genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   

This is table  77  of  320  ( 38372 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24160790--24161308	177	2.9	177	88	1	743	31	20	20	27	1.98
24160804--24161257	89	5.1	88	67	8	265	31	21	20	26	1.98
24161731--24161772	5	8.6	5	89	10	61	21	0	0	78	0.75
24168535--24168613	28	2.8	28	86	0	104	34	11	25	29	1.91
24170573--24170812	28	8.5	28	76	2	228	17	19	33	29	1.95
24170601--24170842	57	4.2	57	92	1	376	18	18	34	29	1.94
24175646--24175779	38	3.5	37	84	9	153	22	21	25	30	1.99
24179921--24179999	28	2.8	28	84	0	95	35	11	24	29	1.90
24183694--24183795	28	3.5	27	71	19	80	24	28	20	26	1.99
24183695--24183831	60	2.3	59	83	8	161	25	24	21	28	1.99
24186163--24186206	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
24190621--24190657	13	2.7	14	91	8	67	43	0	5	51	1.24
24191024--24191060	19	2.0	19	89	5	58	35	35	0	29	1.58
24192207--24192253	24	2.0	24	95	0	85	31	12	21	34	1.91
24192331--24192369	19	2.0	20	90	5	62	38	5	5	51	1.46
24195579--24195755	43	3.9	43	83	12	219	49	16	0	33	1.46
24195639--24195805	9	19.0	9	70	11	71	46	18	1	33	1.60
24195596--24195752	52	3.2	52	76	15	179	49	17	0	33	1.48
24195579--24195750	95	1.8	95	94	0	308	49	16	0	34	1.46
24195670--24195788	36	3.1	36	84	8	130	47	17	1	33	1.58
24199578--24199606	14	2.1	14	93	6	51	34	0	6	58	1.25
24200020--24200127	21	5.6	19	71	16	64	31	19	47	1	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24200021--24200117	21	4.6	20	77	12	88	31	19	47	1	1.57
24200485--24200664	43	4.2	43	78	8	125	29	23	22	24	1.99
24200551--24200671	44	2.8	43	87	2	188	27	28	18	26	1.98
24207984--24208087	55	1.9	55	86	4	147	28	32	25	12	1.92
24209754--24209784	15	2.1	15	100	0	62	35	6	12	45	1.68
24210628--24210692	32	2.0	32	96	0	121	43	20	12	24	1.86
24210998--24211112	43	2.7	43	76	11	137	31	26	19	23	1.98
24252803--24253034	49	4.7	49	83	3	302	28	25	19	26	1.99
24252803--24253034	100	2.3	99	85	2	313	28	25	19	26	1.99
24256363--24256541	40	4.6	39	90	5	265	23	22	28	25	1.99
24256363--24256541	79	2.3	79	89	4	274	23	22	28	25	1.99
24258996--24259028	15	2.2	15	94	0	57	57	12	12	18	1.64
24262129--24262311	49	3.7	49	81	3	222	28	27	18	25	1.98
24265916--24266012	33	2.9	34	76	3	97	27	18	24	28	1.98
24269624--24269950	47	7.0	47	90	0	492	31	11	30	26	1.92
24269651--24269726	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
24269764--24269843	25	3.3	25	67	28	73	32	8	28	30	1.87
24270113--24270301	37	5.1	37	88	0	270	22	19	32	25	1.97
24274862--24274991	51	2.6	51	81	3	165	29	24	18	27	1.98
24279518--24279690	49	3.5	49	83	3	229	28	23	20	27	1.99
24279505--24279690	100	1.9	100	91	0	309	28	23	20	27	1.99
24285083--24285107	13	1.9	13	100	0	50	20	40	24	16	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24296256--24296477	55	4.2	53	75	10	204	35	17	24	22	1.95
24296567--24296611	23	1.9	24	90	4	74	42	11	24	22	1.86
24298654--24298687	14	2.6	13	86	13	52	55	0	0	44	0.99
24298724--24298768	23	2.0	23	100	0	90	48	6	13	31	1.68
24306343--24307147	210	3.8	210	92	1	1362	30	19	21	29	1.97
24306343--24307151	422	1.9	420	94	1	1431	30	18	21	29	1.97
24308628--24308676	23	2.1	23	81	7	55	32	2	2	63	1.17
24308704--24308759	23	2.5	21	83	11	67	35	1	3	58	1.26
24308700--24308762	23	2.6	25	75	22	64	34	1	3	60	1.22
24308777--24308816	16	2.5	16	83	0	53	30	5	0	65	1.14
24309470--24309545	33	2.2	34	93	4	127	26	13	5	55	1.59
24313572--24313636	13	4.7	14	78	10	55	63	1	7	27	1.31
24316331--24316400	36	1.9	36	86	11	99	38	4	2	54	1.35
24317609--24317701	32	2.9	31	73	4	87	52	20	2	24	1.57
24321804--24321855	24	2.2	23	90	6	86	30	13	26	28	1.94
24332678--24332741	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
