genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.51.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   

This is table  51  of  320  ( 38372 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14835668--14835777	46	2.4	45	80	9	123	54	4	0	40	1.27
14844183--14844305	56	2.2	58	89	5	189	49	4	16	30	1.64
14851366--14851411	3	15.3	3	100	0	92	67	0	0	32	0.91
14862504--14862550	24	1.9	25	95	4	87	0	23	0	76	0.78
14862504--14862549	12	3.8	12	80	11	58	0	21	0	78	0.76
14864323--14864411	44	2.0	44	82	8	110	37	24	17	20	1.94
14866929--14867001	37	2.0	37	91	0	119	27	31	17	23	1.97
14867150--14867293	50	2.9	48	86	8	191	29	25	8	36	1.85
14867150--14867340	100	1.9	96	85	7	258	28	25	9	36	1.87
14867304--14867375	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
14867208--14867404	47	4.1	47	88	3	234	27	27	9	35	1.88
14870045--14870140	47	2.0	47	94	4	167	40	16	2	40	1.60
14875352--14875542	40	4.8	40	89	3	244	25	30	21	22	1.99
14883691--14883802	40	2.8	41	83	2	138	24	31	23	21	1.98
14886216--14886257	22	1.9	22	95	0	75	42	11	9	35	1.74
14903121--14903161	17	2.6	17	81	11	52	51	0	0	48	1.00
14905683--14905736	27	2.0	27	88	0	81	40	14	5	38	1.70
14911402--14911441	16	2.6	17	85	14	52	60	0	0	40	0.97
14912646--14912712	16	4.2	16	88	0	89	28	26	2	41	1.70
14924292--14924323	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
14924292--14924322	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
14932133--14932167	18	1.9	18	88	0	52	31	20	17	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14934253--14934292	20	1.9	22	85	10	57	30	22	7	40	1.81
14940105--14940199	40	2.4	38	81	10	102	28	27	15	28	1.96
14941693--14941808	47	2.4	47	84	1	124	27	14	30	27	1.95
14942719--14942751	13	2.5	13	95	0	57	0	27	42	30	1.56
14943031--14943071	21	2.0	20	90	4	64	9	36	31	21	1.86
14945444--14945488	22	2.0	22	83	8	56	44	20	8	26	1.80
14948644--14948679	15	2.4	15	95	0	63	0	38	0	61	0.96
14951003--14951052	13	4.2	12	80	14	59	58	2	0	40	1.10
14953179--14953226	6	7.8	6	97	2	87	0	83	0	16	0.65
14953291--14953336	18	2.5	19	79	13	51	32	4	6	56	1.45
14955440--14955649	43	4.9	43	81	5	212	27	16	25	30	1.96
14955430--14955636	85	2.4	86	79	5	222	27	15	26	29	1.96
14966717--14966756	18	2.2	18	86	0	53	37	7	17	37	1.78
14966907--14966983	21	3.8	20	79	6	84	16	20	18	44	1.87
14969382--14969441	28	2.1	28	87	0	84	28	18	18	35	1.94
14971415--14971607	39	4.6	41	80	10	185	51	10	9	28	1.68
14971415--14971710	45	6.8	45	77	8	206	51	11	7	29	1.65
14971568--14971947	86	4.4	86	86	5	498	52	12	5	29	1.62
14971713--14971944	41	5.5	40	73	16	164	51	13	6	28	1.64
14971568--14971965	171	2.3	175	85	5	515	52	12	6	28	1.63
14971545--14971965	45	9.7	44	73	11	305	52	12	5	28	1.63
14973678--14973810	56	2.4	56	83	2	160	23	28	25	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14974882--14974944	25	2.5	25	89	0	90	30	15	28	25	1.96
14976631--14976716	25	3.5	25	79	7	86	22	23	24	30	1.99
14977798--14977932	56	2.4	56	83	0	162	24	26	25	23	2.00
14982003--14982030	3	9.3	3	100	0	56	32	35	0	32	1.58
14988126--14988172	23	2.0	23	83	4	58	27	10	19	42	1.84
14994713--14994786	19	3.8	19	74	13	71	60	0	1	37	1.05
14996089--14996123	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
14996277--14996422	25	5.8	25	72	9	109	55	5	6	32	1.49
14996971--14997066	30	3.2	30	89	0	156	18	6	47	27	1.72
14997681--14997977	87	3.4	86	77	7	269	36	19	14	29	1.92
14997769--14998001	88	2.6	86	79	12	240	36	19	14	30	1.91
14997915--14998602	76	9.1	76	80	11	675	33	21	16	28	1.95
14998372--14998582	71	2.9	74	86	5	270	31	18	17	32	1.94
14997944--14998602	302	2.2	297	82	9	791	33	20	16	28	1.95
14998611--14998928	77	4.3	74	81	7	315	33	19	16	30	1.94
