genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.206.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68775994--68776180	100	1.9	99	94	1	329	28	25	19	26	1.98
68778454--68778638	79	2.3	81	78	11	193	26	26	22	24	2.00
68778435--68778638	40	5.1	40	77	8	202	25	26	22	25	2.00
68779877--68779931	25	2.3	26	79	17	66	5	18	1	74	1.10
68786491--68786671	40	4.6	40	80	6	190	27	27	20	24	1.99
68787915--68787968	23	2.4	22	81	12	56	3	22	1	72	1.10
68792824--68793037	47	4.6	48	77	9	167	28	19	28	22	1.98
68792780--68793041	140	1.9	141	81	8	320	29	18	29	22	1.98
68799839--68800013	46	3.8	46	78	13	196	28	28	21	21	1.99
68799846--68800017	93	1.8	93	93	0	299	27	28	21	22	1.99
68806941--68807112	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
68806934--68807109	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
68809680--68809747	30	2.3	30	97	0	127	19	35	29	16	1.93
68812186--68812410	40	5.7	40	84	5	278	24	21	27	26	1.99
68812193--68812443	119	2.1	119	80	7	269	26	20	26	26	1.99
68815591--68815906	48	6.6	48	83	2	350	25	30	18	25	1.98
68817719--68817794	38	2.0	38	97	0	143	32	21	5	40	1.75
68819095--68819371	27	10.3	27	81	2	182	39	23	7	29	1.83
68819107--68819370	54	4.9	54	80	4	232	39	21	7	30	1.82
68819111--68819373	81	3.3	81	80	3	228	39	22	7	30	1.83
68819363--68819467	27	3.9	27	86	2	131	36	18	21	23	1.95
68819671--68819740	25	2.8	25	89	4	106	28	22	21	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68819681--68819767	25	3.5	24	84	6	70	27	24	20	27	1.99
68821603--68821783	40	4.6	40	91	3	287	25	26	23	24	2.00
68821603--68821783	79	2.3	80	91	3	287	25	26	23	24	2.00
68829671--68829891	40	5.6	40	92	2	349	27	26	22	23	2.00
68836704--68836729	8	3.2	8	100	0	52	23	38	0	38	1.55
68839839--68840253	48	8.7	48	85	1	438	26	28	18	26	1.98
68846084--68846121	9	4.2	9	80	12	51	18	2	10	68	1.30
68846073--68846142	27	2.6	28	76	21	69	18	4	5	71	1.23
68851481--68851548	34	2.0	34	100	0	136	47	17	11	23	1.81
68853837--68854215	50	7.5	50	78	5	334	30	26	17	24	1.97
68853834--68854173	151	2.3	151	91	1	549	30	26	18	24	1.98
68853823--68854219	101	3.9	101	78	5	365	29	26	18	25	1.98
68858812--68859155	27	12.7	27	83	1	357	40	18	9	31	1.82
68859191--68859331	27	5.2	27	87	5	196	34	18	19	26	1.95
68859189--68859357	54	3.1	54	84	5	200	34	17	20	27	1.95
68859785--68859849	22	3.0	22	75	8	60	20	21	21	36	1.95
68860008--68860081	27	2.8	27	89	2	105	17	24	21	36	1.95
68860222--68860368	6	23.7	6	72	18	106	19	17	15	47	1.83
68860222--68860351	31	4.2	31	95	1	224	18	17	16	47	1.83
68860222--68860384	31	5.3	31	88	2	222	19	17	15	48	1.81
68864111--68864539	50	8.5	50	73	10	275	31	25	17	26	1.97
68864104--68864539	151	2.9	152	86	3	603	31	25	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68864303--68864492	101	1.9	101	87	2	283	30	22	20	27	1.98
68868619--68868729	43	2.6	42	77	5	116	27	26	15	30	1.96
68874035--68874119	25	3.4	25	73	14	68	24	28	11	35	1.91
68874058--68874131	25	3.0	25	71	15	71	25	25	12	36	1.91
68875964--68876036	36	2.0	36	97	0	137	35	9	27	27	1.88
68890024--68890117	43	2.2	43	80	3	118	27	17	26	28	1.97
68892676--68892774	36	2.8	36	73	19	93	44	16	5	34	1.69
68894315--68894460	43	3.4	42	73	12	111	23	19	23	33	1.97
68897204--68897369	47	3.6	47	74	14	162	31	28	17	22	1.97
68902748--68902913	46	3.6	46	67	11	131	32	28	16	22	1.96
68902757--68902966	93	2.3	93	88	0	312	30	27	17	23	1.97
68902809--68902964	47	3.3	47	71	15	151	30	28	18	22	1.97
68905836--68905989	42	3.6	42	87	3	202	33	16	22	27	1.96
68924030--68924054	12	2.1	12	100	0	50	52	24	0	24	1.48
68924798--68924894	51	1.9	51	82	0	122	32	25	14	26	1.94
68924902--68925033	50	2.6	51	84	4	169	33	28	13	25	1.93
