genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.155.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51175021--51175548	181	2.9	181	91	0	840	32	17	20	28	1.96
51175158--51175545	89	4.3	89	75	12	328	31	17	21	29	1.96
51175425--51175647	52	4.7	49	70	16	148	36	17	17	28	1.92
51175384--51175728	137	2.5	138	87	1	478	34	17	19	28	1.95
51176247--51176289	23	2.0	21	81	9	50	51	13	18	16	1.77
51177041--51177194	3	52.7	3	72	10	113	31	7	0	61	1.28
51177749--51177858	54	2.0	54	94	0	193	28	17	20	34	1.95
51191134--51191305	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
51191127--51191302	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
51198293--51198348	23	2.4	23	90	0	94	10	32	32	25	1.90
51204193--51204222	15	2.0	15	100	0	60	46	0	26	26	1.53
51204752--51204891	60	2.3	60	97	0	262	25	17	22	34	1.96
51209961--51210290	48	6.9	48	72	7	231	24	29	19	26	1.99
51210495--51210521	12	2.2	12	100	0	54	40	18	0	40	1.51
51211910--51211966	28	2.0	28	100	0	114	45	21	0	33	1.52
51213652--51213752	29	3.5	29	90	1	150	29	28	14	26	1.95
51225964--51226064	29	3.5	29	87	1	141	30	28	13	26	1.94
51236144--51236462	48	6.6	48	73	0	242	25	30	17	26	1.97
51243819--51243847	9	3.2	9	100	0	58	31	24	10	34	1.89
51256488--51256512	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
51260765--51260955	27	7.1	27	78	2	177	40	23	8	27	1.83
51260770--51260955	54	3.5	53	78	8	205	41	22	8	27	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51260764--51260956	81	2.4	80	80	6	201	40	23	8	27	1.83
51260935--51260988	27	2.0	27	92	0	90	35	16	16	31	1.92
51260776--51260983	108	1.9	108	87	1	301	40	22	9	27	1.85
51267918--51268049	47	2.8	47	82	3	149	24	12	25	37	1.91
51276837--51276901	34	1.9	34	90	0	103	30	24	20	24	1.98
51277230--51277294	33	2.0	33	90	0	103	30	27	13	27	1.94
51284564--51284592	13	2.3	13	94	5	51	24	6	0	68	1.13
51299814--51300075	131	2.0	131	91	1	427	29	15	20	34	1.94
51304411--51304586	46	3.8	46	76	11	180	22	20	29	27	1.98
51307508--51307638	65	2.0	65	95	0	235	22	14	19	42	1.88
51318794--51318844	26	2.0	26	84	7	68	60	17	7	13	1.56
51319618--51319832	108	2.0	108	89	0	331	31	16	17	34	1.92
51324110--51324143	13	2.6	13	90	0	50	8	32	8	50	1.64
51324504--51324547	11	3.9	11	82	5	52	65	6	6	20	1.39
51330891--51330959	30	2.3	30	87	0	93	15	21	33	28	1.95
51331064--51331090	12	2.2	12	100	0	54	29	40	22	7	1.81
51337706--51337769	31	2.1	31	84	0	83	23	21	14	40	1.90
51337953--51338118	24	7.0	24	86	4	221	26	20	23	29	1.99
51337953--51338118	71	2.3	71	89	3	244	26	20	23	29	1.99
51337953--51338118	47	3.5	48	86	4	221	26	20	23	29	1.99
51339441--51339514	26	2.8	26	76	13	71	21	18	21	37	1.94
51339555--51339836	27	10.4	27	79	11	84	32	9	19	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51339619--51339795	81	2.2	80	83	7	225	29	8	19	42	1.81
51339617--51339809	27	7.2	26	85	6	183	30	8	21	40	1.82
51339789--51339917	27	4.8	27	88	0	159	41	7	21	29	1.81
51339763--51339893	54	2.4	54	85	1	165	41	7	19	31	1.80
51339778--51339947	81	2.1	80	79	2	196	37	7	22	32	1.83
51345624--51345691	27	2.5	27	87	0	91	25	13	19	42	1.87
51345624--51345703	27	3.0	27	86	0	88	22	12	21	43	1.86
51351779--51351919	50	2.8	50	88	2	185	29	24	19	26	1.98
51359058--51359133	22	3.3	22	67	22	66	31	10	31	26	1.90
51359023--51359225	47	4.3	47	86	3	277	33	9	29	27	1.88
51359296--51359380	40	2.2	40	82	2	100	18	20	31	29	1.96
51361968--51362111	40	3.6	40	88	2	193	23	27	25	23	2.00
51365471--51365571	51	2.0	51	92	0	166	38	10	18	31	1.86
51367299--51367370	24	3.0	24	74	9	67	19	22	18	40	1.92
51369534--51369774	37	6.6	37	73	12	187	39	15	18	26	1.90
51369538--51369677	73	1.9	73	84	8	187	40	13	17	27	1.88
51369572--51369776	72	2.8	73	80	4	200	39	15	19	26	1.90
51369803--51369879	35	2.2	36	90	2	120	32	19	23	24	1.97
