genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.173.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57195821--57195976	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
57211245--57211422	27	6.6	27	81	5	171	29	28	15	26	1.96
57211271--57211421	82	1.9	81	88	4	232	29	28	15	26	1.96
57211905--57211938	2	17.0	2	87	0	50	47	2	2	47	1.32
57214623--57214834	46	4.6	46	76	12	177	22	30	18	27	1.98
57217325--57217394	36	1.9	36	94	0	122	37	17	8	37	1.80
57225857--57226119	140	1.9	140	97	0	499	20	20	26	32	1.97
57227805--57227856	20	2.6	20	76	11	61	34	15	1	48	1.56
57231173--57231202	15	2.0	15	100	0	60	53	13	13	20	1.72
57235734--57235990	55	4.8	55	78	10	261	36	17	25	21	1.94
57238760--57238802	21	2.0	21	95	0	77	20	32	23	23	1.98
57244888--57245032	40	3.6	40	85	4	184	25	24	25	24	2.00
57249918--57250007	45	2.0	45	84	4	119	23	16	28	31	1.96
57252818--57253082	40	6.7	40	84	5	277	26	27	21	25	1.99
57252785--57253082	80	3.7	80	78	9	254	25	27	21	26	1.99
57253014--57253091	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
57263233--57263375	40	3.5	40	80	4	153	26	25	25	23	2.00
57284849--57285055	47	4.5	47	76	12	155	26	30	16	26	1.97
57288409--57288589	40	4.6	40	85	2	240	25	22	24	26	2.00
57288816--57288857	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
57293303--57293533	40	5.8	40	90	2	331	23	23	28	23	2.00
57299982--57300162	40	4.6	40	88	2	267	24	23	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57300390--57300431	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
57307713--57307742	16	1.9	16	93	6	53	80	0	6	13	0.91
57317077--57317110	17	2.0	17	88	0	50	17	14	32	35	1.91
57324824--57324862	14	2.5	17	80	19	50	46	0	25	28	1.53
57328914--57328946	14	2.3	15	89	5	50	36	9	18	36	1.82
57331979--57332011	15	2.1	16	88	5	50	51	0	15	33	1.43
57333355--57333409	28	2.0	28	82	7	67	38	1	23	36	1.66
57338404--57338441	17	2.3	17	86	13	53	5	7	31	55	1.51
57343598--57343820	119	1.9	120	84	6	301	25	27	22	24	2.00
57343596--57343820	40	5.7	40	85	6	287	25	28	22	24	2.00
57351533--57351757	40	5.7	40	86	5	278	25	28	22	24	2.00
57351535--57351757	119	1.9	120	84	6	301	25	27	22	24	2.00
57364904--57365077	48	3.6	48	83	1	224	27	18	29	24	1.98
57369426--57369549	50	2.5	51	91	1	196	34	17	22	25	1.96
57369527--57369642	31	3.7	31	81	0	142	26	18	26	28	1.98
57369711--57369883	48	3.7	47	89	7	259	27	15	27	29	1.96
57369756--57369901	42	3.3	42	84	9	161	29	14	27	28	1.95
57369807--57369917	42	2.7	41	85	5	134	32	15	24	27	1.95
57370735--57370897	75	2.2	75	88	0	236	25	20	28	25	1.99
57373667--57373877	40	5.3	40	90	2	266	25	28	21	25	1.99
57373667--57373931	80	3.3	80	80	7	229	25	28	21	25	1.99
57373703--57373931	120	1.9	121	79	7	261	25	28	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57376230--57376380	57	2.6	56	79	9	155	31	22	17	27	1.97
57376921--57376965	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
57387271--57387316	20	2.3	20	96	0	83	4	50	2	43	1.34
57392791--57392824	16	2.1	17	88	5	52	38	5	20	35	1.77
57402487--57402742	40	6.5	40	88	4	335	24	27	23	24	2.00
57402520--57402746	40	5.7	40	89	5	345	25	27	22	24	2.00
57410649--57410876	40	5.7	40	90	3	343	24	27	22	25	2.00
57410616--57410872	80	3.2	79	88	3	340	23	27	22	26	2.00
57419500--57419575	23	3.2	25	62	24	63	31	13	31	23	1.93
57419520--57419594	23	3.2	23	62	23	57	29	10	32	28	1.90
57419593--57419667	22	3.3	22	65	17	62	36	13	26	24	1.92
57419422--57419710	47	6.1	47	89	3	371	34	10	28	26	1.90
57419684--57419819	46	3.0	46	86	2	184	36	8	30	25	1.85
57426395--57426473	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
57426592--57426867	47	5.6	47	86	8	347	28	30	9	32	1.88
57426643--57426727	25	3.2	25	67	28	68	31	29	5	32	1.81
