Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   

This is table  31  of  320  ( 38372 repeats found )

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Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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2.0
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25
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8848651--8848806
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6.9
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196
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25
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2.3
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1
247
33
16
25
24
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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8848651--8848827
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3.9
45
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12
184
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25
25
1.97
8848664--8848840
68
2.6
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223
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0
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2.1
24
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0
100
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0
36
1.46
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
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Entropy
(0-2)
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0
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42
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1.58
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25
2.7
25
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0
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23
20
37
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8967280--8967320
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3.5
12
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2
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2.0
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1.74
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3.9
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5
51
39
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18
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24
92
0
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11
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28
36
1.92
8999998--9000104
42
2.5
42
81
3
115
14
22
27
35
1.93
9002233--9002294
22
2.9
21
75
2
61
24
20
19
35
1.96
9002253--9002309
22
2.6
22
75
2
62
21
17
19
42
1.90
9002233--9002317
43
2.0
43
80
0
98
23
20
18
37
1.94
9005399--9005438
20
2.0
21
85
9
57
32
0
5
62
1.17
9005404--9005444
20
2.2
20
82
8
50
31
2
4
60
1.30
9005491--9005558
31
2.3
31
87
5
95
63
1
2
32
1.18
9007028--9007115
41
2.1
41
89
0
131
28
13
21
36
1.92
9007040--9007140
41
2.4
41
88
4
141
26
13
22
36
1.92
9009031--9009079
19
2.3
23
80
13
61
48
0
12
38
1.41
9013972--9014000
14
2.1
14
93
6
51
48
13
6
31
1.69
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
9025520--9025562
16
2.7
16
85
0
50
55
0
0
44
0.99
9026353--9026406
28
1.9
28
88
0
81
50
3
0
46
1.19
9036561--9036641
32
2.6
31
80
2
90
29
3
16
50
1.62
9037599--9037677
25
3.3
25
65
13
67
30
7
15
46
1.73
9037955--9038000
19
2.4
19
85
3
65
47
13
10
28
1.76
9038306--9038615
152
2.0
153
94
0
550
23
16
11
48
1.78
9046197--9046237
20
2.1
20
86
4
57
51
2
4
41
1.36
9050130--9050173
15
2.9
15
96
0
79
18
20
15
45
1.85
9050249--9050302
28
1.9
28
96
0
99
25
14
1
57
1.48
9062725--9062844
48
2.6
46
74
17
122
30
26
29
14
1.95
9062715--9062848
23
5.7
24
72
16
118
32
25
26
14
1.95
9064993--9065041
3
17.3
3
76
19
52
69
0
2
28
1.00
9064999--9065037
11
3.5
11
92
0
69
69
0
2
28
1.02
9065000--9065041
19
2.2
19
87
8
59
71
0
2
26
0.98
9065027--9065079
20
2.7
20
85
8
65
56
5
0
37
1.23
9066956--9066984
15
1.9
15
100
0
58
20
34
24
20
1.97
9068288--9068330
14
3.0
14
80
12
52
46
9
0
44
1.35
9069887--9069931
20
2.2
21
84
4
56
77
2
17
2
0.97
9069987--9070013
12
2.2
12
100
0
54
7
7
33
51
1.58
9072318--9072450
48
2.8
48
85
10
173
30
21
16
32
1.95
9090896--9090938
19
2.3
19
83
0
50
48
0
0
51
1.00
9092754--9092812
30
2.0
30
93
0
100
30
25
5
38
1.77
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
9094542--9094584
18
2.4
18
88
0
59
20
25
9
44
1.81
9098041--9098561
126
4.1
125
86
2
670
28
16
17
37
1.92
9098041--9098561
251
2.1
253
85
4
705
28
16
17
37
1.92
9098623--9098764
34
4.2
33
79
9
119
44
15
0
39
1.52
9098676--9098762
33
2.6
33
87
3
122
39
17
1
42
1.57
9099212--9099304
50
1.9
50
86
4
127
36
3
7
52
1.46
9122694--9122726
17
1.9
17
93
0
57
51
0
0
48
1.00
9126970--9127009
19
2.1
19
85
4
53
45
2
0
52
1.14
9127116--9127167
6
9.2
6
77
12
56
76
0
0
23
0.78
9127106--9127167
16
3.9
16
79
8
65
75
0
0
24
0.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
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          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320