genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.227.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75412778--75412818	21	2.0	21	90	0	64	58	7	0	34	1.26
75414161--75414222	30	2.0	29	84	9	79	48	8	14	29	1.72
75419264--75419346	28	3.0	27	89	7	121	19	3	31	45	1.67
75419290--75419357	28	2.7	23	76	20	73	17	4	32	45	1.68
75434936--75435076	69	2.0	69	91	0	228	42	3	10	43	1.56
75436156--75436198	23	1.9	23	86	13	63	23	16	6	53	1.67
75438162--75438203	18	2.3	18	95	0	75	23	30	21	23	1.99
75441120--75441424	126	2.4	126	91	0	493	28	20	15	36	1.93
75441445--75442994	156	9.8	155	89	4	2155	43	20	1	34	1.62
75441445--75442994	314	4.9	312	90	3	2262	43	20	1	34	1.62
75442381--75442414	16	2.1	17	94	5	61	52	35	0	11	1.38
75442540--75442572	16	2.0	17	94	5	59	51	36	0	12	1.39
75441452--75442995	473	3.3	467	89	4	2297	43	20	1	34	1.62
75442659--75442713	23	2.4	23	81	3	67	52	30	0	16	1.44
75442695--75442728	16	2.1	17	88	5	52	52	32	0	14	1.42
75454244--75454273	12	2.5	12	88	0	51	43	20	0	36	1.52
75454363--75454411	25	2.0	25	83	0	62	24	12	6	57	1.58
75457465--75457498	17	1.9	18	94	5	61	52	0	0	47	1.00
75459098--75459175	38	2.1	38	82	0	93	32	7	20	39	1.81
75459390--75459511	45	2.7	45	83	2	165	21	18	22	38	1.93
75463460--75463527	29	2.3	28	83	14	84	30	1	4	63	1.23
75463606--75463640	18	1.9	18	94	0	61	40	11	17	31	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75465812--75466067	62	4.1	62	80	4	232	19	26	27	26	1.99
75466735--75466772	13	2.9	13	88	7	51	84	0	7	7	0.79
75466739--75466782	13	3.3	13	87	3	52	81	0	11	6	0.86
75472935--75473104	62	2.7	61	81	2	187	21	25	25	27	2.00
75475506--75475554	16	3.2	16	70	21	50	28	6	2	63	1.30
75482456--75482500	20	2.2	20	84	7	56	62	2	6	28	1.33
75484350--75484384	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
75484518--75484657	48	2.8	49	80	10	133	57	5	6	30	1.45
75484541--75484685	25	5.9	24	71	13	98	56	4	6	31	1.47
75484623--75484750	23	5.5	23	69	15	59	55	3	6	35	1.41
75485229--75485327	30	3.3	30	89	0	162	19	6	48	26	1.72
75485942--75486548	92	6.8	90	79	8	514	36	18	16	28	1.92
75486461--75486821	73	4.9	73	85	3	433	32	20	16	29	1.95
75486495--75486842	147	2.4	148	91	1	556	33	19	15	31	1.93
75487012--75487056	13	3.4	13	87	6	72	68	6	11	13	1.37
75486840--75487128	100	2.9	101	88	3	424	39	18	17	24	1.92
75487036--75487202	73	2.3	73	89	0	253	34	20	16	28	1.94
75488143--75488174	17	1.9	17	93	6	57	0	15	0	84	0.63
75494421--75494480	23	2.9	20	70	15	59	56	5	6	31	1.47
75494434--75494608	25	7.0	25	71	11	108	56	4	6	32	1.46
75494461--75494523	26	2.4	25	84	5	72	58	6	4	30	1.43
75494488--75494529	22	1.9	22	90	0	66	61	7	2	28	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75494513--75494579	29	2.3	29	82	5	73	56	4	5	32	1.43
75494457--75494608	50	3.0	49	75	12	137	55	4	6	33	1.46
75495160--75495213	18	3.3	18	66	28	57	18	7	50	24	1.72
75495155--75495223	30	2.3	30	100	0	138	14	5	52	27	1.64
75497214--75497250	19	1.9	19	100	0	74	29	5	43	21	1.75
75500688--75500739	25	2.1	25	100	0	104	34	38	7	19	1.80
75506551--75506576	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
75523007--75523041	16	2.1	17	94	5	63	28	17	25	28	1.97
75525104--75525195	20	4.7	19	73	15	64	65	0	3	31	1.09
75525111--75525194	19	4.4	18	73	16	64	64	0	3	32	1.11
75525443--75525495	22	2.4	22	96	0	97	28	7	13	50	1.68
75526446--75526484	3	13.3	3	94	5	71	35	0	0	64	0.94
75531883--75531915	4	8.2	4	87	12	50	21	27	24	27	1.99
75536006--75536043	17	2.2	18	90	4	60	13	2	5	78	1.02
75536969--75537009	15	2.5	17	84	7	50	63	2	0	34	1.08
75537199--75537225	14	1.9	14	100	0	54	51	7	0	40	1.30
