genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.46.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13230102--13230225	46	2.8	46	91	3	200	33	16	22	27	1.96
13240888--13240924	19	1.9	19	89	10	58	21	0	0	78	0.75
13240882--13240932	5	10.0	5	76	19	52	21	0	0	78	0.75
13240882--13240931	11	4.8	11	81	18	63	20	0	0	80	0.72
13241847--13242076	118	1.9	118	86	1	327	24	17	28	29	1.97
13242203--13242245	17	2.5	17	84	0	59	83	2	9	4	0.87
13243133--13243308	37	4.8	37	96	0	298	39	13	21	26	1.90
13243271--13243394	46	2.8	46	91	3	200	33	16	22	27	1.96
13250338--13250513	37	4.8	37	96	0	298	39	13	21	26	1.90
13250476--13250599	46	2.8	46	91	3	200	33	16	22	27	1.96
13257826--13257872	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
13264338--13264449	45	2.5	45	78	7	129	37	16	22	24	1.93
13264847--13264886	13	2.8	15	77	14	57	57	0	7	35	1.27
13265814--13265891	36	2.2	36	97	2	149	42	5	24	28	1.76
13266322--13266374	20	2.6	21	82	11	65	18	18	15	47	1.83
13266349--13266429	42	1.9	42	84	0	108	23	22	11	43	1.85
13266357--13266433	21	3.7	20	68	16	57	22	20	12	44	1.86
13266351--13266463	42	2.7	42	79	5	104	23	25	11	38	1.89
13267505--13267653	73	2.0	73	90	0	235	34	5	18	40	1.74
13270111--13270150	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
13270776--13270854	39	2.0	39	97	0	149	48	3	17	30	1.65
13278698--13278730	16	2.1	16	88	11	50	27	6	9	57	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13291645--13291683	18	2.2	18	85	0	51	30	33	0	35	1.58
13294422--13294542	64	1.9	64	84	3	163	33	25	12	28	1.92
13296400--13296458	18	3.2	17	77	20	57	40	0	5	54	1.23
13296760--13296802	21	2.0	21	90	0	68	39	23	11	25	1.88
13297565--13297598	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
13299800--13299828	5	5.8	5	100	0	58	17	0	0	82	0.66
13300438--13300472	18	1.9	18	94	0	61	57	0	0	42	0.99
13300662--13300688	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
13301613--13301800	43	4.4	43	88	2	261	36	14	18	29	1.91
13301768--13301938	35	4.7	35	76	13	173	38	15	16	29	1.90
13301724--13301935	113	1.9	113	94	0	379	37	16	16	29	1.91
13301986--13302059	38	1.9	38	88	0	112	37	20	13	28	1.90
13309147--13309240	43	2.2	43	88	3	145	42	19	14	23	1.88
13310636--13310677	21	2.0	21	86	9	59	45	16	9	28	1.79
13312466--13312510	19	2.4	19	81	11	65	28	4	0	66	1.11
13312466--13312516	19	2.7	19	78	6	59	29	3	0	66	1.09
13312825--13312894	37	1.9	36	82	8	88	68	8	2	20	1.29
13312870--13312949	11	7.9	11	70	20	50	63	10	0	26	1.25
13312870--13312915	11	4.3	11	78	15	51	69	10	0	19	1.17
13315218--13315300	41	2.0	41	97	0	157	38	13	14	33	1.85
13317627--13317651	12	2.1	12	100	0	50	0	20	0	80	0.72
13327180--13327266	22	4.0	22	88	8	115	18	24	18	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13328952--13329016	26	2.5	26	80	10	69	27	13	26	32	1.94
13333062--13333128	35	1.9	35	100	0	134	38	17	11	31	1.87
13336591--13336647	30	1.9	30	92	0	96	29	24	5	40	1.77
13339656--13339691	19	1.9	19	88	5	56	44	11	0	44	1.39
13344364--13344424	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
13345673--13345706	15	2.4	14	90	5	50	61	5	11	20	1.50
13351007--13351081	26	2.9	26	100	0	150	42	4	21	32	1.71
13352140--13352178	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
13352404--13352501	23	4.3	23	90	2	162	20	21	26	31	1.98
13352406--13352494	45	2.0	45	95	0	160	19	22	26	31	1.97
13356236--13356302	22	3.0	22	82	8	91	17	26	16	38	1.91
13358674--13358704	14	2.2	14	94	0	53	38	9	19	32	1.84
13359115--13359213	27	3.6	27	70	20	96	13	14	21	51	1.75
13361284--13361338	26	2.1	26	83	6	67	41	12	7	38	1.71
13361293--13361351	26	2.3	26	93	0	100	33	13	10	42	1.78
13361672--13361748	14	5.0	15	71	20	52	42	15	9	32	1.78
