genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.250.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81767285--81767396	54	2.1	54	84	3	145	38	22	23	16	1.93
81768635--81768677	22	2.0	22	85	0	59	67	2	23	6	1.27
81775404--81775556	40	3.8	40	85	6	161	27	20	26	26	1.99
81775417--81775582	80	2.1	79	81	7	185	27	19	25	27	1.99
81783335--81783491	40	3.9	39	91	3	208	27	20	26	25	1.99
81783351--81783519	79	2.1	80	85	5	227	26	20	27	26	1.99
81783351--81783519	40	4.2	40	90	4	227	26	20	27	26	1.99
81783351--81783552	79	2.6	79	81	6	196	27	19	26	26	1.99
81786201--81786312	27	4.2	26	84	7	134	36	23	24	16	1.94
81788139--81788223	42	2.0	42	95	0	152	29	18	21	30	1.97
81794420--81794540	62	2.0	62	100	0	242	35	28	11	24	1.90
81795110--81795281	49	3.5	48	77	3	166	24	29	19	26	1.99
81807693--81807719	13	2.1	13	100	0	54	14	29	33	22	1.94
81819682--81819809	49	2.6	49	84	7	170	28	28	16	27	1.97
81819633--81819857	98	2.4	90	83	8	245	29	28	17	24	1.97
81819681--81819857	98	1.9	95	85	8	252	29	27	16	26	1.97
81819871--81819996	46	2.8	45	83	9	166	22	27	19	30	1.97
81831975--81832086	27	4.2	26	79	7	89	38	22	21	17	1.93
81831975--81832086	54	2.1	54	83	3	136	38	22	21	17	1.93
81838589--81838650	27	2.3	27	88	0	88	35	22	24	17	1.95
81846459--81846567	23	4.7	23	94	0	173	50	39	3	6	1.46
81846838--81846882	19	2.3	20	88	7	74	24	11	11	53	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81846960--81847002	18	2.4	18	96	0	77	46	2	0	51	1.13
81847268--81847325	29	2.0	29	96	0	107	37	22	10	29	1.87
81848275--81848367	32	2.9	32	95	0	159	51	18	3	26	1.61
81852666--81852702	3	12.3	3	100	0	74	67	0	32	0	0.91
81852717--81852753	17	2.2	17	95	0	65	51	18	13	16	1.76
81857595--81857654	26	2.5	24	73	10	61	53	3	3	40	1.34
81857614--81857668	14	4.2	13	77	11	51	52	1	1	43	1.22
81857658--81857718	17	3.5	17	72	16	54	65	1	1	31	1.12
81857966--81858026	18	3.4	19	75	18	60	63	0	3	32	1.10
81857955--81858205	16	15.4	16	67	23	66	59	1	3	35	1.24
81857963--81858032	21	3.3	21	76	11	63	62	0	2	34	1.10
81858000--81858087	5	17.6	5	71	23	53	57	0	3	38	1.15
81857979--81858179	108	1.8	113	80	12	247	59	1	3	34	1.25
81857965--81858131	36	4.5	36	70	23	107	61	0	4	34	1.20
81858147--81858209	3	20.3	3	75	23	51	61	0	0	38	0.96
81857962--81858284	26	11.9	26	66	24	88	60	1	4	34	1.23
81858147--81858205	29	1.9	32	90	10	97	62	0	0	37	0.95
81858150--81858209	15	4.0	15	77	16	70	61	0	0	38	0.96
81857974--81858284	20	15.8	19	65	22	78	60	1	3	34	1.23
81874202--81874256	14	4.2	13	77	11	51	52	1	1	43	1.22
81874246--81874306	17	3.5	17	72	16	54	65	1	1	31	1.12
81874359--81874417	22	2.7	23	82	14	72	57	0	5	37	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81874555--81874615	16	3.7	16	79	16	63	63	0	3	32	1.10
81874636--81874699	19	3.2	21	77	18	57	60	3	1	34	1.22
81874567--81874727	13	11.8	14	66	21	60	60	1	3	34	1.23
81874566--81874727	14	11.9	14	68	22	80	60	1	3	34	1.22
81874760--81874802	16	2.6	16	82	14	52	62	2	0	34	1.08
81876349--81876377	4	7.2	4	100	0	58	27	0	0	72	0.85
81878964--81879027	6	11.0	6	77	9	53	75	1	7	15	1.11
81878937--81878991	17	3.1	17	85	15	60	74	1	5	18	1.10
81878955--81879027	23	3.2	23	67	11	60	73	1	8	16	1.13
81878964--81879016	11	4.7	11	77	9	54	75	0	7	16	1.02
81878964--81879004	17	2.3	18	87	4	57	75	0	7	17	1.02
81886615--81886685	32	2.3	29	81	11	72	45	0	2	52	1.15
81886645--81886688	17	2.5	17	81	7	52	43	0	0	56	0.99
81890087--81890154	35	1.9	36	82	14	88	39	4	0	55	1.20
81890745--81890774	15	2.0	15	93	0	51	43	0	3	53	1.17
81891737--81891849	56	2.0	56	100	0	226	35	12	8	43	1.74
81904352--81904450	33	3.0	33	90	0	162	32	40	10	17	1.83
