genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5409381--5409466	43	2.0	43	100	0	172	41	11	20	25	1.86
5411250--5411311	32	1.9	33	86	3	90	74	3	19	3	1.10
5412454--5412502	19	2.7	18	83	3	53	46	10	12	30	1.74
5414180--5414296	40	2.9	40	93	0	189	33	15	30	20	1.94
5414244--5414945	112	6.3	112	95	0	1201	25	19	29	26	1.98
5415558--5415583	12	2.2	12	100	0	52	38	7	34	19	1.80
5415966--5416166	84	2.4	83	90	4	321	32	19	17	29	1.95
5419426--5419706	40	6.5	40	80	16	319	41	9	2	45	1.51
5419400--5419673	57	4.6	57	75	16	288	43	10	1	44	1.49
5419409--5419508	17	5.5	17	79	18	103	47	13	1	39	1.49
5419483--5419689	84	2.5	82	93	5	357	41	9	2	46	1.50
5419478--5419706	124	1.8	124	92	1	388	41	10	2	46	1.51
5419678--5419722	13	3.5	13	87	0	72	40	6	2	51	1.41
5419869--5420092	73	3.1	73	98	1	439	50	1	6	41	1.37
5420129--5420552	26	17.1	26	87	9	568	47	20	0	32	1.53
5420131--5420552	197	2.1	198	96	1	776	47	20	0	32	1.53
5420544--5420597	9	5.7	10	79	20	55	42	20	0	37	1.52
5426054--5426109	21	2.7	21	80	2	60	33	19	42	3	1.69
5441592--5441661	21	3.3	21	79	0	77	34	18	44	2	1.65
5441886--5441919	14	2.4	14	95	0	59	17	8	20	52	1.71
5441986--5442274	42	6.9	42	84	2	186	28	21	20	29	1.98
5442075--5442361	42	6.8	42	88	3	400	23	22	20	33	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5441988--5442361	84	4.5	82	83	5	426	27	21	20	31	1.98
5443183--5443353	86	2.0	86	100	0	342	37	8	8	45	1.65
5445449--5445496	20	2.3	23	86	13	68	66	2	2	29	1.14
5445449--5445501	21	2.6	20	88	8	72	62	3	1	32	1.24
5446572--5446596	11	2.3	11	100	0	50	44	0	0	56	0.99
5447192--5447222	14	2.2	14	94	0	53	0	16	0	83	0.64
5452841--5452898	26	2.2	26	87	0	80	46	12	3	37	1.58
5453609--5453673	23	2.7	23	83	9	67	61	3	1	33	1.21
5473919--5474501	205	2.8	205	91	0	916	30	18	21	29	1.97
5476172--5476338	46	3.6	43	75	20	126	35	5	0	58	1.27
5476259--5476324	16	4.1	16	71	24	57	33	4	0	62	1.16
5483025--5483126	50	2.0	50	90	0	159	31	26	20	21	1.98
5486463--5486505	22	2.0	22	90	4	70	62	2	4	30	1.28
5486524--5486548	12	2.1	12	100	0	50	56	0	0	44	0.99
5486494--5486577	10	8.3	11	70	18	58	58	0	5	35	1.23
5486492--5486592	29	3.5	28	75	10	96	60	0	5	33	1.21
5488147--5488634	44	11.1	44	88	1	620	26	26	15	30	1.96
5488147--5488634	263	1.9	263	87	0	717	26	26	15	30	1.96
5491363--5491460	19	5.2	19	92	7	164	37	10	16	35	1.82
5491353--5491460	36	2.9	35	78	20	112	37	10	15	36	1.82
5495614--5495646	7	4.7	7	96	0	57	90	0	9	0	0.44
5497146--5497195	9	5.6	9	79	9	57	88	2	8	2	0.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5497148--5497195	17	2.9	17	79	14	64	87	2	8	2	0.70
5498086--5499049	132	7.3	132	94	0	1604	31	16	24	27	1.96
5499415--5499443	14	2.1	14	100	0	58	34	0	13	51	1.42
5499520--5499560	21	2.0	21	85	0	55	36	12	9	41	1.76
5499568--5499607	21	1.9	21	89	0	62	30	12	0	57	1.36
5499763--5499857	44	2.2	44	86	0	136	31	15	24	28	1.96
5500430--5500527	19	5.2	19	92	7	164	37	10	16	35	1.82
5500420--5500527	36	2.9	35	78	20	112	37	10	15	36	1.82
5507998--5508323	39	8.3	39	89	1	438	32	20	15	31	1.94
5512417--5512536	46	2.6	46	85	4	161	30	15	22	31	1.94
5512511--5512587	38	2.0	38	92	0	127	28	14	27	29	1.95
5512385--5512621	131	1.8	131	83	3	316	29	15	24	31	1.95
5514957--5515068	50	2.2	50	98	0	215	33	10	10	44	1.74
5515222--5515255	5	6.8	5	93	6	52	14	0	0	85	0.60
5530841--5530879	18	2.2	18	90	0	60	82	2	7	7	0.94
5533790--5533823	17	2.0	17	100	0	68	17	11	41	29	1.85
5536959--5537025	31	2.2	31	97	0	125	23	22	16	37	1.94
