genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21581401--21581427	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
21583070--21583334	93	2.8	93	97	0	494	28	29	21	21	1.98
21583063--21583334	46	5.8	50	77	15	296	28	29	20	21	1.98
21587518--21587554	12	3.2	12	96	3	67	16	24	0	59	1.37
21590408--21590579	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
21590401--21590576	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
21600518--21600752	48	4.9	48	94	1	398	34	6	28	31	1.82
21600893--21601001	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
21602255--21602562	40	7.7	40	89	0	454	23	23	28	25	2.00
21602255--21602575	80	4.0	80	92	0	507	22	23	28	25	1.99
21602735--21602785	25	2.0	25	88	7	77	27	13	31	27	1.94
21606093--21606327	48	4.9	48	94	1	398	34	6	28	31	1.82
21611440--21611477	19	2.0	19	100	0	76	21	5	15	57	1.57
21611442--21611484	19	2.3	19	91	0	68	20	4	9	65	1.40
21615717--21615953	38	6.2	38	92	0	384	21	24	24	29	1.99
21621363--21621670	38	8.1	38	92	0	499	21	23	24	30	1.99
21627148--21627382	38	6.2	38	91	0	337	22	22	25	30	1.99
21627354--21627456	43	2.5	42	82	3	127	14	23	33	28	1.94
21631124--21631152	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
21642056--21642108	25	2.1	25	100	0	106	41	7	16	33	1.77
21657448--21657493	23	2.0	23	83	8	58	41	4	17	36	1.69
21657462--21657507	21	2.1	23	84	8	60	36	4	15	43	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21669229--21669435	67	3.1	64	76	10	195	32	16	28	22	1.96
21669733--21669885	28	5.6	27	73	12	132	30	15	28	25	1.96
21669815--21669918	28	3.7	27	78	10	95	29	21	25	23	1.99
21669728--21669892	54	3.0	56	85	5	246	30	16	27	24	1.96
21669728--21669920	56	3.5	56	83	7	180	31	17	27	24	1.97
21673770--21673946	96	1.8	96	91	0	291	25	25	20	28	1.99
21682640--21682810	93	1.8	93	92	0	288	28	28	20	22	1.98
21682632--21682807	46	3.8	46	77	12	198	29	28	19	22	1.98
21685174--21685215	15	2.8	15	81	0	57	54	16	19	9	1.69
21703547--21703587	12	3.7	12	75	18	52	24	2	34	39	1.69
21703544--21703587	21	2.1	21	100	0	88	22	4	34	38	1.75
21706637--21706704	20	3.4	20	70	0	64	48	16	26	8	1.75
21708635--21708674	19	2.1	19	95	0	71	32	12	15	40	1.84
21709562--21709824	130	2.0	130	99	0	517	23	22	28	25	1.99
21716609--21716645	19	1.9	19	94	0	65	32	13	16	37	1.87
21720265--21720382	42	2.8	42	91	5	186	28	15	25	30	1.96
21721278--21721322	24	2.0	22	90	4	63	24	2	24	48	1.62
21726067--21726264	53	3.7	54	83	6	215	22	23	18	35	1.95
21726255--21726413	47	3.4	47	94	0	273	26	25	13	34	1.93
21726300--21726553	142	1.8	140	80	8	309	23	24	18	34	1.96
21726297--21726557	47	5.6	47	79	6	176	24	24	17	33	1.96
21730606--21730755	42	3.5	42	84	5	187	28	17	24	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21731624--21731677	24	2.3	23	84	6	65	24	5	24	46	1.74
21733418--21733602	79	2.3	82	84	7	238	26	27	21	24	1.99
21733399--21733602	40	5.1	40	80	8	220	25	27	21	25	1.99
21741508--21741599	39	2.3	39	85	5	123	25	27	22	25	2.00
21741489--21741650	40	4.1	40	78	10	145	24	27	22	25	2.00
21746923--21746981	29	2.0	29	96	0	109	27	38	6	27	1.81
21753698--21753728	5	6.2	5	100	0	62	0	80	0	19	0.71
21760369--21760431	15	4.3	15	77	16	53	58	0	4	36	1.19
21760468--21760506	15	2.5	16	87	4	53	69	2	23	5	1.21
21761353--21761384	6	5.3	6	92	0	55	21	18	12	46	1.82
21764470--21764517	22	2.2	22	84	0	60	16	20	29	33	1.95
21764748--21764872	63	2.0	63	96	0	232	48	9	7	35	1.64
21769989--21770037	25	2.0	24	84	4	62	36	4	24	34	1.75
21770710--21770839	47	2.8	47	82	6	156	25	15	24	34	1.95
21772360--21772399	21	2.0	20	85	5	53	37	0	20	42	1.52
21773379--21773424	21	2.2	21	100	0	92	28	8	6	56	1.54
21777825--21777881	28	2.0	29	86	3	80	45	3	22	28	1.69
