genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.309.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98594713--98594746	17	2.0	17	94	0	59	50	0	0	50	1.00
98597134--98597191	21	2.8	21	72	10	50	60	0	3	36	1.14
98604852--98604890	21	1.9	20	84	5	51	53	2	0	43	1.14
98612902--98612943	16	2.6	17	85	11	61	19	0	26	54	1.44
98612902--98612945	15	2.8	15	80	19	54	22	0	25	52	1.48
98612940--98613116	96	1.8	98	84	6	243	44	1	13	40	1.54
98613114--98613143	15	2.0	15	93	0	51	23	0	30	46	1.52
98613227--98613763	126	4.3	126	92	1	855	33	17	21	27	1.96
98613227--98613763	251	2.1	251	92	1	871	33	17	21	27	1.96
98618165--98618415	46	5.9	40	86	9	267	36	16	25	22	1.94
98618243--98618459	46	4.7	46	89	1	292	39	14	24	21	1.91
98618548--98618577	13	2.3	13	94	0	51	36	0	26	36	1.57
98618720--98618766	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
98620187--98620332	37	4.0	37	93	1	251	24	22	16	36	1.94
98620296--98620662	52	7.2	52	84	7	479	27	22	14	35	1.93
98620398--98620668	46	5.7	46	81	10	328	28	22	14	34	1.93
98620296--98620662	150	2.5	144	86	5	500	27	22	14	35	1.93
98620307--98620668	98	3.6	98	93	2	589	28	22	14	34	1.94
98623512--98624071	116	4.8	116	95	0	1005	46	9	3	40	1.52
98623512--98624071	231	2.4	231	96	0	1003	46	9	3	40	1.52
98624878--98625098	46	4.8	46	90	0	316	21	22	14	41	1.89
98626235--98626265	14	2.2	14	94	0	53	61	0	16	22	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98626290--98626320	4	7.8	4	92	0	53	70	0	25	3	1.02
98628013--98628052	18	2.2	19	90	4	64	12	12	5	70	1.33
98628017--98628060	18	2.3	18	84	7	52	15	11	2	70	1.26
98631924--98631983	23	2.7	22	79	5	59	58	5	1	35	1.30
98634385--98634414	5	6.0	5	100	0	60	40	0	0	60	0.97
98634447--98634507	30	2.0	30	81	9	70	59	6	34	0	1.24
98635972--98636086	38	2.9	40	76	7	128	23	19	26	30	1.98
98641500--98641559	30	2.0	30	83	6	77	28	26	6	38	1.81
98643306--98643416	47	2.4	47	83	6	145	35	22	16	26	1.95
98655794--98655858	19	3.4	19	78	18	71	55	0	1	43	1.09
98656551--98656637	40	2.2	40	100	0	174	36	9	20	33	1.85
98673212--98673249	18	2.1	18	85	9	51	26	7	7	57	1.54
98675210--98675247	19	2.1	18	85	14	51	60	0	2	36	1.11
98684098--98684145	23	2.0	25	84	11	66	62	0	0	37	0.95
98684102--98684144	15	3.0	14	83	12	52	60	0	0	39	0.97
98694477--98694535	24	2.5	24	86	2	75	62	0	3	33	1.12
98695118--98695177	30	1.9	30	86	6	84	38	5	10	46	1.59
98697249--98697274	6	4.3	6	100	0	52	0	69	0	30	0.89
98699267--98699338	5	14.8	5	74	21	64	38	0	4	56	1.18
98699296--98699338	19	2.3	19	92	8	70	41	0	0	58	0.98
98699343--98699382	18	2.2	19	90	4	64	80	2	15	2	0.93
98700259--98700372	44	2.5	44	84	2	138	34	13	21	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98700252--98700385	46	3.0	45	82	4	144	35	13	23	28	1.92
98705416--98705487	5	14.8	5	74	21	64	38	0	4	56	1.18
98705445--98705487	19	2.3	19	92	8	70	41	0	0	58	0.98
98705492--98705532	19	2.2	19	90	0	64	80	2	14	2	0.92
98705497--98705542	15	3.1	15	84	9	58	76	2	17	4	1.06
98706402--98706535	44	3.0	45	83	4	162	35	13	23	27	1.93
98708598--98708778	54	3.1	54	69	19	148	42	2	3	51	1.32
98708609--98708901	120	2.4	120	93	2	482	41	2	5	50	1.39
98708734--98708775	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
98708682--98708869	61	3.1	61	69	17	201	42	2	6	48	1.40
98708838--98709154	157	2.0	157	93	1	546	47	5	3	43	1.43
98709277--98709345	16	4.2	16	94	3	120	37	36	0	26	1.57
98709277--98709345	33	2.1	32	94	2	120	37	36	0	26	1.57
98714946--98714979	17	2.1	16	88	5	50	29	5	23	41	1.78
98723555--98723605	21	2.5	20	81	15	59	60	5	1	31	1.31
98723839--98723877	15	2.6	15	91	0	60	53	0	5	41	1.23
