genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.185.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61296928--61296970	15	2.8	15	82	10	52	51	20	20	6	1.71
61297186--61297294	29	3.8	29	79	8	107	29	12	32	25	1.93
61304756--61304802	19	2.5	19	86	3	60	27	17	36	19	1.93
61306023--61306057	18	2.0	18	88	5	54	37	20	14	28	1.91
61308962--61309196	48	4.9	48	79	3	256	27	18	28	25	1.98
61308962--61309135	96	1.8	96	92	0	294	27	17	28	27	1.97
61313160--61313331	93	1.8	93	87	4	258	29	27	20	23	1.99
61313152--61313326	46	3.8	45	73	13	149	29	26	20	23	1.98
61315760--61315819	25	2.4	26	83	8	88	23	20	28	28	1.99
61317865--61318028	40	4.1	40	82	6	206	26	28	21	23	1.99
61320180--61320232	26	2.0	27	85	3	72	32	7	20	39	1.81
61328570--61328836	40	6.7	40	97	0	464	29	20	27	21	1.98
61336554--61336860	40	7.7	40	96	0	535	29	20	27	22	1.98
61349274--61349351	24	3.2	24	83	5	86	23	24	19	33	1.97
61354486--61354545	30	2.0	30	86	0	84	30	23	8	38	1.84
61359783--61359824	21	2.0	21	85	0	57	21	16	42	19	1.89
61372795--61372919	29	4.3	29	85	1	162	29	30	15	24	1.95
61379576--61379611	18	2.0	18	94	0	63	41	0	30	27	1.56
61380786--61380850	25	2.6	25	72	11	62	32	23	20	24	1.98
61380982--61381036	20	2.8	19	78	5	65	32	5	21	40	1.76
61380982--61381025	19	2.3	19	88	4	61	34	4	25	36	1.76
61388150--61388361	27	7.9	27	88	4	257	27	23	8	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61388339--61388642	27	11.2	27	75	10	192	39	20	8	31	1.83
61388150--61388359	81	2.6	81	86	0	285	27	22	9	40	1.84
61388353--61388642	54	5.3	52	76	9	213	40	19	8	31	1.82
61388339--61388533	81	2.4	81	89	4	288	40	21	8	30	1.82
61388339--61388586	81	3.0	81	82	10	285	40	20	8	30	1.82
61388666--61388734	27	2.6	27	88	4	95	34	23	24	17	1.96
61388675--61388761	27	3.2	27	86	3	104	34	20	27	17	1.95
61389923--61389970	25	2.0	24	83	4	60	31	25	18	25	1.98
61390009--61390065	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
61390007--61390077	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
61390018--61390072	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
61390122--61390271	24	6.3	24	86	3	196	30	20	21	28	1.98
61390122--61390271	47	3.2	47	84	4	203	30	20	21	28	1.98
61390122--61390271	71	2.1	71	89	0	228	30	20	21	28	1.98
61392115--61392185	24	2.9	24	82	4	88	23	14	32	29	1.94
61392124--61392196	24	3.0	22	79	15	74	21	15	32	30	1.94
61394847--61394885	19	2.0	20	95	5	71	23	0	5	71	1.05
61394847--61394921	19	3.4	23	82	13	70	25	0	6	68	1.14
61395205--61395250	24	1.9	24	90	0	74	28	4	4	63	1.33
61400733--61400784	26	2.0	26	100	0	104	30	15	15	38	1.88
61406735--61406800	23	2.9	23	84	4	71	45	19	13	21	1.85
61406744--61406900	46	3.4	46	82	4	192	45	21	14	19	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61406759--61406954	23	8.6	23	73	3	135	46	20	12	19	1.83
61409582--61409616	15	2.3	15	85	0	52	22	11	11	54	1.68
61415871--61416083	46	4.5	46	78	11	177	24	30	19	25	1.98
61420038--61420196	35	4.5	35	80	0	165	30	10	18	41	1.83
61439430--61439647	46	4.7	44	75	10	170	22	30	19	27	1.98
61445291--61445329	20	1.9	21	85	15	55	30	17	2	48	1.61
61447405--61447627	79	2.8	78	82	9	256	24	26	22	26	2.00
61447405--61447627	39	5.7	40	85	8	257	24	26	22	26	2.00
61469387--61469413	7	3.9	7	100	0	54	59	0	0	40	0.98
61469709--61469875	20	8.3	20	69	23	102	61	1	4	32	1.28
61469803--61469876	7	10.3	7	74	20	55	63	1	1	33	1.11
61469803--61469897	45	2.1	44	84	9	122	65	2	2	30	1.16
61469804--61469875	16	4.9	15	73	21	64	62	1	1	34	1.13
61473620--61473725	41	2.6	40	84	1	131	29	25	17	27	1.98
61476472--61476523	26	2.0	27	84	3	70	38	23	13	25	1.91
61476878--61476919	21	2.0	21	90	0	66	9	0	50	40	1.35
61477807--61477855	21	2.3	21	85	3	62	38	10	14	36	1.80
