genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.118.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38610959--38611216	40	6.5	40	88	2	342	25	27	23	23	2.00
38618402--38618427	9	2.9	9	100	0	52	23	23	0	53	1.46
38621004--38621100	43	2.3	43	81	1	115	27	16	25	29	1.97
38624815--38624877	27	2.3	27	83	2	72	30	30	11	28	1.91
38626949--38627019	25	2.8	25	84	2	88	25	23	22	28	2.00
38627240--38627322	30	2.7	31	90	3	134	31	20	26	21	1.98
38627240--38627317	31	2.6	30	93	2	129	30	21	26	20	1.98
38638806--38638931	46	2.7	46	77	9	130	28	19	28	23	1.98
38641404--38641616	27	7.9	27	78	12	215	34	23	24	17	1.96
38641422--38641616	81	2.4	81	85	10	240	34	24	24	16	1.95
38641422--38641616	54	3.6	54	92	1	311	34	24	24	16	1.95
38644202--38644404	39	5.2	39	89	0	289	33	19	24	23	1.97
38646377--38646484	26	4.2	26	91	2	173	36	23	7	33	1.83
38651604--38651816	27	7.9	27	79	12	224	34	21	24	19	1.96
38651622--38651816	81	2.4	81	85	10	249	34	22	23	18	1.96
38651622--38651816	54	3.6	54	92	1	311	34	22	23	18	1.96
38653414--38653521	26	4.2	26	89	7	166	35	24	7	33	1.83
38656085--38656180	34	2.9	33	78	10	106	23	20	26	29	1.99
38657235--38657306	34	2.1	35	84	7	94	44	11	25	19	1.83
38659210--38659381	46	3.7	46	75	10	161	30	27	19	22	1.98
38659217--38659388	93	1.8	93	89	0	272	29	27	20	22	1.99
38659261--38659404	46	3.1	45	69	16	116	30	25	19	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38661309--38661349	20	2.0	20	90	0	64	7	26	17	48	1.73
38664573--38664722	32	4.8	32	88	0	214	39	20	18	22	1.93
38667266--38667332	35	1.9	35	84	0	89	49	16	1	32	1.55
38672396--38672616	40	5.6	40	83	3	214	24	21	28	25	1.99
38672474--38672653	79	2.3	80	79	5	188	25	20	28	25	1.99
38679392--38679547	40	3.9	40	88	0	206	25	20	28	25	1.99
38679405--38679584	79	2.3	80	79	5	188	25	20	28	25	1.99
38682030--38682140	27	4.1	27	85	5	136	36	21	24	17	1.94
38682259--38682319	27	2.3	27	80	11	72	32	14	16	36	1.89
38683331--38683363	16	2.1	16	94	0	57	54	6	33	6	1.50
38686749--38686901	40	3.8	40	87	2	209	26	27	21	24	1.99
38701198--38701338	43	3.3	43	77	6	142	32	24	18	24	1.97
38707578--38707649	34	2.1	35	84	7	94	20	26	11	41	1.86
38710740--38710870	65	2.0	65	96	0	244	42	19	14	23	1.88
38714127--38714192	34	1.9	35	84	9	91	19	25	10	43	1.83
38717897--38718119	79	2.8	79	83	9	260	24	26	22	26	2.00
38717897--38718119	39	5.7	40	85	8	257	24	26	22	26	2.00
38725376--38725582	27	7.6	27	93	3	207	30	28	14	26	1.95
38725376--38725582	55	3.8	55	96	0	360	30	28	14	26	1.95
38732047--38732160	51	2.2	51	92	0	183	29	22	14	33	1.93
38734924--38734995	32	2.2	34	80	7	85	26	13	26	33	1.94
38736722--38736848	53	2.4	53	93	2	211	25	19	15	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38737960--38738018	31	1.9	31	85	0	82	40	16	15	27	1.89
38738190--38738258	34	2.0	36	91	8	117	31	18	10	39	1.84
38738931--38738966	6	5.8	6	87	6	54	33	0	0	66	0.92
38739516--38739550	16	2.2	16	94	0	61	25	0	34	40	1.56
38739767--38740036	112	2.4	109	80	13	293	48	4	2	43	1.38
38751008--38751068	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
38758995--38759034	17	2.4	17	95	0	71	22	5	12	60	1.52
38759659--38759694	15	2.4	15	95	0	63	36	8	25	30	1.85
38770672--38770701	9	3.2	9	95	4	51	36	10	10	43	1.72
38780800--38780842	21	2.0	21	100	0	86	30	13	9	46	1.75
38787055--38787094	14	2.6	16	80	11	57	30	22	0	47	1.52
38789292--38789361	15	4.7	15	83	3	79	57	17	15	10	1.65
38800641--38800687	23	2.0	23	100	0	94	21	23	17	38	1.93
38801722--38801755	16	2.2	15	94	5	59	0	11	0	88	0.52
38802758--38802800	21	2.0	21	100	0	86	34	4	27	32	1.78
38815287--38815334	11	4.2	11	79	10	51	62	2	0	35	1.07
38815571--38815629	31	1.9	31	86	6	84	30	16	1	50	1.55
