genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16766949--16766988	21	2.0	21	95	5	73	10	40	30	20	1.85
16773649--16773744	40	2.4	41	81	10	101	30	14	28	27	1.95
16777739--16777771	17	1.9	17	100	0	66	45	0	24	30	1.53
16780317--16780421	51	2.1	51	98	0	201	35	15	20	29	1.93
16783540--16783665	23	5.5	22	79	11	101	38	20	18	23	1.94
16783539--16783639	46	2.2	46	87	0	139	37	19	18	23	1.94
16783540--16783687	69	2.1	69	85	2	190	36	20	19	22	1.95
16783555--16783664	46	2.4	46	84	3	132	39	20	19	20	1.93
16783578--16783697	23	5.2	23	80	2	107	39	21	19	20	1.93
16783578--16783685	46	2.3	46	82	3	119	38	21	20	19	1.93
16786961--16787100	42	3.2	44	84	7	162	27	25	20	26	1.99
16797144--16797185	21	2.0	21	81	13	50	47	14	2	35	1.57
16798270--16798309	20	2.0	21	85	14	57	20	20	7	52	1.70
16800625--16800741	56	2.1	57	85	1	155	45	7	11	35	1.70
16800705--16800777	36	2.0	36	89	0	110	47	8	10	32	1.68
16800775--16800865	45	2.0	45	87	4	130	42	8	14	34	1.76
16804828--16804994	23	7.3	23	73	1	138	36	19	20	22	1.95
16804924--16805008	23	3.7	23	80	9	93	35	22	21	21	1.96
16804831--16804994	46	3.6	46	87	1	240	36	19	20	23	1.95
16811042--16811073	15	2.1	15	94	0	55	34	0	9	56	1.32
16812291--16812323	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
16812673--16812770	37	2.5	38	77	9	101	27	16	22	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16812673--16812802	40	3.3	38	75	11	129	26	16	23	33	1.95
16821946--16822023	26	2.9	25	72	11	66	58	3	1	35	1.24
16824083--16824151	32	2.2	32	97	2	131	47	8	21	21	1.77
16825496--16825552	20	3.0	19	82	5	62	38	3	38	19	1.69
16829644--16829763	46	2.6	48	76	10	124	26	17	28	27	1.98
16835079--16835147	30	2.3	30	85	2	95	56	17	17	8	1.65
16835090--16835152	15	4.2	15	74	8	65	55	15	17	11	1.68
16838060--16838229	46	3.7	46	75	17	181	30	27	20	22	1.98
16838064--16838233	92	1.8	93	91	1	279	29	27	20	22	1.98
16839649--16839704	20	2.8	19	89	5	76	37	28	26	7	1.83
16845637--16845666	5	6.0	5	92	0	51	60	23	0	16	1.36
16848694--16848884	103	1.9	101	91	2	310	33	11	9	45	1.74
16850112--16850190	17	4.8	17	81	9	101	59	1	1	37	1.14
16850084--16850200	48	2.4	48	88	4	164	58	2	1	37	1.22
16850126--16850186	31	1.9	32	93	3	106	62	1	0	36	1.05
16852783--16852853	25	2.9	25	70	17	67	29	14	25	30	1.94
16852745--16852876	49	2.7	50	82	2	160	27	13	25	34	1.93
16856576--16856679	52	2.0	52	92	0	172	49	18	3	28	1.65
16859462--16859525	12	5.2	12	70	29	55	51	1	1	45	1.20
16859469--16859603	63	2.2	62	84	6	179	53	2	2	41	1.28
16859560--16859599	17	2.4	18	80	16	50	60	0	0	40	0.97
16862336--16862383	19	2.4	21	83	13	57	56	8	0	35	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16862371--16862447	17	4.2	18	69	14	68	51	1	1	45	1.17
16862403--16862444	21	2.1	19	86	8	57	64	2	2	30	1.19
16862938--16862987	25	2.1	23	88	7	73	24	2	2	72	1.06
16871852--16871895	19	2.3	19	84	0	52	40	0	6	52	1.28
16885707--16885740	13	2.6	14	90	9	54	38	32	2	26	1.71
16888004--16888052	24	2.0	24	92	0	80	36	14	14	34	1.86
16898653--16898685	9	3.7	9	95	0	57	42	0	0	57	0.98
16900119--16900156	8	4.9	8	90	6	60	81	0	18	0	0.69
16900117--16900157	15	2.7	15	88	3	64	80	0	19	0	0.71
16900119--16900154	7	4.9	7	96	3	54	83	0	16	0	0.65
16900611--16900702	44	2.1	44	97	0	175	43	2	10	43	1.51
16900626--16900696	22	3.2	22	67	21	67	43	1	8	46	1.42
16901223--16901250	6	4.7	6	100	0	56	14	0	35	50	1.43
16901606--16901651	25	2.0	24	87	12	69	39	0	0	60	0.97
16902639--16902668	13	2.3	13	94	0	51	23	26	23	26	2.00
16903058--16903121	13	4.9	13	80	0	83	31	7	26	34	1.85
16903741--16903777	18	2.1	18	89	0	56	24	37	8	29	1.84
