genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23081299--23081667	47	7.8	47	73	14	244	24	28	18	27	1.98
23081297--23081676	140	2.7	143	77	11	397	26	28	18	27	1.98
23087887--23087926	21	2.0	21	85	5	55	20	25	40	15	1.90
23089178--23089338	46	3.5	44	82	8	155	23	30	18	27	1.98
23089264--23089388	46	2.7	46	81	5	126	22	29	18	29	1.97
23089266--23089437	94	1.8	92	82	7	222	23	29	19	28	1.98
23092444--23092576	60	2.2	60	81	5	153	29	25	17	27	1.97
23094915--23094965	12	4.2	12	80	9	50	58	1	0	39	1.09
23095038--23095081	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
23096367--23096399	18	1.9	17	88	11	50	30	15	12	42	1.83
23097030--23097128	28	3.4	28	68	20	76	26	27	19	27	1.99
23097031--23097167	60	2.3	60	81	9	165	28	26	16	28	1.97
23099528--23099578	12	4.2	12	80	9	50	58	1	0	39	1.09
23099649--23099693	19	2.3	20	80	7	56	46	8	0	44	1.34
23128359--23128423	28	2.3	28	86	0	85	32	24	10	32	1.90
23128529--23128618	27	3.2	26	72	13	74	21	22	24	32	1.98
23136743--23136860	43	2.8	43	78	11	127	26	17	24	31	1.97
23141292--23141352	28	2.2	28	88	5	88	39	16	9	34	1.82
23141302--23141358	28	2.0	28	90	6	89	43	14	7	35	1.72
23143010--23143125	42	2.8	42	74	7	121	35	32	2	29	1.71
23144600--23144728	67	1.9	69	88	3	199	23	16	27	33	1.95
23146658--23146691	17	2.0	17	88	0	50	17	23	29	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23148680--23148749	25	2.8	25	93	0	122	31	21	25	21	1.98
23148680--23148769	25	3.5	25	84	6	110	31	23	25	20	1.98
23154988--23155199	46	4.5	46	78	10	173	31	18	25	24	1.98
23154988--23155199	94	2.3	94	82	4	241	31	18	25	24	1.98
23155220--23155634	49	8.7	49	72	10	299	31	19	26	22	1.98
23155293--23155634	98	3.5	98	87	2	499	31	19	26	23	1.98
23155217--23155634	196	2.2	187	85	5	561	30	19	26	22	1.98
23158404--23158461	24	2.4	24	85	5	73	17	29	18	34	1.94
23158629--23158694	24	2.7	24	81	11	89	15	21	19	43	1.87
23165175--23165213	20	1.9	20	84	5	51	38	0	17	43	1.50
23169406--23169443	20	2.1	18	85	14	51	28	0	13	57	1.36
23173104--23173158	25	2.2	25	86	0	74	29	25	20	25	1.99
23182218--23182401	40	4.6	40	83	6	230	25	23	26	25	2.00
23189873--23189919	22	2.1	22	84	0	58	59	2	21	17	1.47
23191064--23191144	24	3.4	23	78	8	83	16	24	20	38	1.92
23191078--23191149	24	3.0	24	78	9	85	16	25	19	38	1.92
23191162--23191216	24	2.3	24	90	3	85	18	23	23	34	1.96
23191062--23191216	47	3.3	47	71	10	134	18	22	22	36	1.95
23193039--23193120	27	3.0	28	83	5	114	32	13	26	26	1.93
23193232--23193453	85	2.6	86	88	4	315	40	12	23	23	1.89
23203101--23203141	14	2.9	14	83	16	50	34	2	0	63	1.08
23203315--23203353	19	2.0	21	85	10	55	58	2	2	35	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23203410--23203460	22	2.3	23	74	16	54	33	1	1	62	1.17
23205202--23205242	19	2.2	19	95	0	73	56	4	21	17	1.60
23212836--23212909	27	2.7	27	78	0	85	31	22	5	40	1.77
23213718--23213816	28	3.5	28	97	0	180	43	28	0	28	1.55
23217155--23217298	27	5.3	27	88	5	193	43	22	6	27	1.77
23217808--23217911	31	3.4	31	90	0	154	21	20	11	47	1.81
23217808--23217932	6	20.3	6	67	16	69	20	19	12	48	1.80
23219457--23219533	39	2.0	39	100	0	154	35	36	2	25	1.70
23223114--23223236	41	3.0	41	83	4	158	24	26	23	26	2.00
23223475--23224005	27	19.7	27	81	3	478	30	9	19	40	1.84
23223495--23224005	161	3.2	159	82	4	542	30	9	18	40	1.83
23227312--23227433	41	3.0	40	81	9	138	27	28	21	22	1.99
23227690--23228174	27	18.0	27	76	8	371	30	9	18	41	1.82
23228504--23228582	28	2.8	28	86	0	122	30	34	12	22	1.92
23232632--23232662	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
23232629--23232668	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
23232898--23233106	55	3.9	54	80	8	237	22	24	17	35	1.95
