genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.307.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97904000--97904028	13	2.1	14	93	6	51	41	10	0	48	1.37
97908489--97908599	47	2.4	47	83	6	145	26	16	22	35	1.95
97917609--97917650	21	2.0	21	81	9	50	21	28	0	50	1.49
97918475--97918585	40	2.8	40	87	2	143	35	15	10	38	1.82
97918982--97919026	22	2.0	24	91	8	76	0	33	2	64	1.06
97919233--97919271	8	4.9	8	100	0	78	61	0	0	38	0.96
97930681--97930751	35	2.0	35	97	0	133	40	12	25	21	1.88
97930788--97930846	29	2.0	29	100	0	118	33	23	13	28	1.93
97932396--97932462	34	1.9	35	84	3	91	46	10	8	34	1.70
97934423--97934465	16	2.6	17	82	10	54	65	0	4	30	1.13
97934155--97934690	3	174.7	3	69	14	206	61	3	6	27	1.38
97943107--97943190	32	2.8	29	80	10	98	54	4	1	39	1.29
97947187--97947251	21	3.2	21	73	20	75	10	26	23	40	1.87
97947169--97947269	39	2.6	39	95	0	175	12	25	23	37	1.91
97947364--97947395	3	10.7	3	93	0	55	31	3	0	65	1.08
97948911--97948997	21	4.0	23	80	10	92	37	25	21	14	1.92
97949425--97949454	15	1.9	16	93	6	53	0	23	0	76	0.78
97950564--97950686	3	41.0	3	71	15	60	65	2	4	28	1.24
97950604--97950681	24	3.3	23	74	13	70	66	0	5	28	1.12
97950604--97950682	29	2.5	31	78	16	90	65	0	5	29	1.13
97951045--97951096	17	3.3	16	72	22	56	19	1	50	28	1.58
97951353--97951901	133	4.1	132	89	2	751	26	23	21	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97951847--97951934	45	2.0	45	81	0	104	29	21	18	30	1.97
97951827--97952507	176	3.9	174	85	3	837	30	21	17	29	1.97
97951827--97952507	352	1.9	352	85	2	949	30	21	17	29	1.97
97953833--97953875	18	2.4	18	92	3	70	4	16	4	74	1.16
97956587--97956644	27	2.1	29	87	6	84	48	10	18	22	1.78
97958647--97958754	3	37.0	3	70	17	59	63	1	4	29	1.24
97958674--97958751	20	4.0	20	79	12	56	65	0	5	29	1.14
97959104--97959195	30	3.1	30	90	0	139	21	2	45	30	1.64
97959132--97959188	17	3.6	17	75	18	68	19	1	47	31	1.60
97968689--97968722	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
97971523--97971563	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
97973469--97973502	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
97981577--97981644	33	2.1	33	83	5	84	30	16	11	41	1.84
97987421--97987647	114	2.0	114	92	0	382	35	15	13	35	1.87
97996832--97996857	13	2.0	13	100	0	52	23	23	30	23	1.99
97999509--97999569	31	2.0	31	100	0	122	36	6	24	32	1.81
98021218--98021242	7	3.6	7	100	0	50	48	0	0	52	1.00
98023013--98023090	35	2.3	35	82	13	99	58	5	1	34	1.28
98024378--98024418	14	2.9	15	86	10	52	26	7	4	60	1.43
98031837--98031886	18	2.7	19	72	9	50	60	0	2	38	1.09
98031890--98031938	23	2.1	23	85	7	64	42	0	2	55	1.11
98035127--98035156	15	2.0	15	93	0	51	70	0	0	30	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98035128--98035177	15	3.2	16	83	8	50	66	0	0	34	0.92
98035137--98035179	21	2.0	22	81	4	52	67	0	0	32	0.91
98035134--98035180	17	2.9	18	79	17	50	65	0	0	34	0.93
98041018--98041110	18	5.2	18	93	0	159	26	22	17	33	1.96
98054655--98054702	22	2.3	21	80	13	55	41	0	8	50	1.33
98070425--98070454	14	2.1	14	100	0	60	66	6	13	13	1.43
98071375--98071506	69	1.9	68	96	1	246	27	12	23	37	1.90
98072735--98072889	43	3.6	43	92	1	258	30	32	25	12	1.92
98072882--98072956	38	2.0	38	86	0	105	30	26	21	21	1.98
98072923--98072982	26	2.3	27	91	2	95	30	21	25	23	1.99
98072955--98073040	38	2.3	38	86	9	115	33	24	18	23	1.97
98077420--98077489	24	2.9	24	78	4	61	40	21	21	17	1.92
98077420--98077467	24	2.0	25	83	4	62	41	22	20	14	1.89
98084801--98084869	21	3.4	21	69	15	63	34	2	7	55	1.43
98085201--98085233	14	2.4	14	85	15	50	72	15	12	0	1.12
98086264--98086309	23	2.0	23	86	4	65	13	6	41	39	1.70
