genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1530006--1530046	20	2.0	20	86	9	57	56	7	2	34	1.40
1533535--1533618	44	1.9	43	85	7	116	41	2	2	53	1.27
1548600--1548661	30	2.1	30	90	0	97	40	17	14	27	1.89
1552287--1552356	31	2.3	31	82	0	86	28	25	20	25	1.99
1552311--1552402	46	2.0	46	89	0	139	27	23	22	26	2.00
1552357--1552415	31	1.9	31	100	0	118	25	25	20	28	1.99
1552395--1552571	50	3.5	50	91	0	273	26	22	15	35	1.94
1557498--1557547	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
1562138--1562187	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
1564478--1564507	15	1.9	16	93	6	53	33	6	6	53	1.53
1567413--1567446	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
1572053--1572086	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
1576451--1576518	18	3.8	18	88	3	93	33	20	10	35	1.87
1587043--1587084	14	2.9	14	82	6	57	73	7	0	19	1.05
1592063--1592131	28	2.6	25	76	13	66	57	2	2	36	1.28
1592062--1592133	27	2.6	28	75	12	69	58	2	2	36	1.27
1593015--1593085	37	1.9	37	91	0	115	35	29	16	18	1.93
1594558--1594600	15	2.9	15	76	13	52	32	0	0	67	0.91
1604548--1604606	28	2.1	28	96	0	109	38	11	33	15	1.84
1604625--1604701	37	2.1	38	92	2	129	35	14	28	22	1.93
1609469--1609513	13	3.3	14	77	22	51	60	0	4	35	1.17
1614850--1614890	20	2.0	20	90	0	64	21	39	26	12	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1615334--1615376	20	2.2	20	95	0	77	41	18	6	32	1.77
1616557--1616601	23	2.0	23	81	0	54	62	0	6	31	1.21
1618584--1618616	14	2.2	16	89	10	52	39	0	0	60	0.97
1626637--1626672	16	2.2	17	90	5	56	66	0	13	19	1.24
1630632--1630780	54	2.8	54	82	1	165	38	13	18	30	1.89
1638714--1638753	21	2.0	21	95	5	73	67	0	0	32	0.91
1639131--1639269	72	1.9	73	92	1	235	33	18	14	33	1.91
1639194--1639603	109	3.8	109	87	6	581	37	16	14	32	1.88
1640293--1640326	16	2.1	16	89	10	52	82	0	17	0	0.67
1641649--1641700	16	3.4	16	79	15	56	55	1	11	30	1.46
1642018--1642127	45	2.4	45	95	0	193	18	20	20	40	1.91
1642095--1642159	32	2.0	32	100	0	130	21	18	18	41	1.90
1642421--1642594	18	9.6	18	75	10	140	35	10	14	38	1.82
1642611--1642674	18	3.6	18	80	0	74	37	10	14	37	1.81
1643305--1643549	111	2.2	112	87	7	340	39	16	14	29	1.88
1643305--1643549	109	2.2	111	87	6	345	39	16	14	29	1.88
1643591--1644595	109	9.2	108	81	8	1041	32	13	15	38	1.86
1647382--1647951	107	5.2	108	81	8	559	38	14	11	34	1.83
1647382--1647954	217	2.6	214	80	7	654	38	14	11	35	1.83
1647979--1649073	108	10.3	108	82	7	1151	31	13	15	40	1.85
1650014--1650067	26	2.1	26	100	0	108	37	22	11	29	1.89
1650710--1650754	18	2.5	19	85	10	67	24	11	26	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1652657--1652697	22	1.9	21	85	14	57	75	2	12	9	1.13
1654421--1654458	20	1.9	20	84	10	51	47	0	10	42	1.38
1656379--1656440	12	5.8	11	75	21	53	54	3	1	40	1.26
1656338--1656463	49	2.6	48	87	5	164	52	3	1	42	1.29
1665609--1665648	17	2.4	17	84	12	55	47	2	2	47	1.29
1665604--1665692	44	2.0	44	82	4	108	47	4	6	41	1.50
1668292--1668343	20	2.6	19	81	6	59	61	0	1	36	1.07
1668292--1668343	10	5.3	9	78	15	50	61	0	1	36	1.07
1670543--1670595	22	2.5	21	81	6	54	47	0	1	50	1.12
1672507--1672553	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
1675893--1675939	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
1692989--1693018	15	1.9	16	93	6	53	66	3	0	30	1.07
1695020--1695099	42	2.0	40	85	5	106	40	1	3	55	1.26
1695639--1695670	15	2.1	15	100	0	64	56	0	12	31	1.37
1696948--1697087	45	3.1	45	85	3	176	18	18	20	42	1.90
1697071--1697095	6	4.2	6	100	0	50	16	16	16	52	1.76
1697274--1697443	18	9.4	18	78	5	164	35	12	15	35	1.86
