158	137	1.9	137	95	1	450	37	16	10	35	1.84
95024938--95024976	19	2.2	19	90	9	64	76	0	23	0	0.78
95025959--95025993	18	1.9	18	88	0	52	25	20	8	45	1.79
95026116--95026150	18	1.9	18	88	0	52	40	11	11	37	1.77
95026136--95026182	18	2.6	18	83	6	60	38	14	17	29	1.89
95027796--95027966	30	5.8	29	73	10	114	19	26	12	41	1.87
95027896--95027966	29	2.4	29	95	2	124	14	28	14	43	1.83
95029651--95029719	30	2.3	31	85	7	88	47	20	8	23	1.77
95031670--95031732	3	21.0	3	91	0	90	3	31	3	61	1.27
95031794--95031836	21	2.1	20	86	4	59	30	27	13	27	1.95
95031868--95031936	30	2.3	31	82	7	79	23	10	18	47	1.79
95033855--95033927	35	2.1	35	97	0	137	42	5	4	47	1.45
95034072--95034121	20	2.4	21	83	12	68	28	12	10	50	1.71
95043748--95043774	13	2.1	13	100	0	54	85	0	14	0	0.61
95044352--95044403	3	17.3	3	100	0	104	67	0	32	0	0.91
95048780--95048819	20	2.0	20	95	0	71	32	5	12	50	1.62
95053677--95053714	19	2.0	20	85	10	53	42	2	0	55	1.14
95055327--95055366	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
95065482--95065522	20	1.9	23	85	14	61	51	12	12	24	1.73
95066128--95066189	31	2.0	31	90	6	99	51	8	1	38	1.41
95074354--95074384	11	2.8	11	90	0	53	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95095856--95096438	88	6.6	88	79	5	520	29	26	16	27	1.97
95095866--95096511	44	14.7	44	71	7	420	28	26	16	27	1.97
95096043--95096511	132	3.6	132	94	0	753	29	26	16	27	1.97
95096519--95097424	132	6.8	133	93	1	1405	28	22	20	27	1.99
95096536--95097424	263	3.4	265	92	1	1457	28	23	20	28	1.99
95097376--95097543	86	1.9	87	89	3	259	28	23	24	23	2.00
95096519--95097516	399	2.5	395	86	3	1121	28	23	21	27	1.99
95101673--95101716	19	2.3	20	84	7	56	40	11	20	27	1.86
95108952--95109110	9	16.7	9	65	23	51	56	3	1	38	1.25
95108967--95109072	19	5.4	19	70	17	67	56	4	0	37	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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