genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.191.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63338476--63338620	40	3.6	40	85	4	184	26	24	25	23	2.00
63340227--63340314	42	2.1	42	91	0	140	26	19	21	32	1.97
63345271--63345437	46	3.6	47	80	11	161	23	28	18	28	1.98
63345309--63345482	94	1.9	92	85	4	242	24	27	18	29	1.98
63351543--63351575	16	2.1	16	88	5	50	78	3	0	18	0.87
63354338--63354756	131	3.2	129	80	5	437	27	18	19	34	1.95
63357933--63357979	23	2.0	23	95	0	85	27	12	4	55	1.56
63365274--63365366	48	2.0	48	86	2	134	44	19	25	10	1.83
63380938--63381032	49	1.9	49	86	0	136	45	18	25	10	1.82
63381839--63382114	133	2.1	133	86	2	394	25	19	25	30	1.98
63387839--63387961	22	5.3	22	62	27	58	31	13	29	25	1.94
63387818--63388289	47	10.0	47	92	0	703	32	11	28	26	1.92
63388075--63388196	22	5.3	22	65	30	58	31	12	28	27	1.92
63389803--63390116	40	7.9	40	93	1	488	22	22	28	26	1.99
63390156--63390311	29	5.5	28	72	9	91	22	17	28	30	1.97
63390124--63390348	57	3.9	57	89	0	288	23	18	27	30	1.98
63390128--63390341	28	7.6	27	72	9	140	22	19	27	30	1.98
63390213--63390314	29	3.6	28	77	10	109	21	15	31	31	1.95
63391476--63391807	47	7.1	47	94	0	538	33	11	28	27	1.92
63391601--63391765	23	7.0	23	62	29	73	32	13	29	25	1.93
63392948--63393414	131	3.6	130	79	7	437	27	18	19	34	1.95
63393130--63393414	132	2.2	131	85	4	369	27	20	19	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63414065--63414215	27	5.6	27	86	1	185	24	15	29	30	1.96
63414064--63414215	55	2.8	55	85	2	191	24	16	28	30	1.96
63421939--63422089	27	5.6	27	86	1	185	24	15	29	30	1.96
63421938--63422089	55	2.8	55	85	2	191	24	16	28	30	1.96
63458003--63458180	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
63458004--63458159	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
63458000--63458180	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
63464047--63464215	40	4.2	40	83	1	187	24	21	30	23	1.99
63464047--63464251	79	2.6	80	79	4	202	25	20	30	22	1.99
63470441--63470556	43	2.7	42	78	6	126	24	18	28	29	1.98
63474475--63474525	26	2.0	26	96	3	95	27	5	11	54	1.59
63477069--63477121	26	2.0	26	100	0	106	30	15	15	39	1.87
63481779--63482095	46	6.7	48	74	15	200	23	29	19	27	1.98
63481780--63482095	94	3.3	95	74	14	282	23	29	19	27	1.98
63485629--63485756	47	2.6	49	86	6	172	23	32	19	25	1.98
63485627--63485851	46	4.8	47	77	12	173	24	30	19	25	1.98
63489426--63489851	47	9.1	47	93	0	665	32	9	30	28	1.88
63489970--63490048	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
63495337--63495369	16	2.1	16	100	0	66	12	12	45	30	1.78
63498262--63498431	93	1.8	93	93	2	297	29	28	20	21	1.98
63498253--63498433	46	3.9	46	75	13	183	29	29	19	21	1.98
63500829--63500903	15	5.0	15	74	6	62	54	14	18	12	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63503855--63504026	93	1.8	93	93	2	301	28	28	20	22	1.99
63503848--63504028	46	3.9	46	75	8	188	28	28	20	22	1.98
63506578--63506639	25	2.4	27	81	5	74	38	1	4	54	1.31
63506579--63506643	27	2.5	25	82	5	76	40	1	6	52	1.36
63508835--63508912	26	2.9	26	75	7	66	39	15	16	28	1.89
63512254--63512347	41	2.2	43	81	7	104	26	18	22	32	1.97
63518563--63518825	39	6.7	40	87	6	326	25	22	26	25	2.00
63522476--63522637	38	4.0	38	75	13	162	30	25	14	29	1.95
63522483--63522797	85	3.8	85	80	8	371	31	24	14	29	1.94
63522531--63522656	38	2.9	47	73	20	153	34	23	12	29	1.92
63522628--63522684	28	2.0	28	96	0	105	42	17	10	29	1.83
63522656--63522767	48	2.4	48	89	1	163	32	22	14	31	1.93
63530959--63531222	40	6.7	40	88	5	351	25	21	26	25	2.00
63530959--63531255	120	2.5	118	81	9	329	26	21	26	25	1.99
63539152--63539415	40	6.7	40	88	5	342	25	21	27	25	2.00
