genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6992977--6993074	36	2.6	37	88	9	144	38	9	16	35	1.80
6995764--6995788	12	2.1	12	100	0	50	76	0	24	0	0.80
7008659--7008755	19	5.2	19	88	9	146	38	9	16	36	1.81
7008649--7008733	35	2.4	35	80	18	97	38	9	15	36	1.80
7008659--7008755	35	2.6	37	87	11	144	38	9	16	36	1.81
7009037--7009071	19	1.9	19	88	11	56	31	0	0	68	0.90
7011435--7011459	12	2.1	12	100	0	50	76	0	24	0	0.80
7013976--7014023	8	5.9	8	90	9	71	87	0	12	0	0.54
7013976--7014024	9	5.8	9	86	11	68	87	0	12	0	0.54
7014984--7015768	44	17.9	43	72	14	477	29	14	25	29	1.95
7014952--7015329	132	2.9	131	87	3	528	30	15	24	29	1.95
7015115--7015725	176	3.5	175	89	1	902	29	14	26	28	1.95
7015825--7015993	90	1.9	87	82	8	207	30	17	24	27	1.97
7015824--7016099	44	6.2	43	70	11	182	30	17	23	28	1.97
7015821--7016176	134	2.6	134	86	1	471	30	17	23	28	1.97
7016163--7016317	45	3.5	45	82	7	181	32	13	28	25	1.94
7016984--7017024	20	2.0	21	85	4	57	31	12	12	43	1.79
7021457--7021565	51	2.1	51	84	3	139	31	32	18	18	1.95
7024591--7024627	19	1.9	19	88	0	56	37	16	8	37	1.78
7030454--7030485	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
7031610--7031653	23	2.0	23	86	4	63	22	4	6	65	1.35
7035247--7035284	19	2.0	19	100	0	76	21	36	0	42	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7036143--7036213	17	4.1	17	74	16	65	54	0	1	43	1.08
7036181--7036210	15	1.9	16	93	6	53	66	0	0	33	0.92
7037609--7037653	15	2.9	15	90	6	63	64	2	8	24	1.34
7037621--7037737	29	4.0	29	66	8	76	60	0	10	28	1.35
7040854--7041078	39	5.7	39	85	1	252	31	4	20	44	1.70
7040922--7041042	23	5.8	23	65	28	83	27	4	20	47	1.68
7040917--7041078	79	2.1	79	85	2	218	30	4	20	44	1.71
7044127--7044194	30	2.3	30	84	5	84	48	5	17	27	1.70
7046616--7046843	46	5.0	46	92	1	350	38	15	24	22	1.92
7053868--7053900	12	2.8	12	95	0	57	63	0	9	27	1.24
7054813--7054872	10	6.0	10	84	11	79	68	1	8	21	1.25
7059334--7059403	34	2.1	34	100	0	140	47	2	0	50	1.16
7059337--7059392	18	3.2	18	66	19	55	44	1	0	53	1.11
7059350--7059405	18	3.2	18	66	19	55	46	1	0	51	1.11
7059651--7059722	15	4.7	15	73	15	58	50	0	1	48	1.09
7059667--7059703	19	1.9	19	88	0	56	48	0	0	51	1.00
7059665--7059731	34	2.1	31	86	8	89	50	0	1	47	1.10
7060138--7060183	20	2.4	19	85	10	58	47	15	6	30	1.70
7060167--7060205	14	2.8	14	92	0	60	33	17	7	41	1.79
7060544--7060584	20	2.0	20	85	9	55	46	4	0	48	1.23
7066252--7066292	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
7069488--7069527	14	2.7	15	92	7	57	47	5	15	32	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7069495--7069527	14	2.4	14	100	0	66	48	6	15	30	1.69
7078173--7078247	37	2.0	38	94	2	134	21	30	22	25	1.99
7101765--7101796	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
7107225--7107276	20	2.5	20	81	3	59	55	9	9	25	1.62
7117715--7117838	37	3.2	39	77	10	128	32	25	16	25	1.96
7118732--7118778	20	2.4	20	78	3	51	2	29	4	63	1.25
7118812--7118889	5	15.8	5	97	2	149	58	0	0	41	0.98
7124977--7125104	38	3.3	38	84	2	157	34	25	18	21	1.96
7125014--7125117	38	2.7	38	81	8	122	29	23	23	24	1.99
7127121--7127232	40	2.9	39	73	16	108	36	23	16	24	1.94
7128115--7128158	18	2.5	18	86	13	65	43	0	0	56	0.99
7128120--7128168	10	5.1	10	76	14	50	46	2	0	51	1.12
7131323--7131358	18	2.0	18	100	0	72	22	5	27	44	1.75
7133980--7134009	14	2.1	14	93	0	51	30	0	10	60	1.30
7140258--7140391	69	1.9	70	90	1	216	32	13	17	36	1.89
7141453--7141714	45	5.9	45	88	2	352	24	21	29	24	1.99
7144570--7144705	55	2.4	55	80	8	150	42	1	3	52	1.28