81908448--81908535	42	2.1	42	100	0	176	30	15	29	23	1.96
81917444--81917532	3	29.7	3	73	13	76	60	1	6	31	1.30
81917449--81917532	17	4.9	17	72	13	57	60	1	7	30	1.31
81917441--81917530	20	4.2	20	71	15	63	61	1	6	31	1.29
81917660--81917714	22	2.5	23	82	8	69	60	5	3	30	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81918471--81918496	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
81920049--81920087	19	2.1	18	90	4	60	17	0	5	76	0.96
81921402--81921691	145	2.0	145	99	0	571	33	20	16	29	1.94
81923778--81923823	9	5.1	9	86	0	65	50	10	8	30	1.68
81924024--81924064	19	2.1	20	82	13	50	26	31	0	41	1.56
81926502--81926654	43	3.4	43	73	13	153	34	14	16	34	1.89
81926497--81926778	94	3.0	94	92	2	451	35	13	17	32	1.89
81926545--81926720	51	3.6	51	73	12	170	34	13	17	34	1.89
81926708--81926856	74	2.0	74	83	5	185	42	12	17	27	1.86
81926847--81927713	44	18.8	44	71	15	324	34	15	19	30	1.93
81926894--81927712	96	8.8	89	71	14	367	33	15	19	30	1.93
81927267--81927952	96	7.2	94	74	13	371	32	15	20	31	1.94
81927267--81927617	186	1.9	186	86	1	497	32	15	20	31	1.94
81926897--81927713	45	17.6	45	73	12	417	33	15	19	30	1.94
81927358--81927722	141	2.6	141	86	1	527	33	14	19	32	1.92
81929698--81929741	15	2.8	15	86	6	52	20	6	2	70	1.21
81931234--81931329	33	2.8	35	72	20	87	46	3	0	50	1.17
81932581--81932621	5	8.4	5	94	5	75	41	0	0	58	0.98
81933898--81933954	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
81934338--81934409	21	3.3	22	94	5	121	12	26	30	30	1.93
81934325--81934430	42	2.5	42	84	3	149	15	23	27	33	1.94
81934346--81934419	21	3.5	21	96	0	130	14	27	28	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81939040--81939080	5	8.4	5	94	5	75	41	0	0	58	0.98
81940358--81940414	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
81940798--81940869	21	3.3	22	94	5	121	12	26	30	30	1.93
81940785--81940890	42	2.5	42	84	3	149	15	23	27	33	1.94
81940806--81940879	21	3.5	21	96	0	130	14	27	28	29	1.95
81943675--81943720	24	1.9	24	86	0	65	32	4	8	54	1.51
81956144--81956343	88	2.3	88	93	0	337	27	20	23	29	1.99
81956145--81956479	44	7.6	44	74	5	257	29	19	22	28	1.98
81958655--81958700	24	1.9	24	86	0	65	32	4	8	54	1.51
81964028--81964118	45	2.0	45	91	0	146	24	13	24	38	1.91
81966276--81966330	25	2.3	23	78	12	58	43	3	16	36	1.65
81967393--81967600	27	7.9	26	77	10	201	32	21	25	20	1.97
81967420--81967467	22	2.2	22	92	3	80	31	20	27	20	1.98
81967411--81967601	54	3.6	54	91	4	295	32	22	25	19	1.97
81969195--81969302	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
81969876--81969919	20	2.1	22	87	8	65	59	2	0	38	1.10
81969990--81970026	19	1.9	19	94	0	65	51	2	13	32	1.55
81970112--81970186	30	2.5	30	81	10	82	56	6	2	34	1.40
81973784--81973815	16	2.0	16	100	0	64	56	6	6	31	1.49
81977179--81977245	26	2.5	26	78	9	73	64	2	2	29	1.23
81977203--81977255	9	6.0	9	84	6	56	60	3	1	33	1.26
81977324--81977367	19	2.3	19	92	0	70	61	0	4	34	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81977882--81977927	16	2.9	16	83	6	58	26	13	10	50	1.74
81983748--81983815	34	2.0	34	88	5	102	22	29	19	29	1.98
81984493--81984567	35	2.1	35	95	0	132	14	33	28	24	1.94
81985131--81985156	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
81992241--81992329	42	2.1	42	97	0	169	31	3	17	47	1.65
81994753--81994829	39	1.9	40	84	7	102	49	0	1	49	1.09
81995186--81995242	24	2.4	24	79	5	62	40	1	0	57	1.09
81996555--81996602	22	2.2	22	85	7	62	37	8	4	50	1.52
81999643--81999775	66	2.0	66	83	0	167	36	21	9	32	1.85
82002014--82002163	75	2.0	74	92	1	246	22	25	18	34	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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