98087390--98087420	15	2.1	14	94	5	53	35	3	6	54	1.42
98094652--98094827	45	4.0	44	83	6	187	26	21	27	25	1.99
98102840--98102873	17	2.1	17	88	5	52	50	5	5	38	1.51
98104084--98104156	32	2.3	32	83	9	96	56	8	4	31	1.48
98104215--98104250	16	2.1	18	90	10	58	44	0	0	55	0.99
98113838--98113895	30	1.9	30	92	0	98	56	5	5	32	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98113929--98113971	22	2.0	22	85	0	59	58	11	11	18	1.63
98113936--98113976	11	3.7	11	80	0	55	56	9	14	19	1.66
98114973--98115032	27	2.2	27	82	5	77	36	0	10	53	1.35
98114987--98115044	28	2.1	28	96	0	107	34	0	8	56	1.30
98115048--98115103	20	2.9	19	80	17	62	25	0	1	73	0.93
98115047--98115104	21	2.9	20	85	12	75	24	0	1	74	0.92
98123065--98123103	20	2.0	20	85	10	53	33	0	10	56	1.33
98123065--98123217	66	2.3	66	82	2	182	33	1	11	52	1.49
98124203--98124432	79	2.9	79	87	3	324	30	22	15	32	1.95
98124417--98124492	40	1.9	40	86	0	107	39	19	9	31	1.83
98127874--98127959	44	2.0	44	81	4	102	36	23	19	20	1.95
98129450--98129509	2	30.0	2	100	0	120	50	50	0	0	1.00
98129591--98129660	10	6.9	10	73	20	56	42	0	2	54	1.15
98129591--98129663	11	7.1	11	79	13	68	43	0	2	53	1.15
98131587--98131640	20	2.7	20	76	0	54	37	14	18	29	1.91
98131982--98132033	19	2.7	20	75	16	56	57	0	1	40	1.10
98132297--98132353	30	1.9	30	96	0	105	24	22	1	50	1.58
98132300--98132349	15	3.3	15	71	20	50	26	24	2	48	1.62
98137589--98137631	16	2.6	17	85	7	61	18	0	25	55	1.42
98137620--98137866	96	2.5	96	77	9	246	39	2	18	39	1.62
98137911--98138323	126	3.3	126	91	1	666	33	18	21	26	1.97
98141262--98141814	116	4.8	116	94	0	957	46	9	3	40	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98141725--98141900	84	2.1	86	94	2	311	51	7	3	36	1.50
98142350--98142387	18	2.1	18	90	0	58	44	13	23	18	1.85
98142441--98142506	30	2.2	30	83	5	80	7	19	43	28	1.78
98144162--98144211	20	2.4	22	86	10	77	40	0	30	30	1.57
98144162--98144213	11	4.9	11	83	9	72	42	0	28	28	1.56
98144162--98144225	31	2.1	31	85	5	85	42	0	26	31	1.56
98148060--98148134	28	2.6	28	77	18	73	61	2	0	36	1.10
98155930--98155961	7	4.6	7	100	0	64	28	0	12	59	1.34
98156459--98156556	30	3.2	30	78	5	99	36	37	13	12	1.82
98161778--98161958	46	3.9	46	91	2	258	23	22	13	40	1.90
98164869--98165117	125	2.0	126	93	0	428	28	19	16	36	1.93
98165081--98165145	28	2.3	28	86	0	85	27	16	6	49	1.70
98166296--98166340	20	2.3	20	85	14	60	44	0	6	48	1.29
98170480--98170522	17	2.7	15	83	13	59	13	4	13	67	1.38
98174322--98174364	18	2.5	17	76	3	50	34	0	2	62	1.08
98178749--98178782	13	2.6	13	82	17	52	70	5	0	23	1.09
98179140--98179182	18	2.5	17	81	7	52	44	6	2	46	1.43
98179699--98179728	5	6.0	5	92	0	51	56	0	3	40	1.16
98194832--98194890	24	2.5	24	91	0	91	40	18	10	30	1.84
98200862--98200912	13	3.8	13	72	12	50	49	0	7	43	1.32
98202976--98203009	17	2.0	17	94	0	59	50	0	0	50	1.00
98205186--98205214	6	4.8	6	100	0	58	13	51	0	34	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98217706--98217751	21	2.2	21	84	0	56	4	23	10	60	1.47
98217729--98217764	6	6.0	6	93	0	63	0	30	16	52	1.44
98217730--98217769	18	2.2	19	95	4	73	0	27	17	55	1.43
98222402--98222448	18	2.5	19	80	13	53	57	8	6	27	1.53
98222492--98222543	14	3.7	14	75	10	52	75	7	9	7	1.21
98225929--98225988	27	2.3	26	77	13	61	55	1	0	43	1.10
98235392--98235455	32	2.0	32	100	0	128	34	12	12	40	1.81
98241161--98241198	18	2.1	19	85	14	53	47	7	23	21	1.77
98251922--98251962	20	2.1	20	86	4	57	48	2	0	48	1.14
98253428--98253484	21	2.7	20	81	10	60	42	3	0	54	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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