98725874--98725922	25	2.0	25	84	4	64	63	8	0	28	1.23
98725886--98725950	25	2.9	23	80	15	66	66	7	0	26	1.19
98725912--98725950	19	2.0	20	90	5	62	71	7	0	20	1.10
98732154--98732192	19	2.0	20	90	5	62	71	7	0	20	1.10
98739533--98739566	4	8.5	4	93	0	50	44	23	0	32	1.54
98743456--98743486	16	1.9	16	93	0	53	35	0	3	61	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98743672--98743736	20	3.3	20	67	16	64	64	3	6	26	1.32
98743663--98743737	38	2.0	38	97	0	141	64	2	6	26	1.32
98744775--98744822	22	2.3	20	83	13	62	62	0	2	35	1.07
98750654--98750701	12	3.8	12	78	10	60	33	27	6	33	1.82
98756793--98756876	28	3.0	28	91	1	132	19	3	30	46	1.66
98756797--98756890	28	3.6	24	78	18	91	15	4	34	45	1.66
98757081--98757167	21	4.0	23	72	13	76	14	21	26	36	1.93
98764619--98764686	22	3.0	22	76	18	77	42	19	22	16	1.89
98764663--98764719	29	1.9	29	92	3	96	43	15	19	21	1.87
98766770--98766808	12	3.3	12	85	7	62	33	17	0	48	1.48
98766769--98766802	11	3.0	11	86	4	50	32	23	0	44	1.54
98766838--98766864	14	1.9	14	100	0	54	22	3	0	74	0.98
98766869--98766920	15	3.5	15	81	7	61	28	9	0	61	1.27
98768922--98768965	19	2.3	20	84	7	56	27	20	11	40	1.86
98771246--98771410	46	3.2	52	80	11	216	36	13	22	27	1.92
98771374--98771482	37	3.0	37	90	2	177	35	16	22	24	1.95
98775919--98776182	86	3.1	86	90	2	404	26	22	24	26	2.00
98776130--98776405	134	2.1	134	95	1	491	27	19	23	29	1.98
98776341--98776498	45	3.4	45	67	17	133	29	18	23	28	1.98
98776287--98776507	95	2.4	88	84	11	309	28	20	23	27	1.99
98776307--98776500	95	2.0	95	98	0	379	29	20	22	27	1.98
98776173--98776605	229	1.9	229	95	0	776	27	20	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98776613--98777287	132	5.1	132	92	0	1082	29	16	24	29	1.97
98779644--98779693	15	3.4	15	72	13	50	24	10	0	66	1.22
98779653--98779704	15	3.5	15	81	7	61	28	9	0	61	1.27
98787722--98787746	13	1.9	13	100	0	50	56	28	0	16	1.41
98789303--98789337	12	2.7	13	91	8	54	68	0	2	28	1.04
98791235--98791334	51	2.0	51	83	15	127	40	2	5	53	1.34
98791298--98791324	5	5.4	5	100	0	54	40	0	0	59	0.98
98791492--98791524	13	2.5	13	100	0	66	42	6	15	36	1.71
98792603--98792663	15	4.1	15	83	10	81	34	0	9	55	1.33
98795926--98795975	21	2.4	21	93	0	82	32	30	8	30	1.86
98800173--98800217	17	2.8	17	83	6	58	82	4	8	4	0.94
98800756--98800794	20	2.0	20	84	0	51	23	38	2	35	1.68
98809812--98809844	18	1.9	17	88	11	50	15	15	33	36	1.88
98814832--98814869	15	2.5	15	91	0	58	68	2	0	28	1.03
98816984--98817026	15	2.9	15	79	6	52	62	4	0	32	1.15
98823296--98823350	27	2.0	28	82	10	69	29	0	3	67	1.08
98823374--98823413	21	2.0	20	90	5	62	55	5	10	30	1.54
98825674--98825780	45	2.4	45	88	0	151	42	17	17	22	1.89
98826772--98826815	6	7.2	6	81	2	52	0	25	0	75	0.81
98826772--98826815	12	3.6	12	87	3	61	0	25	0	75	0.81
98826777--98826811	18	1.9	18	94	0	61	0	28	0	71	0.86
98826772--98826826	24	2.2	24	84	9	67	0	29	1	69	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98826864--98826916	16	3.4	16	82	10	65	24	7	0	67	1.16
98827059--98827121	33	1.9	33	87	9	94	53	7	0	38	1.30
98827505--98827565	3	20.7	3	76	15	56	57	1	0	40	1.08
98827504--98827573	13	5.7	12	70	18	54	54	1	0	44	1.09
98827504--98827564	20	3.0	21	78	21	69	55	1	0	42	1.09
98827505--98827573	34	2.1	34	84	12	92	55	1	0	43	1.08
98827505--98827565	12	5.5	11	79	16	63	57	1	0	40	1.08
98837015--98837051	12	3.0	13	84	11	51	29	40	18	10	1.85
98841669--98841706	3	12.7	3	94	0	67	34	2	0	63	1.09
98843727--98843775	19	2.6	19	76	20	57	48	8	4	38	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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