genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.175.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57888505--57888760	40	6.4	39	91	4	331	23	23	27	25	2.00
57896733--57896931	68	3.0	67	72	18	191	39	4	6	50	1.47
57896803--57896919	62	1.9	59	86	5	162	39	4	5	50	1.47
57897373--57897453	29	2.8	30	76	14	80	41	18	13	25	1.87
57897560--57897599	17	2.2	19	83	16	50	40	25	5	30	1.77
57904739--57905018	136	2.0	139	91	4	458	38	24	13	23	1.91
57920890--57921037	78	1.9	78	91	0	242	25	26	24	24	2.00
57928163--57928616	47	9.6	47	93	1	746	31	8	30	28	1.87
57928734--57928812	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
57930719--57930792	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
57931105--57931287	40	4.6	40	85	5	210	24	23	27	25	2.00
57934857--57935413	47	11.6	47	90	6	839	32	8	29	29	1.87
57935154--57935358	104	2.0	104	98	0	392	32	8	27	31	1.86
57934857--57935413	245	2.3	234	89	5	837	32	8	29	29	1.87
57935532--57935610	37	2.1	37	86	4	106	24	18	30	26	1.98
57940742--57940847	24	4.3	24	74	14	76	32	17	24	25	1.97
57945928--57945966	15	2.6	14	84	11	51	76	2	0	20	0.90
57948527--57948618	42	2.2	42	88	1	132	40	19	23	16	1.91
57948527--57948640	21	5.5	21	68	2	77	39	18	23	18	1.92
57948527--57948640	41	2.7	42	83	2	149	39	18	23	18	1.92
57950846--57950979	26	5.2	26	93	0	223	32	7	23	35	1.83
57951064--57951093	10	3.0	10	95	0	51	10	26	10	53	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57952569--57952709	27	5.2	27	81	11	173	17	23	23	35	1.95
57952566--57952709	54	2.7	54	94	2	245	17	23	23	35	1.95
57952569--57952727	27	5.9	27	75	19	145	18	23	22	35	1.96
57952569--57952727	81	2.0	80	83	10	200	18	23	22	35	1.96
57955690--57955754	17	3.7	17	91	4	94	56	0	0	43	0.99
57955690--57955754	19	3.6	19	87	8	91	56	0	0	43	0.99
57955723--57955767	19	2.3	19	88	3	63	66	4	0	28	1.11
57956102--57956156	25	2.3	24	76	14	60	41	0	1	56	1.10
57956157--57956195	20	1.9	21	89	5	62	41	0	2	56	1.13
57963231--57963265	16	2.2	16	100	0	70	48	0	0	51	1.00
57963468--57963538	18	3.8	19	73	15	67	56	0	8	35	1.30
57963907--57963953	19	2.5	19	76	10	51	72	4	2	21	1.12
57968057--57968086	14	2.1	14	93	0	51	33	3	36	26	1.73
57968154--57968183	14	2.1	14	93	0	51	13	3	40	43	1.60
57969541--57969587	15	3.1	15	74	17	51	19	0	34	46	1.50
57969541--57969590	16	3.2	16	74	5	57	18	0	34	48	1.48
57969691--57969794	41	2.5	41	87	3	138	19	21	21	38	1.94
57969691--57969825	41	3.3	40	81	4	119	20	20	21	37	1.94
57969849--57969874	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
57971689--57971734	24	1.9	24	82	8	58	60	13	0	26	1.32
57998097--57998207	53	2.1	53	89	0	168	21	26	41	10	1.86
58014560--58014713	42	3.7	41	84	4	193	31	15	24	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58014560--58014732	85	2.1	83	80	6	188	30	14	25	30	1.95
58014738--58014782	22	2.0	22	100	0	90	26	24	4	44	1.72
58018357--58020502	718	3.0	718	96	0	4003	30	18	15	35	1.91
58020388--58020554	71	2.4	71	93	0	298	31	21	12	34	1.91
58031720--58031794	18	4.2	18	75	10	73	26	2	24	46	1.66
58031727--58031826	36	2.8	36	80	8	89	24	5	22	49	1.70
58031868--58031932	34	1.9	34	84	6	87	16	15	26	41	1.88
58037455--58037548	47	2.0	47	97	0	179	37	8	19	35	1.82
58041078--58041124	24	1.9	24	83	12	60	76	2	6	14	1.08
58041093--58041128	17	2.0	17	89	10	54	72	2	5	19	1.17
58041220--58041304	34	2.4	34	82	7	91	61	2	35	1	1.17
58041412--58041455	21	2.0	22	83	12	56	36	0	6	56	1.26
58041412--58041461	22	2.3	22	82	6	57	36	0	6	58	1.23
58041482--58041525	7	6.3	7	100	0	88	27	0	0	72	0.85
58041482--58041532	21	2.5	20	93	6	86	27	0	0	72	0.85
58041575--58041623	21	2.4	19	75	15	53	28	0	2	69	1.00
58041837--58041896	31	1.9	31	89	0	93	58	11	1	28	1.43
