genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24928195--24928329	50	2.8	49	78	10	152	27	18	31	22	1.97
24928153--24928329	97	1.8	95	85	10	252	27	18	31	23	1.97
24930002--24930082	27	3.0	26	87	3	99	34	22	25	17	1.95
24931478--24931508	15	2.1	15	100	0	62	41	25	6	25	1.79
24931692--24931799	26	4.2	26	93	0	189	37	27	6	28	1.82
24934054--24934107	26	2.1	26	96	0	99	33	7	5	53	1.52
24939307--24939995	23	30.2	23	73	9	439	37	23	5	33	1.78
24939347--24940506	46	25.2	45	75	14	603	36	24	5	33	1.78
24939321--24940461	69	16.5	67	73	12	707	37	23	5	33	1.78
24939775--24940449	193	3.7	183	81	9	685	36	23	5	34	1.77
24939996--24940414	160	2.6	159	87	4	603	37	24	4	33	1.76
24939996--24940461	68	6.8	69	76	11	397	37	24	4	33	1.77
24939996--24940506	23	22.4	22	77	10	406	36	24	4	33	1.77
24944712--24944830	41	2.9	41	82	0	121	29	15	13	41	1.86
24944965--24945025	7	8.4	7	92	3	77	31	1	1	65	1.12
24944958--24945025	21	3.1	21	82	6	82	33	1	1	63	1.13
24945869--24945910	21	2.0	21	85	0	57	52	33	0	14	1.42
24945926--24946015	36	2.5	37	80	7	96	51	24	0	24	1.49
24946081--24946118	15	2.6	15	87	4	60	44	36	0	18	1.50
24946075--24946123	22	2.3	21	82	3	62	46	30	0	22	1.52
24960482--24960744	40	6.6	40	86	4	318	26	27	20	25	1.99
24985631--24985679	21	2.3	20	83	16	64	0	16	0	83	0.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24985633--24985678	18	2.5	18	89	3	65	0	17	0	82	0.67
24985641--24985679	8	4.6	8	81	12	51	0	15	0	84	0.62
24985630--24985679	11	4.7	10	87	7	64	0	16	0	84	0.63
24991677--24991765	19	4.8	19	86	8	130	37	14	12	35	1.84
24991677--24991765	35	2.4	37	87	9	128	37	14	12	35	1.84
24991689--24991744	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
24991732--24991773	19	2.3	18	88	8	59	38	14	16	30	1.89
25009931--25010011	22	3.5	23	79	16	96	37	20	20	20	1.95
25009931--25010046	24	4.9	23	79	11	112	35	19	22	22	1.96
25009925--25010046	46	2.6	48	83	12	153	35	19	22	22	1.96
25017000--25017030	16	1.9	16	93	0	53	41	3	16	38	1.64
25044487--25044620	50	2.7	49	80	4	146	26	16	26	29	1.97
25048443--25048620	27	6.6	27	81	5	171	28	28	16	26	1.97
25048464--25048619	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
25053462--25053537	37	2.1	36	83	16	95	38	1	2	57	1.21
25053473--25053552	37	2.2	37	80	17	87	38	2	3	55	1.32
25053525--25053586	29	2.1	31	82	11	76	45	3	3	48	1.34
25078595--25078957	180	2.0	181	96	1	665	34	13	22	29	1.93
25083190--25083360	93	1.8	93	87	2	254	22	19	28	28	1.98
25086337--25086407	15	4.7	15	80	5	81	11	19	12	56	1.66
25086328--25086407	30	2.7	30	80	7	90	11	18	15	55	1.69
25088807--25089075	46	5.8	46	74	16	259	21	19	29	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25088803--25089067	93	2.8	93	94	0	458	21	20	30	28	1.98
25088803--25089021	47	4.7	47	73	12	184	21	19	30	29	1.97
25102378--25102420	17	2.5	17	92	0	68	11	41	16	30	1.83
25105091--25105125	18	2.0	18	88	5	54	34	22	14	28	1.93
25105247--25105280	18	1.9	17	88	5	50	29	29	17	23	1.97
25105730--25105766	19	1.9	19	89	10	58	32	16	16	35	1.91
25108544--25108618	23	3.3	23	68	20	75	41	21	8	29	1.81
25111151--25111194	15	2.9	15	75	0	52	54	11	13	20	1.69
25119196--25119362	90	1.9	90	89	2	264	39	10	7	42	1.67
25120598--25120758	43	3.7	43	76	12	161	22	16	26	34	1.95
25126479--25126503	13	1.9	13	100	0	50	8	12	0	80	0.92
25126479--25126526	22	2.2	22	81	7	53	14	12	0	72	1.11
25127987--25128028	18	2.2	19	91	8	68	52	0	0	47	1.00
25128911--25128942	14	2.3	14	94	0	55	68	0	28	3	1.04
25130539--25130659	53	2.3	53	92	0	197	17	17	22	42	1.88
25130783--25130832	18	2.7	19	78	6	66	34	8	8	50	1.61
25132998--25133041	20	2.2	20	95	0	79	25	18	9	47	1.77