21777830--21777889	29	2.1	28	84	3	75	48	1	23	26	1.60
21778375--21778521	43	3.4	42	75	5	134	27	12	23	35	1.92
21778446--21778530	43	2.0	43	83	0	107	29	12	22	35	1.91
21789049--21789088	21	2.0	20	85	5	53	10	32	2	55	1.47
21789081--21789120	18	2.2	18	90	0	62	10	12	2	75	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21794020--21794328	46	6.7	47	86	5	357	20	24	15	39	1.91
21794020--21794326	137	2.2	136	84	4	402	20	24	15	40	1.91
21796490--21796526	20	1.9	20	88	5	58	51	8	0	40	1.32
21804326--21804682	47	7.6	46	72	16	216	23	28	19	28	1.98
21804326--21804684	94	3.8	94	80	8	349	23	28	19	28	1.98
21804322--21804684	141	2.6	136	78	9	349	23	28	19	28	1.98
21811935--21812392	47	9.7	47	74	13	327	22	29	20	28	1.98
21811936--21812392	94	4.9	95	79	7	456	22	29	20	28	1.98
21811936--21812389	189	2.4	187	79	8	480	22	29	19	28	1.98
21816807--21816970	43	3.9	42	81	6	170	27	15	26	31	1.96
21822139--21822352	27	7.9	27	89	0	320	29	22	7	40	1.82
21822142--21822578	27	16.2	27	81	4	202	35	22	8	33	1.84
21822139--21822381	81	3.0	81	84	3	301	30	22	7	39	1.82
21822281--21822661	54	7.0	54	74	7	245	38	20	8	32	1.83
21822345--21822551	80	2.6	81	83	3	240	40	21	9	28	1.84
21822331--21822663	27	12.3	27	77	3	231	39	21	8	30	1.83
21823455--21823530	20	3.9	20	86	8	104	36	10	19	32	1.86
21823475--21823530	11	5.5	11	75	16	66	37	12	19	30	1.89
21823580--21823701	25	4.8	25	94	1	199	25	21	23	29	1.99
21823846--21823937	42	2.2	42	92	0	148	27	13	22	36	1.91
21823961--21824039	31	2.5	31	95	0	140	26	16	26	30	1.97
21836868--21836920	26	2.0	26	85	7	72	37	18	15	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21838099--21838136	16	2.3	17	81	4	51	47	13	0	39	1.42
21843608--21843660	3	19.0	3	79	14	60	62	1	0	35	1.06
21843608--21843660	16	3.4	16	81	2	63	62	1	0	35	1.06
21843673--21843741	31	2.3	31	80	12	81	69	4	21	4	1.24
21844956--21845473	277	1.9	276	97	1	984	35	6	16	41	1.73
21845569--21845648	41	1.9	42	85	7	110	26	25	28	20	1.99
21848115--21848148	16	2.1	17	94	5	61	29	11	0	58	1.33
21853482--21853554	31	2.4	30	79	4	83	39	12	12	35	1.80
21861467--21861529	29	2.3	27	79	15	74	44	9	3	42	1.52
21861725--21861840	57	2.0	57	96	0	214	37	9	12	39	1.76
21864837--21864904	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
21864726--21865053	174	1.9	174	95	0	593	30	25	14	29	1.95
21865006--21865084	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
21872980--21873052	29	2.5	29	84	6	94	28	30	13	27	1.94
21872874--21873201	174	1.9	174	94	0	584	30	24	14	29	1.95
21873154--21873232	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
21879154--21879261	53	2.0	54	90	1	173	42	6	16	34	1.74
21893405--21893573	57	3.0	57	84	1	214	37	10	13	37	1.80
21896292--21896328	19	1.9	19	94	0	65	24	29	8	37	1.84
21911815--21911985	93	1.8	93	92	0	288	27	28	21	22	1.99
21911810--21911982	46	3.7	46	78	13	192	28	27	21	22	1.99
21914374--21914462	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21914374--21914456	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
21914385--21914462	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
21920599--21920732	67	2.0	67	100	0	268	47	7	14	29	1.72
21922017--21922128	44	2.5	44	92	4	190	27	14	28	29	1.95
21924410--21924533	27	4.6	27	91	0	203	28	19	10	41	1.84
21924376--21924505	54	2.4	54	84	5	147	31	20	9	38	1.84
21924511--21924785	27	10.2	27	78	7	220	40	21	8	29	1.83
21924430--21924560	54	2.4	54	83	0	163	31	22	9	37	1.85
21924403--21924559	81	1.9	81	84	0	206	31	19	9	39	1.84
21924511--21924863	54	6.5	54	75	6	230	39	20	9	30	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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