genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.312.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99634085--99634126	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
99637101--99637126	11	2.4	11	100	0	52	46	7	38	7	1.61
99642838--99642884	15	3.2	15	75	6	60	34	0	4	61	1.15
99642838--99642882	14	3.1	14	77	3	54	33	0	4	62	1.15
99650194--99650225	16	1.9	17	93	6	57	37	0	0	62	0.95
99664643--99664699	29	2.0	29	86	3	80	47	8	0	43	1.34
99668340--99668370	11	2.8	11	95	0	53	19	48	3	29	1.64
99668923--99668975	18	2.9	18	85	0	70	32	24	13	30	1.93
99673021--99673051	11	2.8	11	95	0	53	19	48	3	29	1.64
99680618--99680987	131	2.8	129	77	8	350	34	15	19	30	1.92
99680578--99680987	132	3.1	129	75	8	378	34	14	19	30	1.92
99683901--99683955	26	2.2	26	83	9	69	43	1	3	50	1.30
99700064--99700108	21	2.0	23	87	8	67	62	4	8	24	1.43
99709087--99709141	24	2.3	24	78	12	60	38	1	7	52	1.40
99714242--99715174	340	2.7	342	84	5	1165	27	22	18	31	1.97
99719861--99719886	12	2.2	12	100	0	52	50	19	0	30	1.48
99727912--99727950	21	1.9	20	94	5	69	33	7	30	28	1.85
99738196--99738230	17	2.0	18	88	5	54	14	0	8	77	0.99
99738306--99738369	29	2.1	31	86	11	89	26	7	0	65	1.19
99740594--99740650	24	2.4	24	88	5	80	12	40	21	26	1.88
99740755--99740816	21	2.8	22	74	16	56	16	29	16	38	1.90
99740755--99740853	45	2.2	45	82	7	112	14	25	20	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99744136--99744384	50	4.8	50	84	4	275	20	28	24	26	1.99
99744135--99744384	100	2.4	104	87	6	348	20	28	24	26	1.99
99744479--99744510	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
99744722--99744779	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
99745553--99745603	3	19.0	3	74	22	51	60	0	0	39	0.97
99745551--99745606	8	6.8	8	77	22	62	60	0	0	39	0.97
99745545--99745606	5	12.2	5	79	20	67	59	0	0	40	0.97
99745556--99745615	13	4.4	13	76	12	57	61	1	0	36	1.06
99745545--99745615	37	1.9	37	83	11	92	60	1	0	38	1.06
99749709--99749859	79	1.9	79	95	0	275	47	16	3	32	1.65
99749921--99750036	40	3.2	40	60	31	94	50	5	3	41	1.42
99749904--99750046	70	2.0	70	100	0	286	47	5	2	44	1.41
99750034--99750078	22	2.0	22	91	0	72	51	2	11	35	1.50
99754311--99754363	26	2.0	26	96	0	97	37	18	13	30	1.89
99757761--99758037	50	5.5	50	93	0	464	35	15	22	26	1.94
99758017--99758075	31	1.9	31	100	0	118	28	20	25	25	1.99
99758030--99758121	46	2.0	46	89	0	139	26	22	23	27	2.00
99758739--99758995	37	7.0	37	94	0	437	24	21	15	37	1.93
99758739--99758995	111	2.3	111	97	1	482	24	21	15	37	1.93
99758959--99759227	46	5.6	46	84	10	340	28	22	14	34	1.93
99759002--99759221	52	4.3	52	85	8	299	27	22	14	35	1.93
99758959--99759227	98	2.7	98	93	0	457	28	22	14	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99782746--99782786	3	13.3	3	90	10	57	70	0	29	0	0.87
99784169--99784213	19	2.5	18	83	16	58	60	0	6	33	1.23
99784629--99784689	30	2.1	30	82	8	74	39	1	0	59	1.08
99792876--99792914	21	1.9	20	85	15	53	41	20	33	5	1.74
99796609--99796660	25	2.1	25	81	0	59	28	11	7	51	1.65
99796654--99796681	13	2.2	13	100	0	56	21	17	14	46	1.84
99800330--99800639	126	2.5	126	79	1	300	27	14	19	38	1.91
99802740--99802834	37	2.6	37	81	0	100	21	6	12	60	1.54
99803307--99803360	27	2.0	28	85	10	76	44	12	11	31	1.78
99809694--99809753	24	2.5	24	72	8	59	41	1	0	56	1.09
99810014--99810107	47	2.0	47	100	0	188	46	14	10	27	1.78
99815930--99816171	108	2.2	108	84	1	315	17	18	19	44	1.87
99816269--99816347	36	2.2	35	82	8	97	11	17	25	45	1.82
99818307--99818367	29	2.1	29	100	0	122	37	18	4	39	1.72
99820202--99820236	12	3.0	12	95	4	63	34	0	0	65	0.93
99823337--99823389	25	2.1	25	85	3	70	37	0	1	60	1.08
99835803--99835844	17	2.5	17	80	11	50	33	0	11	54	1.37
