genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.170.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56118463--56118579	43	2.8	41	76	7	108	31	23	15	29	1.95
56129424--56129503	23	3.5	23	94	0	142	12	28	33	25	1.92
56144057--56144232	67	2.6	65	79	9	178	32	15	28	22	1.95
56148549--56148599	26	2.0	26	92	7	86	17	15	19	47	1.83
56162029--56162111	28	3.0	28	90	0	139	21	28	21	27	1.99
56162085--56162301	46	4.7	46	76	8	185	23	29	20	26	1.99
56162083--56162299	93	2.4	89	78	10	224	23	29	20	27	1.99
56165806--56165851	22	2.1	22	100	0	92	36	8	8	45	1.66
56167734--56167766	17	1.9	18	88	11	52	42	12	0	45	1.41
56173739--56173993	55	4.8	54	79	11	253	21	25	16	36	1.94
56179252--56179424	46	3.7	46	80	10	199	28	27	21	22	1.99
56179260--56179430	93	1.8	93	89	0	270	28	26	22	22	1.99
56179303--56179446	46	3.1	45	71	18	118	29	25	20	24	1.99
56180786--56180815	15	2.0	15	100	0	60	20	13	13	53	1.72
56184131--56184182	20	2.6	20	76	11	61	48	1	15	34	1.56
56188677--56188771	44	2.2	42	88	7	138	25	17	24	32	1.97
56188677--56188820	43	3.4	41	80	8	137	25	18	24	31	1.97
56188677--56188815	42	3.2	42	80	7	120	25	17	24	31	1.97
56198730--56198759	12	2.5	12	94	0	51	23	40	30	6	1.80
56202272--56202436	47	3.6	46	79	13	171	27	18	30	23	1.98
56209625--56209800	46	3.8	45	79	10	203	21	20	29	28	1.98
56209622--56209792	93	1.8	93	93	0	297	21	21	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56218296--56218403	47	2.3	47	93	0	180	34	11	27	26	1.90
56218391--56218416	13	2.0	13	100	0	52	30	0	30	38	1.58
56218344--56218463	60	2.0	60	96	0	222	32	10	29	27	1.91
56218404--56218503	47	2.1	47	92	0	164	32	9	31	28	1.88
56218297--56218503	107	1.9	107	92	0	342	32	10	29	27	1.89
56218489--56218608	48	2.5	48	95	0	222	35	5	26	31	1.80
56218741--56218843	37	2.8	37	92	0	170	24	19	31	25	1.98
56223773--56223815	22	2.0	22	100	0	86	27	32	25	13	1.94
56245431--56245580	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
56245403--56245580	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
56245404--56245559	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
56258489--56258673	40	4.7	39	80	11	191	24	22	27	25	2.00
56258490--56258706	79	2.7	79	81	7	235	26	21	27	24	1.99
56265469--56265765	99	3.0	99	91	0	495	26	15	24	33	1.95
56266757--56267169	206	2.0	206	99	0	817	27	10	20	41	1.85
56268966--56269105	53	2.6	55	82	2	167	21	23	17	37	1.94
56273741--56273781	22	1.9	22	90	5	66	12	39	26	21	1.89
56286255--56286353	43	2.3	43	84	10	123	23	16	25	35	1.95
56286475--56286547	38	1.9	38	85	0	101	46	5	16	31	1.70
56288338--56288563	48	4.7	48	80	0	272	27	26	16	29	1.97
56296946--56297117	67	2.7	64	76	7	195	28	16	29	25	1.97
56305465--56305491	14	1.9	14	100	0	54	59	11	7	22	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56306989--56307259	142	1.9	141	84	5	359	23	28	19	28	1.98
56306991--56307259	49	5.6	48	73	9	219	23	28	18	28	1.98
56318932--56319056	29	4.3	29	88	1	180	28	29	16	25	1.96
56326902--56326935	18	1.9	18	88	5	52	32	14	11	41	1.82
56328050--56328140	29	3.2	29	84	7	123	27	29	16	26	1.97
56329970--56330047	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
56330000--56330327	174	1.9	174	97	0	620	29	14	24	30	1.95
56338128--56338205	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
56338158--56338485	174	1.9	174	97	0	620	29	14	24	30	1.95
56342811--56342877	29	2.3	28	75	12	64	49	0	5	44	1.27
56344501--56344561	30	2.1	29	93	3	104	36	22	13	27	1.92
56348415--56348445	5	6.2	5	100	0	62	80	0	0	19	0.71
56348936--56348970	18	1.9	18	88	11	54	48	2	17	31	1.61
56349498--56349544	23	2.0	22	88	8	67	14	8	36	40	1.77
56351333--56351425	29	3.2	29	90	0	150	30	27	15	26	1.96
56354429--56354464	17	2.1	18	89	5	56	50	0	19	30	1.48
