Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   

This is table  244  of  320  ( 38372 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
80028428--80028734
165
1.9
163
91
1
506
28
18
21
31
1.97
80028356--80029010
238
2.8
237
94
0
1148
28
17
21
32
1.96
80028797--80028824
14
2.0
14
100
0
56
14
21
7
57
1.61
80028814--80029010
75
2.6
74
86
2
270
31
14
21
31
1.94
80028666--80028973
164
1.9
162
87
4
447
29
16
21
32
1.95
80029089--80029196
54
2.0
55
88
1
164
28
13
19
37
1.90
80028885--80029230
128
2.7
127
83
7
430
26
16
20
36
1.93
80029218--80029245
14
2.0
14
100
0
56
14
21
7
57
1.61
80029251--80029471
74
3.0
72
82
7
275
27
17
22
32
1.96
80029467--80029501
17
2.1
17
94
0
61
20
8
0
71
1.11
80029380--80029589
106
2.0
104
84
1
276
22
16
16
44
1.86
80030193--80030354
30
5.4
30
93
1
270
25
48
3
21
1.66
80030193--80030354
61
2.7
60
91
1
270
25
48
3
21
1.66
80030926--80031016
25
3.7
25
77
8
80
35
4
5
54
1.43
80030969--80031024
16
3.6
17
75
18
50
35
3
1
58
1.26
80031040--80031100
24
2.7
22
84
5
77
32
8
6
52
1.57
80031252--80031299
16
3.1
15
90
6
69
31
2
2
64
1.16
80031252--80031303
8
6.5
8
82
8
61
30
1
1
65
1.14
80036241--80036302
26
2.6
22
75
18
70
69
8
6
16
1.34
80036338--80036807
3
158.0
3
68
11
209
59
1
8
30
1.36
80043188--80043231
4
10.8
4
85
4
61
72
2
2
22
1.07
80043271--80043314
15
2.8
16
86
3
63
65
2
2
29
1.16
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
80043923--80043976
22
2.5
21
79
8
56
57
5
5
31
1.45
80044020--80044065
23
2.0
23
83
8
58
43
2
13
41
1.55
80044146--80044185
20
2.0
21
90
5
64
65
5
2
27
1.27
80044185--80044253
20
3.3
20
72
9
57
60
2
10
26
1.42
80046029--80046157
46
2.8
46
92
0
213
20
21
28
29
1.98
80050400--80050560
47
3.4
47
94
0
295
32
7
30
29
1.85
80050480--80050631
71
2.1
71
97
1
286
32
5
30
32
1.80
80050433--80050678
118
2.1
118
91
0
393
32
6
30
29
1.84
80050552--80050773
47
4.7
47
86
0
302
32
7
30
29
1.85
80050554--80050773
94
2.4
94
89
0
334
32
7
30
29
1.85
80050400--80050724
165
2.0
165
95
0
578
32
7
30
29
1.85
80059850--80059899
25
2.0
25
84
0
64
38
14
10
38
1.79
80065123--80065148
11
2.4
11
100
0
52
38
19
0
42
1.51
80066174--80066233
30
2.0
30
93
0
102
53
23
16
6
1.66
80067568--80067620
28
1.9
28
84
3
72
60
1
1
35
1.19
80076934--80076969
6
6.0
6
93
0
63
2
0
80
16
0.83
80076935--80076996
6
10.3
6
81
6
54
9
3
79
8
1.05
80087873--80087942
24
3.0
23
77
8
79
65
7
0
27
1.18
80089298--80089351
25
2.1
26
83
16
69
50
5
5
38
1.49
80090264--80090308
13
3.4
13
75
6
54
66
0
4
28
1.11
80090806--80090849
23
2.0
20
83
12
52
50
2
0
47
1.13
80091040--80091131
46
2.0
46
95
0
166
30
19
8
41
1.82
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
80091377--80091437
29
2.1
29
87
0
86
26
21
8
44
1.80
80093415--80093461
7
6.7
7
100
0
94
42
0
0
57
0.98
80093413--80093470
12
5.2
12
78
21
72
43
0
0
56
0.99
80094370--80094480
41
2.8
40
74
9
120
24
16
24
35
1.95
80094373--80094477
37
2.7
38
77
5
104
23
16
24
35
1.95
80100785--80100822
18
2.2
18
90
9
62
18
5
5
71
1.25
80105257--80105294
18
2.2
18
90
9
62
21
5
2
71
1.19
80111948--80112211
46
5.7
46
92
0
404
22
23
14
39
1.90
80114950--80115030
29
2.7
30
78
14
105
24
4
14
55
1.59
80115431--80115460
9
3.3
9
95
0
51
46
3
10
40
1.54
80116808--80116846
6
6.5
6
87
0
51
48
7
17
25
1.74
80116808--80116846
12
3.2
12
92
0
60
48
7
17
25
1.74
80116808--80116846
18
2.2
18
95
0
69
48
7
17
25
1.74
80117444--80117492
23
2.1
23
100
0
98
20
34
4
40
1.71
80118171--80118200
12
2.6
12
94
5
53
73
13
0
13
1.10
80118259--80118301
20
2.4
17
84
11
50
62
0
6
30