99836181--99836209	15	1.9	15	100	0	58	58	0	0	41	0.98
99837046--99837090	18	2.5	18	92	0	81	37	22	11	28	1.88
99839081--99839120	19	2.1	19	85	0	53	62	0	0	37	0.95
99839276--99839309	18	1.9	18	88	5	52	58	0	0	41	0.98
99839420--99839478	23	2.6	23	78	10	59	30	1	3	64	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99839466--99839513	22	2.2	22	85	7	62	27	2	4	66	1.21
99859305--99859343	18	2.2	18	95	0	69	25	23	17	33	1.96
99860173--99860373	41	4.9	41	83	4	244	31	20	23	24	1.98
99860415--99860462	22	2.1	22	84	3	60	50	25	0	25	1.50
99860781--99860828	14	3.4	14	80	5	60	25	2	25	47	1.62
99860786--99860828	15	2.9	15	82	3	61	23	2	27	46	1.64
99860850--99860925	14	5.5	14	70	6	57	21	0	44	34	1.52
99860874--99860953	29	2.7	29	80	5	72	25	1	38	35	1.64
99861089--99861131	22	2.0	22	86	9	61	20	0	30	48	1.50
99864343--99864403	30	2.0	30	93	0	104	26	16	16	40	1.89
99865834--99865874	21	2.0	21	100	0	82	26	19	53	0	1.45
99873970--99874005	17	2.3	15	90	9	54	63	5	0	30	1.17
99875683--99875835	43	3.5	42	83	4	171	24	18	30	26	1.98
99875678--99875835	86	1.8	86	83	2	210	24	19	29	25	1.98
99875912--99876024	31	3.5	32	87	3	156	63	21	3	11	1.42
99876700--99876728	14	2.1	14	93	6	51	55	6	0	37	1.27
99883455--99883699	74	3.3	74	87	4	334	34	21	15	28	1.94
99884227--99884270	16	2.8	16	86	3	54	22	0	34	43	1.54
99884886--99884972	40	2.2	39	81	8	95	28	20	17	33	1.95
99905876--99905906	7	4.4	7	100	0	62	83	0	16	0	0.64
99906461--99906492	13	2.5	13	100	0	64	31	6	9	53	1.58
99910103--99910137	18	1.9	18	88	0	52	0	17	31	51	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99923727--99923773	14	3.5	14	78	21	55	59	4	2	34	1.29
99926339--99926384	21	2.2	21	84	0	56	67	6	13	13	1.41
99927967--99927998	15	2.1	15	100	0	64	18	12	12	56	1.67
99932821--99932847	6	4.5	6	100	0	54	0	14	0	85	0.61
99939509--99939556	21	2.2	22	82	10	55	70	10	0	18	1.15
99939509--99939556	22	2.2	21	82	10	53	70	10	0	18	1.15
99940840--99940870	16	1.9	16	93	0	53	41	0	3	54	1.16
99942090--99942132	23	2.0	23	86	9	63	11	6	39	41	1.68
99948839--99948895	19	2.9	19	76	2	60	66	0	7	26	1.17
99950546--99951237	340	2.0	341	99	0	1368	28	20	17	34	1.95
99954701--99954732	16	2.1	15	94	5	55	21	21	6	50	1.71
99961004--99961152	31	4.8	31	87	0	190	28	18	26	26	1.98
99961223--99961346	49	2.6	49	85	3	164	28	16	25	29	1.96
99967513--99967540	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
99984704--99984884	46	4.0	46	88	0	247	22	22	14	41	1.89
99988252--99988312	25	2.4	25	78	5	70	29	24	24	21	1.99
99988325--99988415	25	3.6	26	79	5	98	40	18	23	17	1.91
99994758--99994800	12	3.7	12	76	17	54	41	0	0	58	0.98
99994751--99994826	29	2.6	29	78	0	80	42	1	1	55	1.16
100001035--100001085	26	2.0	26	84	3	68	60	3	1	33	1.26
100001772--100001826	27	2.1	27	83	9	71	61	1	3	32	1.24
100004663--100004824	42	3.7	42	82	12	175	28	27	15	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100004936--100005053	31	3.8	31	93	2	193	24	27	20	27	1.99
100005029--100005205	50	3.5	50	89	0	273	25	23	14	35	1.93
100019115--100019161	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
100025657--100025726	16	4.4	16	92	0	95	31	1	32	34	1.67
100025705--100025814	45	2.6	43	80	9	129	33	5	29	31	1.80
100025940--100025981	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
100025949--100025990	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
100025975--100026162	61	3.1	61	70	14	199	48	6	1	42	1.39
100026059--100026117	15	4.0	15	78	14	61	52	1	0	45	1.10
100025943--100026164	120	1.9	120	98	0	426	49	6	1	42	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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