genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27001156--27001195	22	1.9	20	85	10	53	35	2	10	52	1.48
27003890--27003950	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
27006967--27007094	51	2.8	45	78	14	143	21	17	30	30	1.96
27009783--27009833	27	1.9	26	84	4	66	19	27	17	35	1.94
27009850--27009911	31	2.0	32	87	3	90	20	24	19	35	1.96
27018762--27018888	35	3.6	34	80	5	128	14	8	33	43	1.77
27022464--27022496	16	2.0	17	88	5	50	63	12	3	21	1.41
27023101--27023151	19	2.7	19	78	6	50	33	0	0	66	0.92
27023603--27023633	14	2.2	14	94	0	53	61	12	6	19	1.53
27024252--27024310	29	2.0	29	83	3	73	50	10	5	33	1.58
27028390--27028482	28	3.3	28	77	5	98	25	27	17	29	1.97
27028489--27028566	40	2.0	39	87	2	111	32	29	12	25	1.93
27040975--27041000	13	2.0	13	100	0	52	15	0	15	69	1.20
27045416--27045638	40	5.6	40	87	2	281	23	25	25	26	2.00
27045416--27045638	79	2.8	80	86	3	281	23	25	25	26	2.00
27053088--27053166	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
27053285--27053648	47	7.7	47	94	0	586	28	30	9	32	1.88
27053501--27053576	22	3.3	22	64	10	62	27	30	11	30	1.92
27057653--27057880	40	5.7	40	86	3	273	24	26	22	25	2.00
27070874--27071163	50	5.8	50	78	3	287	33	26	14	25	1.95
27070935--27071116	101	1.8	101	91	0	301	31	26	15	25	1.96
27070869--27071163	150	1.9	150	86	3	412	33	26	14	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27071755--27071811	30	1.9	30	85	0	78	26	22	10	40	1.86
27078235--27078524	145	2.0	145	96	0	535	38	23	8	28	1.84
27079902--27079948	20	2.3	20	85	0	58	36	14	0	48	1.44
27082495--27082524	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
27086649--27086797	40	3.7	40	89	3	237	26	27	22	24	2.00
27086616--27086793	80	2.2	80	88	3	252	25	27	22	24	2.00
27094345--27094634	41	7.1	41	88	5	308	37	23	21	18	1.94
27094375--27094634	82	3.2	81	90	3	380	36	23	21	17	1.94
27094374--27094634	123	2.1	121	88	4	373	37	23	21	17	1.94
27094795--27094843	21	2.3	21	75	0	53	20	4	28	46	1.68
27094868--27095060	21	8.7	21	67	20	63	22	0	37	38	1.59
27094932--27095060	7	18.1	7	71	10	75	20	0	41	37	1.53
27096334--27096364	15	2.1	15	100	0	62	6	29	12	51	1.65
27107699--27107875	48	3.7	47	78	16	195	21	22	28	28	1.99
27112305--27112453	40	3.7	40	89	3	237	26	27	22	24	2.00
27112272--27112449	80	2.2	80	88	3	252	25	27	22	24	2.00
27120332--27120477	40	3.7	40	86	9	219	26	26	22	24	2.00
27120309--27120473	40	4.2	39	86	6	203	25	26	23	24	2.00
27120299--27120473	77	2.2	79	85	7	225	25	26	22	25	2.00
27127481--27128352	436	2.0	437	96	0	1620	34	18	14	32	1.91
27132396--27132580	79	2.3	81	81	7	209	24	21	27	26	1.99
27132396--27132580	40	4.7	40	76	6	180	24	21	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27140350--27140534	79	2.3	82	81	7	211	25	22	26	25	2.00
27140350--27140541	40	4.8	40	82	6	194	26	21	26	25	2.00
27142006--27142038	13	2.3	15	90	10	52	30	0	12	57	1.35
27145252--27145310	31	1.9	31	92	0	100	54	10	1	33	1.44
27146068--27146114	15	2.8	16	76	17	51	57	2	0	40	1.11
27146952--27146983	14	2.3	14	94	0	55	34	0	0	65	0.93
27147619--27147643	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
27149185--27149227	22	2.0	22	85	0	59	44	4	2	48	1.36
27153164--27153284	40	3.0	41	86	4	174	36	19	28	15	1.92
27153183--27153284	20	5.1	20	67	13	66	34	19	29	16	1.94
27155991--27156026	17	2.1	17	100	0	72	27	11	11	50	1.72
27157607--27157795	94	2.0	94	95	0	342	45	7	15	31	1.75
27165713--27165741	14	2.0	15	93	6	51	24	0	20	55	1.44
27180437--27180543	56	1.9	56	84	7	146	25	16	27	30	1.97
27182180--27182348	84	2.0	84	100	0	338	29	14	27	28	1.95
27183712--27183895	54	3.4	54	88	0	269	30	13	20	34	1.91
