genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.257.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83807885--83807927	20	2.2	20	91	4	70	37	25	4	32	1.77
83808345--83808430	44	2.0	43	86	6	120	25	27	16	30	1.97
83808484--83808863	205	1.9	204	89	1	600	30	22	18	29	1.97
83816751--83816781	15	2.1	15	100	0	62	6	38	0	54	1.26
83816825--83816874	15	3.5	14	79	15	50	42	8	24	26	1.82
83819706--83819761	28	2.0	28	96	3	105	35	16	33	14	1.88
83820706--83820766	22	2.8	22	80	2	61	68	6	6	18	1.33
83820812--83820879	27	2.5	27	83	4	75	58	1	4	35	1.27
83820944--83820975	16	2.0	16	93	0	55	50	6	21	21	1.71
83821079--83821121	16	2.8	15	86	6	59	62	0	6	30	1.21
83821826--83821886	21	2.7	24	80	15	83	40	24	3	31	1.71
83824732--83824777	25	1.9	23	86	8	65	28	0	8	63	1.24
83827547--83827682	43	3.2	43	82	7	141	34	26	13	25	1.93
83838220--83838360	40	3.5	40	91	0	228	22	17	28	31	1.97
83844036--83844071	18	2.0	18	100	0	72	50	16	5	27	1.68
83844204--83844437	39	6.0	39	91	2	328	32	27	20	20	1.97
83852502--83852542	21	2.0	21	90	0	64	48	17	17	17	1.81
83852501--83852549	21	2.3	21	82	0	62	46	14	20	18	1.83
83857934--83858057	47	2.6	47	83	0	149	32	32	14	20	1.93
83858604--83858668	28	2.3	29	81	2	69	29	23	3	44	1.68
83873778--83873856	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
83873975--83874450	47	10.1	47	93	0	709	28	30	9	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83893751--83893801	25	2.0	25	96	0	93	31	5	3	58	1.40
83893747--83893811	25	2.7	23	79	13	67	32	4	7	55	1.49
83894955--83895019	28	2.3	29	81	2	69	29	23	3	44	1.68
83898012--83898085	25	3.0	25	88	5	98	8	32	37	21	1.83
83901394--83901733	172	2.0	175	86	1	479	36	15	14	34	1.87
83905232--83905283	25	2.0	27	85	11	72	25	19	5	50	1.69
83905714--83905745	11	2.9	11	95	0	55	28	9	18	43	1.81
83912367--83912399	12	2.8	12	90	0	57	24	18	0	57	1.40
83913256--83913391	63	2.1	64	82	2	157	46	6	21	25	1.75
83913367--83913392	13	2.0	13	100	0	52	69	0	15	15	1.20
83914564--83914608	18	2.5	17	75	10	54	55	2	2	40	1.24
83916139--83916203	33	2.0	33	87	6	96	46	6	13	33	1.69
83917009--83917086	24	3.3	22	71	18	59	56	1	1	41	1.15
83919193--83919236	23	2.0	23	87	12	67	47	29	2	20	1.62
83920589--83920621	13	2.5	13	95	0	57	3	21	39	36	1.69
83922194--83922239	22	2.0	22	84	12	58	43	2	0	54	1.12
83924882--83924952	37	1.9	37	91	0	115	40	22	12	23	1.88
83924923--83924987	22	3.0	22	76	0	76	33	23	18	24	1.96
83928514--83928595	31	2.7	30	76	10	85	41	0	1	57	1.06
83933983--83934052	33	2.1	33	97	0	131	58	4	10	27	1.49
83934243--83934290	24	2.0	24	84	8	62	58	4	6	31	1.42
83934368--83934470	12	8.2	12	68	18	50	66	2	2	28	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83934368--83934469	23	4.5	23	69	18	61	65	2	2	28	1.21
83937721--83937992	3	91.7	3	69	15	131	26	5	4	63	1.35
83938490--83938529	15	2.7	15	88	0	53	20	5	7	67	1.34
83940240--83940434	43	4.5	43	82	5	216	27	15	27	28	1.96
83940238--83940430	86	2.2	86	87	2	262	28	15	26	29	1.96
83940506--83940571	31	2.1	31	88	0	96	50	22	7	19	1.73
83940824--83940875	21	2.5	21	83	0	68	1	44	23	30	1.64
83941283--83941311	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
83946376--83946795	64	6.6	64	94	0	723	35	1	15	47	1.56
83946810--83946891	43	1.9	43	87	5	121	53	4	6	35	1.47
83946840--83947200	99	3.5	99	78	11	431	52	3	6	36	1.45
83950862--83950905	14	3.2	13	83	6	52	50	31	0	18	1.47
83950946--83951004	21	2.9	21	85	7	68	37	42	0	20	1.52
83951049--83951090	14	3.0	14	82	0	57	45	33	0	21	1.52
83951202--83951232	15	2.1	15	100	0	62	54	0	0	45	0.99
83951552--83951869	174	1.8	176	86	1	469	31	18	19	30	1.96
83954696--83954761	13	5.1	13	81	0	87	31	6	25	36	1.81
