genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.43.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12139687--12139721	16	2.1	17	89	5	54	48	0	8	42	1.33
12142210--12142449	107	2.3	104	87	3	347	44	13	11	30	1.79
12146853--12146900	18	2.6	18	80	6	51	66	2	2	29	1.14
12151580--12151621	16	2.8	16	86	10	54	52	0	7	40	1.29
12151598--12151627	13	2.3	13	94	0	51	60	0	0	40	0.97
12162722--12162751	15	1.9	16	93	6	53	53	23	3	20	1.60
12174620--12174680	25	2.4	26	94	2	106	40	16	13	29	1.86
12183650--12183688	17	2.5	15	80	15	51	76	0	17	5	0.96
12183650--12183688	16	2.4	16	84	12	53	76	0	17	5	0.96
12187080--12187189	42	2.6	42	80	0	130	23	27	27	21	1.99
12197731--12197969	131	1.8	131	82	1	309	33	16	13	36	1.88
12197943--12198012	36	1.9	36	91	0	113	34	12	14	38	1.84
12197794--12198143	167	2.1	167	84	3	454	34	15	13	36	1.86
12197962--12198307	131	2.6	131	83	1	381	34	14	13	37	1.85
12200652--12200693	20	2.0	21	90	4	68	50	0	19	30	1.48
12201377--12201490	33	3.5	33	76	10	108	32	9	22	35	1.87
12201388--12201490	32	3.2	33	79	5	111	32	8	23	35	1.85
12212392--12212439	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
12212741--12212815	19	4.0	20	70	15	52	53	1	2	42	1.23
12214988--12215024	18	2.1	19	90	10	60	48	0	13	37	1.43
12217098--12217173	24	3.2	24	77	3	73	38	15	25	21	1.92
12224875--12224912	17	2.2	17	100	0	76	34	26	7	31	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12234900--12234952	24	2.2	24	86	3	72	35	24	22	16	1.95
12239207--12239452	27	9.1	27	89	0	339	33	19	21	24	1.97
12252142--12252175	4	8.2	4	87	6	50	73	0	2	23	0.97
12252852--12252877	12	2.2	12	100	0	52	23	0	0	76	0.78
12255577--12255620	22	2.1	21	83	8	54	50	6	0	43	1.29
12256143--12256202	18	3.3	18	71	19	52	33	5	0	61	1.17
12256138--12256229	37	2.5	37	78	16	102	31	6	1	60	1.29
12256138--12256336	19	10.3	18	69	23	70	31	6	2	60	1.32
12263276--12263342	33	2.0	33	100	0	134	46	17	11	23	1.82
12269990--12270027	19	2.1	18	85	9	51	63	0	0	36	0.95
12270128--12270177	26	2.0	25	84	11	66	50	6	0	44	1.26
12279149--12279205	25	2.3	25	78	0	60	19	21	17	42	1.90
12282080--12282181	43	2.4	43	83	6	118	35	4	12	47	1.63
12282664--12282706	6	7.0	6	84	5	50	30	6	2	60	1.35
12287655--12287917	40	6.7	40	86	7	301	25	21	26	25	2.00
12287655--12287917	79	3.3	80	85	5	322	25	21	26	25	2.00
12287656--12287950	79	3.7	77	80	10	262	26	21	27	24	1.99
12289461--12289495	15	2.2	16	90	5	54	5	45	0	48	1.26
12316670--12316719	25	2.0	26	96	4	93	4	2	22	72	1.12
12321667--12321732	14	4.3	15	73	19	55	45	0	1	53	1.09
12321751--12321787	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
12321799--12321854	22	2.6	22	83	5	62	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12327791--12328053	46	5.7	46	74	15	245	31	29	16	21	1.96
12327800--12328063	93	2.8	93	94	0	438	31	29	17	21	1.96
12327853--12328007	47	3.3	47	74	18	178	30	30	16	21	1.95
12329602--12329705	53	2.0	53	84	0	136	32	15	25	26	1.95
12329826--12329957	61	2.2	61	88	0	192	30	15	25	28	1.96
12329922--12329990	29	2.4	29	92	2	122	27	18	24	28	1.98
12329861--12330048	89	2.1	90	84	4	238	31	17	21	28	1.96
12329953--12330067	61	1.9	61	83	5	153	33	17	20	27	1.95
12330753--12330787	8	4.2	8	88	3	52	34	0	2	62	1.10
12330753--12330850	5	19.2	5	74	12	74	37	0	3	59	1.13
12342903--12342960	26	2.2	26	84	0	71	18	20	20	39	1.92
12342974--12343041	25	2.8	24	70	16	59	20	23	22	33	1.97
12347059--12347089	5	6.2	5	100	0	62	38	0	0	61	0.96
12347056--12347096	15	2.7	16	88	11	68	39	0	0	60	0.96
12348171--12348269	45	2.2	45	87	3	146	25	17	16	41	1.89
12348261--12348295	18	1.9	18	88	0	52	17	25	17	40	1.90
12349269--12349301	4	8.8	4	87	12	52	75	0	0	24	0.80
