genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25937451--25937667	46	4.7	46	77	11	176	27	19	28	24	1.98
25944713--25944771	30	2.0	30	86	0	82	32	11	25	30	1.92
25945159--25945260	46	2.2	47	81	12	120	28	15	30	25	1.96
25957009--25957069	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
25959289--25959635	39	8.9	39	85	1	453	20	24	27	27	1.99
25965373--25965400	14	2.0	14	100	0	56	35	7	14	42	1.73
25981826--25982053	40	5.7	40	86	5	318	28	27	20	24	1.99
25987137--25987314	27	6.6	27	82	3	187	29	28	15	26	1.96
25987158--25987313	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.96
25993626--25993853	40	5.7	40	87	3	325	25	26	21	26	2.00
26003943--26003986	14	3.1	14	86	3	61	61	0	0	38	0.96
26007186--26007232	25	2.0	25	84	12	64	27	6	4	61	1.39
26007225--26007290	34	1.9	34	96	3	123	19	7	1	71	1.18
26029899--26029992	24	3.9	24	94	0	143	34	31	14	19	1.92
26029859--26029975	48	2.4	48	84	0	135	36	28	11	23	1.89
26029859--26029992	72	1.9	72	83	0	178	34	29	13	23	1.93
26031009--26031057	19	2.7	19	78	12	59	18	14	0	67	1.23
26041434--26041458	13	1.9	13	100	0	50	8	32	36	24	1.84
26049696--26049774	37	2.1	37	86	4	106	24	30	18	26	1.98
26049893--26050313	49	8.8	49	93	3	700	29	29	8	32	1.86
26049893--26050313	96	4.4	96	95	1	729	29	29	8	32	1.86
26049893--26050313	145	2.9	141	91	3	639	29	29	8	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26054299--26054493	50	3.9	50	87	2	275	28	17	30	23	1.97
26067874--26067927	26	2.1	26	86	10	76	20	14	1	62	1.40
26073664--26073703	20	2.0	20	95	0	71	55	22	10	12	1.67
26075172--26075206	17	1.9	19	88	11	56	40	2	22	34	1.69
26078448--26078718	48	5.6	48	76	6	210	27	19	28	24	1.99
26078445--26078719	96	2.8	96	82	6	306	26	20	28	24	1.99
26084012--26084062	21	2.4	21	75	21	52	17	7	3	70	1.27
26084063--26084096	8	4.2	8	96	0	59	58	0	0	41	0.98
26086027--26086260	116	2.0	116	96	0	432	32	19	10	37	1.86
26087282--26087447	46	3.6	45	77	9	183	30	30	18	21	1.97
26087290--26087461	93	1.8	93	90	2	274	28	29	19	22	1.98
26089836--26089924	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
26089836--26089915	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
26089847--26089924	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
26092858--26093019	45	3.6	45	77	12	188	30	30	17	21	1.97
26104361--26104553	80	2.4	80	85	5	248	27	29	19	23	1.98
26104331--26104500	40	4.3	40	93	2	254	27	29	20	22	1.99
26112539--26112596	20	2.9	20	70	10	55	20	32	17	29	1.95
26112379--26112596	40	5.5	40	78	4	181	21	31	15	31	1.94
26115103--26115169	34	2.0	34	90	0	107	28	5	23	41	1.78
26116616--26116763	38	3.9	38	84	6	174	35	28	19	16	1.94
26116616--26116763	76	1.9	76	84	2	199	35	28	19	16	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26120894--26120969	29	2.7	28	78	8	82	27	28	18	25	1.98
26121155--26121458	43	7.1	43	91	0	482	32	33	22	11	1.90
26123002--26123150	38	3.9	38	79	7	140	34	27	19	18	1.95
26123002--26123150	76	1.9	77	82	4	185	34	27	19	18	1.95
26127747--26127808	21	3.0	21	79	9	81	14	20	20	43	1.87
26127968--26128020	26	2.0	26	96	0	97	32	3	24	39	1.73
26130713--26130791	34	2.3	33	86	2	104	11	24	8	55	1.63
26132030--26132291	27	9.7	26	80	10	260	39	20	8	30	1.83
26132030--26132291	81	3.2	80	84	5	314	39	20	8	30	1.83
26134216--26134247	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
26134454--26134782	50	6.6	50	74	7	222	31	26	17	24	1.97
26134449--26134636	101	1.9	98	87	6	279	30	25	19	25	1.98
26134456--26134788	150	2.2	150	92	1	560	31	26	17	24	1.97
26134599--26134782	100	1.8	100	84	2	253	31	26	18	23	1.97
26134456--26134787	49	6.6	50	75	5	285	31	26	17	24	1.97
26135136--26135182	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
