genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.264.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85740426--85740706	87	3.2	86	84	9	325	57	4	2	35	1.32
85740508--85740778	134	2.0	134	93	1	463	57	4	1	36	1.28
85740720--85740781	25	2.5	24	82	15	72	61	3	0	35	1.12
85743115--85743150	3	12.0	3	87	0	54	61	5	0	33	1.19
85743476--85743518	21	2.0	21	82	8	52	53	4	13	27	1.60
85744298--85744373	35	2.2	35	82	0	89	27	7	19	44	1.78
85744443--85744904	41	11.4	40	84	6	547	35	24	16	23	1.95
85744443--85744904	81	5.7	81	85	4	574	35	24	16	23	1.95
85745208--85745279	7	10.1	7	74	3	54	48	30	0	20	1.50
85745201--85745261	21	2.9	21	75	0	59	52	26	0	21	1.47
85745423--85745502	38	2.2	36	86	8	108	26	1	26	46	1.61
85746360--85746410	15	3.3	15	78	8	50	54	1	0	43	1.11
85747326--85747368	18	2.4	18	96	0	77	20	4	23	51	1.66
85756305--85756471	35	4.6	35	83	8	192	31	10	23	34	1.89
85756305--85756475	75	2.4	75	84	7	212	31	11	23	33	1.90
85757701--85757944	132	1.8	132	81	3	303	37	18	17	27	1.93
85760705--85760753	25	2.0	25	95	0	89	18	6	44	30	1.74
85763895--85764071	50	3.5	50	90	0	282	35	15	23	25	1.95
85764047--85764195	31	4.8	31	88	0	226	27	19	26	26	1.99
85764295--85764426	49	2.9	48	83	8	141	28	13	25	31	1.94
85764343--85764470	42	3.0	42	86	3	177	29	12	27	30	1.93
85766652--85766714	22	2.8	22	76	9	65	53	3	0	42	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85769804--85769863	26	2.3	26	86	8	79	33	0	16	50	1.46
85769906--85770169	104	2.5	105	86	4	374	26	1	13	57	1.45
85770173--85770215	20	2.1	21	87	8	63	18	0	11	69	1.17
85770409--85770461	21	2.5	22	81	3	63	32	5	5	56	1.46
85773260--85773296	17	2.1	17	90	10	56	16	5	2	75	1.10
85777160--85777251	24	3.9	23	73	13	80	27	22	19	30	1.98
85777124--85777252	46	2.7	45	83	7	132	27	23	18	30	1.98
85787104--85787218	31	3.7	31	94	1	178	28	24	16	30	1.96
85787242--85787333	42	2.2	42	90	0	139	34	20	14	30	1.92
85787466--85787601	26	5.3	26	89	3	199	27	23	22	27	1.99
85787466--85787601	52	2.7	51	94	5	233	27	23	22	27	1.99
85787651--85787737	20	4.3	20	92	2	140	29	18	10	41	1.84
85787651--85787747	20	4.9	19	91	5	67	30	18	9	41	1.82
85788540--85788775	27	8.7	27	75	6	136	31	9	19	39	1.84
85788627--85788775	53	2.8	54	87	4	203	29	8	20	41	1.81
85788626--85788808	80	2.3	81	81	3	208	29	10	20	39	1.85
85788626--85788808	54	3.4	51	80	10	179	29	10	20	39	1.85
85788650--85788775	27	4.7	26	87	3	153	30	8	21	39	1.83
85788807--85789003	27	7.3	27	84	5	193	38	8	24	28	1.84
85788807--85788981	54	3.3	53	88	1	242	39	7	24	29	1.82
85788807--85789003	54	3.7	54	86	2	236	38	8	24	28	1.84
85788807--85789024	80	2.7	80	84	2	249	38	7	23	30	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85796924--85796954	16	1.9	16	93	0	53	41	22	0	35	1.54
85806460--85806547	27	3.3	27	86	0	122	29	26	5	38	1.79
85806447--85806551	54	1.9	54	86	0	147	33	23	6	36	1.81
85806543--85806731	27	7.0	26	79	8	132	40	20	10	29	1.85
85806583--85806731	54	2.8	54	84	4	203	42	19	8	29	1.80
85806583--85806731	81	1.8	81	87	5	221	42	19	8	29	1.80
85806745--85806797	27	2.0	27	88	7	81	41	13	11	33	1.80
85806837--85806914	27	2.9	27	75	11	79	37	23	20	19	1.95
85807622--85807725	20	5.2	20	83	2	129	41	8	18	31	1.81
85807621--85807693	11	7.2	11	69	16	50	39	8	19	32	1.81
85807778--85807888	26	4.3	26	84	4	147	28	18	24	27	1.98
85808021--85808112	42	2.2	42	86	0	121	29	13	22	34	1.92
85808136--85808214	31	2.5	31	97	0	149	29	18	26	25	1.98
85812454--85812492	16	2.4	16	82	4	51	15	2	17	64	1.41
85819232--85819273	20	2.1	20	91	8	68	71	0	0	28	0.86
85820537--85820570	7	4.9	7	100	0	68	26	0	0	73	0.83
85825354--85825418	33	2.0	33	100	0	130	35	9	3	52	1.49