12349270--12349304	7	5.0	7	90	10	54	74	0	0	25	0.82
12353157--12353214	26	2.2	26	87	0	80	18	24	18	37	1.94
12353257--12353303	24	2.0	24	91	0	76	14	23	25	36	1.93
12353862--12353962	52	1.9	52	97	0	193	36	22	10	29	1.89
12354333--12354388	29	1.9	29	88	0	85	25	33	12	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12359266--12359348	31	2.8	29	78	12	71	36	7	10	45	1.67
12360212--12360277	21	3.2	21	70	12	73	33	22	12	31	1.91
12361528--12361585	28	2.1	28	96	0	107	32	22	17	27	1.96
12361606--12361658	26	2.0	26	82	10	63	32	20	16	30	1.95
12361823--12361885	17	3.7	17	80	0	63	44	25	11	19	1.83
12361881--12361909	2	14.5	2	100	0	58	51	48	0	0	1.00
12365162--12365191	15	1.9	16	93	6	53	53	6	20	20	1.67
12370286--12370327	21	2.0	21	100	0	84	38	42	4	14	1.66
12374992--12375039	13	3.5	13	76	15	51	64	6	0	29	1.18
12379468--12379641	94	1.9	94	83	0	231	21	30	21	26	1.98
12392069--12392189	46	2.7	44	87	8	172	23	28	19	27	1.99
12403125--12403164	19	2.1	19	86	9	55	60	5	0	35	1.19
12406147--12406318	94	1.8	94	86	5	249	30	21	27	20	1.98
12406104--12406318	46	4.6	47	77	10	199	31	21	26	21	1.98
12413612--12413733	46	2.6	46	80	5	138	33	21	22	22	1.97
12414286--12414335	25	2.0	25	96	0	91	30	28	22	20	1.98
12419118--12419180	32	2.0	32	81	12	76	33	9	17	39	1.82
12420126--12420150	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
12421603--12421648	23	2.0	24	86	4	67	36	2	2	58	1.22
12425280--12425397	59	2.0	59	94	0	209	31	16	15	36	1.90
12435608--12435655	22	2.2	22	85	7	62	62	2	10	25	1.38
12439744--12439773	15	2.0	15	93	0	51	3	13	33	50	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12440404--12440441	20	1.9	20	88	0	58	50	10	2	36	1.51
12446680--12446722	6	6.8	6	79	10	50	79	0	4	16	0.90
12446683--12446722	13	3.1	13	88	0	62	80	0	5	15	0.88
12448258--12448302	3	15.0	3	81	9	56	62	0	6	31	1.21
12454798--12454847	22	2.2	23	82	7	57	66	6	6	22	1.36
12456597--12456630	18	1.9	18	94	5	61	58	0	11	29	1.33
12457324--12457373	10	5.0	10	86	13	68	70	2	8	20	1.23
12463681--12463761	26	3.1	26	67	19	69	23	11	28	37	1.89
12463682--12463868	101	1.8	103	80	6	229	24	16	25	34	1.95
12464119--12464148	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
12467256--12467280	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
12467858--12467893	18	2.0	18	88	0	54	69	8	11	11	1.37
12468057--12468099	21	2.2	19	83	8	50	25	18	32	23	1.97
12472706--12472756	26	2.0	26	96	0	93	41	19	17	21	1.91
12472705--12472781	26	3.0	26	84	3	84	37	22	20	19	1.94
12482004--12482059	28	2.0	28	96	0	103	26	32	3	37	1.74
12482278--12482397	58	2.1	58	96	0	222	39	30	10	20	1.85
12483387--12483436	21	2.4	21	75	0	55	46	20	20	14	1.84
12486039--12486120	27	3.0	27	80	8	94	34	20	24	20	1.97
12511887--12511978	6	15.3	6	76	8	89	16	5	1	77	1.01
12511885--12511978	38	2.4	38	84	10	118	17	5	1	76	1.02
12519009--12519081	31	2.4	31	88	0	110	26	24	16	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12519286--12519370	26	3.4	25	85	9	93	28	22	21	28	1.99
12519299--12519394	26	3.8	26	88	2	126	27	22	23	26	2.00
12519507--12519554	25	1.9	25	86	0	69	29	16	22	31	1.96
12538374--12538418	22	2.1	21	84	12	56	20	4	4	71	1.21
12551175--12551201	13	2.1	13	100	0	54	14	25	37	22	1.93
12574702--12574887	93	2.0	93	92	0	309	38	13	14	33	1.85
12575816--12575849	13	2.6	13	95	0	59	35	44	8	11	1.72
12578939--12578996	27	2.1	27	96	0	107	31	6	24	37	1.82
12579051--12579270	45	5.0	45	85	2	268	25	20	27	26	1.99
12584586--12584755	63	2.7	64	77	5	175	21	24	20	33	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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