1697259--1697536	36	7.5	36	71	11	168	35	12	14	36	1.84
1697259--1697536	18	15.1	18	71	9	130	35	12	14	36	1.84
1698779--1698817	5	7.8	5	94	0	69	38	0	20	41	1.53
1698520--1699060	263	2.0	271	82	5	661	45	6	9	38	1.61
1708335--1708408	21	3.7	21	85	7	102	17	16	17	48	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1712974--1713054	26	3.1	26	100	0	162	41	23	7	27	1.81
1724044--1724069	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
1724191--1724261	23	2.9	24	81	8	90	63	1	0	35	1.03
1724202--1724235	17	1.9	17	88	5	50	67	0	0	32	0.91
1724206--1724244	12	3.3	12	78	7	53	71	0	0	28	0.86
1724766--1724821	28	2.1	26	81	15	62	39	5	3	51	1.42
1725259--1725323	24	2.8	22	77	13	60	38	1	4	55	1.30
1736973--1737072	49	2.0	49	90	0	155	45	8	8	39	1.63
1742372--1742404	17	1.9	17	88	11	50	36	0	9	54	1.32
1743734--1743768	18	1.9	18	94	0	61	42	22	34	0	1.54
1749112--1749158	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
1756417--1756443	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
1776942--1776982	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
1778888--1778921	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
1780213--1780282	35	2.0	35	100	0	140	45	5	22	25	1.74
1785956--1786607	216	3.0	216	96	0	1205	40	12	13	33	1.82
1787954--1788289	166	2.0	166	98	0	645	40	17	15	26	1.89
1788120--1788521	205	2.0	205	87	1	590	39	19	16	24	1.91
1795015--1795039	11	2.3	11	100	0	50	28	0	0	72	0.86
1795237--1795311	38	2.0	38	100	0	150	40	8	24	28	1.83
1798705--1798736	16	1.9	17	93	6	57	53	0	6	40	1.26
1802236--1802279	20	2.3	19	80	4	52	43	0	2	54	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1815895--1815937	20	2.2	20	87	8	61	53	0	0	46	1.00
1818222--1818464	39	6.0	39	85	9	324	23	28	25	23	1.99
1818222--1818464	88	3.0	78	82	11	324	23	28	25	23	1.99
1824993--1825069	40	1.9	40	91	0	127	23	25	22	28	1.99
1825046--1825195	39	3.8	39	85	2	176	30	28	21	20	1.98
1824988--1825214	78	2.9	79	73	7	194	27	27	22	22	1.99
1825295--1825367	28	2.6	28	86	0	110	28	23	9	38	1.86
1828385--1828437	11	4.6	11	75	9	52	49	0	0	50	1.00
1828403--1828453	22	2.3	21	77	9	57	52	0	0	47	1.00
1829619--1829775	75	2.1	75	100	0	314	55	8	5	30	1.52
1831691--1831738	24	2.0	24	100	0	96	45	33	0	20	1.52
1832268--1832322	24	2.3	23	81	9	58	50	1	1	45	1.22
1832292--1832349	25	2.2	26	87	12	82	55	0	0	44	0.99
1832285--1832339	16	3.6	16	71	28	57	54	0	0	45	0.99
1832446--1832495	16	3.2	16	78	13	59	36	6	0	58	1.23
1832475--1832516	19	2.2	20	91	4	68	47	0	2	50	1.14
1833988--1834045	18	3.4	18	63	18	52	34	6	15	43	1.74
1835314--1835338	13	1.9	13	100	0	50	24	0	0	76	0.80
1844139--1844185	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
1844446--1844711	46	6.0	46	84	7	325	22	24	14	37	1.92
1844625--1844700	38	2.0	38	94	0	134	26	26	17	30	1.97
1848320--1848423	44	2.3	45	85	3	138	30	22	13	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1854113--1854377	41	6.6	40	87	5	356	23	22	27	26	1.99
1854109--1854344	81	2.9	81	96	0	436	23	22	28	25	1.99
1862188--1862492	40	7.6	40	88	2	425	23	21	27	26	1.99
1862187--1862492	81	3.8	81	91	1	465	23	21	27	26	1.99
1864532--1864687	58	2.7	58	83	9	185	44	2	1	51	1.26
1864831--1864874	16	2.8	16	82	0	61	20	29	2	47	1.62
1864776--1864952	78	2.3	78	98	0	345	28	23	5	42	1.77
1867389--1867417	13	2.2	13	100	0	58	55	13	17	13	1.70
1868608--1868643	6	6.0	6	96	0	54	38	0	61	0	0.96
1873205--1873273	25	2.7	25	81	4	75	26	20	26	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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