5537230--5537327	25	3.9	25	81	5	110	32	19	21	26	1.97
5537385--5537431	20	2.3	20	85	7	60	34	23	8	34	1.85
5543911--5543948	18	2.1	18	100	0	76	23	26	15	34	1.95
5545094--5545171	31	2.5	31	91	0	120	28	23	11	37	1.89
5545376--5545456	23	3.4	24	88	8	121	29	20	20	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5545618--5545665	25	1.9	25	86	0	69	29	16	20	33	1.95
5557907--5557944	18	2.1	18	100	0	76	23	26	15	34	1.95
5559093--5559170	31	2.5	31	91	0	120	28	23	11	37	1.89
5559388--5559483	25	3.8	25	83	6	115	29	20	22	27	1.99
5567263--5567302	21	1.9	21	84	0	53	35	10	17	37	1.83
5571535--5571632	35	2.7	37	87	12	150	37	10	16	35	1.82
5571535--5571625	19	4.9	19	92	8	161	37	10	15	36	1.83
5571535--5571648	19	5.8	22	87	10	96	36	9	15	37	1.81
5571915--5571948	17	2.0	17	88	11	52	32	0	0	67	0.91
5582659--5582772	50	2.3	51	76	13	114	58	0	3	36	1.21
5582667--5582849	20	9.8	20	68	22	71	57	1	3	37	1.24
5582721--5582759	13	2.9	14	84	7	53	61	2	0	35	1.10
5582709--5582759	27	2.0	25	92	7	84	60	1	0	37	1.08
5582714--5582849	40	3.1	41	71	20	116	58	1	2	37	1.23
5582714--5582772	27	2.2	26	85	8	75	61	1	1	35	1.16
5584670--5585220	206	2.7	207	88	2	813	29	21	17	31	1.97
5587296--5587384	45	2.0	45	93	0	151	31	21	17	29	1.96
5593340--5593376	15	2.5	16	87	12	53	43	10	24	21	1.84
5593396--5593425	14	2.1	14	93	0	51	46	10	6	36	1.64
5597145--5597195	19	2.9	18	77	13	52	64	1	1	31	1.15
5597378--5597437	23	2.6	23	75	12	61	61	1	5	31	1.27
5597545--5597603	27	2.2	26	85	8	75	61	1	1	35	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5597616--5597670	27	2.0	28	85	7	76	61	1	1	34	1.17
5597503--5597672	13	13.7	12	68	20	59	57	1	4	36	1.28
5597503--5597677	40	4.5	39	68	17	96	57	1	4	36	1.27
5599411--5600034	78	8.0	77	87	3	876	32	19	23	24	1.98
5599411--5600034	156	4.0	156	92	1	977	32	19	23	24	1.98
5599974--5600202	45	5.1	44	75	9	203	32	16	26	24	1.96
5599974--5600237	89	2.9	88	75	12	241	31	16	26	25	1.97
5600558--5600613	18	3.5	15	81	18	60	37	10	16	35	1.83
5600556--5600627	19	3.9	19	89	10	123	37	11	15	36	1.83
5600556--5600634	35	2.2	37	86	13	121	37	10	15	36	1.81
5600826--5600867	20	2.2	19	87	8	59	11	11	11	64	1.51
5600917--5600951	18	2.0	17	88	5	52	31	0	0	68	0.90
5603553--5603621	28	2.5	28	79	6	79	18	15	1	63	1.38
5611332--5611379	23	2.1	23	92	0	78	37	8	33	20	1.83
5621903--5622101	84	2.4	85	81	7	212	42	8	12	36	1.74
5621942--5622106	84	2.0	85	85	3	226	43	7	11	37	1.70
5622420--5622460	21	2.1	20	86	13	59	58	0	0	41	0.98
5628285--5628353	19	3.6	19	100	0	138	36	11	15	36	1.84
5628744--5628772	4	7.2	4	100	0	58	75	0	0	24	0.80
5630325--5630377	25	2.1	24	83	13	63	32	1	1	64	1.15
5630323--5630446	9	13.7	9	67	21	64	33	4	2	60	1.28
5630646--5630684	19	2.1	19	85	0	51	28	2	2	66	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5634383--5634415	12	2.7	12	95	4	57	72	0	27	0	0.85
5636941--5636994	10	5.6	9	77	16	54	83	0	12	3	0.78
5637953--5638054	44	2.3	44	88	1	152	30	20	20	28	1.98
5638315--5638475	89	1.8	87	89	5	252	31	17	22	27	1.97
5638143--5638962	220	3.7	220	92	0	1300	32	17	22	27	1.96
5639311--5639361	19	2.9	17	81	13	59	37	9	17	35	1.83
5639321--5639363	19	2.1	21	91	8	72	37	9	18	34	1.83
5639949--5639995	21	2.3	20	80	20	53	17	4	8	70	1.29
5639949--5639995	22	2.3	21	82	13	62	17	4	8	70	1.29
5641957--5642045	28	3.2	28	83	0	115	33	16	30	19	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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