genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.161.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53071573--53071743	93	1.8	93	87	2	254	21	18	28	32	1.96
53075039--53075668	47	13.1	47	89	5	873	32	8	29	29	1.87
53075244--53075336	30	3.1	30	64	27	79	30	4	31	34	1.77
53075263--53075289	13	2.1	13	100	0	54	22	0	29	48	1.51
53075216--53075336	60	2.0	60	100	0	242	29	6	29	33	1.83
53075171--53075383	107	2.0	107	97	0	399	31	7	29	31	1.85
53075787--53075865	37	2.1	37	88	4	115	26	18	29	25	1.98
53077275--53077314	20	2.0	20	100	0	80	20	10	20	50	1.76
53083851--53083892	21	2.0	21	85	0	57	21	14	42	21	1.88
53085727--53085785	29	2.0	30	86	3	84	30	25	5	38	1.77
53085861--53085886	12	2.2	12	100	0	52	38	34	0	26	1.57
53087718--53087822	25	4.2	25	74	6	97	33	20	25	20	1.97
53087781--53087836	24	2.3	24	81	6	60	33	21	26	17	1.96
53087889--53087957	26	2.7	26	86	2	95	39	24	18	17	1.92
53090577--53090683	20	5.8	18	70	18	60	50	4	2	42	1.37
53094084--53094135	24	2.2	24	89	0	77	17	15	5	61	1.52
53097171--53097213	18	2.3	19	84	15	54	30	6	2	60	1.35
53099533--53099592	9	6.6	9	76	16	61	16	1	8	73	1.16
53101546--53101730	40	4.7	40	83	6	225	25	27	23	23	2.00
53101548--53101730	79	2.3	80	82	7	221	25	27	23	24	2.00
53105644--53105676	13	2.5	13	95	0	57	21	24	45	9	1.80
53107157--53107286	71	1.9	70	82	7	167	33	16	30	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53108983--53109188	89	2.3	91	83	5	265	46	15	7	31	1.74
53113140--53113180	12	3.2	13	80	13	57	56	9	7	26	1.58
53115895--53115975	41	2.0	41	83	7	103	28	16	27	28	1.97
53133992--53134156	42	3.9	41	73	4	123	29	25	15	29	1.96
53136009--53136034	13	2.0	13	100	0	52	38	7	15	38	1.76
53149166--53149318	42	3.7	41	75	11	141	29	25	16	28	1.97
53149249--53149329	42	1.9	42	87	5	119	29	28	17	24	1.97
53150093--53150189	46	2.1	46	100	0	194	34	13	27	24	1.93
53153041--53153176	45	3.0	44	76	10	123	22	26	20	30	1.98
53153052--53153221	92	1.8	93	86	5	245	21	26	21	30	1.98
53153052--53153219	48	3.6	47	78	12	161	22	26	21	30	1.99
53157433--53157511	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
53157493--53157638	43	3.4	43	96	0	274	28	34	15	21	1.94
53159492--53159570	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
53159689--53159832	47	3.1	47	83	2	182	27	31	9	31	1.89
53165047--53165089	16	2.7	16	88	0	68	51	18	20	9	1.74
53165300--53165414	29	4.0	29	85	2	135	29	14	26	28	1.95
53165313--53165423	58	1.9	57	85	1	150	29	14	27	28	1.95
53166048--53166081	18	1.9	18	88	5	52	14	2	17	64	1.40
53169866--53169953	6	14.3	6	73	17	74	46	14	19	19	1.84
53169875--53169953	31	2.5	31	89	0	113	46	13	20	18	1.83
53169881--53169950	25	2.8	24	85	8	79	45	15	21	17	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53170076--53170178	27	3.8	28	80	10	97	37	19	21	21	1.94
53170742--53170964	27	8.3	27	83	2	270	25	18	20	35	1.95
53170759--53171018	81	3.2	81	82	4	285	26	16	20	36	1.94
53170760--53170964	54	3.8	54	88	0	311	24	18	20	36	1.94
53170922--53171047	27	4.7	27	80	5	114	24	10	23	41	1.86
53170949--53171064	27	4.3	27	80	0	115	27	8	23	40	1.83
53170949--53171106	54	2.9	54	78	1	129	30	8	22	39	1.83
53171068--53171155	27	3.3	27	90	0	131	38	5	22	32	1.78
53171038--53171155	54	2.2	54	81	3	130	36	6	22	34	1.80
53171160--53171245	27	3.2	27	83	0	118	27	6	23	41	1.80
53172386--53172465	42	1.9	42	81	0	97	15	22	37	25	1.93
53178844--53179106	45	6.0	45	88	3	358	28	29	19	23	1.98
53185624--53185801	27	6.6	27	83	3	196	26	15	28	29	1.96
53185625--53185775	82	1.9	81	88	4	232	27	16	27	28	1.97
53201513--53201586	29	2.6	29	86	4	96	25	31	16	27	1.96
53204582--53204802	40	5.6	40	80	2	232	24	25	23	26	2.00
