genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.209.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69928642--69928871	40	5.8	40	89	2	320	24	23	28	23	1.99
69930889--69930940	21	2.5	21	93	0	86	19	25	38	17	1.93
69932156--69932321	46	3.6	45	83	6	176	24	31	18	25	1.97
69934162--69934227	32	2.1	32	100	0	132	34	34	12	18	1.88
69939718--69940026	46	6.5	45	72	12	167	24	30	19	26	1.98
69943941--69943977	19	1.9	19	88	0	56	48	13	0	37	1.43
69946387--69946515	50	2.5	51	90	5	199	35	16	22	25	1.94
69946491--69946639	31	4.8	31	89	6	230	25	18	28	27	1.98
69946664--69946829	47	3.7	46	82	7	162	28	15	26	29	1.96
69946758--69946872	42	2.7	43	87	4	162	29	14	27	27	1.95
69951936--69951980	22	2.0	22	91	0	72	24	15	22	37	1.93
69951944--69951993	22	2.3	22	82	6	57	30	14	22	34	1.93
69952058--69952088	16	1.9	16	93	0	53	9	9	9	70	1.33
69953619--69953719	39	2.6	39	83	0	130	29	27	18	23	1.98
69956110--69956188	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
69956306--69956671	47	7.7	47	97	0	642	28	30	9	31	1.88
69958953--69959178	40	5.7	38	87	5	238	26	21	27	24	1.99
69958914--69959178	80	3.3	80	82	6	290	25	21	27	25	1.99
69958914--69959142	120	1.9	121	83	7	297	25	21	27	25	1.99
69958953--69959211	80	3.3	80	80	7	210	27	21	27	23	1.99
69962716--69962923	67	3.2	64	77	10	197	32	17	28	21	1.96
69968763--69968876	55	2.1	55	98	0	219	34	10	22	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69974244--69974402	53	3.0	54	81	5	196	25	28	12	33	1.92
69975145--69975192	20	2.3	22	79	13	57	22	27	6	43	1.77
69975403--69975474	29	2.4	30	86	6	101	23	19	13	43	1.87
69980455--69980487	17	1.9	17	88	11	50	24	33	6	36	1.80
69980770--69980804	17	2.0	18	88	5	54	25	25	22	25	2.00
69982831--69983156	161	2.0	162	93	1	557	32	19	17	30	1.94
69984623--69984679	21	2.8	21	73	21	50	49	14	0	36	1.43
69986945--69986975	14	2.2	14	94	0	53	22	29	22	25	1.99
69988660--69988754	35	2.7	35	85	0	109	27	18	15	37	1.92
69997312--69997362	21	2.4	21	80	3	57	27	27	29	15	1.96
70007101--70007316	46	4.7	46	80	8	226	29	18	29	23	1.98
70009022--70009053	14	2.3	14	100	0	64	15	6	43	34	1.72
70016001--70016026	13	2.0	13	100	0	52	15	30	38	15	1.88
70022159--70022289	47	2.8	46	78	10	131	28	19	29	23	1.98
70023420--70023455	19	1.9	19	94	5	65	47	0	13	38	1.44
70024154--70024257	27	3.9	27	80	12	115	18	24	20	37	1.94
70024156--70024262	54	2.0	54	87	3	153	18	24	18	38	1.93
70030551--70030673	46	2.6	47	86	7	153	30	18	27	23	1.98
70032103--70032141	16	2.3	18	86	8	55	74	0	0	25	0.82
70038023--70038047	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
70039015--70039053	20	2.0	20	100	0	78	43	30	5	20	1.73
70040078--70040179	50	2.0	50	96	0	186	40	19	1	38	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70040082--70040169	27	3.4	27	69	19	80	42	21	1	35	1.61
70042750--70042895	37	4.0	37	88	4	206	17	12	29	41	1.85
70051126--70051387	39	6.7	39	91	1	400	29	29	23	18	1.98
70051460--70051541	28	2.9	28	81	0	101	29	21	10	37	1.88
70056817--70056929	55	2.1	55	86	0	154	16	28	25	29	1.97
70056817--70056946	55	2.4	54	81	5	134	16	29	27	26	1.97
70067547--70067715	49	3.6	49	79	4	159	26	26	20	26	1.99
70069964--70070024	26	2.3	26	83	5	79	39	11	14	34	1.82
70077978--70078044	25	2.7	25	83	0	80	25	16	25	32	1.96
70083844--70083900	25	2.3	24	82	8	62	33	5	3	57	1.38
70083883--70083919	18	2.1	18	90	10	58	27	2	5	64	1.28
70083928--70083963	18	1.9	19	88	5	56	50	0	0	50	1.00
70086298--70086419	46	2.7	45	82	8	133	24	30	19	25	1.98
70092929--70092953	13	1.9	13	100	0	50	4	32	40	24	1.73
70095392--70095569	40	4.5	40	89	2	252	24	22	27	25	2.00
70099293--70099371	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
70107273--70107351	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
