genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17055477--17055507	15	2.1	15	93	0	53	70	0	6	22	1.09
17055534--17055583	20	2.4	22	86	10	77	40	0	30	30	1.57
17055534--17055585	11	4.9	11	83	9	72	42	0	28	28	1.56
17055534--17055597	31	2.1	31	85	5	85	42	0	26	31	1.56
17055979--17056014	18	2.0	18	88	0	54	30	2	8	58	1.42
17058516--17058571	27	2.1	27	100	0	112	39	17	21	21	1.93
17062439--17062584	47	3.1	47	85	3	168	33	27	15	23	1.95
17065325--17065481	43	3.7	43	81	5	174	34	25	14	25	1.94
17068663--17068767	53	2.0	53	88	0	156	17	23	20	38	1.93
17069803--17069835	16	2.1	16	100	0	66	24	18	12	45	1.83
17073260--17073306	20	2.3	20	96	0	85	46	14	8	29	1.74
17073698--17073907	86	2.5	86	81	4	246	33	26	14	26	1.94
17073702--17073900	43	4.7	43	79	6	190	33	26	14	25	1.94
17076793--17076824	6	5.7	6	92	7	50	0	9	0	90	0.45
17076791--17076823	16	2.1	16	88	11	50	0	12	0	87	0.53
17077177--17077224	23	2.0	23	88	4	69	50	6	0	43	1.27
17090305--17090341	2	18.5	2	94	0	65	2	0	48	48	1.15
17092166--17092223	26	2.2	26	90	6	91	34	5	22	37	1.76
17093709--17093761	26	2.0	26	85	7	72	39	22	11	26	1.88
17094009--17094294	137	2.1	136	94	0	491	25	17	23	32	1.97
17096648--17096697	20	2.5	20	76	3	55	36	0	6	58	1.23
17096735--17096767	13	2.3	15	90	10	52	30	0	6	63	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17096873--17096911	20	2.0	19	85	5	51	43	0	0	56	0.99
17100024--17100185	55	2.9	55	85	0	225	25	8	15	50	1.71
17100469--17100493	8	3.1	8	100	0	50	88	0	0	12	0.53
17102040--17102099	29	2.1	28	84	3	75	28	8	16	46	1.76
17102353--17102401	23	2.1	23	85	7	64	14	0	32	53	1.41
17102241--17102544	143	2.1	143	91	4	497	32	2	23	41	1.68
17102480--17102536	24	2.4	24	91	8	91	12	0	33	54	1.38
17102480--17102544	24	2.8	22	84	9	76	13	0	32	53	1.40
17102598--17103063	126	3.7	126	88	1	666	37	15	17	29	1.91
17104522--17104672	53	2.8	53	89	4	214	25	16	27	29	1.97
17112041--17112191	53	2.8	54	88	6	209	25	15	27	30	1.96
17117502--17117527	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
17118652--17118699	22	2.2	22	85	3	62	50	4	16	29	1.64
17119633--17119706	27	2.7	26	76	12	67	64	0	8	27	1.21
17119633--17119706	28	2.7	27	75	6	67	64	0	8	27	1.21
17124256--17124287	12	2.7	12	90	0	55	31	31	3	34	1.73
17124746--17124805	30	2.0	30	83	0	75	26	20	25	28	1.99
17126181--17126234	26	2.1	26	89	3	83	44	11	16	27	1.82
17129641--17130414	132	5.9	131	81	3	621	37	15	15	31	1.89
17129631--17130419	264	3.0	262	79	3	717	37	15	15	31	1.90
17129600--17130445	396	2.1	394	78	4	896	37	15	15	31	1.89
17130362--17130512	67	2.2	68	78	2	162	35	18	14	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17133490--17133573	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
17133385--17133629	49	4.9	50	82	4	298	26	18	26	28	1.98
17156666--17156733	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
17156555--17156882	174	1.9	174	95	0	593	30	24	14	30	1.95
17156835--17156913	29	2.7	29	84	2	104	31	30	12	25	1.93
17159965--17160007	15	2.9	15	96	0	77	13	37	23	25	1.92
17162564--17162626	26	2.4	27	75	19	71	44	1	0	53	1.10
17163299--17163338	19	2.1	19	100	0	80	30	12	5	52	1.60
17168456--17168633	27	6.6	27	84	3	196	29	28	15	26	1.96
17168477--17168632	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
17174677--17174723	24	2.0	24	95	0	85	44	4	38	12	1.62
17174682--17174729	24	2.0	24	91	0	78	47	4	33	14	1.63
17184590--17184642	24	2.3	22	75	12	52	43	3	35	16	1.67
17188895--17188986	43	2.1	42	84	11	116	29	29	18	22	1.97
17188976--17189108	63	2.1	63	95	0	239	30	24	12	33	1.92
17194205--17194354	56	2.7	56	84	5	171	25	12	30	32	1.93