7157695--7157724	15	2.0	15	93	0	51	70	0	13	16	1.18
7158622--7158680	30	2.0	30	100	0	118	45	3	13	37	1.60
7162616--7162781	52	3.3	50	81	11	137	31	24	15	28	1.95
7162646--7162796	52	2.9	52	82	6	180	32	25	13	28	1.94
7162905--7162954	25	2.0	26	88	7	77	42	32	6	20	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7165129--7165461	131	2.6	131	87	4	462	26	17	20	36	1.94
7166938--7166983	19	2.4	19	85	7	58	19	23	13	43	1.86
7169003--7169041	9	4.4	9	90	6	53	87	5	0	7	0.68
7169002--7169040	17	2.3	17	82	8	53	84	7	0	7	0.77
7170837--7170881	22	2.0	24	83	16	60	33	20	8	37	1.83
7170817--7170940	64	1.9	64	91	0	203	31	17	13	37	1.89
7171053--7171278	44	5.1	44	62	8	100	29	18	26	26	1.98
7171050--7171713	88	7.6	87	76	4	654	31	18	24	24	1.98
7171050--7171780	176	4.2	176	88	2	1040	32	18	24	24	1.97
7171050--7171780	350	2.1	353	87	2	1071	32	18	24	24	1.97
7171050--7171828	88	8.9	90	75	9	603	32	18	24	24	1.97
7172179--7172228	25	2.0	26	88	7	77	42	32	6	20	1.76
7174432--7174692	131	2.0	131	93	1	443	27	19	18	35	1.94
7177723--7177768	8	5.8	8	78	0	56	43	23	23	8	1.82
7177725--7177768	16	2.8	16	85	0	70	40	25	25	9	1.84
7178155--7178298	54	2.7	54	93	2	245	18	25	22	34	1.96
7178158--7178316	27	5.9	27	82	11	184	19	25	21	33	1.97
7178158--7178316	81	2.0	80	84	8	207	19	25	21	33	1.97
7188159--7188211	17	3.1	16	86	13	70	64	1	0	33	1.05
7188140--7188207	19	3.7	18	79	15	68	67	1	1	29	1.08
7193655--7193832	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
7193656--7193811	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7193652--7193832	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
7201707--7201884	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
7201708--7201863	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
7201704--7201884	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
7213210--7213284	22	3.3	23	74	17	68	60	1	2	36	1.20
7213177--7213243	28	2.4	27	75	20	68	61	1	0	37	1.05
7214202--7214277	23	3.3	22	75	12	73	22	17	7	52	1.70
7225030--7225220	96	2.0	96	86	0	265	36	17	32	13	1.88
7226825--7226870	22	2.1	22	91	0	74	17	28	13	41	1.86
7230205--7230666	69	6.7	69	73	4	240	23	15	21	38	1.92
7230394--7230646	137	1.8	137	82	1	328	22	16	22	38	1.93
7243729--7243757	7	4.1	7	100	0	58	44	0	0	55	0.99
7245425--7245658	117	2.0	117	98	0	450	35	11	26	26	1.91
7245796--7246148	174	2.0	174	96	0	652	37	13	29	19	1.89
7254353--7254386	10	3.4	10	88	11	52	38	0	0	61	0.96
7254406--7254432	14	1.9	14	100	0	54	51	0	0	48	1.00
7254591--7254781	99	1.9	99	98	0	373	41	13	12	31	1.82
7255598--7255628	16	1.9	16	93	0	53	54	6	6	32	1.51
7256291--7256342	25	2.1	25	100	0	104	34	0	3	61	1.14
7256506--7256553	21	2.2	21	82	10	53	29	0	20	50	1.49
7270659--7270743	36	2.4	36	79	0	98	28	15	20	36	1.92
7270739--7270836	29	3.4	29	84	7	110	33	24	21	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7270769--7270902	70	1.9	70	84	6	182	30	25	23	20	1.99
7272795--7272901	24	4.2	26	74	10	80	15	26	23	34	1.95
7273714--7273739	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
7277343--7277407	28	2.3	28	78	7	69	49	0	6	44	1.27
7278418--7278457	21	1.9	21	85	10	55	45	0	5	50	1.23
7279692--7279731	21	1.9	21	84	0	53	45	5	12	37	1.64
7281856--7281906	24	2.1	24	96	0	93	27	7	21	43	1.80
7282065--7282110	17	2.7	18	77	12	53	34	0	10	54	1.36
7285314--7285343	13	2.3	13	94	0	51	80	16	0	3	0.85
7287778--7288432	131	5.0	129	77	8	491	29	19	17	34	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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