83955391--83955455	13	5.1	13	79	3	78	36	24	7	30	1.84
83964268--83964493	40	5.7	40	90	1	312	26	27	23	22	1.99
83972103--83972312	40	5.3	40	84	3	230	26	26	22	23	2.00
83975211--83975260	26	1.9	26	87	0	73	36	24	22	18	1.95
83989635--83989669	18	1.9	18	88	0	52	42	14	20	22	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83995334--83995368	18	1.9	18	88	0	52	42	14	20	22	1.88
83997622--83997726	4	26.5	4	69	5	70	26	9	0	63	1.25
83997617--83997726	24	4.6	24	75	10	82	26	10	0	63	1.25
84002662--84003015	47	7.4	47	95	1	593	31	8	30	29	1.86
84003137--84003215	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
84004645--84004701	22	2.6	22	88	0	87	35	33	22	8	1.85
84004953--84005004	27	1.9	27	84	7	70	32	13	17	36	1.89
84017653--84017698	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
84017660--84017704	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
84031030--84031080	19	2.7	19	93	0	84	25	9	27	37	1.87
84032009--84032292	134	2.1	132	83	3	338	34	18	17	28	1.94
84032009--84033056	44	22.8	46	73	11	505	34	17	18	29	1.94
84032095--84033056	229	4.2	226	76	8	733	34	16	19	29	1.94
84032009--84032994	139	7.2	134	73	11	475	34	17	18	29	1.94
84032367--84033058	95	7.5	95	78	8	624	34	16	18	30	1.94
84035914--84036028	53	2.2	51	78	9	124	30	10	0	59	1.31
84036089--84036123	15	2.3	15	90	9	54	28	5	0	65	1.15
84036106--84036156	23	2.3	23	79	3	59	21	9	0	68	1.18
84036361--84036425	17	4.3	15	68	24	55	40	1	3	55	1.25
84038392--84038643	42	6.0	42	90	0	387	31	21	26	21	1.98
84038382--84038645	85	3.1	85	87	1	386	30	20	26	22	1.98
84038716--84038791	32	2.6	29	81	8	82	59	17	6	17	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84039014--84039095	21	3.9	21	95	0	146	0	53	18	28	1.44
84039506--84039534	14	2.1	14	93	6	51	58	6	0	34	1.25
84044740--84044965	9	24.6	9	75	9	143	38	0	12	47	1.48
84044740--84044965	18	12.3	18	76	9	161	38	0	12	47	1.48
84044793--84044965	27	6.2	27	77	10	159	38	1	13	46	1.50
84044716--84044937	114	1.9	114	86	3	313	38	0	12	47	1.48
84045070--84045125	15	3.8	15	78	21	73	53	0	0	46	1.00
84045302--84045369	24	2.8	24	89	8	111	44	7	20	27	1.78
84045461--84046371	373	2.4	373	97	0	1743	38	10	15	35	1.82
84050598--84050629	15	2.1	15	94	0	55	31	9	0	59	1.29
84051049--84051099	18	2.8	18	85	8	68	49	1	3	45	1.32
84051407--84051555	41	3.6	41	90	0	226	23	30	24	21	1.99
84051548--84051640	41	2.3	40	81	7	107	19	22	23	34	1.96
84057937--84057984	15	3.3	15	82	2	62	37	2	12	47	1.53
84058619--84058659	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
84063116--84063164	20	2.5	20	82	0	53	42	8	12	36	1.72
84064854--84064894	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
84066206--84066252	23	2.0	23	100	0	94	21	44	0	34	1.52
84089978--84090019	5	8.2	5	89	10	59	19	0	0	80	0.70
84089971--84090019	16	3.1	16	78	21	59	20	0	0	79	0.73
84089979--84090025	21	2.1	23	85	14	64	23	0	0	76	0.78
84091623--84091720	21	4.7	21	68	17	53	23	7	2	67	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84091627--84091666	18	2.2	19	86	4	55	22	12	0	65	1.26
84095422--84095498	39	2.0	39	94	5	138	31	3	15	49	1.63
84099506--84099598	46	2.0	46	97	0	177	35	8	11	44	1.72
84101627--84101676	21	2.3	21	75	3	55	56	16	14	14	1.69
84104682--84104729	20	2.3	22	82	10	64	52	2	4	41	1.32
84104682--84104729	21	2.3	21	82	10	62	52	2	4	41	1.32
84109138--84109176	6	6.5	6	96	0	60	15	56	10	17	1.66
84111930--84111967	16	2.3	17	86	13	53	36	0	2	60	1.11
84111930--84111959	15	1.9	16	93	6	53	30	0	3	66	1.07
84115926--84116348	91	4.9	84	77	13	321	35	20	16	27	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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