genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.253.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82489775--82489824	23	2.2	23	100	0	100	20	0	54	26	1.45
82490095--82490169	37	1.9	37	82	12	89	33	8	1	57	1.36
82501922--82501986	26	2.5	26	80	14	71	30	7	0	61	1.24
82502012--82502054	19	2.3	19	88	4	61	30	2	2	65	1.18
82504406--82504449	17	2.5	17	96	3	79	40	6	11	40	1.68
82507812--82507880	16	4.2	16	92	3	120	24	1	37	36	1.65
82507812--82507880	33	2.1	32	94	2	120	24	1	37	36	1.65
82507861--82507951	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
82508114--82508148	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
82508097--82508840	120	6.2	120	96	1	1323	47	5	2	43	1.41
82508333--82508489	30	5.2	30	63	22	78	47	4	3	44	1.39
82511856--82511965	33	3.3	33	80	11	127	31	9	17	41	1.80
82511912--82512131	51	4.0	51	82	17	262	28	7	18	45	1.77
82511962--82512069	33	3.3	33	65	14	96	27	7	18	46	1.76
82511878--82512131	117	2.2	117	91	2	404	28	7	18	44	1.77
82511995--82512036	15	2.5	17	81	18	61	19	0	28	52	1.46
82511956--82512088	66	2.0	66	100	0	266	27	6	19	47	1.73
82512007--82512037	15	2.1	15	100	0	62	19	0	25	54	1.44
82512206--82512385	85	2.1	86	97	2	346	47	7	4	40	1.53
82523119--82523190	27	2.7	26	80	18	69	76	6	4	12	1.13
82526939--82526972	1	34.0	1	100	0	68	100	0	0	0	0.00
82539049--82539131	22	3.7	22	76	9	78	54	4	7	33	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82539146--82539285	51	2.9	47	75	16	128	59	2	3	35	1.27
82539166--82539242	22	3.4	22	80	5	64	57	3	3	35	1.36
82539153--82539285	45	2.8	48	75	15	132	58	2	3	35	1.28
82539763--82539891	30	4.3	30	87	3	127	21	4	45	27	1.71
82539806--82539959	30	5.4	30	86	10	205	20	3	48	28	1.65
82539845--82539954	53	2.1	53	96	0	202	20	1	50	26	1.58
82539875--82539924	23	2.2	23	100	0	100	20	0	54	26	1.45
82540195--82540269	37	1.9	37	82	12	89	33	8	1	57	1.36
82542660--82542703	17	2.5	17	96	3	79	40	6	11	40	1.68
82546087--82546155	16	4.2	16	92	3	120	24	1	37	36	1.65
82546087--82546155	33	2.1	32	94	2	120	24	1	37	36	1.65
82546136--82546226	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
82546391--82546425	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
82546610--82546766	30	5.2	30	63	22	78	47	4	3	44	1.39
82546374--82547115	119	6.2	120	97	1	1323	47	5	2	43	1.42
82546374--82547115	239	3.1	239	96	2	1355	47	5	2	43	1.42
82550132--82550241	33	3.3	33	80	11	127	31	9	17	41	1.80
82550188--82550407	51	4.0	51	82	17	262	28	7	18	45	1.77
82550238--82550345	33	3.3	33	65	14	96	27	7	18	46	1.76
82550154--82550407	117	2.2	117	91	2	404	28	7	18	44	1.77
82550271--82550312	15	2.5	17	81	18	61	19	0	28	52	1.46
82550232--82550364	66	2.0	66	100	0	266	27	6	19	47	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82550283--82550313	15	2.1	15	100	0	62	19	0	25	54	1.44
82550485--82550661	86	2.1	86	100	0	354	46	7	4	40	1.53
82558932--82558962	14	2.2	14	94	0	53	19	6	12	61	1.53
82572104--82572150	15	3.3	15	82	14	55	63	0	0	36	0.94
82575211--82575274	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
82575489--82575580	23	4.0	23	94	4	141	28	20	25	26	1.99
82575635--82575701	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
82575635--82575690	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
82575738--82575785	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
82592149--82592193	21	2.2	20	88	4	63	28	26	26	17	1.98
82594109--82594185	6	14.2	5	72	22	50	18	5	1	75	1.06
82594118--82594185	6	11.7	6	76	6	59	17	5	1	75	1.08
82595824--82595911	6	14.3	6	73	17	74	47	14	18	19	1.82
82595833--82595911	31	2.5	31	91	0	122	48	13	18	18	1.81
82596331--82596634	27	11.3	27	91	0	475	24	20	20	34	1.96