14998654--14998913	77	3.5	77	83	5	320	31	20	15	32	1.94
14999100--14999144	13	3.4	13	84	6	63	68	4	11	15	1.34
14998926--14999216	102	2.9	102	86	4	385	40	18	17	23	1.91
14999124--14999289	73	2.2	74	89	2	244	32	21	18	28	1.96
15009288--15009322	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
15009472--15009684	25	8.9	25	70	15	110	54	4	5	34	1.45
15010172--15010225	18	3.3	18	66	28	57	22	7	48	22	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15010172--15010255	18	5.4	17	64	30	53	20	7	47	25	1.75
15010167--15010262	30	3.2	30	92	0	165	17	6	48	27	1.71
15010962--15011000	20	2.0	20	85	14	55	58	7	28	5	1.47
15013952--15014129	27	6.6	27	80	3	160	28	29	16	25	1.97
15013973--15014128	82	1.9	81	84	3	206	28	29	16	25	1.97
15015371--15015432	23	2.7	23	69	11	56	19	22	3	54	1.58
15021925--15022102	27	6.6	27	80	3	160	28	29	16	25	1.97
15021946--15022101	82	1.9	81	84	3	206	28	29	16	25	1.97
15034564--15034627	24	2.7	24	69	11	60	18	21	3	56	1.56
15036527--15036817	100	2.9	100	77	3	289	34	16	22	26	1.95
15039197--15039319	47	2.6	47	96	0	219	30	29	18	21	1.97
15039513--15039545	16	2.0	17	94	5	59	51	12	0	36	1.39
15039739--15039797	30	2.0	30	83	6	75	30	27	5	37	1.78
15048586--15048618	15	2.2	15	89	10	50	69	0	18	12	1.18
15050538--15050570	15	2.2	15	89	10	50	69	0	18	12	1.18
15055092--15055195	7	14.9	7	98	0	181	46	14	14	25	1.82
15057258--15057290	16	2.0	17	88	5	50	69	0	0	30	0.88
15057569--15057622	22	2.5	22	90	3	92	35	18	7	38	1.79
15057580--15057671	17	4.9	19	83	16	122	34	16	10	38	1.84
15057787--15057821	18	1.9	18	88	0	52	11	2	14	71	1.25
15058014--15058299	45	6.4	45	84	1	351	25	28	13	32	1.94
15058040--15058286	89	2.8	89	89	0	386	27	29	13	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15058014--15058299	134	2.1	134	87	2	405	25	28	13	32	1.94
15058316--15058844	78	6.8	78	91	0	794	24	23	18	33	1.97
15059025--15059326	131	2.4	124	84	6	367	25	20	17	36	1.94
15058708--15059247	298	1.8	298	91	0	893	26	21	17	34	1.96
15059092--15059343	131	1.9	131	91	0	414	25	20	16	36	1.94
15059083--15059364	131	2.2	131	85	1	404	25	19	17	36	1.94
15068157--15068188	10	3.2	10	100	0	64	9	37	9	43	1.69
15069235--15070023	47	16.7	47	91	5	1231	29	28	8	32	1.87
15069235--15070023	96	8.4	95	92	4	1248	29	28	8	32	1.87
15069887--15069967	37	2.2	38	97	2	155	29	28	9	32	1.89
15069840--15070015	84	2.1	85	92	4	302	27	28	10	32	1.90
15075650--15075707	22	2.7	21	76	10	53	43	17	3	36	1.66
15075679--15075776	35	2.7	37	87	12	150	35	16	10	37	1.82
15075686--15075776	19	4.9	19	92	8	161	36	15	10	37	1.83
15075891--15075929	21	1.9	20	84	5	51	10	2	15	71	1.23
15089859--15090070	40	5.3	40	78	2	239	24	20	27	27	1.99
15089863--15090079	80	2.7	79	87	3	301	24	20	27	27	1.99
15093196--15093510	48	6.6	48	94	1	524	25	19	28	26	1.98
15093141--15093510	96	3.9	96	89	4	524	25	19	28	26	1.99
15093141--15093510	144	2.6	142	88	5	520	25	19	28	26	1.99
15097834--15097881	24	2.0	25	91	4	80	31	2	6	60	1.33
15105317--15105430	58	2.0	58	96	0	210	42	34	7	15	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15105916--15105989	13	5.8	13	67	28	52	43	0	4	52	1.20
15106551--15106608	30	1.9	30	85	0	80	43	3	22	31	1.70
15106820--15106851	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
15106946--15107187	50	4.7	50	84	4	279	26	23	29	20	1.99
15106946--15107195	100	2.4	103	86	6	346	26	23	29	21	1.99
15114933--15114979	24	2.0	24	91	0	76	40	25	8	25	1.84
15116889--15117135	49	5.0	50	80	2	273	25	19	26	28	1.98
15120251--15120497	49	5.0	50	81	2	282	24	19	27	28	1.98
15120356--15120439	28	3.2	27	65	25	72	23	17	29	28	1.97
15124982--15125021	21	2.0	21	90	5	64	20	27	40	12	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320