genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.105.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33993163--33993245	26	3.3	26	64	24	68	33	24	14	27	1.94
33993736--33994142	216	1.9	216	94	2	719	37	20	17	24	1.94
33998424--33998565	71	2.0	71	95	0	257	35	16	5	41	1.72
33999922--33999946	13	1.9	13	100	0	50	76	16	0	8	1.02
34003145--34003289	50	2.8	51	80	3	139	23	18	26	31	1.98
34006738--34006907	46	3.7	45	76	10	173	21	18	28	31	1.97
34009853--34009908	15	3.7	15	88	7	87	12	16	10	60	1.58
34012304--34012477	46	3.8	46	73	13	158	22	20	26	31	1.98
34012301--34012471	93	1.8	93	87	0	252	22	20	27	29	1.98
34015756--34015793	18	2.1	19	85	5	51	18	5	2	73	1.14
34019236--34019583	176	2.0	175	98	0	678	36	9	18	34	1.84
34037958--34038143	37	5.0	37	91	3	277	26	28	18	26	1.98
34038281--34038859	48	12.0	48	93	2	941	31	27	6	34	1.81
34038281--34038859	241	2.4	240	92	2	966	31	27	6	34	1.81
34048705--34048927	94	2.4	94	80	7	238	27	19	28	24	1.98
34050421--34050741	46	6.8	47	74	14	204	27	15	31	25	1.96
34050381--34050591	46	4.6	45	78	11	180	28	15	29	26	1.96
34050430--34050591	45	3.5	44	82	10	175	27	14	30	27	1.95
34052351--34052649	40	7.5	40	89	3	360	26	28	22	22	1.99
34060546--34060802	40	6.5	40	88	4	346	26	28	23	22	1.99
34063465--34063504	21	2.0	20	90	5	62	15	40	27	17	1.89
34064647--34064678	16	2.0	16	100	0	64	37	6	31	25	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34068546--34068729	67	2.8	64	77	8	194	28	16	30	23	1.96
34070539--34070644	56	1.9	56	92	0	176	32	24	15	28	1.95
34075138--34075306	40	4.2	40	85	1	205	23	21	30	24	1.99
34075138--34075342	79	2.6	80	78	6	204	24	21	30	23	1.99
34085595--34085658	29	2.2	29	85	0	83	51	3	14	31	1.57
34085712--34085911	59	3.4	58	88	6	307	52	7	5	35	1.53
34086852--34086897	24	1.9	24	86	0	65	30	4	13	52	1.59
34089891--34089941	18	2.8	18	78	0	57	62	0	1	35	1.06
34090703--34090736	12	2.9	12	86	4	52	32	0	0	67	0.91
34090860--34090922	31	2.1	31	85	8	85	58	6	7	26	1.50
34092168--34092211	23	1.9	23	81	9	54	38	2	2	56	1.24
34093267--34093360	41	2.3	41	76	12	95	54	19	13	12	1.71
34095253--34095321	34	2.0	34	100	0	138	28	17	14	39	1.89
34095979--34096297	158	2.0	158	98	0	611	33	17	19	30	1.94
34098697--34098750	28	1.9	28	84	0	72	3	22	0	74	0.98
34098704--34098750	14	3.3	14	93	3	76	4	17	0	78	0.90
34103579--34103611	15	2.2	15	94	0	57	18	12	12	57	1.64
34106374--34106618	49	4.9	49	82	2	292	26	17	26	29	1.98
34115607--34115641	15	2.3	15	90	5	52	40	2	2	54	1.30
34115828--34115915	43	2.0	43	95	0	158	29	15	18	36	1.92
34117752--34117791	20	2.0	20	100	0	80	55	15	10	20	1.68
34119584--34119687	51	2.0	51	100	0	208	46	22	13	18	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34121948--34121996	9	5.8	9	79	11	59	36	0	2	61	1.08
34122002--34122035	17	2.0	17	94	0	59	61	0	0	38	0.96
34122860--34122907	21	2.3	21	96	0	87	47	4	12	35	1.60
34124695--34124752	29	2.0	29	100	0	116	27	0	24	48	1.51
34130426--34130525	27	3.8	26	76	10	87	41	20	10	29	1.84
34130426--34130514	27	3.3	27	84	1	108	41	17	10	30	1.83
34130520--34130731	27	7.9	27	82	2	228	30	22	6	40	1.78
34130690--34130741	27	1.9	27	84	0	68	40	21	1	36	1.64
34130528--34130730	81	2.5	81	86	1	282	30	22	6	40	1.79
34130723--34130913	27	7.0	27	73	8	136	39	16	10	33	1.83
34130582--34130759	54	3.3	54	81	0	131	32	19	7	41	1.79
34130954--34131027	24	2.9	24	81	13	85	29	22	24	22	1.99
34130963--34131027	24	2.5	26	87	7	89	30	20	27	21	1.98
34131830--34131927	26	3.8	26	89	1	153	27	23	22	26	1.99
34131830--34131927	52	1.9	51	93	2	169	27	23	22	26	1.99
34132072--34132163	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
