genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.179.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59347197--59347252	30	1.9	28	85	7	76	53	3	30	12	1.55
59350491--59350547	29	2.0	29	92	0	96	45	29	0	24	1.53
59355707--59355807	30	3.4	30	71	4	87	31	14	26	26	1.95
59359947--59360122	50	3.5	49	83	7	194	28	28	18	25	1.98
59359947--59360133	101	1.9	99	86	4	268	27	29	18	24	1.98
59362336--59362392	11	5.5	10	73	22	55	77	1	17	3	1.00
59362336--59362392	5	11.0	5	77	17	55	77	1	17	3	1.00
59362336--59362392	16	3.7	14	80	17	60	77	1	17	3	1.00
59362461--59362542	30	2.7	31	81	5	96	65	1	21	10	1.30
59362466--59362535	24	2.9	24	74	6	61	62	1	24	11	1.36
59364646--59364742	30	3.2	30	76	2	106	27	27	16	27	1.97
59373500--59373542	12	3.6	12	87	0	68	9	4	6	79	1.06
59373899--59373938	14	2.9	14	88	0	53	50	7	32	10	1.64
59381647--59381679	12	2.8	12	86	4	50	51	9	3	36	1.49
59381711--59381749	20	1.9	21	89	5	62	35	23	20	20	1.96
59384048--59384223	26	6.8	26	92	0	298	39	18	14	28	1.89
59384048--59384223	52	3.4	52	97	0	334	39	18	14	28	1.89
59387065--59387241	27	6.5	26	80	6	149	26	16	28	28	1.97
59387065--59387220	82	1.9	81	85	3	215	26	17	28	27	1.98
59387061--59387241	82	2.2	81	81	2	211	27	17	27	28	1.97
59389325--59389418	30	3.2	30	95	1	172	32	23	18	25	1.97
59392571--59392613	14	3.1	14	86	0	59	13	30	6	48	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59393377--59393421	9	4.7	9	84	15	63	84	2	2	11	0.80
59393377--59393421	21	2.1	21	87	0	63	84	2	2	11	0.80
59405130--59405177	14	3.4	14	82	0	51	18	29	6	45	1.74
59405815--59405861	21	2.2	22	92	7	80	74	8	4	12	1.19
59405803--59405867	21	2.8	23	77	20	73	72	7	7	12	1.28
59406810--59406897	30	2.9	30	78	6	88	29	25	17	28	1.97
59409169--59409263	30	3.2	31	73	5	97	28	15	28	27	1.96
59411803--59411885	30	2.8	30	75	0	94	28	16	26	27	1.97
59414110--59414195	30	2.9	29	83	13	111	13	23	0	62	1.31
59414170--59414200	12	2.7	12	95	5	55	6	19	0	74	1.03
59414145--59414199	18	3.1	18	81	2	67	9	20	0	70	1.13
59414273--59414329	5	11.0	5	75	20	55	3	17	1	77	1.00
59414273--59414329	16	3.7	14	82	15	60	3	17	1	77	1.00
59414273--59414340	21	3.2	21	76	15	61	2	17	2	76	1.04
59418019--59418101	30	2.7	31	77	5	89	12	21	2	63	1.39
59418170--59418233	26	2.5	25	76	18	69	3	17	3	76	1.04
59418168--59418226	16	3.9	14	77	18	57	3	18	1	76	1.02
59418188--59418236	20	2.3	20	80	16	55	0	18	4	77	0.92
59420767--59420863	30	3.2	30	71	8	90	27	15	28	27	1.96
59422033--59422129	30	3.2	30	71	8	90	27	15	28	27	1.96
59440336--59440513	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
59440357--59440512	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59445193--59445240	25	1.9	25	82	0	60	35	25	14	25	1.94
59445288--59445343	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
59445277--59445343	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
59445394--59445513	25	4.9	25	94	2	208	27	20	23	29	1.98
59445394--59445537	75	1.9	75	86	8	206	28	20	23	27	1.99
59445732--59445794	31	2.0	31	87	0	90	36	15	23	23	1.94
59452887--59452924	17	2.2	18	85	4	51	39	0	7	52	1.31
59453822--59453885	22	2.9	22	81	4	58	26	20	18	34	1.96
59461977--59462003	14	1.9	14	100	0	54	29	18	14	37	1.91
59464733--59464796	20	3.2	20	93	4	112	51	10	9	28	1.68
59466087--59466238	27	5.6	28	71	7	100	28	11	20	38	1.88
59466158--59466248	27	3.4	26	73	11	76	29	13	24	32	1.93
59467230--59467336	53	2.0	53	100	0	214	32	28	16	22	1.96
59471400--59471479	28	2.8	29	76	14	78	31	33	13	21	1.92
59471706--59471750	16	2.8	16	86	0	63	17	13	20	48	1.80
59473803--59473973	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
59473795--59473970	46	3.8	46	78	12	207	29	28	21	20	1.98
59479493--59479579	28	3.1	28	78	6	95	28	32	13	25	1.94
