genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.211.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70550222--70550441	40	5.6	40	82	5	259	24	25	24	25	2.00
70554859--70555198	27	12.6	27	83	1	380	40	20	9	30	1.83
70555237--70555377	27	5.2	27	88	0	120	34	17	20	26	1.95
70555256--70555386	27	4.9	27	85	3	165	33	16	22	27	1.95
70555831--70555895	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
70556054--70556127	27	2.8	27	86	10	91	17	24	20	37	1.93
70556267--70556435	6	27.3	6	74	16	132	19	17	15	47	1.82
70556267--70556378	31	3.6	31	95	1	197	19	16	16	48	1.82
70556321--70556433	43	2.6	43	91	0	172	18	18	15	46	1.84
70556290--70556426	37	3.7	36	81	9	161	19	18	15	46	1.84
70559234--70559473	119	2.0	120	94	0	419	29	18	19	32	1.96
70564033--70564074	11	4.1	10	82	11	50	78	0	21	0	0.75
70564037--70564069	17	2.0	17	88	5	50	81	0	18	0	0.68
70565331--70565430	40	2.5	40	85	3	121	22	24	28	26	1.99
70565328--70565465	40	3.5	40	78	8	113	23	23	27	25	2.00
70568395--70568493	42	2.3	42	81	8	121	30	25	19	25	1.98
70573156--70573339	67	2.8	64	75	8	167	28	17	30	23	1.97
70577552--70577723	67	2.6	66	82	7	179	32	16	28	22	1.95
70581347--70581386	19	2.1	19	95	0	71	52	15	7	25	1.68
70581488--70581651	43	3.8	43	76	16	153	32	26	17	23	1.96
70583682--70583712	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
70584285--70584393	55	2.0	56	92	1	184	30	13	21	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70584382--70584406	13	1.9	13	100	0	50	24	0	24	52	1.48
70591680--70591743	33	1.9	33	100	0	128	26	9	23	40	1.85
70593963--70594186	27	8.3	27	91	0	340	29	22	7	39	1.82
70593963--70594213	54	4.6	54	87	0	340	31	22	7	38	1.82
70593963--70594213	81	3.1	81	89	0	358	31	22	7	38	1.82
70593974--70594363	27	14.4	27	82	6	191	34	21	8	35	1.84
70594179--70594411	54	4.3	54	79	4	204	39	21	10	29	1.87
70594170--70594354	81	2.3	81	80	5	212	40	19	9	30	1.84
70594229--70594385	81	2.0	80	82	8	194	38	20	10	29	1.87
70594373--70594563	27	7.0	27	85	0	256	36	20	20	22	1.96
70594766--70594859	25	3.8	25	84	4	120	25	23	24	26	2.00
70594778--70594872	25	3.8	25	81	9	81	26	24	23	26	2.00
70600448--70600625	27	6.6	27	85	3	214	30	28	14	26	1.95
70600469--70600624	82	1.9	81	89	3	242	30	28	14	26	1.95
70608509--70608686	27	6.6	27	85	3	214	30	28	14	26	1.95
70608530--70608685	82	1.9	81	89	3	242	30	28	14	26	1.95
70621218--70621309	20	4.6	20	79	0	103	14	22	27	35	1.93
70621218--70621309	40	2.3	40	84	0	121	14	22	27	35	1.93
70621343--70621394	26	2.0	26	84	0	68	28	19	11	40	1.86
70621940--70621978	20	2.0	20	89	0	60	56	5	10	28	1.54
70626891--70626927	10	3.6	10	85	7	56	75	8	5	10	1.17
70626890--70626927	11	3.5	11	85	7	60	76	7	5	10	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70634788--70634851	30	2.2	29	83	8	76	14	25	1	59	1.44
70634842--70634882	19	2.1	20	95	4	75	0	24	4	70	1.06
70636991--70637015	13	1.9	13	100	0	50	64	8	0	28	1.22
70637240--70637285	10	4.5	10	83	5	65	41	21	21	15	1.90
70637240--70637288	21	2.4	20	89	3	71	42	22	20	14	1.88
70641566--70641635	34	2.1	34	100	0	140	22	44	8	24	1.81
70641571--70641626	17	3.3	17	65	9	51	26	46	5	21	1.73
70647060--70647158	43	2.3	43	96	0	180	30	16	21	32	1.95
70652639--70652743	27	3.9	27	80	9	115	38	20	23	18	1.93
70654137--70654196	25	2.5	24	86	5	84	21	40	1	36	1.64
70654140--70654203	25	2.6	25	85	2	76	20	43	1	34	1.61
70658481--70658628	67	2.2	69	78	10	162	32	16	28	22	1.96
70663687--70663791	27	3.9	27	80	9	115	38	20	22	18	1.94
70665186--70665244	25	2.4	24	88	5	91	25	40	0	33	1.56
70667361--70667464	43	2.4	43	91	3	163	29	15	22	32	1.94
70670094--70670122	13	2.3	13	94	5	51	20	0	24	55	1.44