23232906--23233113	108	1.9	111	88	4	316	23	24	17	35	1.95
23232859--23233113	55	4.8	53	78	11	229	21	24	17	36	1.94
23254161--23254219	30	2.0	30	89	0	91	30	15	25	28	1.96
23254558--23254725	46	3.7	44	80	12	153	28	19	29	22	1.98
23261298--23261343	20	2.3	20	96	0	83	26	19	32	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23261744--23261815	34	2.1	34	81	0	81	27	25	23	23	2.00
23269467--23269557	34	2.6	34	75	3	92	30	23	24	21	1.99
23271303--23271333	14	2.1	15	94	5	55	64	6	9	19	1.45
23280883--23280922	13	3.1	13	85	0	53	80	0	0	20	0.72
23280894--23280922	7	4.3	7	91	8	51	86	0	0	13	0.58
23285440--23285664	40	5.6	40	80	4	247	23	26	24	25	2.00
23285404--23285664	40	6.6	40	77	7	194	23	26	24	26	2.00
23295080--23295229	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
23295052--23295229	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
23295053--23295208	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
23303083--23303232	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
23303055--23303232	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
23303056--23303211	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
23304851--23305074	40	5.6	40	82	7	249	23	27	23	25	2.00
23304851--23305074	80	2.8	80	83	4	274	23	27	23	25	2.00
23313700--23313878	38	4.7	38	76	8	157	21	20	23	34	1.97
23313720--23313871	76	2.0	78	84	5	202	21	20	22	35	1.96
23315424--23315449	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
23330720--23330859	37	3.8	37	97	0	244	25	32	18	23	1.97
23331000--23331424	48	8.9	48	95	0	724	31	28	6	33	1.82
23332580--23332647	30	2.3	30	100	0	136	20	32	2	44	1.67
23334089--23334369	40	7.0	40	87	3	357	26	29	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23335651--23335790	37	3.8	37	95	0	244	25	32	18	24	1.97
23335931--23336499	48	11.9	48	96	0	994	31	28	6	33	1.83
23337653--23337720	30	2.3	30	100	0	136	20	32	2	44	1.67
23353095--23353216	61	2.0	61	98	0	235	30	20	16	32	1.95
23353996--23354051	18	3.3	18	63	27	50	25	33	19	21	1.97
23366128--23366206	31	2.7	27	83	11	86	26	24	15	34	1.94
23366372--23366479	54	2.0	54	88	0	162	25	22	12	38	1.90
23377254--23377292	18	2.2	18	86	9	53	69	2	10	17	1.28
23385397--23385586	7	28.1	7	67	19	102	35	2	1	60	1.18
23385390--23385630	18	13.3	18	67	22	98	34	3	1	60	1.21
23385415--23385637	3	71.3	3	66	24	72	34	4	1	60	1.24
23385400--23385568	31	5.6	33	75	14	118	35	2	1	60	1.20
23385415--23385588	87	2.1	83	81	11	196	34	2	1	61	1.18
23385558--23385607	19	2.7	19	87	9	68	36	2	2	60	1.20
23385883--23385931	26	1.9	25	83	4	62	36	4	0	59	1.17
23410424--23410624	40	5.1	40	87	5	268	20	23	28	27	1.99
23410424--23410638	78	2.7	79	84	5	276	22	23	27	26	1.99
23416586--23416632	20	2.5	18	83	10	58	72	6	8	12	1.27
23421191--23421315	49	2.6	48	82	6	146	22	28	21	28	1.99
23423584--23423620	11	3.2	12	92	7	60	43	0	27	29	1.55
23425074--23425132	27	2.2	27	84	0	73	44	16	13	25	1.85
23425480--23425559	22	3.6	22	74	0	79	22	23	18	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23425480--23425585	44	2.4	44	85	0	140	22	20	18	37	1.94
23431973--23432156	68	2.7	68	90	5	250	33	14	28	23	1.94
23432033--23432230	68	2.9	67	84	8	192	33	15	29	21	1.94
23461021--23461239	46	4.7	47	78	9	184	25	27	20	26	1.99
23467217--23467246	7	4.3	7	100	0	60	30	30	13	26	1.94
23468921--23469010	48	1.9	48	88	4	139	22	28	20	28	1.98
23472463--23472513	27	1.9	26	84	4	66	17	27	17	37	1.93
23479687--23479745	26	2.3	27	79	8	68	22	23	18	35	1.96
23485798--23485906	46	2.4	48	80	7	118	26	30	15	27	1.96
23485823--23485976	46	3.3	46	80	10	154	25	28	16	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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