68926475--68926512	20	1.9	20	100	0	76	50	21	0	28	1.49
68926640--68926741	47	2.2	47	83	0	123	38	17	21	22	1.93
68926640--68926729	24	3.8	23	76	4	72	37	18	21	22	1.94
68926687--68926741	24	2.3	24	90	3	85	40	18	21	20	1.92
68935791--68935848	28	2.1	28	81	9	66	62	0	5	32	1.18
68936249--68936336	16	5.6	16	72	22	55	60	0	6	32	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68936302--68936337	17	2.2	16	90	5	54	69	0	0	30	0.89
68936314--68936383	20	3.4	20	67	16	54	62	0	2	34	1.10
68936255--68936369	46	2.6	44	78	10	119	60	0	4	35	1.17
68936307--68936430	50	2.5	51	78	18	127	58	0	4	35	1.25
68937497--68937531	15	2.3	15	100	0	70	28	28	22	20	1.98
68938111--68938693	205	2.8	205	92	1	963	28	21	18	30	1.97
68964230--68964407	27	6.6	27	82	3	187	26	15	29	28	1.96
68964231--68964386	82	1.9	81	85	3	215	26	15	29	28	1.96
68964227--68964407	82	2.2	81	81	2	211	27	15	28	28	1.96
68978041--68978086	22	2.1	22	95	0	83	34	19	17	28	1.94
68988873--68988975	46	2.2	48	85	3	138	35	14	23	26	1.93
68993224--68993335	46	2.3	46	81	6	125	35	14	22	27	1.93
68997672--68997797	25	5.1	25	75	7	114	24	23	19	33	1.97
68997680--68997789	49	2.2	49	85	3	150	24	23	18	33	1.97
68998154--68998255	30	3.4	29	67	18	84	40	11	10	37	1.77
68998133--68998251	59	2.0	59	95	0	211	42	10	11	34	1.77
68999078--68999104	12	2.2	12	100	0	54	29	40	22	7	1.81
69004487--69004704	40	5.5	40	84	4	255	26	28	23	22	1.99
69012626--69012728	40	2.6	40	90	0	170	25	28	25	21	1.99
69019109--69019147	20	2.0	20	100	0	78	46	12	0	41	1.42
69021212--69021275	33	1.9	33	90	0	101	25	28	9	37	1.87
69022819--69022892	32	2.3	32	97	0	139	2	51	5	40	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69025867--69025927	22	2.8	22	82	0	68	31	21	26	21	1.98
69026076--69026195	41	2.9	41	93	0	204	29	31	19	20	1.96
69026453--69026848	27	14.7	27	76	7	212	29	9	19	40	1.84
69026802--69026855	26	2.0	27	89	3	83	37	11	14	37	1.82
69030098--69030154	27	2.1	27	93	0	96	26	8	22	42	1.83
69030116--69030246	27	4.9	26	83	3	136	25	8	24	41	1.83
69030146--69030288	27	5.3	27	78	5	137	30	8	21	39	1.83
69030239--69030296	26	2.2	27	87	3	82	39	10	12	37	1.77
69030278--69030333	27	2.1	27	89	0	85	32	23	16	28	1.96
69033341--69033396	27	2.1	27	96	0	103	35	17	16	30	1.92
69040168--69040250	28	3.0	28	91	3	132	31	21	25	21	1.98
69040356--69040420	28	2.3	28	92	5	105	29	7	29	33	1.85
69042927--69043009	24	3.4	25	71	6	71	26	18	27	27	1.98
69044864--69044942	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
69045063--69045321	47	5.1	47	76	16	194	27	30	9	32	1.89
69045209--69045238	15	2.0	15	100	0	60	33	26	6	33	1.83
69045167--69045283	62	1.9	62	94	0	207	29	28	9	33	1.88
69049165--69049280	40	2.9	40	88	0	169	25	30	22	22	1.99
69049181--69049398	40	5.5	40	77	9	173	24	28	22	23	1.99
69049164--69049318	80	1.9	79	83	8	199	23	30	22	23	1.99
69049705--69049783	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
69051678--69051756	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69051875--69052167	47	6.1	47	90	3	442	27	30	9	32	1.89
69051886--69052167	145	1.9	145	91	0	465	27	30	9	31	1.89
69057390--69057596	53	3.8	54	80	1	218	20	23	18	37	1.94
69061959--69062266	45	6.9	45	88	2	390	26	27	22	23	1.99
69062264--69062344	38	2.1	38	90	0	126	34	24	19	20	1.96
69075682--69075937	79	3.2	79	86	4	322	25	26	22	25	2.00
69075715--69075941	40	5.7	40	88	3	325	26	26	22	24	2.00
69075715--69075935	119	1.9	119	87	3	329	26	27	22	23	2.00
69080644--69080743	39	2.5	40	88	1	139	25	26	28	21	1.99
69080644--69080794	40	3.8	39	85	4	178	24	24	27	23	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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