85829781--85829829	25	2.0	25	84	8	64	34	18	16	30	1.93
85831037--85831068	16	2.0	16	100	0	64	81	0	6	12	0.87
85835097--85835237	42	3.3	41	81	11	151	29	26	12	31	1.93
85835124--85835284	47	3.6	46	82	7	181	29	26	14	29	1.95
85835316--85835495	31	5.8	31	89	2	254	26	27	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85835471--85835599	50	2.5	51	88	5	190	26	21	16	35	1.94
85839478--85839503	13	2.0	13	100	0	52	15	30	38	15	1.88
85843527--85843630	55	1.9	55	85	0	145	27	32	24	15	1.95
85843526--85843662	55	2.5	55	80	0	139	28	31	21	18	1.97
85844181--85844219	12	3.3	13	80	20	50	23	28	7	41	1.82
85849346--85849376	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
85849343--85849382	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
85849455--85849499	23	1.9	24	90	4	74	22	20	11	46	1.81
85849568--85849822	55	4.8	53	80	8	236	22	24	17	36	1.95
85849615--85849815	108	1.8	110	86	6	293	23	24	17	34	1.96
85855498--85855715	40	5.5	40	87	3	289	25	27	23	22	2.00
85859493--85859754	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
85876795--85876845	7	7.6	7	78	14	54	84	3	11	0	0.75
85876803--85876850	11	4.3	11	82	12	62	87	2	10	0	0.62
85876800--85876850	18	2.8	18	93	3	84	86	1	11	0	0.66
85876795--85876850	25	2.2	26	87	9	80	83	3	12	0	0.76
85876803--85876850	15	3.2	15	83	16	55	87	2	10	0	0.62
85884432--85884490	30	2.0	30	90	6	93	30	3	11	54	1.53
85891654--85891730	38	2.0	38	100	0	154	36	15	11	36	1.84
85893500--85893682	24	7.7	23	67	17	79	16	25	21	37	1.93
85898515--85898571	23	2.7	19	76	10	51	36	3	5	54	1.40
85899695--85899719	13	1.9	13	100	0	50	72	0	12	16	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85901161--85901265	47	2.2	47	91	0	165	27	20	11	40	1.87
85901267--85901310	18	2.4	18	88	0	61	31	11	18	38	1.86
85907216--85907245	14	2.1	14	93	0	51	46	36	0	16	1.47
85918931--85918982	27	1.9	27	88	0	77	26	25	15	32	1.95
85924299--85924341	19	2.3	18	84	15	52	37	18	0	44	1.50
85925384--85925413	10	2.8	11	90	10	53	26	0	0	73	0.84
85927275--85927381	44	2.5	44	81	6	121	22	18	24	34	1.96
85928675--85928703	13	2.2	13	100	0	58	0	20	37	41	1.53
85929448--85929558	45	2.4	45	83	3	132	38	19	19	21	1.93
85929455--85929558	22	4.6	22	79	11	86	39	20	18	22	1.92
85929492--85929617	23	5.3	24	75	14	102	34	18	22	24	1.96
85929470--85929574	45	2.4	45	80	4	115	40	19	20	20	1.92
85933498--85933542	23	1.9	24	82	13	58	64	4	2	28	1.25
85934393--85934568	88	2.0	88	97	0	334	44	10	12	32	1.76
85935192--85935234	18	2.4	18	92	0	68	23	25	6	44	1.78
85938740--85938994	126	2.0	126	91	0	411	30	20	15	33	1.94
85939534--85939595	19	3.4	19	78	14	76	41	20	0	37	1.53
85939541--85939594	16	3.1	17	82	15	65	42	22	0	35	1.54
85939704--85939731	14	2.0	14	100	0	56	50	35	0	14	1.43
85939707--85939758	22	2.5	22	81	6	63	46	30	0	23	1.53
85940167--85940225	29	2.0	30	83	3	75	28	5	11	54	1.58
85945951--85946011	32	1.9	32	89	0	95	27	6	18	47	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85947783--85947830	22	2.2	22	92	3	80	31	4	6	58	1.42
85947816--85947876	20	3.2	18	71	17	52	29	4	0	65	1.13
85947816--85947878	19	3.3	19	73	10	65	30	4	0	65	1.13
85947803--85947886	39	2.2	38	85	8	109	29	3	1	65	1.17
85955081--85955113	15	2.1	16	94	5	59	54	0	0	45	0.99
85957477--85957519	22	2.0	21	82	13	52	55	2	0	41	1.12
85965263--85965542	38	7.3	38	86	3	389	22	23	25	28	1.99
85965263--85965519	78	3.3	76	92	2	397	22	24	24	27	2.00
85965264--85965543	116	2.4	117	89	2	413	22	24	25	27	2.00
85968425--85968467	23	1.9	22	86	13	61	16	4	6	72	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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