genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20323572--20323649	18	4.0	18	72	18	66	30	1	7	60	1.33
20323688--20323724	18	2.1	18	100	0	74	51	0	0	48	1.00
20323806--20323843	19	2.0	19	89	0	58	47	10	10	31	1.72
20323835--20323872	14	2.7	14	91	0	58	34	13	10	42	1.78
20323956--20323993	6	6.0	6	88	11	58	18	0	2	78	0.86
20323949--20323990	20	2.0	21	95	4	77	19	0	7	73	1.05
20324562--20324616	17	3.2	18	80	12	53	23	27	34	14	1.94
20324573--20324618	18	2.6	18	86	3	58	23	26	34	15	1.94
20326128--20326289	68	2.4	66	91	4	234	33	14	27	24	1.94
20332562--20332639	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
20332592--20333093	174	2.9	174	98	0	968	29	14	24	30	1.95
20338392--20338464	29	2.6	29	85	14	107	27	15	28	28	1.96
20338422--20338923	174	2.9	174	98	0	968	29	14	24	30	1.95
20342080--20342346	93	2.8	93	92	3	421	23	30	19	26	1.98
20342079--20342391	46	6.7	45	78	11	276	23	30	19	27	1.98
20344388--20344539	27	5.6	27	92	3	232	27	13	28	30	1.94
20344388--20344539	55	2.8	55	92	0	241	27	13	28	30	1.94
20351628--20351660	16	2.1	16	100	0	66	45	12	0	42	1.41
20364789--20364819	9	3.4	9	90	0	53	25	9	25	38	1.86
20366771--20366812	19	2.2	19	83	8	50	50	2	4	42	1.36
20367717--20367767	24	2.1	24	82	7	59	58	3	1	35	1.28
20368379--20368403	6	4.2	6	100	0	50	20	0	16	64	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20382280--20382340	30	2.0	30	90	0	95	26	6	11	55	1.59
20384410--20384528	41	2.9	41	75	12	120	32	20	15	31	1.93
20385839--20385867	14	2.1	14	93	6	51	86	0	13	0	0.58
20387431--20387465	3	11.7	3	100	0	70	0	31	0	68	0.90
20391421--20391450	15	2.0	15	93	0	51	0	16	6	76	0.99
20393362--20393411	20	2.5	20	100	0	100	36	14	8	42	1.74
20397741--20397800	2	30.0	2	100	0	120	50	50	0	0	1.00
20398665--20398831	75	2.2	74	84	5	203	38	12	11	36	1.80
20401105--20401190	31	2.8	31	89	1	129	26	25	13	33	1.94
20401408--20401479	26	2.8	25	87	6	99	27	19	25	27	1.99
20401615--20401662	25	1.9	25	86	0	69	29	16	22	31	1.96
20409160--20409244	30	2.8	31	85	5	120	27	25	12	34	1.93
20409174--20409244	30	2.3	31	92	2	126	28	26	9	35	1.88
20409462--20409533	26	2.8	25	89	6	108	27	20	25	26	1.99
20409673--20409720	25	1.9	25	86	0	69	29	16	22	31	1.96
20422664--20422715	24	2.1	25	86	10	72	25	15	1	57	1.48
20424876--20424919	20	2.2	20	91	0	70	36	31	2	29	1.70
20424998--20425060	33	1.9	33	83	3	83	28	25	15	30	1.96
20434164--20434458	50	5.9	50	74	4	155	26	17	26	29	1.98
20434119--20434451	151	2.2	150	85	0	450	26	18	25	28	1.98
20438616--20438653	18	2.0	20	85	10	53	31	2	18	47	1.62
20453743--20453786	14	3.4	14	70	23	51	45	0	13	40	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20453742--20453798	24	2.4	24	94	2	98	49	0	12	38	1.41
20455976--20456147	46	3.7	46	81	10	208	22	20	27	29	1.98
20455973--20456142	92	1.8	92	91	2	279	22	20	28	28	1.99
20471085--20471193	34	3.2	34	85	1	146	31	22	25	21	1.98
20486258--20486309	27	1.9	27	84	0	68	21	23	21	34	1.97
20500926--20500985	27	2.3	26	82	2	66	23	21	20	35	1.96
20508517--20508762	49	4.9	50	83	2	316	26	18	26	29	1.98
20508622--20508705	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
20522767--20522964	27	7.3	27	85	0	234	29	23	7	38	1.82
20522767--20522964	81	2.4	81	87	1	272	29	23	7	38	1.82
20522996--20523172	27	6.6	27	81	5	180	42	20	7	29	1.79
20522968--20523145	54	3.3	53	81	4	153	42	20	7	29	1.80
20523277--20523350	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
20523290--20523354	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
20524163--20524232	25	2.8	24	89	4	95	25	27	22	24	2.00
20524163--20524259	25	4.0	23	84	8	86	27	24	22	24	2.00
20524380--20524471	42	2.2	42	96	0	166	32	14	20	32	1.92