26138407--26138451	24	1.9	23	86	4	63	42	4	37	15	1.67
26144408--26144444	11	3.2	12	85	11	51	27	29	8	35	1.85
26144948--26145029	31	2.6	31	86	5	103	60	19	3	15	1.49
26145261--26145336	21	3.6	21	78	7	91	2	50	18	28	1.61
26145931--26145968	19	2.1	19	90	9	62	52	0	5	42	1.24
26150969--26151287	9	36.2	9	77	5	276	36	2	13	47	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26150978--26151280	44	6.9	44	88	2	396	36	2	12	48	1.56
26150969--26151287	35	9.1	36	80	4	258	36	2	13	47	1.57
26151411--26151480	29	2.4	29	87	0	104	52	2	1	42	1.24
26151652--26151698	24	2.0	24	91	0	76	40	8	23	27	1.83
26151746--26151879	64	2.1	64	97	0	250	47	3	11	38	1.57
26152662--26152687	7	3.7	7	100	0	52	69	15	15	0	1.20
26154551--26154595	19	2.3	20	84	7	65	35	0	37	26	1.57
26155807--26155864	29	2.0	29	100	0	116	20	6	37	34	1.80
26156428--26156558	41	3.2	41	89	6	187	23	18	22	35	1.95
26171044--26171101	28	2.1	28	100	0	116	25	3	3	67	1.22
26174651--26174711	27	2.3	27	82	5	70	32	26	9	31	1.89
26174668--26175212	27	20.2	27	85	5	663	26	22	9	41	1.85
26175217--26175393	27	6.6	27	79	7	180	39	18	15	26	1.90
26176739--26176909	93	1.8	93	87	2	254	26	29	21	22	1.99
26176731--26176906	46	3.8	46	76	12	171	27	28	21	22	1.99
26178316--26178395	27	3.0	26	90	3	115	20	23	21	35	1.96
26178486--26178544	22	2.7	22	83	0	73	20	23	22	33	1.97
26178684--26178779	27	3.7	27	80	14	85	17	23	20	37	1.94
26178701--26178781	27	3.0	27	85	5	94	16	23	23	37	1.94
26178900--26179001	6	16.8	6	74	13	93	21	18	11	48	1.80
26178900--26179001	30	3.4	30	91	1	168	21	18	11	48	1.80
26197226--26197305	38	2.1	39	90	2	126	15	20	31	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26197988--26198019	12	2.7	12	95	0	55	9	0	37	53	1.34
26198710--26198771	25	2.5	25	83	0	79	29	9	20	40	1.84
26201459--26201484	9	2.9	9	100	0	52	34	0	7	57	1.27
26215892--26215930	19	2.1	19	95	0	69	28	25	7	38	1.83
26221246--26221270	12	2.1	12	100	0	50	0	52	0	48	1.00
26226278--26226321	22	2.0	23	90	4	72	59	6	0	34	1.24
26228587--26228615	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
26229958--26230138	6	29.3	6	68	17	95	48	13	17	20	1.81
26229967--26230053	37	2.4	37	86	0	111	51	12	16	19	1.75
26230034--26230135	25	3.8	25	74	14	105	45	14	20	19	1.86
26229979--26230138	56	2.8	56	85	5	194	47	13	18	20	1.82
26229979--26230138	31	5.4	31	69	17	122	47	13	18	20	1.82
26230715--26230789	27	2.8	27	80	8	80	34	8	24	33	1.84
26231940--26231981	14	2.9	15	79	13	52	40	2	19	38	1.64
26232116--26232270	43	3.7	42	75	6	127	25	14	27	31	1.95
26234686--26234756	25	2.8	25	77	12	65	63	1	2	32	1.18
26235479--26235520	22	2.1	19	86	13	57	52	0	2	45	1.13
26236854--26237046	27	7.3	26	72	8	113	39	19	10	30	1.85
26236875--26237164	27	10.9	27	78	3	273	39	18	10	31	1.84
26236854--26237164	81	3.9	79	80	5	331	39	19	9	30	1.85
26237148--26237772	27	23.2	27	84	5	683	36	16	20	26	1.94
26237148--26237773	54	11.6	54	84	2	774	35	16	20	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26237148--26237775	81	7.8	81	86	1	774	35	16	20	26	1.94
26238065--26238105	20	2.0	20	90	0	64	14	14	29	41	1.86
26238338--26238441	27	3.9	26	86	6	127	20	23	20	36	1.95
26238592--26238693	6	16.7	6	75	15	84	16	17	15	50	1.79
26238596--26238672	31	2.5	30	78	15	77	15	19	15	49	1.80
26238602--26238672	25	2.8	25	84	0	88	15	19	15	49	1.80
26288352--26288466	29	4.0	29	85	2	144	28	27	13	29	1.95
26288352--26288466	57	2.0	57	86	3	160	28	27	13	29	1.95
26290526--26290585	30	2.0	31	83	3	77	36	6	26	30	1.82
26290921--26291043	46	2.6	47	82	5	142	34	15	21	27	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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