70671723--70671752	12	2.6	11	90	10	51	10	16	0	73	1.09
70671723--70671834	45	2.5	44	76	15	113	6	18	2	72	1.18
70671791--70671842	11	4.5	11	80	20	61	1	17	1	78	0.93
70677333--70677359	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
70689465--70689673	75	2.7	78	85	8	293	24	19	29	26	1.99
70689465--70689673	39	5.4	39	88	6	266	24	19	29	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70697319--70697579	40	6.7	40	86	6	275	24	20	28	26	1.99
70697371--70697577	77	2.6	77	87	4	290	23	21	28	26	1.99
70697371--70697612	77	3.1	80	82	2	242	24	21	28	25	1.99
70705220--70705482	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
70711743--70711924	90	2.0	90	96	2	339	25	31	22	19	1.98
70713026--70713050	13	1.9	13	100	0	50	56	8	0	36	1.29
70724926--70724972	20	2.3	20	92	7	78	27	0	2	70	0.99
70725147--70725195	19	2.5	19	84	15	73	65	4	0	30	1.11
70725179--70725213	15	2.3	16	90	9	56	74	5	0	20	1.02
70725320--70725361	19	2.3	19	84	12	52	66	4	0	28	1.12
70728411--70728633	48	4.7	48	81	7	240	28	20	29	21	1.98
70728409--70728586	94	1.9	94	87	2	259	27	20	30	21	1.98
70735291--70735392	24	4.4	22	84	10	116	33	17	25	23	1.96
70735302--70735392	22	4.0	21	83	12	101	34	18	24	23	1.96
70735292--70735417	46	2.6	47	81	12	141	34	17	24	23	1.96
70737003--70737035	13	2.5	13	100	0	66	54	15	15	15	1.71
70741923--70741980	18	3.2	17	76	9	53	32	15	18	32	1.93
70744076--70744199	49	2.5	49	84	3	151	20	28	22	28	1.99
70744264--70744384	46	2.6	45	80	7	127	22	25	19	32	1.98
70749356--70749407	27	1.9	27	92	0	86	26	23	5	44	1.76
70751590--70751800	94	2.2	94	81	3	246	24	27	18	29	1.98
70751634--70751797	46	3.5	47	77	9	165	23	28	17	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70753644--70753683	19	2.1	19	86	9	55	72	5	7	15	1.24
70755299--70755334	15	2.3	16	90	4	56	11	8	0	80	0.90
70759110--70759239	66	1.9	67	84	10	174	33	16	30	20	1.94
70762000--70762031	14	2.1	16	88	11	50	34	6	3	56	1.40
70762043--70762104	31	1.9	33	87	9	92	37	8	3	51	1.48
70770389--70770427	20	2.0	20	85	9	55	7	5	12	74	1.20
70770740--70771360	176	3.6	174	82	5	752	26	24	18	30	1.98
70771179--70771279	43	2.3	43	81	6	114	27	25	16	29	1.97
70773751--70773844	45	2.1	45	97	0	179	27	24	11	36	1.90
70785544--70785582	20	2.0	20	85	9	55	7	5	12	74	1.20
70787884--70787918	14	2.5	14	100	0	70	88	5	0	5	0.63
70789465--70789729	46	5.7	46	74	13	238	29	29	20	20	1.98
70789472--70789737	93	2.9	93	93	0	442	28	29	21	21	1.98
70789519--70789686	47	3.6	47	77	10	200	29	30	19	20	1.97
70791526--70791587	30	2.1	30	100	0	124	54	16	0	29	1.42
70791555--70791657	51	2.0	51	100	0	206	53	13	3	29	1.58
70795509--70795619	47	2.4	47	81	6	136	36	22	15	26	1.94
70798725--70798778	23	2.2	25	84	12	69	38	12	7	40	1.72
70799642--70799710	31	2.2	32	84	5	88	47	8	8	34	1.65
70807446--70807499	5	10.8	5	95	0	99	59	0	1	38	1.08
70813595--70813643	24	2.0	24	96	0	89	46	10	18	24	1.79
70813595--70813658	24	2.7	24	85	4	67	46	9	18	25	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70816887--70816999	46	2.4	46	79	7	120	33	15	29	21	1.94
70816887--70817019	49	2.8	47	77	10	137	31	15	29	23	1.95
70819134--70819434	126	2.4	126	80	2	311	36	21	16	25	1.94
70819175--70819453	126	2.2	126	83	3	346	36	21	16	26	1.94
70819828--70819858	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
70821537--70822756	178	6.9	178	91	0	1893	28	22	19	30	1.98
70822857--70822983	64	2.0	64	89	3	193	33	14	19	31	1.93
70837329--70837453	64	2.0	64	96	0	232	33	24	14	28	1.94
70843860--70844137	126	2.2	126	80	5	312	35	20	16	27	1.94
70844545--70844641	3	32.3	3	69	8	63	61	2	7	28	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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