25135696--25135855	39	4.1	39	94	3	268	22	24	30	22	1.99
25141661--25141757	5	18.6	5	74	24	69	73	1	4	21	1.07
25141657--25141743	25	3.5	25	84	10	92	73	0	3	22	0.98
25141644--25141752	30	3.6	29	79	10	121	73	0	4	22	1.01
25141657--25141757	22	4.5	22	77	17	61	73	0	3	21	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25145344--25145406	10	6.3	10	85	7	65	63	1	11	23	1.36
25145344--25145406	20	3.2	20	79	4	74	63	1	11	23	1.36
25145427--25145464	13	2.8	13	88	4	58	44	13	0	42	1.43
25146657--25146690	17	2.0	17	88	0	50	44	2	11	41	1.56
25155078--25155135	31	1.9	31	92	3	100	22	15	25	36	1.94
25155608--25155702	46	2.0	47	81	2	111	28	7	23	41	1.81
25161644--25161680	19	1.9	19	94	0	65	37	18	10	32	1.86
25165099--25165404	94	3.3	94	78	10	261	27	19	28	25	1.99
25165096--25165310	48	4.6	46	78	12	172	28	19	27	24	1.98
25165096--25165310	46	4.6	48	77	13	189	28	19	27	24	1.98
25167306--25167520	46	4.6	45	76	10	166	25	28	17	28	1.98
25168165--25168208	21	2.0	22	91	4	72	31	29	6	31	1.84
25171744--25171778	18	2.0	18	88	5	54	68	0	0	31	0.90
25171873--25171945	19	3.9	19	89	7	114	34	17	10	36	1.85
25171887--25171924	17	2.5	15	87	12	51	34	15	10	39	1.82
25171876--25171953	36	2.2	36	84	9	97	35	15	12	35	1.86
25172292--25172565	45	6.1	45	77	6	277	25	28	15	30	1.96
25172292--25172475	89	2.1	90	89	1	280	23	29	15	30	1.96
25172505--25172784	78	3.6	78	88	0	398	24	22	18	33	1.97
25177598--25177723	46	2.7	46	93	0	207	20	19	28	30	1.97
25185735--25185767	17	1.9	17	88	11	50	69	0	0	30	0.88
25185735--25185768	18	1.9	17	88	5	50	70	0	0	29	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25186025--25186083	22	2.7	22	82	7	66	44	16	5	33	1.70
25186054--25186151	19	5.4	19	86	9	134	35	18	9	36	1.83
25186054--25186151	35	2.7	37	83	12	123	35	18	9	36	1.83
25186075--25186130	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
25186270--25186308	21	1.9	20	84	5	51	10	2	15	71	1.23
25190216--25190432	46	4.6	45	78	10	204	25	29	16	28	1.96
25190216--25190435	94	2.3	93	85	7	277	25	30	16	27	1.97
25202259--25202369	35	3.0	35	85	14	161	47	17	0	35	1.48
25202259--25202369	40	3.0	37	87	12	167	47	17	0	35	1.48
25205999--25206046	20	2.3	21	80	20	57	70	0	2	27	0.98
25211951--25212167	3	70.0	3	67	16	79	30	8	2	58	1.41
25212004--25212080	17	4.4	17	80	4	73	31	6	1	61	1.30
25212127--25212167	16	2.6	16	92	0	64	24	9	2	63	1.37
25213828--25213956	40	3.2	39	80	8	143	36	18	10	34	1.85
25213852--25213968	40	2.9	39	91	3	171	35	15	10	38	1.81
25214823--25214910	25	3.8	23	76	17	76	1	26	4	68	1.16
25214915--25214965	25	2.1	24	82	10	59	29	0	5	64	1.17
25215069--25215099	8	3.9	8	91	0	53	64	0	0	35	0.94
25217146--25217193	21	2.3	20	86	13	62	45	20	20	12	1.83
25224169--25224213	23	2.0	22	86	4	63	28	28	33	8	1.87
25224169--25224243	22	3.4	22	77	3	71	25	28	32	14	1.95
25230438--25230490	21	2.5	21	93	0	88	20	3	30	45	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25230921--25230984	26	2.5	26	92	0	110	26	12	29	31	1.93
25244399--25244438	20	2.0	20	90	5	62	52	0	20	27	1.46
25246775--25246836	31	2.0	31	100	0	124	35	12	25	25	1.92
25249393--25249425	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
25250984--25251061	39	2.0	39	97	0	147	35	15	16	32	1.90
25255362--25255403	19	2.2	19	87	8	59	59	2	2	35	1.23
25265799--25265837	20	2.0	20	84	0	51	48	28	2	20	1.62
25277354--25277477	30	4.1	30	93	1	203	25	24	6	43	1.78
25277364--25277471	15	7.2	15	67	12	78	25	22	7	44	1.79
25282045--25282168	30	4.1	30	90	1	185	25	24	6	43	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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