63539152--63539448	119	2.5	118	81	9	329	26	21	27	24	1.99
63552750--63552801	26	2.0	26	85	7	70	36	1	15	46	1.57
63563467--63563610	53	2.7	53	84	1	180	38	15	19	26	1.92
63563466--63563593	27	4.8	26	85	4	157	38	16	19	25	1.92
63563466--63563594	54	2.4	54	86	1	179	37	16	19	26	1.92
63563470--63563609	27	5.2	26	77	11	97	38	15	19	26	1.91
63568572--63568755	40	4.6	39	80	9	185	24	21	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63568625--63568778	79	1.9	79	82	7	188	25	19	27	27	1.99
63575776--63575960	40	4.7	40	80	7	200	24	22	27	25	2.00
63575829--63575983	79	2.0	79	83	7	199	25	20	27	25	1.99
63577571--63577737	43	3.9	44	75	16	154	26	25	20	26	1.99
63577566--63577732	86	1.9	87	82	10	209	26	26	20	25	1.99
63581013--63581087	28	2.7	27	81	2	87	29	21	20	29	1.98
63586817--63586895	27	2.9	27	76	0	86	24	17	20	37	1.93
63588808--63588840	14	2.5	14	90	9	52	21	9	27	42	1.83
63588809--63589239	50	8.5	50	76	3	355	25	16	25	31	1.97
63588857--63589242	101	3.8	101	75	1	281	25	17	25	30	1.98
63588852--63589242	151	2.6	151	85	0	530	25	17	26	30	1.97
63593635--63593702	33	2.1	33	97	0	127	29	23	16	30	1.96
63593678--63594093	48	8.7	48	77	5	369	25	28	18	26	1.98
63593678--63594103	96	4.4	96	83	2	464	26	28	18	26	1.98
63599817--63599863	24	2.0	24	95	0	85	36	0	38	25	1.56
63599817--63599876	24	2.5	23	86	10	77	36	0	38	25	1.56
63601269--63601380	27	4.2	27	81	10	106	16	22	22	39	1.92
63601320--63601380	28	2.3	26	88	8	95	13	21	22	42	1.87
63607631--63607695	24	2.7	24	92	0	103	36	0	36	26	1.57
63609125--63609217	27	3.4	27	80	7	98	16	23	22	37	1.93
63630664--63630751	46	1.9	46	88	4	133	18	34	21	26	1.96
63637932--63638107	47	3.7	47	73	10	153	22	28	18	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63638406--63638439	13	2.8	12	91	8	59	52	17	0	29	1.45
63638406--63638444	17	2.3	17	90	0	60	53	17	0	28	1.44
63643263--63643297	12	2.8	12	91	4	52	14	20	17	48	1.81
63650132--63650172	21	2.0	21	100	0	82	24	31	24	19	1.98
63650239--63650307	30	2.3	30	100	0	138	18	30	30	20	1.97
63651679--63651713	16	2.2	16	100	0	70	71	5	5	17	1.25
63660030--63660199	43	4.0	42	78	3	153	25	14	25	34	1.94
63663254--63663366	54	2.1	54	89	0	181	23	27	31	16	1.96
63663633--63663672	21	2.0	21	90	5	64	10	40	27	22	1.86
63667859--63667971	51	2.2	51	90	0	172	29	23	14	32	1.94
63679498--63679584	33	2.5	36	81	10	101	29	24	20	25	1.99
63682080--63682288	27	7.8	27	83	2	251	31	25	11	32	1.90
63682079--63682288	80	2.6	81	84	1	278	30	25	11	32	1.91
63682079--63682274	107	1.8	107	87	0	293	31	26	11	31	1.91
63698268--63698552	40	7.2	40	91	2	370	23	22	28	25	1.99
63698268--63698536	78	3.4	79	91	3	418	23	21	28	26	1.99
63698268--63698552	39	7.2	40	91	2	370	23	22	28	25	1.99
63706566--63706692	39	3.2	40	81	11	156	25	23	26	24	2.00
63712965--63713149	40	4.6	40	95	2	311	22	22	28	27	1.99
63712961--63713181	80	2.8	79	87	4	302	25	21	26	26	1.99
63719197--63719301	29	3.6	31	78	14	116	25	30	14	29	1.95
63719500--63719554	24	2.3	24	76	14	60	16	21	9	52	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63722168--63722223	26	2.2	26	90	0	85	30	25	23	21	1.99
63722348--63722401	27	2.0	28	82	7	67	31	16	20	31	1.95
63722544--63722596	17	3.1	17	100	0	106	11	49	28	11	1.73
63737835--63738142	47	6.6	45	72	11	169	26	21	30	21	1.98
63737835--63738151	94	3.4	94	76	8	315	26	21	30	21	1.98
63751074--63751131	30	1.9	30	89	6	91	20	32	27	18	1.97
63752168--63752512	47	7.3	47	93	1	564	28	29	8	33	1.87
63753689--63753731	18	2.4	18	77	14	52	46	6	9	37	1.63
63754201--63754380	28	6.6	27	93	2	270	27	13	27	31	1.94
63754201--63754380	55	3.3	55	92	1	281	27	13	27	31	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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