genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.32.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   

This is table  32  of  320  ( 38372 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9127105--9127167	22	2.8	21	81	11	63	74	0	0	25	0.82
9128265--9128299	14	2.4	15	95	4	63	60	0	37	2	1.12
9128306--9128340	13	2.7	13	90	0	52	77	0	22	0	0.78
9128753--9128782	11	2.7	11	94	0	51	50	10	0	40	1.36
9129057--9129113	27	2.1	27	96	0	105	17	38	26	17	1.92
9131360--9131410	6	8.3	6	89	10	77	82	0	0	17	0.67
9131350--9131410	18	3.2	19	88	9	81	81	0	1	16	0.76
9137820--9137872	26	2.0	26	92	0	88	30	28	9	32	1.88
9146686--9146725	21	1.9	21	89	0	62	62	2	0	35	1.09
9146661--9146724	26	2.5	25	77	5	65	64	4	0	31	1.14
9146761--9146851	46	2.0	46	84	4	121	62	1	1	35	1.10
9146792--9146841	20	2.4	21	87	12	77	66	0	0	34	0.92
9146796--9146834	19	2.0	20	95	5	71	66	0	0	33	0.92
9146822--9146875	17	3.3	16	80	12	56	62	3	0	33	1.12
9146854--9146895	23	1.9	21	85	9	57	64	2	2	30	1.19
9146941--9147005	33	2.0	33	84	6	87	49	7	0	43	1.31
9147005--9147053	20	2.5	20	93	0	80	16	6	26	51	1.68
9151606--9151635	15	2.0	15	100	0	60	53	0	0	46	1.00
9157046--9157161	25	4.6	25	69	13	78	33	15	26	24	1.95
9157054--9157161	50	2.2	49	80	8	128	34	14	27	23	1.94
9160635--9160691	18	3.1	19	82	10	73	28	1	1	68	1.09
9164900--9164938	16	2.5	15	84	12	51	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9165077--9165515	59	7.3	58	64	17	166	41	2	5	50	1.39
9165076--9165605	120	4.4	120	94	1	852	41	2	5	50	1.39
9165296--9165325	16	1.9	15	93	6	51	40	0	10	50	1.36
9165317--9165351	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
9165450--9165496	16	3.0	16	78	12	53	46	0	2	51	1.13
9165446--9165496	15	3.5	15	82	12	54	47	0	1	50	1.12
9165149--9165574	59	7.1	58	64	22	195	41	2	6	49	1.41
9166396--9166420	13	1.9	13	100	0	50	64	0	8	28	1.22
9176596--9176714	55	2.2	55	92	0	193	26	10	23	38	1.88
9182231--9182279	24	2.0	24	100	0	98	34	8	8	48	1.62
9184787--9184983	43	4.6	43	81	5	209	23	15	26	34	1.94
9184787--9185006	86	2.6	88	80	5	236	22	15	27	34	1.95
9199300--9199334	18	1.9	18	94	0	61	42	5	8	42	1.59
9199528--9199578	23	2.3	22	90	6	77	25	43	1	29	1.66
9199572--9199610	20	2.1	19	90	9	62	28	35	0	35	1.58
9201483--9201521	18	2.1	18	85	4	51	20	20	30	28	1.98
9206924--9206977	17	2.8	19	79	20	60	66	7	0	25	1.17
9206924--9206978	18	2.8	19	76	17	60	67	7	0	25	1.16
9208503--9208657	29	5.3	28	79	5	148	36	14	25	23	1.93
9208503--9208656	59	2.6	58	82	5	184	36	14	25	23	1.93
9210869--9210976	25	4.3	26	73	11	91	31	20	26	21	1.98
9210869--9210986	50	2.4	50	80	8	125	31	20	27	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9210915--9211003	25	3.6	25	78	3	90	32	19	28	20	1.96
9212471--9212530	27	2.2	27	82	5	68	26	1	8	63	1.32
9212734--9212759	9	2.9	9	100	0	52	34	0	11	53	1.37
9213046--9213087	23	1.9	21	90	9	66	30	7	4	57	1.47
9213032--9213093	27	2.3	25	79	15	70	30	6	3	59	1.38
9213163--9213222	26	2.3	26	82	8	77	33	5	6	55	1.48
9213237--9213276	20	2.0	20	90	9	64	32	0	5	62	1.17
9213547--9213599	27	2.0	27	81	7	63	28	5	1	64	1.27
9213635--9213660	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
9218787--9218855	33	2.1	33	91	0	111	15	52	17	14	1.75
9219943--9219994	12	4.1	12	77	20	52	30	1	1	65	1.14
9220036--9220075	20	2.0	21	85	5	55	27	12	2	57	1.48
9219959--9220080	3	40.7	3	72	9	79	28	9	2	59	1.43
9220285--9220329	23	1.9	23	86	4	63	24	13	4	57	1.54
9220371--9220401	15	2.1	15	100	0	62	32	6	0	61	1.21