16905174--16905407	72	3.2	72	87	2	337	53	14	7	24	1.66
16905836--16905883	18	2.7	18	96	0	87	39	12	12	35	1.81
16907017--16907053	19	1.9	19	88	0	56	35	13	16	35	1.88
16912028--16912063	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
16912015--16912055	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16912178--16912312	39	3.4	38	73	8	101	28	28	20	22	1.99
16912552--16912590	18	2.1	19	90	4	62	48	10	0	41	1.37
16912608--16912645	15	2.5	15	100	0	76	52	13	0	34	1.40
16913922--16913978	5	11.0	5	82	14	71	57	0	0	42	0.98
16913921--16913976	12	4.5	12	81	16	69	57	0	0	42	0.99
16913922--16913979	21	2.7	22	86	10	84	56	0	0	43	0.99
16913922--16913979	27	2.2	26	90	6	71	56	0	0	43	0.99
16921703--16921732	14	2.1	14	93	0	51	76	16	0	6	0.99
16923134--16923186	18	3.1	18	71	20	51	32	3	1	62	1.24
16926284--16926335	27	2.0	26	88	3	77	36	21	25	17	1.94
16926987--16927236	27	9.3	27	88	3	351	23	20	21	34	1.97
16927257--16927506	27	9.3	27	84	6	242	28	8	22	40	1.83
16933229--16933478	27	9.3	27	84	1	322	24	19	20	36	1.95
16933500--16933802	27	11.3	27	86	0	284	29	8	21	41	1.82
16944800--16944835	16	2.2	16	90	0	54	77	2	2	16	1.00
16945597--16945634	19	2.0	19	94	0	67	44	10	7	36	1.68
16980248--16980362	46	2.5	46	84	7	144	28	18	29	23	1.98
16981517--16981556	21	1.9	21	84	0	53	12	42	25	20	1.86
16991641--16991708	33	2.1	33	97	0	127	45	7	20	26	1.77
16993768--16993860	27	3.4	27	82	5	89	23	31	11	33	1.91
16994003--16994089	27	3.3	27	80	1	95	31	24	12	32	1.92
16994011--16994100	27	3.3	27	76	6	92	28	22	12	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16996199--16996244	23	2.0	23	86	0	65	45	2	6	45	1.41
16996526--16996565	20	2.0	20	85	5	53	57	2	10	30	1.45
16997274--16997315	15	3.0	14	80	10	50	57	0	4	38	1.20
16998953--16999013	32	1.9	32	86	3	88	54	8	3	34	1.47
16998974--16999003	15	2.1	15	93	6	53	56	10	0	33	1.32
17002444--17002665	49	4.7	48	77	8	197	24	29	19	26	1.99
17002444--17002665	98	2.4	91	82	6	246	24	29	19	26	1.99
17002732--17002790	29	2.0	29	93	0	100	25	25	20	28	1.99
17004111--17004170	29	2.1	29	100	0	120	46	15	6	31	1.71
17004111--17004162	18	3.3	18	65	34	55	46	15	7	30	1.74
17005046--17005104	31	1.9	31	96	0	109	44	16	5	33	1.70
17005277--17006247	328	3.0	328	91	3	1539	42	19	18	20	1.90
17006949--17006990	22	1.9	22	85	9	59	38	21	28	11	1.89
17007732--17007769	15	2.7	15	88	12	62	78	0	0	21	0.74
17008420--17008468	20	2.4	19	83	12	62	65	2	2	30	1.15
17009926--17009980	24	2.4	23	81	6	58	67	1	29	1	1.11
17010561--17010610	22	2.3	20	78	18	55	32	0	2	66	1.03
17011547--17011608	27	2.3	27	78	13	83	40	6	17	35	1.76
17017102--17017232	49	2.7	49	85	0	154	30	19	26	23	1.98
17017890--17017931	17	2.5	17	92	3	68	50	0	0	50	1.00
17020855--17020916	29	2.1	29	93	0	106	35	14	17	32	1.90
17026686--17026745	24	2.4	24	86	5	84	36	13	25	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17026693--17026739	24	2.0	24	95	0	85	27	17	23	31	1.96
17027027--17027072	22	2.1	22	100	0	92	13	13	34	39	1.83
17027812--17027851	21	2.0	21	90	5	64	10	37	30	22	1.87
17036542--17036711	40	4.3	40	89	2	218	25	27	21	25	1.99
17036542--17036764	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
17036696--17036773	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
17048160--17048198	16	2.4	16	91	0	60	53	20	17	7	1.68
17048426--17048525	29	3.5	29	84	1	130	26	16	30	28	1.96
17049993--17050517	126	4.2	125	89	1	773	34	17	21	26	1.96
17053478--17053833	116	3.1	116	94	0	604	46	9	3	40	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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