61477815--61477855	21	2.0	21	90	0	64	36	12	9	41	1.76
61479969--61480098	47	2.8	48	83	2	156	23	15	28	32	1.95
61482448--61482532	27	3.0	28	89	5	127	25	16	31	25	1.96
61482837--61483336	107	4.7	108	81	4	514	37	19	11	31	1.87
61482837--61483336	134	3.7	135	79	6	536	37	19	11	31	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61482837--61483336	27	18.7	27	80	4	480	37	19	11	31	1.87
61484693--61484839	79	1.9	80	89	1	233	27	27	20	25	1.99
61484691--61484915	80	2.8	79	81	3	245	26	27	20	24	1.99
61484693--61484862	40	4.3	40	89	0	225	26	27	21	24	1.99
61484691--61484915	40	5.7	40	84	4	204	26	27	20	24	1.99
61484847--61484924	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
61492522--61492744	40	5.6	40	85	3	227	26	27	20	24	1.99
61492676--61492753	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
61501477--61501606	47	2.8	47	84	0	152	22	17	27	32	1.96
61507206--61507238	16	1.9	18	88	11	52	48	12	15	24	1.78
61507764--61507982	45	5.0	45	89	5	288	24	27	22	25	2.00
61507764--61507982	88	2.5	88	87	3	307	24	27	22	25	2.00
61508783--61508929	47	3.1	48	91	4	246	44	13	10	30	1.78
61509510--61509542	13	2.4	14	90	5	50	48	6	6	39	1.53
61513354--61513576	39	5.7	40	84	6	244	26	21	26	25	1.99
61513406--61513609	79	2.6	79	81	8	186	26	20	26	25	1.99
61521282--61521503	39	5.7	40	84	9	257	25	22	27	24	2.00
61521333--61521536	79	2.6	79	83	8	213	26	21	27	24	1.99
61525515--61525574	27	2.2	28	85	5	79	36	20	26	16	1.93
61537970--61538035	33	2.0	33	88	5	98	36	6	25	31	1.81
61541917--61542067	40	3.8	40	90	3	234	25	28	21	24	1.99
61545725--61545897	46	3.7	46	76	17	178	21	18	28	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61545722--61545891	93	1.8	93	91	2	279	21	18	29	30	1.97
61552830--61553095	46	5.7	46	78	15	287	21	20	28	29	1.98
61552827--61553090	93	2.8	93	96	0	483	21	20	29	28	1.98
61556492--61556556	32	2.0	32	100	0	130	50	15	12	21	1.76
61556942--61557071	48	2.7	49	79	4	156	21	28	23	26	1.99
61557089--61557256	48	3.6	48	79	4	207	22	26	19	31	1.98
61556946--61557207	141	1.9	138	83	7	341	23	27	20	27	1.99
61559000--61559043	23	1.9	23	100	0	88	43	20	18	18	1.89
61559005--61559068	23	2.8	23	85	0	74	48	18	17	15	1.81
61560800--61560843	22	2.0	22	90	0	70	15	18	36	29	1.92
61567027--61567058	16	2.0	16	100	0	64	18	25	6	50	1.70
61582136--61582314	46	3.8	49	78	14	207	29	27	21	21	1.99
61582143--61582314	93	1.8	93	92	2	292	27	28	21	22	1.99
61593238--61593320	34	2.4	34	81	0	94	26	24	25	24	2.00
61595382--61595409	6	4.7	6	100	0	56	17	50	17	14	1.79
61603990--61604210	40	5.6	40	82	8	247	24	20	27	26	1.99
61603990--61604210	80	2.8	80	82	6	279	24	20	27	26	1.99
61612016--61612236	40	5.6	40	83	5	261	25	20	27	25	1.99
61616886--61617021	27	5.0	27	80	1	146	37	11	23	27	1.90
61618892--61619021	44	3.0	43	78	3	154	23	18	25	32	1.97
61623375--61623622	124	2.0	124	100	0	496	33	14	20	32	1.92
61627314--61627422	44	2.5	43	81	10	134	27	21	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61629708--61629885	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
61629708--61629885	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
61637561--61637738	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
61637561--61637738	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
61645405--61645454	26	2.0	26	88	11	77	34	18	16	32	1.92
61646907--61646933	14	1.9	14	100	0	54	59	11	7	22	1.56
61649661--61649789	46	2.8	46	89	2	179	30	29	19	20	1.97
61655086--61655256	93	1.8	93	92	2	290	28	30	19	21	1.97
61655077--61655252	46	3.8	46	76	16	193	29	29	19	21	1.98
61674827--61674893	33	2.0	33	100	0	134	26	8	17	46	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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