34132187--34132267	31	2.6	31	88	0	126	33	17	23	25	1.96
34134381--34134602	68	3.4	66	73	10	186	23	28	15	31	1.96
34137678--34137774	41	2.4	41	92	3	160	25	26	18	28	1.98
34143924--34143948	12	2.1	12	100	0	50	8	24	40	28	1.83
34156969--34157235	40	6.7	40	95	0	462	22	28	19	29	1.98
34163935--34163972	15	2.4	16	86	4	51	23	2	28	44	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34167326--34167363	20	1.9	20	94	0	67	44	7	7	39	1.63
34167946--34168094	74	2.0	74	98	0	289	19	6	14	59	1.56
34179010--34179116	50	2.1	50	100	0	214	57	1	11	28	1.44
34181489--34181526	20	1.9	20	89	10	60	42	10	10	36	1.74
34183525--34183690	47	3.6	46	75	16	134	26	19	30	23	1.98
34186023--34186198	46	3.8	46	79	12	198	21	19	29	29	1.98
34186022--34186191	93	1.8	93	93	0	295	21	20	29	28	1.98
34192908--34192950	17	2.5	17	92	0	68	23	34	16	25	1.95
34194029--34194187	43	3.7	43	77	9	155	33	26	16	23	1.96
34198760--34198818	30	2.0	30	86	6	84	49	11	6	32	1.66
34224860--34224961	50	2.0	50	88	3	152	51	18	10	18	1.74
34232987--34233029	17	2.6	17	81	3	52	41	20	4	32	1.73
34242864--34242916	11	5.0	11	84	6	74	32	18	13	35	1.90
34242856--34242916	21	2.9	21	90	4	97	34	18	11	36	1.86
34242856--34242914	5	11.4	5	75	7	55	35	18	10	35	1.85
34242856--34242922	10	6.6	10	81	11	75	35	17	10	35	1.85
34250741--34250772	11	3.0	11	95	4	57	28	18	15	37	1.92
34250733--34250772	21	1.9	21	90	10	64	32	17	12	37	1.87
34250733--34250778	10	4.6	10	87	12	60	34	17	10	36	1.85
34257584--34257628	23	2.0	23	90	0	72	31	2	0	66	1.04
34257592--34257646	29	2.0	27	85	7	74	30	1	0	67	1.01
34257644--34257728	39	2.2	40	84	2	109	24	1	8	65	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34260775--34260880	50	2.1	50	84	3	142	41	20	8	29	1.82
34260853--34260966	36	3.2	36	82	5	151	42	17	7	31	1.78
34260853--34260966	35	3.2	34	82	8	147	42	17	7	31	1.78
34261724--34261780	28	2.0	28	83	10	71	26	12	1	59	1.43
34266009--34266253	49	4.9	49	82	3	292	30	26	17	25	1.97
34266010--34266253	100	2.5	98	83	4	310	30	27	17	25	1.97
34272047--34272143	41	2.4	41	96	0	176	20	21	29	27	1.98
34275484--34275819	47	7.1	47	90	2	492	32	11	29	27	1.91
34275793--34275929	46	3.0	46	86	0	184	33	8	32	26	1.85
34280459--34280534	20	3.8	20	79	8	64	31	0	7	60	1.25
34280478--34280524	22	2.2	22	88	7	71	34	0	8	57	1.29
34280907--34280960	15	3.5	15	75	9	54	5	22	0	72	1.05
34280917--34280962	17	2.5	19	79	13	60	4	26	0	69	1.07
34289124--34289750	279	2.2	279	83	4	809	25	16	23	33	1.96
34289124--34289750	70	9.0	70	80	3	622	25	16	23	33	1.96
34289132--34289768	209	3.0	209	79	5	581	25	16	24	34	1.95
34291351--34291424	20	3.3	20	68	22	58	17	22	33	25	1.96
34296310--34296384	18	4.2	18	83	6	89	34	14	21	29	1.93
34296919--34296960	11	3.9	11	84	9	52	30	2	45	21	1.65
34300009--34300038	14	2.1	14	100	0	60	30	0	30	40	1.57
34303324--34303499	46	3.8	46	78	10	196	20	21	29	28	1.98
34303320--34303492	93	1.9	93	92	0	292	20	21	30	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34311152--34311192	3	13.7	3	100	0	82	68	0	31	0	0.90
34314260--34314435	27	6.5	27	82	3	174	30	28	14	26	1.95
34314279--34314431	82	1.9	81	87	4	227	30	28	15	26	1.96
34316649--34316706	30	2.0	30	96	3	109	25	17	25	31	1.97
34320150--34320243	33	2.9	33	74	18	99	28	26	21	23	1.99
34320181--34320235	29	1.9	28	88	3	83	27	27	23	21	1.99
34320249--34320331	31	2.7	31	94	3	143	27	25	16	30	1.97
34320538--34320620	25	3.4	24	86	6	105	25	21	22	30	1.99
34321426--34321503	27	2.9	27	79	11	88	20	20	21	37	1.95
34321521--34321773	27	9.3	27	77	5	186	30	7	20	40	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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