58042193--58042233	13	3.1	13	85	3	55	0	21	0	78	0.76
58042198--58042230	8	4.2	8	92	3	50	0	18	0	81	0.68
58042847--58042908	30	2.1	30	100	0	124	22	16	12	48	1.80
58044479--58044692	47	4.6	47	77	10	190	27	18	30	24	1.98
58044479--58044693	46	4.6	47	80	6	192	26	18	30	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58052541--58052590	25	2.0	25	96	0	91	32	18	8	42	1.79
58055104--58055147	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
58064009--58064045	11	3.5	11	92	3	58	10	16	43	29	1.82
58067425--58068131	48	14.3	48	83	10	802	34	7	27	30	1.84
58067543--58067590	22	2.2	22	100	0	96	25	12	37	25	1.91
58067495--58067634	70	2.0	70	98	0	271	32	8	30	28	1.87
58067447--58067686	118	2.0	118	97	0	453	32	7	30	29	1.86
58067425--58067732	166	1.9	166	97	0	580	34	7	28	30	1.84
58067565--58068131	144	4.0	144	95	0	976	34	7	27	29	1.85
58067565--58068131	96	5.9	95	96	0	938	34	7	27	29	1.85
58068272--58068374	37	2.8	37	93	0	179	23	20	31	25	1.98
58070313--58070346	11	3.2	11	91	4	52	29	0	0	70	0.87
58082266--58082414	74	2.0	74	97	0	280	34	10	20	34	1.87
58084911--58084969	24	2.5	23	86	2	82	32	20	25	22	1.98
58084914--58085076	24	6.8	24	67	18	81	37	19	23	20	1.94
58085006--58085076	23	3.0	24	82	12	92	42	21	19	16	1.89
58085607--58085646	21	1.9	21	85	10	55	35	15	5	45	1.68
58087574--58087798	40	5.7	40	84	6	271	25	21	27	25	2.00
58087613--58087831	79	2.8	80	82	6	216	26	20	27	25	1.99
58092117--58092241	43	2.9	43	90	1	189	30	29	18	21	1.97
58104882--58105075	47	4.1	47	95	0	334	33	11	28	25	1.91
58104905--58105025	22	5.2	22	63	27	63	30	13	30	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58104882--58105115	94	2.5	94	88	2	292	32	11	29	25	1.92
58105103--58105276	46	3.8	46	92	1	269	34	8	31	26	1.85
58106752--58106945	40	4.8	40	88	0	289	20	22	30	26	1.98
58106752--58106945	80	2.4	80	94	0	334	20	22	30	26	1.98
58110473--58110991	47	11.0	47	92	0	808	33	12	28	26	1.92
58110976--58111149	46	3.8	46	87	0	231	35	8	29	26	1.85
58117519--58118041	47	10.6	47	74	15	326	31	8	29	29	1.88
58117519--58118041	94	5.3	94	70	19	382	31	8	29	29	1.88
58117642--58117777	71	1.9	71	93	0	236	31	13	26	28	1.94
58117595--58117823	118	1.9	117	97	0	431	31	11	27	29	1.91
58119853--58119904	21	2.5	21	87	0	68	23	30	26	19	1.98
58140020--58140350	178	1.9	178	92	0	563	16	18	21	43	1.88
58145893--58145952	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
58160163--58160211	15	3.3	15	100	0	98	18	38	8	34	1.80
58164337--58164420	36	2.3	36	81	4	98	15	30	8	45	1.76
58167326--58167543	40	5.5	40	85	2	262	25	27	23	23	2.00
58173789--58173891	53	1.9	53	84	7	138	11	20	11	56	1.66
58178564--58178615	26	2.0	26	100	0	104	38	11	11	38	1.78
58181577--58181744	46	3.6	45	83	6	194	21	25	21	31	1.98
58188526--58188714	94	2.0	94	100	0	378	20	19	14	45	1.85
58190033--58190078	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
58197737--58197798	26	2.4	26	84	10	74	74	0	12	12	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58197740--58197806	30	2.2	30	86	0	98	76	1	10	11	1.10
58200103--58200133	15	2.1	15	93	0	53	38	22	0	38	1.54
58200325--58200416	25	3.7	26	79	7	109	32	19	25	22	1.97
58210884--58210928	23	2.0	23	82	8	56	17	28	20	33	1.95
58221596--58221651	21	2.7	21	97	0	103	17	5	53	23	1.64
58223289--58223393	42	2.4	46	83	12	123	33	25	13	27	1.93
58228488--58228648	48	3.4	47	80	10	159	31	18	26	23	1.98
58228488--58228841	49	7.5	47	71	12	162	29	18	26	25	1.98
58233661--58233707	10	4.6	10	80	12	51	59	2	2	36	1.21
58235199--58235377	27	6.6	27	82	5	182	29	28	16	26	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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