genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   

This is table  61  of  320  ( 38372 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18188313--18188383	27	2.7	27	84	6	74	35	16	12	35	1.87
18188363--18188432	27	2.6	26	76	10	70	34	21	18	25	1.96
18190679--18190996	46	6.7	47	85	9	371	20	22	15	42	1.89
18190679--18190995	96	3.3	95	90	2	426	19	22	15	42	1.89
18193033--18193075	22	1.9	23	90	4	70	0	25	0	74	0.82
18199567--18199825	126	2.1	126	99	0	511	30	7	17	44	1.77
18204574--18204745	27	6.4	26	85	4	182	25	19	19	35	1.95
18204578--18204738	53	3.0	52	82	8	198	25	19	19	35	1.95
18204574--18204745	80	2.1	81	82	1	211	25	19	19	35	1.95
18212123--18212214	44	2.1	44	95	0	166	16	30	18	34	1.93
18214528--18214724	54	3.6	54	84	6	247	36	17	24	21	1.95
18218416--18218504	44	2.0	44	97	0	169	40	10	15	33	1.81
18220312--18220370	30	1.9	31	82	3	75	35	15	18	30	1.92
18221101--18221308	54	3.9	53	84	4	238	35	16	25	23	1.95
18221109--18221321	107	2.0	108	83	2	268	36	15	25	22	1.94
18224097--18224149	26	2.0	27	88	3	81	54	15	9	20	1.68
18225582--18225623	19	2.3	19	87	4	59	35	11	11	40	1.79
18229280--18229354	27	2.8	26	75	11	71	33	14	6	45	1.71
18229500--18229535	6	6.3	6	87	12	58	19	33	0	47	1.50
18229500--18229535	16	2.1	16	90	10	54	19	33	0	47	1.50
18231810--18231893	42	2.0	42	95	0	150	41	27	19	11	1.86
18238164--18238248	7	12.0	7	89	2	134	16	0	40	43	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18262060--18262116	19	2.9	19	81	5	60	59	7	0	33	1.24
18275751--18275788	19	2.0	19	89	0	58	68	5	0	26	1.11
18276499--18276573	30	2.5	30	91	0	114	54	12	13	20	1.70
18276589--18276718	9	14.0	9	71	21	58	60	2	3	33	1.25
18276589--18276718	19	7.0	19	66	19	60	60	2	3	33	1.25
18278429--18278655	40	5.7	40	94	0	391	21	28	20	30	1.98
18280966--18280999	18	2.0	16	88	11	50	67	0	2	29	1.05
18290858--18291044	100	1.9	101	88	1	286	28	19	24	27	1.98
18291249--18291278	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
18296806--18296866	30	2.1	29	93	3	104	22	16	22	37	1.93
18298520--18298749	104	2.2	104	88	0	343	24	25	27	22	2.00
18302288--18302328	21	2.1	19	86	9	55	63	4	0	31	1.15
18302291--18302346	19	2.8	21	76	17	57	57	7	0	35	1.26
18310724--18310787	29	2.4	27	80	12	69	62	3	1	32	1.20
18310735--18310839	36	3.5	30	71	25	89	60	0	1	36	1.14
18310867--18310913	19	2.5	19	83	10	60	53	0	4	42	1.20
18315962--18316213	125	2.0	125	100	0	504	27	10	23	38	1.87
18319529--18319632	48	2.2	48	82	3	120	28	35	13	22	1.92
18321974--18322149	46	3.8	46	74	18	166	30	27	19	22	1.98
18330896--18330999	48	2.2	48	84	3	129	30	31	14	23	1.94
18336285--18336325	18	2.3	19	80	20	52	48	14	0	36	1.44
18338889--18338913	11	2.3	11	100	0	50	16	8	24	52	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18341630--18341679	23	2.1	24	96	3	93	20	14	16	50	1.78
18341845--18341876	10	3.2	10	100	0	64	9	0	31	59	1.29
18341845--18341884	20	2.0	20	85	0	53	15	0	30	55	1.41
18343140--18343187	2	24.0	2	100	0	96	50	0	50	0	1.00
18347680--18347737	18	3.4	18	68	18	52	24	15	25	34	1.95
18350903--18351078	46	3.8	45	78	14	198	21	19	28	30	1.98
18350900--18351070	93	1.8	93	92	2	290	21	20	28	29	1.98
18357999--18358055	30	1.9	30	85	0	78	43	5	22	28	1.75
18358478--18358653	46	3.8	46	79	14	209	20	20	29	29	1.98
18358475--18358646	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	28	1.98
18361828--18361895	35	1.9	35	96	0	127	47	20	13	19	1.82
18362208--18362255	19	2.5	19	100	0	96	35	0	43	20	1.52
18396140--18396215	38	2.0	38	92	0	125	32	27	6	32	1.83
18401835--18401892	27	2.1	27	84	6	73	32	22	20	24	1.98
18402702--18402856	53	2.9	53	83	1	193	32	8	18	40	1.81
