genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.221.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73810933--73811139	27	7.6	27	91	3	315	26	14	28	30	1.95
73810933--73811139	55	3.8	55	96	0	360	26	14	28	30	1.95
73819025--73819176	27	5.5	28	92	3	238	26	14	28	30	1.95
73819025--73819176	55	2.8	55	95	0	268	26	14	28	30	1.95
73822494--73823261	44	17.0	43	70	8	282	33	16	19	29	1.94
73822489--73822677	89	2.1	89	80	1	209	34	16	19	29	1.94
73822726--73822969	133	1.8	133	83	1	328	30	17	22	29	1.96
73822901--73823027	45	2.8	45	75	7	116	35	14	20	29	1.93
73822770--73823066	89	3.3	90	75	10	263	31	17	21	29	1.96
73822943--73823217	140	2.0	140	87	2	401	36	16	17	29	1.92
73823979--73824060	43	1.9	42	82	2	101	29	13	1	56	1.45
73824673--73824744	3	24.0	3	88	0	108	33	5	0	61	1.19
73827155--73827219	21	3.2	20	72	12	62	12	23	23	41	1.87
73827137--73827276	39	3.6	39	88	0	190	12	23	24	39	1.90
73827969--73828002	13	2.5	13	95	4	59	76	0	0	23	0.79
73834100--73834158	28	2.1	28	100	0	118	54	6	23	15	1.65
73834438--73834488	20	2.5	20	83	3	57	21	21	15	41	1.90
73834517--73834640	39	3.2	39	87	0	176	14	22	24	38	1.91
73835333--73835367	13	2.6	13	95	4	61	82	0	0	17	0.66
73841606--73841638	17	1.9	17	93	0	57	27	0	18	54	1.44
73845085--73845406	46	7.0	46	89	4	395	21	23	15	38	1.92
73845085--73845406	138	2.3	140	87	3	438	21	23	15	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73847561--73847612	11	4.7	11	76	9	52	63	3	0	32	1.12
73849277--73849324	21	2.3	21	85	7	62	33	52	2	12	1.51
73849517--73849569	26	2.0	26	82	13	65	26	15	22	35	1.93
73851050--73851156	26	4.2	26	85	2	153	34	24	7	33	1.83
73856048--73856072	12	2.1	12	100	0	50	16	52	24	8	1.70
73859209--73859316	26	4.2	25	84	7	144	34	23	8	34	1.85
73859209--73859316	52	2.1	52	92	3	182	34	23	8	34	1.85
73861042--73861066	13	1.9	13	100	0	50	36	16	0	48	1.46
73861172--73861213	20	2.1	20	100	0	84	26	23	21	28	1.99
73864946--73864985	20	2.0	20	85	9	55	2	17	25	55	1.55
73866887--73867188	40	7.6	40	89	3	387	27	28	20	24	1.99
73866887--73867188	79	3.8	79	88	2	374	27	28	20	24	1.99
73866885--73867188	119	2.5	119	85	3	387	27	28	20	24	1.99
73874876--73875178	40	7.6	40	89	2	387	27	28	20	24	1.99
73876697--73877206	44	11.7	43	74	9	320	24	21	22	30	1.99
73876697--73877030	87	3.8	87	93	2	544	24	23	23	29	1.99
73876696--73877073	174	2.2	172	87	4	528	25	22	22	29	1.99
73877358--73877863	88	5.8	88	91	0	809	26	22	21	28	1.99
73882146--73882194	19	2.5	20	80	6	57	40	12	20	26	1.87
73885532--73885571	20	2.0	20	85	9	55	2	17	25	55	1.55
73895773--73895808	16	2.1	16	90	10	54	44	0	0	55	0.99
73896850--73896898	18	2.7	18	78	15	55	40	0	6	53	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73896865--73896901	18	2.1	18	90	5	58	51	0	2	45	1.15
73897323--73897356	10	3.4	10	95	0	59	8	23	11	55	1.63
73898033--73898066	15	2.3	15	89	0	50	35	0	2	61	1.11
73898528--73898578	22	2.3	22	86	0	66	66	7	13	11	1.43
73899427--73899481	25	2.3	23	78	12	58	43	3	16	36	1.65
73899542--73899686	25	5.8	24	70	18	84	57	4	6	31	1.46
73899507--73899686	77	2.3	80	80	7	199	56	4	6	32	1.45
73899546--73899753	23	8.6	25	70	15	107	56	4	6	33	1.44
73900229--73900344	30	4.0	30	92	5	193	19	6	49	25	1.71
73900233--73900344	57	1.9	59	92	3	192	20	6	48	25	1.73
73900873--73900916	20	2.2	20	83	4	52	27	31	9	31	1.88
73900985--73901189	87	2.4	86	83	3	232	35	19	14	30	1.91
73901127--73901313	102	1.8	102	89	4	297	39	17	14	28	1.89
73901381--73901412	14	2.4	14	94	5	57	62	6	12	18	1.50
73901227--73901575	89	4.0	86	83	8	373	36	18	17	27	1.93
73901229--73901554	175	1.9	175	85	6	453	34	19	17	28	1.95
73901229--73901575	177	2.0	176	83	7	445	36	18	17	27	1.94