13361688--13361727	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
13361676--13361742	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
13361711--13361750	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
13363934--13363965	7	4.6	7	100	0	64	56	0	0	43	0.99
13364474--13364528	22	2.5	22	93	3	92	54	12	1	30	1.48
13367080--13367154	26	2.9	26	80	4	62	21	20	18	40	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13367231--13367292	24	2.6	24	80	10	72	16	22	19	41	1.89
13367106--13367288	73	2.5	74	71	12	169	20	22	20	36	1.95
13372610--13372764	77	2.0	77	100	0	310	28	11	25	34	1.91
13376779--13376915	46	3.0	46	90	0	211	26	30	8	34	1.87
13376889--13377126	47	5.1	47	90	1	325	26	28	10	34	1.89
13377649--13377676	9	3.1	9	100	0	56	21	32	10	35	1.88
13379504--13379549	19	2.3	21	85	14	62	71	2	2	23	1.08
13379512--13379549	21	1.9	20	89	10	60	73	2	0	23	0.95
13379545--13379573	14	2.1	14	93	6	51	62	13	10	13	1.55
13379990--13380034	25	1.9	23	82	13	56	35	6	0	57	1.25
13384244--13384538	72	3.9	72	86	7	385	31	16	18	33	1.93
13384384--13384538	84	1.8	85	92	1	267	30	16	18	34	1.94
13384481--13384595	57	2.0	57	94	0	203	33	16	20	29	1.95
13384537--13384904	72	5.0	72	88	4	466	31	16	19	33	1.93
13384541--13384949	144	2.7	146	84	7	484	32	15	18	33	1.93
13384538--13384949	72	5.5	73	85	5	425	31	15	18	33	1.92
13385476--13385530	15	3.6	15	88	11	85	63	14	5	16	1.48
13386067--13386100	16	2.2	16	89	5	52	50	8	11	29	1.69
13386326--13386358	17	1.9	17	88	11	50	33	9	3	54	1.47
13386489--13386514	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
13396299--13396593	72	3.9	74	84	7	357	32	15	17	34	1.91
13396439--13396593	84	1.8	85	90	1	249	30	14	18	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13396536--13396650	57	2.0	57	96	0	212	33	16	20	28	1.95
13396524--13396871	144	2.5	130	84	9	410	33	16	18	32	1.93
13396598--13397036	72	5.9	74	88	3	526	33	16	18	31	1.93
13396897--13397114	78	2.8	78	83	8	209	30	16	20	32	1.95
13397610--13397662	15	3.5	15	92	2	88	64	13	5	16	1.47
13398190--13398223	16	2.2	16	89	5	52	50	8	11	29	1.69
13402310--13402396	27	3.2	27	90	0	129	29	24	6	39	1.81
13402389--13402625	27	8.8	26	83	6	208	39	20	11	29	1.87
13402378--13402555	81	2.2	80	84	5	241	39	20	8	32	1.82
13402389--13402555	54	3.1	55	87	5	243	40	19	8	31	1.81
13402558--13402800	27	9.0	27	87	0	326	35	18	20	25	1.95
13405731--13405802	25	3.0	24	81	6	74	30	23	20	25	1.99
13411236--13412051	177	4.7	177	86	4	1100	31	18	22	26	1.97
13411236--13412051	341	2.3	345	87	3	1111	31	18	22	26	1.97
13417282--13417340	21	2.8	21	94	0	100	25	15	28	30	1.96
13418613--13418652	21	1.9	21	90	10	64	30	22	17	30	1.97
13427761--13427993	116	2.0	116	99	0	457	40	12	20	27	1.87
13429424--13429456	17	2.0	17	88	5	50	33	15	3	48	1.60
13429742--13430014	92	3.0	92	89	1	395	19	24	14	41	1.89
13429742--13430014	46	5.9	46	89	0	359	19	24	14	41	1.89
13438484--13438612	66	2.0	66	88	0	195	37	16	17	27	1.91
13451367--13451411	17	2.6	18	79	10	58	26	8	0	64	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13453060--13453091	15	2.1	15	94	0	55	9	9	0	81	0.88
13455532--13455575	18	2.2	20	80	19	65	43	13	9	34	1.76
13455540--13455575	18	2.0	18	100	0	72	44	16	5	33	1.71
13456496--13456525	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
13457917--13457977	29	2.1	29	96	0	113	47	8	8	36	1.63
13467918--13467981	29	2.2	29	88	0	92	51	14	12	21	1.75
13474211--13474275	24	2.7	24	90	0	94	29	16	32	21	1.96
13474733--13474776	21	2.1	21	91	0	70	54	11	11	22	1.68
13474799--13474849	21	2.4	22	90	6	79	56	11	7	23	1.61
13485133--13485179	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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