18402672--18402890	27	8.2	27	82	2	185	30	10	21	37	1.87
18402700--18402890	80	2.4	79	80	3	220	29	10	21	38	1.87
18442863--18442902	19	2.1	19	100	0	80	35	32	0	32	1.58
18446413--18446441	14	2.0	15	93	6	51	41	6	13	37	1.72
18455499--18455555	29	2.0	29	89	0	87	47	8	12	31	1.72
18456260--18456336	37	2.1	38	97	2	147	46	14	5	33	1.66
18456523--18456584	7	8.9	7	83	0	70	32	32	0	35	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18463077--18463388	47	6.6	47	92	2	473	33	8	29	29	1.86
18463077--18463388	96	3.3	94	89	5	448	33	8	29	29	1.86
18465519--18465593	38	2.0	38	86	5	107	30	18	26	24	1.98
18465647--18465868	40	5.6	40	91	0	356	24	22	27	26	2.00
18465853--18465884	16	2.0	16	100	0	64	25	31	25	18	1.98
18469392--18469750	47	7.6	47	92	2	540	32	8	29	29	1.87
18472444--18472482	19	2.1	19	90	9	62	51	12	15	20	1.76
18477106--18477141	7	5.3	7	86	6	56	13	0	0	86	0.58
18483216--18483248	13	2.5	13	95	0	57	51	24	6	18	1.68
18498982--18499170	40	4.7	40	92	3	274	22	21	26	29	1.99
18498982--18499208	120	1.9	119	80	8	264	20	22	28	29	1.98
18512156--18512222	29	2.3	29	84	0	80	26	31	17	23	1.97
18519884--18520007	29	4.4	28	73	8	88	29	27	15	28	1.96
18520223--18520279	16	3.6	16	82	0	60	10	24	21	43	1.83
18521502--18521534	16	2.1	16	94	0	57	21	6	24	48	1.72
18523560--18523697	43	3.2	42	76	6	125	27	15	23	33	1.95
18528562--18528605	22	1.9	24	90	9	74	70	15	13	0	1.17
18532769--18533111	27	12.7	27	80	5	266	39	19	9	30	1.85
18532904--18533164	27	9.6	27	78	7	163	39	20	9	31	1.84
18533149--18533288	27	5.2	27	92	0	208	36	17	18	27	1.93
18533147--18533317	81	2.1	81	84	2	218	36	18	18	26	1.94
18533147--18533312	54	3.1	54	87	0	233	36	16	19	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18536442--18536597	43	3.7	43	81	2	172	34	25	14	26	1.94
18544277--18544385	37	2.9	37	93	2	175	27	31	18	22	1.97
18544532--18544653	39	2.7	47	74	21	143	29	27	7	35	1.84
18544550--18544629	39	2.1	39	97	0	151	30	26	6	37	1.81
18544627--18544844	47	4.7	47	93	1	368	26	28	12	32	1.92
18548766--18549068	40	7.6	40	89	2	396	27	28	20	24	1.99
18556731--18557030	40	7.6	40	88	4	378	27	28	20	24	1.99
18556731--18557030	79	3.8	79	87	3	374	27	28	20	24	1.99
18556729--18557030	119	2.5	118	87	2	408	27	28	19	24	1.99
18569923--18570058	66	2.0	67	81	7	159	53	2	5	37	1.40
18571905--18572046	27	5.3	27	85	5	171	35	23	23	17	1.95
18572666--18572801	26	5.2	26	94	0	236	36	25	5	33	1.78
18578642--18578691	25	2.0	25	96	0	91	40	10	12	38	1.76
18579325--18579385	3	20.3	3	100	0	122	65	0	0	34	0.93
18584106--18584145	4	10.0	4	86	0	53	67	2	2	27	1.16
18584463--18584559	25	4.3	22	77	13	76	56	10	2	30	1.44
18584508--18584558	21	2.4	22	90	3	77	58	7	1	31	1.37
18586463--18586566	43	2.4	44	80	4	122	18	19	24	38	1.93
18586499--18586909	87	4.7	86	70	15	258	21	22	22	33	1.97
18586713--18586908	84	2.3	84	84	5	234	20	24	21	33	1.97
18598793--18598832	4	10.0	4	86	0	53	67	2	2	27	1.16
18599149--18599245	25	4.2	23	74	13	76	55	10	2	31	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18599954--18599984	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
18600538--18600574	19	1.9	19	88	0	56	16	0	45	37	1.47
18602271--18602295	10	2.5	10	100	0	50	20	8	0	72	1.10
18604816--18604858	23	1.9	22	85	4	59	13	9	11	65	1.48
18608997--18609171	46	3.8	46	78	13	205	28	29	21	21	1.98
18609004--18609175	93	1.8	93	94	0	308	27	29	21	21	1.99
18614087--18614131	24	1.9	23	86	4	63	28	22	8	40	1.84
18616103--18616277	46	3.8	46	78	13	205	28	29	21	21	1.98
18616110--18616281	93	1.8	93	94	0	308	27	29	21	21	1.99
18629681--18629854	46	3.8	46	78	14	205	28	29	21	20	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320