24332934--24333053	24	5.0	24	88	10	174	27	21	20	30	1.98
24332955--24333052	47	2.1	47	94	5	171	28	20	20	30	1.98
24333111--24333167	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
24333107--24333169	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
24333206--24333253	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
24343005--24343043	20	2.0	20	85	10	53	38	28	12	20	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24345706--24345793	43	2.0	43	91	0	140	26	17	26	30	1.97
24356583--24356625	22	1.9	23	86	13	63	65	11	6	16	1.46
24361806--24361850	22	2.0	22	86	0	63	33	4	11	51	1.58
24366698--24366920	40	5.6	40	83	6	213	24	20	27	27	1.99
24366698--24366922	80	2.8	79	82	7	242	24	20	28	27	1.99
24366773--24366955	79	2.3	80	81	1	217	25	20	27	26	1.99
24366698--24366955	119	2.2	120	80	4	281	25	20	27	26	1.99
24382063--24382104	22	1.9	22	100	0	84	28	14	11	45	1.80
24385839--24385884	22	2.1	21	84	11	58	52	0	4	43	1.21
24386546--24386593	20	2.4	21	80	16	57	43	4	2	50	1.33
24390558--24390587	15	2.0	15	93	0	51	70	20	6	3	1.25
24394080--24394105	5	5.2	5	100	0	52	19	42	19	19	1.90
24394150--24394179	5	6.2	5	92	7	53	0	60	0	40	0.97
24394975--24395034	30	2.0	30	83	9	77	45	0	1	53	1.10
24396354--24396423	31	2.3	31	80	4	81	35	22	24	17	1.95
24396387--24396475	41	2.2	41	91	0	142	37	25	21	15	1.93
24396514--24396553	21	1.9	21	90	10	64	50	27	0	22	1.50
24402835--24403056	42	5.3	43	83	4	256	22	15	28	33	1.94
24402836--24403055	85	2.6	84	85	2	291	22	15	29	33	1.94
24403048--24403116	35	2.0	35	91	0	111	15	14	27	42	1.86
24403740--24403772	15	2.1	16	88	5	50	51	3	3	42	1.32
24404179--24404230	21	2.5	21	87	0	68	28	7	26	36	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24405715--24405909	94	2.1	94	97	0	363	25	16	16	41	1.89
24406519--24406555	15	2.5	15	86	0	56	13	0	29	56	1.37
24410887--24410920	18	1.9	17	88	5	50	61	0	0	38	0.96
24418257--24418331	24	3.3	22	74	17	80	37	21	21	20	1.95
24420891--24420958	19	3.7	19	77	11	70	2	17	7	72	1.21
24443162--24443297	20	7.1	19	73	16	102	28	2	1	67	1.11
24443161--24443297	57	2.4	61	85	8	189	29	2	1	67	1.11
24443190--24443299	25	4.4	24	69	20	75	29	2	0	67	1.11
24443161--24443236	16	4.1	17	71	23	64	31	1	2	64	1.15
24443162--24443282	39	3.1	39	74	16	117	29	2	1	66	1.15
24461821--24461885	24	2.7	25	83	9	82	23	15	29	32	1.95
24473216--24473441	40	5.7	40	87	4	271	25	21	26	26	1.99
24473216--24473474	120	2.2	120	80	7	269	26	20	26	26	1.99
24480324--24480369	9	4.7	10	82	10	51	34	8	19	36	1.83
24484288--24484331	21	2.1	21	100	0	88	29	9	34	27	1.87
24488156--24488201	9	4.7	10	82	10	51	34	8	19	36	1.83
24490825--24490887	31	2.0	31	100	0	126	46	25	6	22	1.75
24491141--24491312	93	1.8	93	92	0	290	27	29	21	22	1.99
24491133--24491308	46	3.8	46	78	10	196	28	28	21	22	1.99
24491184--24491327	46	3.1	46	72	18	136	29	27	20	22	1.98
24502559--24502585	10	2.7	10	100	0	54	7	18	44	29	1.77
24507264--24507337	31	2.4	31	80	13	91	66	2	2	28	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24509939--24510113	46	3.8	46	77	10	194	22	20	27	29	1.98
24521643--24521675	16	1.9	18	88	11	52	48	12	15	24	1.78
24522205--24522421	45	4.9	45	86	2	280	25	28	22	23	1.99
24523227--24523369	47	3.0	47	95	0	250	45	14	12	27	1.81
24524626--24524673	20	2.5	20	90	6	73	20	4	6	68	1.28
24525086--24525136	15	3.5	15	72	5	50	47	27	1	23	1.63
24525307--24525339	16	2.1	16	88	5	50	15	0	36	48	1.45
24525267--24525385	57	2.1	55	84	3	148	19	1	30	48	1.58
24525396--24525548	41	3.8	40	80	3	171	21	24	18	35	1.96
24525396--24525548	82	1.9	81	89	4	236	21	24	18	35	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320