38818298--38818353	29	1.9	29	88	0	85	17	25	8	48	1.76
38818325--38818529	46	4.5	46	90	1	295	21	21	12	44	1.85
38818513--38818621	45	2.4	45	90	0	164	21	22	17	38	1.93
38818513--38818643	45	2.9	42	80	13	127	21	22	18	37	1.94
38818684--38818761	33	2.4	33	79	12	88	24	25	19	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38820375--38820447	32	2.3	32	84	11	89	57	2	0	39	1.13
38821422--38821491	27	2.6	27	90	0	113	38	22	8	30	1.84
38821474--38821803	27	12.3	27	84	1	376	37	18	19	25	1.94
38837456--38837508	25	2.1	25	92	0	88	22	20	15	41	1.89
38839300--38839333	18	1.9	17	88	5	50	52	11	11	23	1.70
38839321--38839450	6	21.3	6	69	17	81	48	14	16	20	1.81
38839342--38839425	24	3.5	24	79	8	98	48	14	16	20	1.80
38839342--38839406	30	2.2	30	91	5	105	50	13	15	20	1.77
38839377--38839444	19	3.6	19	92	5	104	45	14	17	22	1.85
38839567--38839641	27	2.8	27	76	13	75	37	20	22	20	1.94
38839592--38839649	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
38839806--38839864	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
38839952--38840034	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
38840233--38840401	27	6.3	27	85	0	212	25	19	19	35	1.95
38840406--38840761	27	13.2	27	85	3	475	40	10	22	27	1.86
38844746--38844799	24	2.2	24	84	12	67	29	35	18	16	1.93
38850577--38850628	6	8.5	6	82	6	61	78	3	3	13	1.02
38852000--38852054	24	2.3	24	96	0	101	60	9	12	18	1.58
38852293--38852358	17	3.8	17	77	18	64	65	4	9	21	1.39
38856138--38856315	27	6.6	27	82	3	205	29	28	15	26	1.96
38878001--38878154	28	5.5	28	91	1	229	33	27	12	27	1.92
38879799--38880112	47	6.6	47	88	3	452	33	7	28	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38879799--38880112	96	3.3	94	88	3	452	33	7	28	29	1.86
38879799--38880112	143	2.2	142	92	2	517	33	7	28	29	1.86
38884202--38884289	46	1.9	46	90	0	140	25	22	29	22	1.99
38902204--38902333	49	2.7	47	81	7	145	30	21	27	20	1.98
38903487--38903541	28	1.9	29	85	10	78	16	21	43	18	1.88
38907987--38908068	27	3.0	27	92	0	137	28	30	9	31	1.89
38911048--38911219	93	1.8	93	85	2	238	30	27	19	22	1.98
38911044--38911209	46	3.6	46	77	11	169	31	27	18	22	1.97
38917817--38917903	43	2.0	43	90	0	138	36	25	13	24	1.92
38926444--38926495	15	3.6	14	73	21	54	51	0	3	44	1.19
38926441--38926507	28	2.4	29	80	7	84	50	0	2	46	1.16
38931287--38931464	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
38931308--38931463	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
38931946--38931971	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
38939389--38939565	27	6.6	27	83	5	196	29	28	15	27	1.96
38939410--38939564	81	1.9	81	88	5	233	29	28	15	27	1.96
38940038--38940063	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
38945324--38945400	38	2.0	38	100	0	154	42	12	10	33	1.77
38950435--38950578	40	3.6	40	84	5	175	26	25	25	23	2.00
38963979--38964048	36	1.9	36	94	0	122	30	10	20	40	1.85
38966274--38966356	40	2.1	40	88	0	121	21	13	30	34	1.92
38969982--38970158	27	6.5	27	82	3	176	29	27	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38973972--38974397	98	4.4	98	75	9	248	25	27	19	27	1.99
38973972--38974297	48	6.7	48	72	4	224	25	27	19	27	1.98
38976159--38976217	26	2.2	27	90	3	93	49	11	11	27	1.74
38978009--38978097	43	2.1	43	97	0	169	22	16	24	35	1.95
38979648--38979682	18	1.9	18	88	11	54	22	20	40	17	1.92
38979762--38979838	29	2.7	29	87	0	109	24	16	31	27	1.97
38979749--38979852	29	3.7	29	77	7	97	26	14	30	27	1.95
38993255--38993298	16	2.8	16	85	0	61	61	20	11	6	1.52
38995557--38995713	28	5.5	28	75	6	136	32	28	17	21	1.96
38995557--38995683	29	4.5	28	78	12	116	33	29	15	22	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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