20524495--20524608	31	3.7	31	91	2	187	28	16	27	28	1.97
20535168--20535331	43	3.8	43	72	15	133	31	23	16	28	1.96
20541098--20541282	67	2.9	64	77	8	196	29	17	29	23	1.97
20541863--20541889	13	2.1	13	100	0	54	44	7	0	48	1.31
20550122--20550233	56	2.0	56	100	0	224	28	16	28	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20562569--20562608	21	1.9	21	89	0	62	45	0	20	35	1.51
20563086--20563138	25	2.2	24	82	3	61	18	22	20	37	1.94
20565233--20565437	55	3.8	53	78	10	218	35	16	24	24	1.95
20565238--20565437	108	1.8	110	87	4	298	35	16	24	24	1.95
20565675--20565705	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
20572591--20572686	28	3.6	27	80	16	103	55	8	3	33	1.46
20572709--20572743	16	2.2	16	89	0	52	54	11	5	28	1.59
20572828--20572884	26	2.2	27	84	6	73	40	10	8	40	1.71
20575671--20575727	29	2.0	29	100	0	114	36	14	14	35	1.86
20576867--20576928	31	2.0	31	93	0	106	32	19	6	41	1.77
20576876--20576924	15	3.2	16	70	18	50	30	16	6	46	1.71
20583736--20583813	18	4.0	18	69	18	57	33	0	6	60	1.22
20583847--20583889	18	2.6	16	79	13	50	48	0	2	48	1.14
20583852--20583894	18	2.4	18	92	0	68	48	0	4	46	1.22
20583970--20584007	19	2.0	19	100	0	76	47	10	10	31	1.72
20590291--20590338	24	2.0	25	83	4	62	14	22	20	41	1.89
20593470--20593514	20	2.2	20	84	7	56	44	0	15	40	1.47
20596421--20596545	48	2.7	45	80	12	130	22	26	18	32	1.97
20602152--20602350	27	7.4	27	87	0	245	35	18	20	25	1.95
20609079--20609251	27	6.4	27	85	0	202	35	18	18	27	1.94
20613388--20613745	57	6.2	57	90	0	518	29	34	17	18	1.94
20613418--20613743	28	11.5	28	71	5	215	30	33	17	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20614232--20614284	26	2.0	26	100	0	106	30	24	11	33	1.90
20615750--20615812	28	2.2	28	88	0	90	30	28	11	30	1.91
20615750--20615821	28	2.6	28	82	4	83	30	27	12	29	1.93
20622711--20622755	20	2.2	20	88	0	63	51	0	13	35	1.41
20625676--20625859	40	4.6	40	83	6	205	23	21	27	27	1.99
20625676--20625856	80	2.3	81	84	9	230	23	21	27	27	1.99
20632170--20632216	23	2.0	23	100	0	94	46	12	4	36	1.62
20633724--20633835	43	2.6	43	97	0	206	30	33	25	10	1.90
20633833--20633935	38	2.7	38	84	0	125	28	26	23	22	1.99
20637681--20637721	7	6.1	7	82	5	50	73	2	2	21	1.07
20658060--20658195	55	2.5	55	76	1	139	29	30	25	13	1.94
20661706--20661736	16	1.9	16	100	0	62	29	6	32	32	1.83
20675225--20675399	49	3.5	49	82	3	224	24	18	26	29	1.98
20675220--20675412	100	1.9	100	91	0	314	25	19	25	29	1.99
20677953--20678023	24	2.9	24	75	4	70	19	23	18	38	1.93
20678080--20678147	26	2.7	24	80	10	73	20	25	17	36	1.94
20678949--20679054	52	2.0	52	100	0	212	32	3	17	46	1.66
20688971--20689011	20	2.0	20	100	0	82	39	31	24	4	1.76
20691948--20692095	48	3.1	48	87	0	206	29	24	6	39	1.81
20703669--20703697	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
20706148--20706226	37	2.1	37	90	0	122	26	31	18	22	1.97
20706345--20707795	47	29.9	47	87	8	1926	30	29	8	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20706396--20706473	25	3.2	25	60	10	63	34	26	5	33	1.79
20707269--20707332	27	2.2	29	86	13	96	26	32	10	29	1.90
20707278--20707332	27	2.0	28	96	3	103	25	32	12	29	1.93
20707231--20707379	74	2.0	75	97	1	282	28	30	9	30	1.88
20725343--20725371	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
20734720--20734755	17	2.1	17	100	0	72	38	13	16	30	1.88
20735619--20736771	47	24.4	47	95	0	1973	33	8	28	29	1.87
20736890--20736968	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
20742372--20742406	16	2.2	16	100	0	70	62	11	0	25	1.28
20749047--20749122	19	3.8	19	80	11	82	78	2	6	11	1.03

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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