1.21
80123301--80123330
15
1.9
16
93
6
53
30
3
0
66
1.07
80125783--80125819
17
2.2
17
95
0
65
51
8
18
21
1.72
80130373--80130418
23
2.0
23
84
12
60
45
10
6
36
1.65
80134091--80134135
23
2.0
23
82
8
56
37
8
13
40
1.76
80148060--80148118
26
2.2
26
93
3
100
25
6
23
44
1.78
80149078--80149121
18
2.4
19
84
3
63
45
13
20
20
1.85
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
80149078--80149121
6
7.2
6
79
5
52
45
13
20
20
1.85
80149099--80149211
45
2.5
45
88
8
176
42
16
17
23
1.89
80150277--80150313
17
2.1
17
90
10
56
16
5
2
75
1.10
80150315--80150364
25
2.0
26
84
11
68
48
4
0
48
1.20
80152133--80152160
14
2.0
14
100
0
56
50
28
0
21
1.49
80154899--80154990
19
4.8
19
73
13
66
63
3
4
29
1.30
80154935--80155067
34
3.8
35
72
14
107
59
4
3
32
1.35
80158603--80158648
23
2.0
23
95
0
83
34
19
21
23
1.96
80159595--80159996
201
2.0
201
100
0
804
35
16
19
28
1.94
80164700--80165123
210
2.0
211
90
0
661
34
15
19
31
1.92
80167109--80167141
6
5.5
6
96
0
57
48
3
30
18
1.63
80168462--80168617
53
2.9
53
80
3
143
32
7
14
46
1.72
80178546--80178662
58
2.0
58
98
0
225
25
23
17
34
1.96
80185944--80185972
3
9.7
3
100
0
58
68
0
0
31
0.89
80189470--80189506
14
2.6
14
91
4
56
27
2
8
62
1.37
80193834--80193866
17
2.0
17
88
5
50
57
9
0
33
1.30
80197355--80197415
26
2.3
27
78
18
65
68
3
24
3
1.19
80198922--80198991
22
3.2
21
81
4
68
21
18
21
38
1.93
80198973--80199198
56
4.0
56
88
1
292
17
23
23
34
1.96
80201874--80201913
19
2.0
22
85
14
59
32
47
2
17
1.61
80201975--80202089
27
4.3
26
83
5
131
37
23
21
17
1.94
80201975--80202089
54
2.1
54
88
3
169
37
23
21
17
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
80203697--80203806
26
4.2
26
95
2
177
36
24
4
34
1.76
80207830--80207968
37
3.8
37
95
0
224
26
30
17
25
1.98
80208187--80208475
47
6.1
47
89
4
382
26
29
11
32
1.91
80226938--80227171
116
2.0
116
99
0
459
33
11
22
32
1.90
80227479--80227529
25
2.0
25
92
0
84
39
5
17
37
1.74
80227482--80227529
12
3.9
12
75
5
51
39
4
18
37
1.70
80232972--80233015
23
1.9
23
95
0
79
22
15
36
25
1.94
80232973--80233028
23
2.4
23
87
0
76
25
14
33
26
1.94
80235562--80235763
109
1.9
109
93
2
352
33
19
17
29
1.95
80236067--80236160
40
2.3
40
80
7
102
47
2
10
39
1.50
80236350--80236400
22
2.3
22
93
0
84
50
0
9
39
1.35
80236352--80236410
22
2.8
21
85
10
68
52
1
8
37
1.42
80238282--80239222
88
10.7
88
95
0
1475
25
23
22
29
1.99
80241371--80241400
8
3.6
8
95
4
51
13
0
13
73
1.10
80243894--80243942
19
2.5
20
80
6
57
40
12
20
26
1.87
80245326--80245527
109
1.9
109
93
2
352
33
19
17
29
1.95
80246112--80246162
22
2.3
22
93
0
84
50
0
9
39
1.35
80246114--80246172
22
2.8
21
85
10
68
52
1
8
37
1.42
80248952--80249002
21
2.4
21
96
0
93
58
9
13
17
1.61
80250888--80250913
11
2.4
11
100
0
52
23
30
0
46
1.53
80256255--80256568
126
2.5
126
91
0
502
27
16
19
36
1.93
80256643--80256686
22
2.0
23
90
4
72
45
25
0
29
1.54
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
80256570--80256902
175
1.9
174
90
1
524
45
18
2
33
1.62
80257522--80257554
14
2.4
14
90
5
50
48
9
0
42
1.35
80297210--80297320
57
1.9
57
83
8
145
47
6
18
27
1.73
80300209--80300235
14
1.9
14
100
0
54
22
11
14
51
1.73
80300269--80300330
30
2.1
30
90
6
99
25
3
12
58
1.50
80308662--80308745
42
2.0
42
97
0
159
50
13
7
29
1.68
80308783--80308819
19
1.9
19
100
0
74
37
16
8
37
1.78
80312393--80312433
17
2.4
17
95
4
73
51
14
21
12
1.75
80311448--80313401
983
2.0
984
99
0
3838
34
14
27
22
1.94
80314798--80314839
21
2.0
22
81
13
52
61
7
7
23
1.47

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320