51369820--51369937	58	2.0	58	90	3	184	33	18	24	22	1.97
51369855--51369903	23	2.2	23	85	3	64	30	18	28	22	1.97
51369878--51370115	35	6.7	35	74	8	167	37	16	20	25	1.93
51369878--51370069	35	5.4	36	79	7	176	36	16	21	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51369886--51370069	36	5.1	37	80	7	166	36	16	20	26	1.94
51369878--51370069	72	2.7	72	79	3	215	36	16	21	26	1.94
51371009--51371044	16	2.2	16	90	0	54	63	2	5	27	1.30
51376299--51376562	129	2.0	129	86	1	368	30	24	20	25	1.98
51379939--51380115	40	4.5	40	87	2	243	22	23	29	24	1.99
51397684--51397757	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
51402256--51402302	16	2.9	17	87	12	73	51	21	6	21	1.70
51403410--51403454	8	5.6	8	81	0	54	48	17	24	8	1.75
51403410--51403460	16	3.2	16	85	0	57	49	15	23	11	1.78
51403671--51403784	29	4.0	29	76	7	110	27	14	30	27	1.95
51412641--51412683	16	2.6	16	77	3	50	51	20	11	16	1.75
51413785--51413827	16	2.7	16	81	0	59	53	11	20	13	1.71
51414043--51414105	28	2.2	29	80	2	74	26	14	30	28	1.95
51420040--51420410	48	7.8	48	71	9	161	28	24	16	30	1.97
51419994--51420302	90	3.4	90	72	9	239	28	25	17	28	1.98
51420002--51420399	186	2.1	186	80	5	439	27	24	17	29	1.97
51421705--51421864	23	6.8	24	77	14	124	25	22	18	33	1.97
51421706--51421863	22	6.8	21	77	15	102	25	22	18	33	1.96
51421714--51421864	45	3.2	45	81	10	162	25	21	18	33	1.96
51437436--51437501	20	3.4	20	66	29	61	48	24	3	24	1.65
51452366--51452419	26	2.1	26	100	0	108	27	18	20	33	1.96
51459421--51459712	49	6.1	49	90	4	461	31	8	30	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51459421--51459712	96	3.0	96	95	0	503	31	8	30	28	1.88
51459831--51459909	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
51461969--51462063	28	3.4	28	91	2	138	27	12	26	33	1.92
51461987--51462077	28	3.3	27	87	4	110	30	12	21	35	1.90
51464589--51464738	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
51464561--51464738	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
51464562--51464717	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
51472595--51472744	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
51472567--51472744	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
51472568--51472723	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
51473431--51474812	719	1.9	716	87	2	2004	32	16	22	28	1.96
51481211--51481305	27	3.4	28	92	2	147	27	11	27	33	1.91
51481229--51481319	28	3.3	27	89	4	119	30	10	23	35	1.89
51484245--51484341	43	2.3	43	100	0	194	23	14	34	27	1.94
51484302--51484369	28	2.4	28	97	0	127	23	13	32	30	1.93
51484259--51484412	71	2.2	71	97	0	290	23	13	33	29	1.93
51484330--51484418	43	2.1	43	95	0	160	21	15	34	28	1.94
51484400--51484473	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
51484823--51484920	39	2.5	39	86	3	115	26	24	27	21	1.99
51484783--51484971	40	4.7	40	79	7	154	24	23	27	24	2.00
51484903--51485057	40	3.9	40	82	0	166	23	21	29	25	1.99
51488328--51488619	49	6.1	49	90	4	461	31	8	30	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51488328--51488619	96	3.0	96	95	0	503	31	8	30	28	1.88
51488738--51488816	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
51490586--51490633	24	2.0	24	91	0	78	29	20	29	20	1.98
51504504--51504615	44	2.5	44	89	2	163	25	23	19	32	1.98
51504535--51504627	44	2.1	44	80	4	98	27	24	19	27	1.99
51510547--51510725	48	3.7	48	87	0	259	27	30	16	24	1.97
51514482--51514603	47	2.6	47	96	0	217	36	13	23	26	1.93
51514582--51514789	55	3.9	54	80	6	215	36	16	24	23	1.94
51518956--51519230	48	5.7	48	85	1	338	26	31	17	24	1.97
51521122--51521189	28	2.4	28	95	0	118	26	32	17	23	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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