75537328--75537361	3	11.3	3	93	0	59	64	0	2	32	1.08
75542322--75542372	3	17.3	3	80	11	61	31	0	1	66	1.03
75542348--75542389	17	2.4	18	80	11	52	28	4	0	66	1.12
75542342--75542393	25	2.2	26	83	13	67	30	3	0	65	1.10
75544097--75544136	20	2.1	20	86	9	57	20	5	2	72	1.15
75554988--75555054	31	2.2	30	78	5	73	35	1	10	52	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75563588--75563621	15	2.2	16	89	5	52	64	0	2	32	1.08
75564009--75564068	30	2.0	30	90	0	93	26	1	13	58	1.45
75564156--75564180	11	2.3	11	100	0	50	20	0	8	72	1.10
75564656--75565150	252	2.0	252	94	0	866	46	17	18	18	1.85
75565747--75565777	15	2.0	16	93	6	55	83	0	3	12	0.75
75566107--75566134	11	2.5	11	100	0	56	17	0	7	75	1.03
75566399--75566504	45	2.4	45	88	3	160	25	29	16	28	1.97
75566492--75566517	13	2.0	13	100	0	52	30	46	7	15	1.74
75566581--75567511	44	21.1	44	66	8	311	26	25	16	30	1.97
75566563--75567546	177	5.6	177	87	2	1345	26	25	17	30	1.97
75566563--75567546	353	2.8	353	87	2	1406	26	25	17	30	1.97
75567616--75567742	64	2.0	64	90	0	200	38	14	16	30	1.88
75569424--75569491	14	5.0	13	76	13	57	4	13	2	79	1.00
75569451--75569493	23	1.9	23	90	4	70	4	9	6	79	1.06
75578692--75579009	50	6.7	49	75	10	225	27	22	27	22	1.99
75581049--75581132	42	2.0	42	85	0	114	27	25	27	20	1.99
75583248--75583374	23	5.5	23	78	8	123	17	3	34	44	1.67
75583248--75583353	48	2.3	46	88	6	151	16	4	34	44	1.68
75594101--75594136	17	2.1	17	94	0	63	27	30	25	16	1.97
75598568--75598605	14	2.7	14	100	0	76	21	7	13	57	1.60
75600845--75600870	12	2.2	12	100	0	52	30	23	26	19	1.98
75616365--75616397	14	2.3	15	89	5	50	36	15	15	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75616440--75616495	19	2.8	19	82	17	69	25	19	25	30	1.98
75616440--75616518	21	3.8	21	85	9	85	25	21	22	30	1.99
75616459--75616529	21	3.3	21	84	9	74	28	21	21	29	1.98
75616731--75616813	30	2.7	30	89	7	116	39	13	21	25	1.90
75624396--75624490	25	3.8	25	84	2	120	29	23	21	26	1.99
75624396--75624503	25	4.4	24	81	6	103	31	21	21	25	1.98
75624710--75624824	31	3.7	31	90	1	187	33	16	26	24	1.96
75626301--75626352	5	10.2	5	76	12	52	17	5	0	76	0.97
75626310--75626368	20	3.1	18	79	13	57	15	6	3	74	1.16
75626305--75626354	26	2.0	26	88	4	75	16	8	0	76	1.02
75626587--75626684	49	2.0	49	95	0	178	27	10	12	50	1.72
75628952--75629064	27	4.2	26	84	8	136	37	23	23	16	1.94
75628952--75629064	55	2.1	54	86	5	156	37	23	23	16	1.94
75629482--75629519	8	4.8	8	93	0	58	5	23	23	47	1.72
75630296--75630367	36	2.0	34	84	13	90	55	1	37	5	1.32
75636812--75636918	27	3.9	26	79	11	99	37	19	23	19	1.94
75636812--75636918	55	2.0	54	85	5	144	37	19	23	19	1.94
75636829--75636918	28	3.2	28	78	12	96	36	22	22	18	1.95
75642687--75642855	43	4.0	43	78	7	175	27	13	25	33	1.94
75657284--75657801	257	2.0	257	98	0	1009	30	16	16	36	1.91
75662355--75662384	10	2.8	11	90	10	53	36	0	26	36	1.57
75662958--75663018	24	2.5	24	80	15	72	18	26	19	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75662963--75663075	25	4.6	25	75	7	88	21	27	17	33	1.96
75664836--75664904	34	2.0	34	100	0	138	28	8	20	42	1.82
75671570--75671599	10	2.8	11	90	10	53	36	0	26	36	1.57
75672168--75672239	24	3.0	24	75	15	76	16	27	19	36	1.93
75678893--75678941	20	2.4	21	86	10	66	61	4	0	34	1.15
75681159--75681189	3	10.3	3	92	0	53	35	3	29	32	1.73
75682150--75682218	29	2.4	29	100	0	138	49	14	13	23	1.78
75682661--75682703	22	2.0	22	81	9	52	67	4	0	27	1.10
75682660--75682717	23	2.5	23	76	15	57	67	3	0	29	1.07
75683106--75683177	34	2.1	35	85	12	96	33	0	1	65	1.02

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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