27185841--27186062	48	4.7	49	78	8	210	25	18	30	25	1.98
27195136--27195176	17	2.5	16	88	4	55	43	0	2	53	1.13
27195131--27195178	5	8.8	5	80	15	51	39	0	4	56	1.19
27195127--27195178	22	2.3	23	81	15	65	38	0	3	57	1.17
27194970--27195149	90	2.0	90	85	6	242	34	7	11	47	1.67
27195131--27195178	11	4.4	10	78	17	51	39	0	4	56	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27195166--27195205	20	2.0	21	85	14	57	35	0	2	62	1.09
27195826--27195964	9	15.4	9	71	13	83	66	1	0	31	1.06
27195881--27195964	8	9.5	8	73	20	53	69	0	0	30	0.89
27195826--27195931	25	4.1	25	73	15	74	66	1	0	30	1.08
27195895--27195950	19	2.9	19	80	17	62	67	0	0	32	0.91
27195894--27195956	19	3.4	18	76	18	58	69	0	0	30	0.88
27196473--27196549	9	8.3	9	76	9	75	63	0	2	33	1.08
27196479--27196553	10	7.8	10	72	13	59	64	0	2	33	1.08
27201695--27201826	59	2.2	59	83	9	162	46	13	3	37	1.59
27209121--27209166	24	2.1	22	84	15	60	63	0	2	34	1.07
27221403--27221580	27	6.6	27	79	3	160	28	29	16	25	1.97
27221424--27221579	82	1.9	81	82	3	197	27	29	17	25	1.97
27225669--27225820	27	5.6	27	92	3	232	27	13	28	30	1.94
27225669--27225820	55	2.8	55	92	0	241	27	13	28	30	1.94
27245454--27245498	22	2.0	22	100	0	90	17	0	17	64	1.29
27245454--27245492	12	3.4	12	79	13	55	17	0	17	64	1.30
27245839--27245948	43	2.6	42	85	1	148	20	18	30	30	1.96
27249607--27249652	22	2.0	23	84	12	60	30	8	10	50	1.68
27253043--27253281	101	2.4	102	80	2	259	34	24	12	28	1.92
27255198--27255230	7	4.7	7	92	0	57	18	51	0	30	1.46
27255198--27255237	14	2.9	14	92	0	62	20	47	0	32	1.50
27255198--27255238	21	2.0	21	90	0	64	21	46	0	31	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27256838--27257059	48	4.8	46	77	8	182	27	20	25	27	1.99
27258859--27259003	40	3.6	40	87	0	209	24	26	23	26	2.00
27262399--27262510	42	2.6	42	80	10	129	24	16	26	33	1.96
27262442--27262525	42	2.0	42	83	4	107	26	15	26	32	1.96
27269875--27270028	43	3.6	43	73	15	140	25	17	27	29	1.97
27272303--27272533	50	4.7	48	81	4	264	29	25	19	25	1.99
27272303--27272533	99	2.3	99	83	3	286	29	25	19	25	1.99
27277801--27277991	49	3.8	49	76	7	172	30	26	18	24	1.98
27288915--27289044	47	2.8	47	88	2	181	23	14	28	33	1.94
27295993--27296082	29	3.1	29	96	0	162	28	15	23	32	1.95
27302959--27303070	44	2.7	42	80	5	111	31	25	16	26	1.96
27303861--27303891	15	2.1	15	100	0	62	45	6	12	35	1.68
27312810--27312861	22	2.3	23	86	3	70	67	0	1	30	1.02
27314973--27315133	40	4.1	40	95	0	263	24	22	26	27	2.00
27314973--27315133	79	2.0	79	92	2	270	24	22	26	27	2.00
27317310--27317339	15	2.0	15	100	0	60	40	20	0	40	1.52
27318812--27318844	7	4.9	7	85	7	50	60	0	0	39	0.97
27320000--27320201	55	3.7	53	77	10	185	35	17	24	22	1.95
27319999--27320199	108	1.8	110	85	4	282	35	17	24	22	1.95
27320443--27320473	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
27326118--27326293	46	3.8	46	77	12	198	20	19	29	30	1.97
27326115--27326285	93	1.8	93	92	0	288	20	20	29	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27328817--27329034	46	4.8	45	79	6	181	25	20	31	22	1.98
27328817--27329028	92	2.3	90	82	4	228	25	19	31	22	1.98
27331839--27331880	19	2.3	19	88	12	61	45	0	19	35	1.50
27332438--27332610	46	3.7	46	77	13	183	20	19	30	30	1.97
27332432--27332602	93	1.8	93	89	0	270	19	19	29	30	1.97
27337091--27337169	28	2.7	29	72	16	83	45	0	0	54	0.99
27337084--27337180	48	1.9	52	80	19	118	46	0	2	51	1.12
27350345--27350664	49	6.7	48	71	12	176	24	31	18	26	1.97
27350344--27350649	142	2.1	142	81	7	350	24	31	17	26	1.97
27353491--27353519	15	1.9	15	100	0	58	31	6	34	27	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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