17194230--17194354	28	4.5	28	91	2	182	26	12	29	31	1.93
17194230--17194354	55	2.3	55	88	2	180	26	12	29	31	1.93
17199675--17200031	40	8.9	40	93	0	597	26	20	28	24	1.99
17213566--17213635	28	2.5	28	90	0	113	21	17	25	35	1.95
17216518--17216594	30	2.5	31	89	4	113	32	6	15	45	1.72
17216545--17216629	33	2.6	34	85	8	108	35	4	12	47	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17218159--17218332	41	4.3	41	76	7	167	33	26	14	25	1.94
17223070--17223107	17	2.2	17	90	0	58	39	2	10	47	1.52
17235142--17235409	40	6.7	40	95	0	455	21	26	20	30	1.98
17243721--17243988	40	6.7	40	95	0	455	21	26	20	30	1.98
17252144--17252276	49	2.7	51	80	9	150	23	27	21	27	1.99
17252292--17252413	46	2.7	46	86	0	181	22	25	20	31	1.98
17253118--17253142	13	1.9	13	100	0	50	64	16	4	16	1.44
17263671--17263716	5	8.6	5	81	13	56	19	4	0	76	0.96
17270458--17270586	46	2.8	46	90	2	197	31	29	20	18	1.97
17272179--17272314	70	1.9	70	98	0	263	27	17	12	42	1.85
17282300--17282330	16	2.0	15	93	6	53	58	9	0	32	1.31
17283518--17283637	32	3.8	32	80	1	143	32	20	12	35	1.90
17283770--17283890	55	2.2	55	80	2	136	33	21	19	25	1.96
17283851--17283900	15	3.5	15	73	15	52	32	18	22	28	1.97
17283799--17283903	55	1.9	55	88	0	156	31	21	20	26	1.98
17292980--17293125	42	3.4	42	78	11	145	24	19	24	31	1.98
17293338--17293377	22	2.0	21	85	14	57	22	7	15	55	1.65
17302146--17302199	27	2.0	27	96	0	99	40	12	18	27	1.87
17304893--17304968	29	2.6	29	87	0	107	26	26	18	28	1.98
17315608--17315722	27	4.3	26	82	6	131	40	20	13	26	1.89
17315608--17315722	54	2.1	54	85	3	151	40	20	13	26	1.89
17320908--17320940	16	2.1	16	88	11	50	12	12	9	66	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17320942--17320990	17	3.0	16	80	11	55	10	4	16	69	1.32
17325681--17325717	5	7.6	5	88	11	51	0	13	2	83	0.74
17325681--17325720	14	2.8	13	85	14	53	0	12	2	85	0.71
17329038--17329071	17	2.0	17	88	0	50	26	2	20	50	1.63
17333187--17333228	20	2.0	20	86	4	57	35	2	16	45	1.61
17347539--17347687	74	2.0	74	93	1	255	24	16	26	32	1.96
17350582--17350623	21	2.0	21	90	0	66	42	30	16	9	1.80
17353359--17353515	26	6.2	26	88	2	232	28	21	22	28	1.99
17353726--17353804	31	2.5	31	85	0	122	31	16	24	27	1.96
17357019--17357378	47	7.6	47	91	2	576	28	29	8	33	1.86
17357019--17357378	96	3.8	96	92	2	593	28	29	8	33	1.86
17357019--17357378	143	2.5	141	91	2	576	28	29	8	33	1.86
17360745--17360950	27	7.6	27	86	1	144	33	22	8	34	1.85
17360729--17360842	54	2.1	54	83	0	138	30	22	8	37	1.85
17360756--17360887	54	2.4	54	91	0	201	28	21	9	40	1.83
17360783--17360913	54	2.4	54	83	0	163	30	22	9	38	1.85
17360711--17360927	81	2.7	81	75	0	200	33	22	8	35	1.85
17360864--17361140	81	3.4	81	80	4	292	38	20	9	30	1.85
17360878--17361223	27	12.8	27	77	3	257	39	19	9	31	1.84
17361254--17361345	27	3.4	27	87	3	123	33	19	26	20	1.96
17362146--17362318	26	6.7	26	88	0	251	27	22	23	27	1.99
17362146--17362318	52	3.4	51	95	3	296	27	22	23	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17362539--17362617	31	2.5	31	84	8	115	31	17	24	26	1.97
17379518--17379556	19	1.9	19	90	10	60	20	2	0	76	0.90
17406258--17406299	21	2.0	21	90	0	66	19	19	42	19	1.89
17416188--17416231	23	1.9	23	85	0	61	36	6	13	43	1.71
17416296--17416338	20	2.2	20	82	0	50	44	2	2	51	1.27
17417211--17417381	93	1.8	93	89	2	272	28	27	21	22	1.99
17417206--17417378	46	3.7	46	77	11	183	28	26	21	23	1.99
17417204--17417397	46	4.2	45	75	14	157	28	27	20	23	1.99
17424721--17424888	46	3.6	45	76	12	171	29	27	20	22	1.98
17424722--17424892	93	1.8	93	91	0	279	29	28	20	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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