56355079--56355111	14	2.4	14	94	0	57	66	0	3	30	1.06
56357961--56358085	29	4.3	29	88	5	182	29	30	15	24	1.95
56358144--56358177	18	1.9	18	88	5	52	20	44	20	14	1.87
56358304--56358338	16	2.2	16	94	0	61	8	17	20	54	1.68
56360443--56360521	37	2.1	37	86	4	106	26	29	18	25	1.98
56360640--56361177	47	11.4	47	94	0	878	29	29	8	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56364726--56364816	40	2.3	40	88	3	130	27	25	20	26	1.99
56366632--56366710	37	2.1	37	88	4	115	25	29	18	26	1.98
56366829--56367363	47	11.4	47	93	1	869	29	28	8	32	1.87
56370906--56371003	40	2.5	40	83	5	119	28	23	21	26	1.99
56372820--56372898	37	2.1	37	88	4	115	25	29	18	26	1.98
56373017--56373554	47	11.4	47	95	0	905	29	29	8	32	1.87
56376927--56377058	39	3.4	39	89	2	185	31	19	24	25	1.98
56377051--56377256	39	5.3	39	92	2	342	19	21	29	29	1.98
56376934--56377266	78	4.3	78	82	7	313	23	21	27	27	1.99
56377002--56377268	117	2.3	119	84	3	371	22	22	28	27	1.99
56386357--56386420	31	2.1	31	100	0	128	45	18	6	29	1.74
56389923--56389999	40	1.9	40	86	0	109	28	23	14	33	1.94
56392958--56393181	40	5.7	40	78	9	190	26	27	20	25	1.99
56392958--56393181	79	2.8	78	80	4	216	26	27	20	25	1.99
56392958--56393181	39	5.7	40	79	8	172	26	27	20	25	1.99
56393113--56393190	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
56400887--56401111	40	5.7	40	81	8	208	25	27	21	25	2.00
56400887--56401111	80	2.8	79	80	7	231	25	27	21	25	2.00
56401043--56401120	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
56412989--56413213	40	5.7	40	82	5	215	25	20	27	26	1.99
56413065--56413245	78	2.3	78	80	5	195	25	20	27	25	1.99
56425762--56425835	28	2.8	25	78	15	85	43	9	5	41	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56435206--56435476	40	6.8	40	90	1	393	24	23	28	23	2.00
56443347--56443617	40	6.8	40	89	1	384	24	23	28	23	2.00
56446685--56446785	41	2.5	41	96	0	184	29	30	18	20	1.97
56453553--56453696	42	3.4	42	89	0	198	31	13	24	29	1.94
56461778--56461891	51	2.2	51	93	0	192	33	13	23	29	1.93
56469465--56469578	51	2.2	51	92	0	183	33	14	22	29	1.93
56480885--56481061	27	6.5	27	80	3	167	25	16	29	28	1.97
56480885--56481040	82	1.9	81	84	3	206	25	16	29	28	1.97
56480881--56481061	82	2.2	81	80	2	202	25	16	28	28	1.97
56484024--56484063	21	2.0	20	85	14	55	50	12	0	37	1.41
56496606--56496630	13	1.9	13	100	0	50	16	4	16	64	1.44
56497428--56497737	49	6.5	45	72	12	132	28	19	27	25	1.98
56497510--56497687	49	3.6	48	79	4	212	25	19	29	25	1.98
56497512--56497690	99	1.8	99	92	0	304	26	19	28	25	1.99
56503783--56503807	13	1.9	13	100	0	50	16	4	16	64	1.44
56504513--56504771	47	5.5	45	75	13	186	26	18	30	24	1.98
56506258--56506344	42	2.1	42	100	0	174	33	6	24	35	1.82
56506533--56506901	48	7.8	46	73	10	212	28	19	27	24	1.98
56506536--56506851	49	6.7	48	74	11	222	29	20	26	23	1.99
56506583--56506848	142	1.9	140	84	6	358	28	19	27	24	1.99
56508561--56508606	24	2.0	23	83	8	58	15	30	28	26	1.96
56509781--56509838	26	2.2	27	84	9	84	39	10	27	22	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56515578--56515908	181	1.8	181	85	1	466	35	17	7	38	1.79
56518129--56518165	18	2.1	18	100	0	74	16	16	27	40	1.89
56519998--56520333	180	1.9	178	88	3	505	33	21	8	37	1.83
56520883--56521100	50	4.3	50	80	3	258	27	25	19	26	1.99
56521765--56521866	30	3.4	30	86	6	143	50	12	16	20	1.78
56521765--56521866	6	16.8	6	73	17	86	50	12	16	20	1.78
56521825--56521885	25	2.4	25	100	0	122	45	11	22	19	1.82
56522003--56522068	27	2.5	27	76	11	73	37	21	22	18	1.94
56522241--56522299	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
56522640--56522835	27	7.3	27	83	0	221	24	19	19	36	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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