genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.258.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84116170--84116204	14	2.5	14	90	0	52	65	2	11	20	1.37
84116105--84116348	91	2.7	92	84	10	329	35	20	16	27	1.94
84116262--84116293	14	2.3	14	94	0	55	65	6	15	12	1.44
84116087--84116721	89	7.1	89	71	13	371	37	19	16	27	1.93
84116367--84116393	14	1.9	14	100	0	54	51	11	14	22	1.73
84116262--84116459	102	1.9	102	83	0	252	40	17	17	24	1.91
84116462--84116721	88	3.0	85	85	6	324	36	19	16	27	1.93
84117577--84117657	42	1.9	43	85	5	112	13	23	13	49	1.78
84137936--84137983	21	2.1	22	81	11	53	56	0	35	8	1.30
84150339--84150668	129	2.6	127	83	4	387	35	20	18	26	1.95
84151401--84151433	15	2.2	15	94	0	57	63	9	0	27	1.24
84159744--84160016	92	3.0	92	90	0	420	21	24	14	39	1.90
84159744--84160016	46	5.9	46	89	0	368	21	24	14	39	1.90
84162122--84162189	29	2.3	30	87	5	93	29	17	5	47	1.71
84162537--84162610	33	2.2	33	92	0	121	25	32	31	10	1.90
84168928--84168987	30	2.0	30	90	6	95	31	25	6	36	1.82
84172687--84172734	22	2.2	22	84	0	60	54	6	10	29	1.59
84172720--84172846	57	2.3	55	80	8	139	62	2	7	27	1.33
84172727--84172832	29	3.7	28	75	7	97	62	2	5	29	1.32
84172913--84172965	27	1.9	28	92	3	90	69	1	1	26	1.09
84173985--84174016	13	2.4	14	94	5	57	0	25	18	56	1.42
84174554--84175260	44	15.6	44	76	10	498	27	22	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84174552--84175172	234	2.7	225	81	9	661	28	22	18	30	1.97
84174725--84175127	183	2.2	183	83	8	516	28	23	17	30	1.97
84175322--84175418	46	2.1	45	90	3	158	26	23	14	35	1.93
84181611--84181757	26	5.7	26	73	18	119	59	4	7	27	1.45
84181605--84181790	27	6.8	28	69	18	92	59	5	6	28	1.44
84182939--84182970	13	2.4	14	94	5	57	0	25	18	56	1.42
84193018--84193060	20	2.3	18	84	8	50	23	0	9	67	1.19
84197400--84197433	13	2.6	13	90	0	50	50	0	2	47	1.16
84209478--84209694	40	5.4	40	96	0	389	22	19	30	28	1.98
84213970--84213996	10	2.7	10	100	0	54	0	51	7	40	1.30
84219646--84219678	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
84220799--84220857	31	1.9	31	85	0	82	40	11	11	35	1.79
84221479--84221515	15	2.5	15	95	4	67	67	5	10	16	1.38
84227574--84227622	20	2.3	21	86	6	64	38	0	2	59	1.09
84227581--84227655	28	2.7	28	72	2	71	44	2	1	52	1.23
84227628--84227713	39	2.2	38	79	2	100	41	5	1	51	1.33
84234548--84234585	18	2.2	18	86	9	53	68	0	7	23	1.16
84242836--84242955	51	2.4	51	86	0	168	56	4	2	36	1.32
84248354--84248424	31	2.3	33	81	13	80	49	2	0	47	1.16
84252330--84252379	21	2.4	21	75	0	55	38	26	8	28	1.84
84252376--84252427	27	1.9	27	92	0	86	15	3	38	42	1.65
84252525--84252563	21	1.9	20	84	5	51	17	5	33	43	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84254071--84254116	22	2.0	23	83	4	58	32	2	4	60	1.28
84255404--84255536	39	3.3	39	73	8	115	32	22	20	24	1.98
84255956--84255990	15	2.4	14	95	4	61	20	0	31	48	1.50
84255951--84255995	22	2.0	22	82	0	54	22	0	31	46	1.52
84256029--84256060	7	4.6	7	96	0	55	25	0	43	31	1.55
84256227--84256271	7	6.4	7	84	0	54	22	0	26	51	1.49
84256235--84256280	21	2.2	21	88	0	65	23	0	30	45	1.53
84256651--84256704	22	2.7	19	74	23	56	68	5	0	25	1.11
84256810--84256852	20	2.2	18	88	12	59	74	0	4	20	1.00
84262171--84262270	42	2.3	43	81	5	114	25	17	24	34	1.96
84264566--84264611	18	2.4	20	82	7	60	76	2	2	19	1.00
84264681--84264721	12	3.4	12	86	6	57	68	0	7	24	1.15
84266595--84267029	44	9.7	44	75	5	316	29	20	17	33	1.95
84266595--84267028	89	4.8	88	76	6	350	29	20	17	33	1.95
84266594--84267027	133	3.2	134	78	7	448	29	20	17	33	1.95
84267048--84267164	58	2.0	58	94	0	207	20	19	18	41	1.91
84272608--84273039	44	9.6	44	71	8	210	28	19	18	33	1.95