9220490--9220527	15	2.5	15	86	0	58	34	5	0	60	1.19
9224917--9224969	6	9.3	6	90	10	85	86	0	13	0	0.56
9225533--9225584	4	12.8	4	91	4	86	76	0	23	0	0.78
9226653--9226780	64	2.0	64	93	0	220	30	17	14	37	1.90
9226853--9227528	43	15.7	43	69	13	327	35	22	21	19	1.96
9227024--9227268	87	2.8	87	87	4	300	35	22	22	19	1.96
9226851--9227185	130	2.6	129	84	5	471	34	22	22	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9227112--9227390	129	2.2	130	90	1	427	36	22	21	19	1.95
9226896--9227576	216	3.1	216	90	3	1016	35	22	22	19	1.96
9227241--9227477	87	2.7	86	86	3	298	37	23	20	18	1.94
9227327--9227571	130	1.9	130	87	1	357	36	22	20	20	1.95
9226850--9227571	346	2.1	345	82	5	888	35	22	22	19	1.96
9228128--9228166	17	2.3	17	100	0	78	48	20	7	23	1.75
9229411--9229468	3	18.3	3	79	10	62	31	8	1	58	1.38
9229411--9229464	21	2.6	21	88	5	74	31	9	1	57	1.41
9229730--9229774	24	1.9	24	86	4	65	28	11	0	60	1.31
9229817--9229847	15	2.1	15	100	0	62	32	6	0	61	1.21
9229821--9229860	21	1.9	21	84	0	53	37	5	0	57	1.21
9229936--9229973	15	2.5	15	86	0	58	34	5	0	60	1.19
9238406--9238454	20	2.7	18	77	22	57	51	4	2	42	1.32
9250659--9250884	82	2.7	82	83	8	255	37	23	21	18	1.94
9250740--9251013	129	2.2	125	84	8	344	37	23	20	18	1.94
9250856--9251095	87	2.8	86	82	6	270	37	24	20	18	1.94
9250618--9251143	43	12.5	43	68	13	213	37	23	20	19	1.95
9250779--9251149	130	2.9	130	80	9	334	37	22	21	18	1.94
9250943--9251185	130	1.9	128	84	3	326	36	22	20	20	1.95
9251733--9251771	17	2.3	17	100	0	78	48	20	7	23	1.75
9252111--9252135	13	1.9	13	100	0	50	72	12	8	8	1.29
9252988--9253043	20	2.8	19	83	8	67	30	8	1	58	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9253305--9253349	24	1.9	24	86	4	65	28	11	0	60	1.31
9253392--9253422	15	2.1	15	100	0	62	32	6	0	61	1.21
9253396--9253435	21	1.9	21	84	0	53	37	5	0	57	1.21
9253510--9253547	15	2.5	15	86	0	58	34	5	0	60	1.19
9261969--9262017	20	2.7	18	77	22	57	51	4	2	42	1.32
9263987--9264146	27	5.9	27	80	12	168	33	21	25	19	1.97
9264005--9264146	54	2.6	54	92	3	223	33	23	24	18	1.96
9264517--9264546	8	3.8	8	90	0	51	3	26	26	43	1.70
9267201--9267239	20	2.0	20	94	0	69	46	15	28	10	1.78
9272566--9272697	47	2.8	48	88	2	194	32	28	15	24	1.95
9274389--9277307	729	4.0	729	96	0	5378	31	24	17	26	1.97
9278361--9278659	131	2.3	130	82	3	287	32	17	19	30	1.95
9279211--9279254	15	2.7	16	86	10	54	59	6	9	25	1.53
9284013--9284342	131	2.5	131	79	6	319	29	18	17	34	1.94
9285862--9285901	17	2.4	17	86	0	53	32	2	5	60	1.32
9286001--9286057	27	2.1	28	77	9	64	38	7	0	54	1.28
9286011--9286066	27	2.1	27	83	3	69	39	3	0	57	1.16
9286088--9286167	26	3.0	26	80	3	88	30	5	7	57	1.48
9295489--9295566	40	2.0	40	94	0	138	52	6	6	34	1.53
9295686--9295726	19	2.1	20	86	4	57	31	9	2	56	1.45
9296261--9296299	19	2.0	20	90	5	62	33	7	5	53	1.51
9297196--9297272	38	2.0	38	84	0	100	31	20	23	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9297264--9297375	29	3.9	29	85	0	143	26	18	21	33	1.97
9299406--9299448	20	2.2	20	100	0	86	25	13	0	60	1.34
9299745--9299804	20	2.9	21	76	14	54	55	5	3	36	1.38
9308761--9308801	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
9314220--9314256	19	1.9	19	94	0	65	35	24	10	29	1.89
9317601--9317711	57	2.0	56	89	7	172	54	0	8	36	1.36
9318952--9319004	19	2.8	19	97	0	97	35	26	16	20	1.94
9321541--9321709	84	2.0	84	95	0	302	43	5	20	30	1.74
9322395--9322725	164	2.0	164	85	1	448	41	15	20	22	1.89
9322886--9322935	26	1.9	26	83	0	64	46	16	0	38	1.47

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320