59479645--59479679	17	2.0	18	88	5	54	20	34	22	22	1.97
59480614--59480639	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
59483554--59483801	64	3.8	65	82	6	213	24	29	15	30	1.96
59483657--59483801	64	2.3	64	95	0	263	26	28	13	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59484536--59484596	30	2.0	30	87	0	86	29	22	6	40	1.79
59486744--59487273	47	11.3	47	91	0	853	28	28	8	34	1.87
59487054--59487129	22	3.3	22	66	16	64	26	30	10	32	1.90
59491942--59492092	43	3.5	44	78	9	159	25	19	24	31	1.98
59491983--59492082	42	2.4	42	81	1	128	27	16	23	34	1.95
59495706--59495990	47	6.1	47	92	2	430	31	9	30	28	1.88
59496109--59496187	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
59498037--59498182	43	3.4	43	97	0	274	21	14	36	27	1.92
59498164--59498237	29	2.6	29	86	4	96	25	14	32	27	1.95
59498627--59498823	40	4.9	40	88	0	259	24	22	27	24	2.00
59498585--59498823	80	3.0	80	80	3	223	25	22	27	24	2.00
59502356--59502640	47	6.1	47	92	0	428	32	9	30	28	1.88
59502760--59502838	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
59514220--59514334	43	2.7	43	93	4	187	36	21	13	28	1.91
59519481--59519537	29	2.0	29	85	0	78	35	28	1	35	1.68
59523009--59523265	47	5.5	47	91	0	361	33	9	29	27	1.89
59523317--59523395	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
59525239--59525341	43	2.4	43	98	0	197	23	15	34	26	1.94
59525323--59525396	29	2.6	29	84	4	96	27	16	31	25	1.96
59525711--59525986	40	6.9	40	84	1	279	24	23	28	23	2.00
59528635--59529036	47	8.5	47	91	2	579	32	9	29	28	1.88
59529155--59529233	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59531849--59532023	46	3.8	46	77	8	203	28	26	21	22	1.99
59531854--59532024	93	1.8	93	92	2	290	28	28	21	22	1.99
59535142--59535295	43	3.6	43	77	5	132	31	25	17	24	1.97
59551858--59551963	42	2.5	44	81	7	119	26	13	24	35	1.92
59559516--59559666	43	3.5	43	77	7	126	26	17	25	31	1.97
59559568--59559691	42	2.9	42	78	7	117	23	16	27	32	1.96
59562585--59562641	26	2.2	26	81	9	62	28	19	17	35	1.94
59564873--59564901	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
59564892--59564950	24	2.5	23	78	8	64	55	3	1	38	1.26
59569033--59569111	27	3.0	27	88	1	115	31	21	21	25	1.98
59569098--59569220	27	4.6	27	88	3	124	41	22	7	28	1.80
59569122--59569355	27	8.7	27	80	7	192	40	22	10	26	1.86
59569123--59569355	81	2.9	82	76	11	230	40	22	10	27	1.86
59569376--59569432	27	2.1	27	86	0	78	38	14	12	35	1.83
59569480--59569556	27	2.9	26	82	5	93	31	23	22	23	1.99
59569702--59569780	27	2.9	27	84	0	104	21	22	21	34	1.97
59571074--59571135	31	2.0	31	93	0	106	38	6	22	32	1.80
59572073--59572109	10	3.6	10	89	7	56	37	0	2	59	1.12
59579795--59579857	20	3.2	20	93	0	108	34	12	20	31	1.90
59579909--59580052	24	6.0	24	87	9	197	29	23	21	25	1.99
59579911--59580052	71	2.0	72	87	9	211	28	23	21	26	1.99
59586090--59586400	40	7.8	40	90	1	446	23	27	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59593416--59593593	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
59593416--59593593	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
59596700--59597010	40	7.8	40	89	1	428	24	27	23	25	2.00
59601082--59601138	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
59601080--59601142	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
59601194--59601337	24	6.0	24	86	9	188	29	23	21	25	1.99
59601196--59601337	71	2.0	72	86	9	202	29	23	21	25	1.99
59607409--59607469	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
59613775--59613912	43	3.2	42	73	10	136	30	28	17	23	1.97
59617856--59617944	39	2.3	39	96	0	160	30	29	21	19	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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