57430280--57430474	40	4.9	40	83	3	189	25	27	23	24	2.00
57430779--57430857	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
57430839--57430941	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
57432804--57432882	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
57433001--57433276	47	5.6	47	86	7	345	28	30	9	32	1.88
57433052--57433136	25	3.2	25	67	28	68	31	29	5	32	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57438130--57438198	34	2.0	34	100	0	138	39	11	17	31	1.85
57440581--57440606	11	2.4	11	100	0	52	15	23	30	30	1.95
57444610--57444750	20	7.1	20	69	13	67	35	18	9	36	1.83
57444613--57444711	40	2.5	40	93	0	162	34	20	10	35	1.86
57444884--57445000	23	5.0	23	70	16	71	31	17	25	25	1.97
57456703--57456776	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
57466630--57466722	27	3.4	27	72	0	87	38	18	21	21	1.93
57466709--57466771	22	2.9	22	82	0	81	38	22	20	19	1.94
57467125--57467456	27	12.3	27	79	9	173	29	10	20	39	1.86
57467138--57467465	54	6.1	54	84	9	386	29	10	21	38	1.86
57467139--57467461	81	4.0	81	83	7	399	29	10	21	39	1.86
57467165--57467465	27	11.1	27	82	9	332	29	9	21	38	1.86
57469142--57469313	46	3.7	46	76	13	181	30	28	19	22	1.98
57470861--57470979	59	2.0	59	98	0	229	39	26	12	21	1.89
57471481--57471505	6	4.2	6	100	0	50	84	0	16	0	0.63
57475429--57475604	92	1.9	92	83	4	228	26	28	16	27	1.97
57477645--57477815	86	2.0	86	82	4	211	39	20	7	33	1.80
57477836--57477882	19	2.4	19	89	3	67	48	2	2	46	1.25
57477873--57477908	17	2.1	18	89	5	56	52	0	0	47	1.00
57477939--57477977	10	3.9	10	83	10	53	61	0	0	38	0.96
57478177--57478262	9	9.2	10	74	14	60	32	2	1	63	1.14
57478168--57478262	19	5.1	18	75	16	77	34	2	1	62	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57478168--57478236	27	2.5	27	79	9	86	33	1	1	63	1.12
57478238--57478290	26	2.0	28	85	7	74	41	0	1	56	1.10
57478220--57478320	46	2.2	46	81	8	109	37	1	1	58	1.21
57478347--57478634	90	3.1	95	81	11	335	31	10	21	37	1.86
57478461--57478668	90	2.3	88	88	3	301	31	9	21	37	1.86
57489520--57489666	76	1.9	77	91	4	242	30	14	14	40	1.86
57491469--57491530	31	2.0	31	87	3	90	41	3	1	53	1.27
57491111--57491541	139	3.0	143	80	10	504	44	3	9	42	1.54
57492706--57492811	53	2.0	53	98	0	203	33	8	16	40	1.79
57492724--57492810	27	3.3	27	64	15	72	34	9	13	42	1.77
57493613--57493651	14	2.8	14	96	0	69	38	0	28	33	1.57
57495152--57495289	40	3.5	40	94	3	226	23	23	28	23	1.99
57504333--57504499	39	4.3	39	91	0	244	21	25	19	32	1.97
57514370--57514555	40	4.7	40	86	5	225	26	27	21	24	1.99
57515685--57515804	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
57522277--57522369	40	2.3	40	88	3	134	26	29	20	23	1.99
57523548--57523667	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
57526172--57526241	30	2.3	30	87	0	104	21	25	32	20	1.97
57527324--57527370	10	4.6	10	85	12	51	34	0	4	61	1.15
57529751--57529803	29	1.9	28	85	11	74	39	3	24	32	1.73
57530355--57530509	43	3.6	42	80	6	134	22	18	27	30	1.97
57530353--57530503	42	3.5	43	74	11	132	23	19	26	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57531773--57531890	55	2.1	54	80	7	130	22	22	32	22	1.98
57531921--57532017	42	2.3	42	94	0	176	16	26	34	22	1.95
57537206--57537315	44	2.6	42	82	4	130	21	18	29	30	1.97
57541830--57541860	12	2.6	12	89	0	53	90	0	9	0	0.46
57543014--57543038	11	2.3	11	100	0	50	36	0	20	44	1.52
57544153--57544266	45	2.5	45	92	0	183	14	35	7	42	1.74
57544153--57544302	45	3.3	45	84	3	140	13	35	8	43	1.73
57545117--57545218	37	2.8	37	92	0	168	26	29	18	25	1.98
57545335--57545551	47	4.6	47	92	2	353	29	30	7	32	1.86
57545335--57545551	96	2.3	94	92	1	353	29	30	7	32	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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