70120335--70121281	510	1.9	511	95	0	1707	34	15	17	33	1.91
70125174--70125221	23	2.1	23	84	0	60	47	14	18	18	1.82
70127670--70127719	26	2.0	24	88	7	73	64	6	0	30	1.18
70127690--70127748	21	2.8	21	78	12	59	69	8	0	22	1.15
70128458--70128496	18	2.1	18	85	4	51	48	7	0	43	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70134941--70134979	3	13.0	3	94	0	69	30	0	35	33	1.58
70143151--70143392	120	2.0	120	95	1	441	38	16	9	35	1.82
70144295--70144536	120	2.0	120	99	0	475	38	17	10	33	1.84
70145439--70145681	120	2.0	120	96	0	450	38	16	10	34	1.83
70147067--70147149	21	4.0	21	79	0	103	39	19	26	14	1.90
70150749--70150819	35	2.0	35	100	0	142	28	22	19	29	1.98
70152320--70152365	19	2.4	19	85	7	58	21	23	10	43	1.84
70155949--70155979	4	7.8	4	100	0	62	74	0	0	25	0.82
70156315--70156359	22	2.0	24	83	16	60	33	20	8	37	1.83
70156233--70156418	64	2.9	64	94	0	309	32	17	12	37	1.88
70156497--70157393	89	10.2	87	80	7	854	34	19	23	22	1.97
70156518--70157368	261	3.2	261	85	4	1054	33	20	22	22	1.97
70156486--70157391	350	2.6	348	86	4	1169	34	20	22	22	1.97
70156532--70157194	44	15.1	44	63	16	187	33	19	23	23	1.97
70160085--70160155	35	2.0	35	100	0	142	28	22	19	29	1.98
70165928--70166439	131	3.9	132	77	7	411	35	18	17	28	1.94
70167264--70167294	14	2.2	14	100	0	62	41	6	12	38	1.69
70167321--70167360	21	2.0	20	85	5	53	47	0	12	40	1.41
70169113--70169152	19	2.1	19	85	0	53	15	2	2	80	0.93
70169499--70169929	132	3.3	132	91	0	702	27	23	19	29	1.98
70181380--70181827	131	3.4	132	77	6	290	35	18	18	27	1.94
70181598--70181845	130	1.9	131	88	0	372	35	16	19	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70182742--70182781	21	2.0	20	90	5	62	50	0	10	40	1.36
70184523--70184566	18	2.4	18	80	0	52	15	4	4	75	1.14
70189599--70189632	16	2.1	16	89	10	52	32	2	0	64	1.08
70192151--70192190	16	2.5	16	87	0	53	32	5	5	57	1.42
70197395--70197453	29	2.0	29	86	0	82	42	0	8	49	1.33
70197434--70197483	23	2.2	23	85	7	66	48	2	0	50	1.12
70201134--70201183	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
70205773--70205822	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
70217281--70217311	11	2.8	11	90	0	53	32	0	0	67	0.91
70217436--70217499	30	2.1	30	91	5	103	59	14	4	21	1.53
70217528--70217570	22	2.0	22	90	0	68	55	6	13	23	1.62
70219121--70219196	31	2.4	32	76	4	84	32	5	13	48	1.64
70219382--70219495	60	1.9	60	85	3	158	48	15	12	23	1.79
70219382--70219518	60	2.3	59	81	6	150	49	13	12	24	1.77
70225414--70225451	17	2.3	17	86	4	51	60	0	10	28	1.30
70227427--70227987	286	2.0	286	90	1	883	34	22	16	26	1.95
70229848--70229966	46	2.5	46	82	5	123	22	27	19	30	1.98
70232754--70232888	47	2.9	47	80	8	166	28	18	30	22	1.97
70232711--70232888	94	1.9	94	84	2	241	29	17	28	24	1.98
70241424--70241675	47	5.4	47	97	0	477	32	9	28	28	1.88
70241641--70241708	33	2.1	33	100	0	136	36	11	25	26	1.90
70241594--70241755	80	2.0	80	100	0	324	35	9	26	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70241547--70241802	127	2.0	127	98	0	494	33	9	27	28	1.88
70241674--70241883	47	4.5	47	92	0	321	33	9	30	27	1.88
70241500--70241832	174	1.9	174	98	0	639	33	8	28	29	1.86
70241453--70241883	221	2.0	221	93	0	745	33	9	29	28	1.88
70242002--70242080	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
70243947--70244048	43	2.4	43	100	0	204	22	15	35	26	1.94
70244030--70244103	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
70244493--70244689	40	4.9	40	89	1	297	26	22	25	24	2.00
70244414--70244689	80	3.5	79	83	5	308	26	22	26	24	2.00
70248381--70248632	47	5.4	47	97	0	468	32	9	28	28	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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