73901482--73902011	73	7.3	74	85	4	670	34	19	16	30	1.93
73901503--73902011	148	3.5	147	89	5	730	33	19	16	31	1.94
73902181--73902225	13	3.4	13	87	6	72	68	6	11	13	1.37
73902009--73902369	100	3.7	101	84	6	423	37	19	18	24	1.93
73902194--73902369	90	2.0	87	86	3	244	36	21	18	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73911374--73911593	110	2.0	110	98	0	422	46	8	21	23	1.78
73911926--73912143	39	5.5	39	92	1	321	18	22	28	29	1.98
73918329--73918475	25	5.9	25	72	12	106	56	4	7	31	1.48
73918296--73918474	76	2.3	80	79	6	197	56	4	6	32	1.45
73918411--73918542	23	5.6	25	73	12	100	55	3	6	35	1.40
73918491--73918542	24	2.2	23	83	10	61	59	0	3	36	1.16
73918823--73918861	16	2.4	16	86	0	51	43	28	5	23	1.75
73919054--73919107	18	3.3	18	66	28	57	22	7	48	22	1.75
73919080--73919137	18	3.6	17	68	27	54	18	5	50	25	1.68
73919021--73919199	30	6.0	30	93	1	272	20	5	46	26	1.72
73921242--73921280	19	2.0	20	85	5	53	33	5	5	56	1.43
73926999--73927132	43	3.1	44	92	3	218	26	18	33	21	1.96
73933167--73933559	9	42.6	9	70	12	172	38	1	12	47	1.52
73933220--73933590	96	3.8	96	82	7	490	38	2	12	46	1.54
73933143--73933356	114	1.9	114	84	5	290	38	1	13	47	1.51
73933143--73933462	114	2.8	113	79	8	283	38	1	12	47	1.51
73933167--73933590	203	2.1	203	99	0	834	38	1	12	47	1.52
73933406--73933590	87	2.1	87	84	7	234	38	2	11	47	1.53
73933664--73933693	15	2.0	15	100	0	60	53	0	0	46	1.00
73933821--73933980	70	2.3	70	94	4	279	60	4	6	29	1.41
73933909--73935020	274	4.0	279	96	2	2068	38	11	13	35	1.81
73935282--73935310	15	1.9	15	100	0	58	48	20	6	24	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73935511--73936062	183	3.0	183	98	0	1050	42	15	15	27	1.86
73936133--73936162	14	2.2	13	94	5	51	36	13	0	50	1.42
73938981--73939033	26	2.0	26	96	0	97	32	0	47	20	1.51
73938982--73939030	15	3.5	15	71	21	52	30	0	51	18	1.47
73939310--73939367	28	2.1	28	83	6	73	36	29	1	32	1.68
73939344--73939387	21	2.1	21	91	0	70	34	34	2	29	1.70
73939616--73939659	21	2.0	22	91	4	72	43	38	0	18	1.50
73939596--73939648	28	1.9	27	84	3	70	37	39	1	20	1.64
73939733--73939829	41	2.4	41	94	1	169	18	21	21	38	1.94
73941334--73941762	148	2.9	144	86	6	576	38	15	13	32	1.86
73946324--73946564	38	6.4	38	79	11	117	37	16	21	24	1.93
73946374--73947083	35	19.5	35	78	9	509	37	15	21	25	1.92
73946367--73947083	38	19.6	38	78	9	581	37	15	20	25	1.92
73958647--73958729	35	2.4	35	97	0	157	20	21	43	14	1.87
73959883--73959964	7	11.9	7	74	7	60	43	35	2	18	1.63
73960244--73961174	140	6.9	129	80	10	838	31	23	18	26	1.98
73960371--73961193	140	6.0	140	84	6	889	31	23	18	25	1.98
73960245--73961171	266	3.4	266	81	6	1074	31	23	18	26	1.98
73961303--73961436	25	5.3	23	76	14	106	58	5	5	29	1.44
73961262--73961435	27	6.5	25	77	11	152	59	5	4	29	1.41
73961396--73961466	33	2.2	32	82	9	83	61	4	5	28	1.37
73968796--73969377	44	12.7	44	72	10	299	29	19	17	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73968828--73968976	52	3.0	52	78	12	168	27	20	16	35	1.94
73968884--73969377	45	10.8	45	72	7	187	29	19	17	33	1.95
73968944--73969292	190	1.9	185	80	4	403	29	18	17	34	1.94
73975142--73975195	26	2.1	26	96	0	99	27	12	18	40	1.87
73979947--73980116	25	6.6	25	71	14	123	60	4	5	29	1.41
73979974--73980123	52	2.9	55	75	14	138	60	4	5	30	1.40
73980077--73980147	33	2.2	32	82	9	83	61	4	5	28	1.37
73997438--73997697	39	6.6	39	85	7	289	24	27	22	25	2.00
74001923--74002030	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
74003477--74003539	26	2.4	26	84	7	74	31	23	14	30	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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