84275044--84275117	37	2.0	37	97	0	139	29	20	10	39	1.86
84280434--84280473	14	2.7	15	88	11	57	37	0	5	57	1.21
84285029--84285080	23	2.3	23	90	6	79	34	13	9	42	1.77
84289482--84289533	23	2.3	23	90	6	79	34	13	9	42	1.77
84290691--84290725	18	2.0	18	88	5	54	34	0	5	60	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84292838--84292880	15	2.8	16	82	3	52	41	2	2	53	1.26
84292879--84292922	22	2.0	21	82	4	52	65	2	2	29	1.16
84294417--84294471	23	2.5	20	73	18	56	60	0	1	38	1.08
84294460--84294525	26	2.6	27	81	13	77	60	1	3	34	1.21
84296388--84296451	30	2.1	30	82	11	76	48	4	1	45	1.32
84299637--84299676	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
84302901--84303052	77	2.0	77	90	2	243	24	21	24	29	1.99
84303551--84303616	18	3.7	18	79	4	71	30	21	22	25	1.99
84305663--84305696	16	2.1	16	88	0	50	41	2	20	35	1.68
84307649--84307785	69	2.0	69	95	0	247	42	5	7	44	1.56
84308091--84308119	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
84308593--84308657	24	2.7	24	78	0	67	27	3	6	63	1.33
84313434--84313550	41	2.9	41	87	2	155	27	29	19	23	1.98
84313778--84314122	27	12.9	27	75	9	143	31	9	17	40	1.82
84313907--84314070	54	3.1	54	84	2	197	29	7	21	41	1.81
84314065--84314122	26	2.2	27	90	3	91	36	10	13	39	1.79
84314104--84314186	27	3.1	27	78	0	85	31	19	15	33	1.93
84317153--84317234	41	2.0	41	95	0	146	26	31	21	19	1.97
84317483--84317541	27	2.2	27	84	0	73	35	13	16	33	1.88
84317499--84317709	27	7.8	26	77	10	169	31	8	17	42	1.79
84317501--84317765	54	4.9	54	74	10	213	30	8	18	42	1.80
84317608--84317734	27	4.7	26	77	13	132	28	7	20	44	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84317610--84317777	27	6.3	27	78	6	119	29	8	20	41	1.81
84317479--84317760	81	3.5	81	76	8	263	30	9	17	41	1.82
84317727--84317785	26	2.2	27	93	3	102	32	10	20	37	1.86
84319648--84319692	21	2.1	21	95	0	81	28	6	17	46	1.73
84322314--84322418	28	3.8	28	94	0	165	36	20	24	18	1.95
84323641--84323703	25	2.5	25	80	10	67	65	0	30	4	1.13
84326499--84326553	25	2.2	25	87	6	76	25	25	14	34	1.94
84326506--84326567	25	2.5	25	89	5	90	24	22	19	33	1.97
84327805--84327897	40	2.4	39	80	10	100	29	17	25	27	1.97
84328933--84329149	46	4.7	47	86	4	257	18	23	15	41	1.89
84330968--84331015	11	4.2	11	79	10	51	62	2	0	35	1.07
84333814--84333861	21	2.3	21	85	0	60	18	39	27	14	1.90
84335005--84335066	31	2.0	31	96	0	115	41	4	24	29	1.75
84354971--84355001	10	3.1	10	100	0	62	12	29	0	58	1.35
84356896--84356940	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
84359514--84359845	50	7.2	44	69	18	156	34	18	17	28	1.94
84359664--84359845	44	4.0	44	70	17	104	34	19	18	28	1.95
84359508--84360558	94	11.2	94	78	5	702	34	18	18	28	1.95
84360042--84360637	94	6.4	94	78	6	309	34	16	19	29	1.94
84360867--84360908	13	3.3	13	83	12	52	80	14	0	4	0.86
84363160--84363193	17	2.0	17	100	0	68	41	17	23	17	1.90
84373500--84373552	24	2.2	24	89	0	79	52	7	3	35	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84375640--84375693	25	2.2	25	83	6	65	18	27	16	37	1.93
84378185--84378236	24	2.2	24	82	6	61	53	7	3	34	1.48
84381114--84381149	19	1.9	19	88	5	56	55	2	2	38	1.29
84381189--84381242	17	3.2	17	78	0	63	61	1	1	35	1.18
84381178--84381242	34	1.9	34	90	0	103	58	1	1	38	1.17
84384289--84384342	21	2.6	21	78	0	63	48	20	11	20	1.80
84390522--84390562	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
84402683--84402751	32	2.2	32	94	0	120	18	18	39	23	1.93
84402734--84402769	18	2.0	18	100	0	72	22	22	33	22	1.97
84405945--84406027	33	2.5	33	83	12	93	39	10	13	36	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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