Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
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          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   

This is table  241  of  320  ( 38372 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
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Matches
Percent
Indels
Score
A
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(0-2)
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Period
Size
Copy
Number
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Score
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Indices
Period
Size
Copy
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Score
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2
13
71
1.25
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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38
1.73
79336229--79336307
26
3.0
26
81
3
97
43
22
2
31
1.67
79336901--79337007
42
2.5
42
78
14
119
31
29
14
24
1.94
79337733--79338829
23
47.9
23
76
8
882
37
23
6
32
1.81
79337728--79338829
229
4.8
229
96
0
1972
37
23
6
32
1.81
79339614--79339682
33
2.1
33
100
0
138
57
5
10
26
1.53
79339866--79339910
25
1.9
24
82
13
58
64
6
2
26
1.30
79340320--79340367
17
2.8
17
87
6
62
70
2
0
27
0.98
79340303--79340365
19
3.2
19
77
20
60
68
1
0
30
0.99
79342090--79342599
205
2.5
205
91
0
806
28
20
19
31
1.97
79342530--79342666
41
3.2
41
69
20
127
34
24
14
27
1.94
79342500--79342688
87
2.2
86
86
6
290
30
23
15
30
1.95
79342819--79343094
44
6.3
44
73
10
224
27
24
17
30
1.97
79342792--79343094
132
2.3
132
90
1
464
27
23
16
32
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
79343570--79343594
11
2.3
11
100
0
50
32
0
0
68
0.90
79343640--79343688
8
6.4
8
85
4
57
28
0
2
69
1.00
79343653--79343711
7
8.4
7
75
14
50
20
0
3
76
0.93
79343644--79343693
22
2.3
22
89
0
73
24
0
2
74
0.93
79344291--79344354
7
9.0
7
75
3
56
46
26
3
23
1.67
79344288--79344338
15
3.5
15
78
5
59
47
29
1
21
1.62
79344474--79344520
23
2.1
22
84
11
60
17
0
31
51
1.46
79344465--79344520
23
2.4
24
77
19
57
17
0
32
50
1.47
79344552--79344686
41
3.3
40
85
4
171
20
25
22
31
1.98
79346717--79346748
12
2.6
13
90
9
50
90
0
9
0
0.45
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17
2.0
18
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5
63
85
2
11
0
0.69
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15
2.6
16
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7
59
59
2
7
30
1.37
79378432--79378513
25
3.3
25
81
13
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30
21
23
24
1.99
79378452--79378520
25
2.8
24
81
16
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28
24
23
23
1.99
79390052--79390107
26
2.2
26
100
0
112
30
7
26
35
1.83
79391430--79391462
18
1.9
17
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11
50
33
18
36
12
1.88
79391706--79391784
38
2.1
38
92
0
131
27
24
16
31
1.96
79391749--79391840
27
3.4
26
85
8
96
21
22
19
35
1.96
79394451--79394484
7
4.7
7
88
3
50
26
0
5
67
1.13
79401333--79401378
20
2.2
21
80
3
58
21
15
21
41
1.90
79408833--79408921
44
2.0
44
95
0
160
49
6
17
25
1.71
79409925--79409984
10
6.0
10
84
11
70
66
1
8
23
1.28
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
79411940--79412121
96
1.9
97
89
1
285
31
25
14
28
1.95
79414740--79414790
15
3.8
13
74
25
52
74
0
1
23
0.92
79414740--79414812
26
2.6
29
81
16
100
73
0
4
21
0.99
79414739--79414816
36
2.2
36
84
9
97
74
0
3
21
0.98
79420342--79420380
20
2.0
20
84
0
51
69
2
0
28
1.02
79421066--79421316
96
2.6
96
92
0
421
31
27
15
25
1.96
79423926--79423989
5
12.4
5
82
11
76
76
0
3
20
0.92
79423926--79423989
21
3.1
21
86
6
87
76
0
3
20
0.92
79429536--79429613
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1.9
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92
5
133
56
2
12
28
1.50
79430191--79430238
21
2.3
21
100
0
96
41
0
22
35
1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
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          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320