82596341--82596632	161	1.8	162	95	0	532	25	20	19	34	1.96
82596313--82596638	134	2.4	134	89	0	499	25	20	19	34	1.96
82596623--82596831	27	7.8	27	78	9	171	31	8	20	40	1.81
82596341--82596721	161	2.4	161	87	4	502	27	17	19	35	1.94
82596654--82596831	54	3.3	53	84	4	198	29	7	20	42	1.79
82596341--82596775	161	2.7	161	85	4	488	27	16	19	36	1.93
82596355--82596775	81	5.2	81	81	8	310	27	15	20	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82596596--82596831	81	2.9	81	81	6	223	30	9	20	39	1.85
82596833--82597103	27	10.0	27	91	0	398	41	8	21	28	1.83
82597116--82597200	27	3.2	25	74	12	71	30	7	21	41	1.79
82598369--82598438	25	2.8	25	91	0	113	24	20	25	30	1.99
82598714--82598889	54	3.3	54	83	0	174	30	9	19	40	1.83
82598737--82598890	81	1.9	80	84	4	202	29	9	21	39	1.84
82598737--82598839	27	3.8	27	96	0	188	30	9	21	38	1.85
82598882--82598985	27	3.9	27	88	0	154	38	6	24	30	1.81
82598853--82599015	27	6.1	26	80	4	112	34	7	22	34	1.84
82598856--82599012	54	2.9	53	77	4	163	35	8	23	32	1.85
82598977--82599106	27	4.9	27	75	9	124	31	10	18	40	1.84
82615140--82615171	16	2.0	16	100	0	64	37	12	18	31	1.88
82620051--82620123	35	2.1	35	94	0	128	28	17	17	35	1.93
82631180--82631248	27	2.6	27	83	0	84	18	15	21	43	1.88
82638501--82638552	21	2.5	22	78	15	56	50	1	13	34	1.53
82639452--82639622	43	4.0	43	76	6	150	27	14	25	32	1.95
82645949--82646002	24	2.2	24	87	6	74	18	20	24	37	1.94
82648751--82648776	11	2.4	11	100	0	52	34	26	0	38	1.57
82649108--82649280	29	6.0	29	72	9	129	47	11	17	22	1.80
82649102--82649291	57	3.3	57	80	2	209	45	11	19	23	1.82
82674576--82674686	29	3.9	28	73	6	82	48	9	17	25	1.76
82674595--82674685	28	3.2	28	74	1	92	50	9	14	25	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82675397--82675725	162	2.0	162	98	0	631	35	15	12	36	1.86
82679481--82679588	20	5.5	19	75	6	83	39	17	7	35	1.78
82679732--82679798	23	2.9	23	84	6	73	34	17	23	23	1.96
82679741--82679928	23	8.0	23	71	20	97	37	19	20	23	1.94
82679787--82679903	47	2.5	47	85	0	162	40	18	18	22	1.92
82684194--82684263	24	2.9	24	80	6	79	35	14	24	25	1.93
82695890--82696139	27	9.3	27	81	3	254	26	15	16	41	1.88
82695890--82696139	80	3.1	80	86	5	335	26	15	16	41	1.88
82696468--82696513	24	1.9	24	90	0	74	17	21	19	41	1.90
82696480--82696515	18	2.1	17	94	5	63	19	22	16	41	1.90
82699988--82700347	27	13.3	27	84	1	443	26	14	18	41	1.88
82699988--82700347	81	4.4	81	90	2	562	26	14	18	41	1.88
82700677--82700743	18	3.7	18	92	4	109	23	22	14	38	1.92
82704115--82704147	9	3.7	9	84	15	50	81	0	0	18	0.68
82704113--82704147	18	1.9	18	94	0	61	82	0	0	17	0.66
82704457--82704495	19	2.1	19	85	0	51	12	2	30	53	1.52
82712247--82712396	43	3.5	42	84	3	201	27	15	24	33	1.95
82723511--82723594	41	2.0	42	81	11	100	35	14	27	22	1.93
82723603--82723726	53	2.3	55	81	5	155	33	20	24	21	1.97
82727472--82727512	19	2.2	19	100	0	82	36	29	12	21	1.90
82728446--82728488	21	2.1	21	86	4	61	25	4	20	48	1.69
82731819--82732050	49	4.7	49	82	3	293	28	27	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82731863--82731946	28	3.2	28	64	25	74	30	29	15	23	1.95
82731819--82732050	100	2.3	99	85	2	313	28	27	18	25	1.98
82735567--82735793	46	4.9	46	87	1	294	40	14	23	21	1.90
82746411--82746545	39	3.4	39	74	11	116	27	27	20	24	1.99
82747500--82747547	25	1.9	25	86	0	69	10	14	4	70	1.29
82748978--82749164	50	3.8	49	80	7	198	25	18	28	28	1.98
82750500--82750607	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
82752202--82752345	54	2.7	54	93	2	236	17	23	23	35	1.95
82752205--82752360	27	5.8	27	81	10	176	19	24	21	34	1.96
82752205--82752358	81	1.9	81	84	5	204	18	24	22	34	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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