53210064--53210110	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
53210460--53210798	50	6.8	50	77	3	322	26	17	25	30	1.97
53210560--53210802	101	2.4	101	78	4	231	26	17	24	31	1.97
53210514--53210798	151	1.9	151	88	0	426	26	17	24	31	1.97
53214047--53214108	26	2.4	26	76	7	65	17	11	14	56	1.67
53214091--53214134	15	2.9	15	90	6	63	13	20	13	52	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53214091--53214149	30	2.0	30	83	6	75	13	20	13	52	1.74
53217074--53217351	50	5.7	49	76	11	200	25	19	24	30	1.98
53219758--53219836	38	2.1	38	100	0	158	36	5	16	41	1.70
53224136--53224174	12	3.2	12	88	0	60	30	35	23	10	1.88
53229250--53229376	46	2.7	48	82	3	150	30	18	27	22	1.98
53229348--53229463	49	2.4	49	82	2	126	31	24	23	21	1.99
53234641--53234860	40	5.6	40	78	3	214	25	25	22	25	2.00
53242711--53242929	39	5.6	40	76	4	196	26	25	23	25	2.00
53250261--53250382	46	2.6	46	82	2	136	31	18	27	22	1.98
53253732--53253843	42	2.7	42	79	6	111	28	17	25	27	1.98
53256380--53256469	24	3.7	23	74	12	74	34	17	22	25	1.96
53260568--53260667	51	2.0	51	82	7	123	32	25	17	26	1.97
53265197--53265364	40	4.2	40	82	8	148	27	27	20	24	1.99
53265232--53265417	80	2.3	80	83	9	229	27	27	20	23	1.99
53265234--53265417	40	4.6	40	83	7	205	27	27	21	23	1.99
53270167--53270191	13	1.9	13	100	0	50	0	40	28	32	1.57
53271094--53271207	55	2.1	54	87	6	160	35	22	23	17	1.95
53271094--53271207	27	4.2	26	86	5	147	35	22	23	17	1.95
53271626--53271656	8	3.9	8	95	0	53	6	25	29	38	1.81
53273651--53273826	46	3.8	46	78	4	201	21	20	28	28	1.98
53273647--53273818	93	1.8	93	92	0	290	21	20	29	27	1.98
53281728--53281830	27	3.8	27	90	2	145	33	22	25	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53284014--53284107	28	3.4	28	92	0	116	30	26	10	31	1.90
53292012--53292036	12	2.1	12	100	0	50	40	0	8	52	1.31
53294095--53294163	11	6.7	11	77	14	76	36	11	18	33	1.87
53294107--53294163	20	2.8	20	100	0	114	36	10	19	33	1.86
53294211--53294280	25	2.8	25	95	0	122	25	25	22	25	2.00
53294211--53294293	25	3.4	24	85	8	105	28	22	22	25	1.99
53294502--53294580	31	2.5	31	91	0	122	29	20	29	21	1.98
53313772--53313911	29	4.9	29	80	5	153	27	29	15	28	1.96
53322054--53322149	29	3.3	29	88	2	131	29	31	10	29	1.90
53322055--53322169	58	2.0	58	86	3	160	31	30	10	27	1.90
53322055--53322165	29	3.8	29	78	7	109	30	30	10	27	1.91
53322192--53322263	29	2.5	28	88	8	92	31	22	5	40	1.77
53322207--53322266	29	2.1	29	100	0	120	31	20	6	41	1.78
53327928--53327952	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
53328400--53328771	177	2.1	177	93	0	645	27	19	18	35	1.94
53328441--53328719	87	3.2	87	69	10	269	26	18	18	35	1.95
53333265--53333421	43	3.6	44	80	10	182	29	24	18	26	1.98
53333265--53333424	86	1.9	85	84	8	218	30	25	18	26	1.98
53338185--53338402	94	2.3	94	82	3	260	22	29	20	27	1.98
53338038--53338397	47	7.7	47	68	15	151	22	29	20	28	1.98
53340030--53340071	21	2.0	21	86	9	59	33	4	23	38	1.76
53340150--53340316	43	3.9	43	76	9	178	23	17	26	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53340153--53340276	44	2.9	43	75	12	121	24	18	26	30	1.98
53346418--53346563	49	2.9	49	84	7	175	38	15	23	22	1.92
53346756--53346786	16	1.9	16	93	0	53	41	0	16	41	1.48
53346750--53346789	20	2.0	20	85	0	53	40	0	17	42	1.49
53350539--53350577	20	2.0	20	89	0	60	0	33	0	66	0.92
53350828--53350898	32	2.2	32	85	11	94	50	7	2	39	1.44
53351362--53351395	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
53352516--53352607	29	3.2	29	82	1	114	27	33	13	26	1.93
53356942--53357076	42	3.2	42	85	6	168	21	17	22	38	1.93
53356957--53357095	41	3.4	42	83	8	162	21	18	22	37	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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