genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.157.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103038859

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51923308--51923388	43	1.9	42	82	2	99	17	24	39	18	1.92
51925444--51925922	48	10.0	48	79	1	521	26	16	28	28	1.97
51925446--51925920	96	4.9	96	92	0	743	26	16	28	28	1.97
51929800--51930081	41	6.9	41	89	6	396	32	24	23	20	1.98
51929815--51930081	122	2.2	122	88	6	391	31	24	22	20	1.98
51929800--51930081	81	3.5	81	86	7	394	32	24	23	20	1.98
51930122--51930169	23	2.1	22	84	3	60	50	20	0	29	1.49
51930381--51930415	15	2.4	15	90	4	54	25	0	28	45	1.54
51931235--51931268	18	1.9	18	88	5	52	50	2	2	44	1.32
51936103--51936149	19	2.5	19	76	10	51	21	2	4	72	1.12
51938361--51938483	43	2.9	43	86	1	149	18	20	31	29	1.96
51938400--51938483	43	2.0	43	95	0	150	20	21	30	27	1.98
51945176--51946385	605	2.0	605	97	0	2294	31	15	24	28	1.96
51951761--51951868	29	3.8	29	78	6	103	25	27	16	29	1.97
51951758--51951868	58	1.9	58	85	1	152	26	28	16	28	1.97
51952227--51952268	20	2.1	20	100	0	84	40	19	4	35	1.72
51953574--51953746	46	3.7	46	76	10	172	21	19	28	30	1.98
51953571--51953741	93	1.8	93	88	0	261	21	19	29	29	1.98
51959864--51960113	84	2.9	85	77	8	258	26	16	26	31	1.96
51959862--51960122	43	6.1	43	78	8	241	25	16	26	31	1.96
51960292--51960335	18	2.3	18	84	7	52	50	2	13	34	1.55
51965153--51965328	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51965149--51965320	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
51968272--51968340	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
51968263--51968342	30	2.7	30	82	7	99	11	17	15	56	1.67
51970743--51970918	46	3.8	44	79	10	192	21	20	28	28	1.98
51970739--51970910	93	1.8	93	92	0	290	21	20	29	27	1.98
51974231--51974427	43	4.6	42	73	13	163	24	15	27	31	1.96
51974600--51974640	18	2.2	20	86	8	59	46	4	17	31	1.69
51981467--51981524	28	2.1	28	100	0	116	36	29	3	31	1.74
51996621--51996781	42	3.8	42	80	1	160	30	23	16	29	1.96
52001720--52001819	23	4.4	23	72	16	91	34	18	21	27	1.96
52001714--52001820	45	2.4	45	85	7	137	34	17	20	27	1.95
52001716--52001828	23	5.0	22	71	18	72	33	19	21	25	1.97
52002733--52002786	27	2.0	27	100	0	108	40	22	3	33	1.71
52012071--52012151	42	1.9	42	100	0	162	37	16	12	34	1.86
52015587--52015688	42	2.4	43	88	6	145	32	25	17	24	1.97
52015567--52015688	43	2.8	43	83	9	151	32	25	18	23	1.97
52017259--52017360	23	4.6	23	72	11	95	35	17	22	24	1.95
52017257--52017344	43	2.0	45	82	8	110	34	17	23	25	1.96
52033815--52033841	5	5.4	5	100	0	54	0	18	0	81	0.69
52045731--52045825	48	2.0	48	93	4	165	46	11	11	30	1.76
52048942--52049107	27	6.2	26	83	7	197	16	23	22	36	1.94
52048942--52049116	54	3.2	54	90	1	262	17	24	22	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52048948--52049129	81	2.2	81	81	5	208	18	23	20	37	1.94
52052872--52053065	38	5.1	38	92	1	327	32	23	22	21	1.98
52052872--52053065	75	2.6	76	92	0	327	32	23	22	21	1.98
52060385--52060496	27	4.2	26	83	7	134	16	22	25	36	1.94
52060386--52060492	54	2.0	54	89	7	164	16	21	24	37	1.94
52063494--52063525	14	2.3	14	94	0	55	31	0	9	59	1.29
52065508--52065608	20	5.3	19	74	17	86	65	1	0	31	1.10
52065487--52065609	39	3.2	37	77	11	122	61	1	1	34	1.15
52065507--52065607	10	10.5	10	70	15	63	65	1	0	31	1.10
52065504--52065620	19	6.2	19	74	14	75	64	2	1	31	1.17
52065892--52065965	10	7.8	10	70	15	50	33	1	1	63	1.11
52079804--52079842	14	2.9	14	84	3	53	53	0	0	46	1.00
52079810--52079845	8	4.4	8	92	3	54	52	0	0	47	1.00
52079871--52079929	21	2.7	22	78	5	66	28	6	0	64	1.19
52090863--52090940	39	2.0	39	94	0	138	38	23	0	38	1.55
52094994--52095136	57	2.5	57	85	1	171	37	19	1	41	1.60
52094994--52095151	56	2.8	57	83	0	156	36	20	1	41	1.61
52095547--52095622	38	2.0	38	100	0	152	34	26	0	39	1.57
52098072--52098105	10	3.4	10	87	0	50	2	32	14	50	1.58
52098489--52098519	5	6.2	5	92	0	53	41	22	0	35	1.54
52100924--52100972	25	2.0	25	83	0	62	38	0	16	44	1.48
52101368--52101453	43	2.0	43	88	8	131	53	1	22	23	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52101428--52101468	19	2.2	19	86	4	57	53	0	19	26	1.45
52102722--52102771	15	3.0	15	76	23	55	32	0	10	58	1.31
52104243--52104564	118	2.7	118	90	1	493	41	13	13	31	1.84
52107264--52107297	17	1.9	18	94	5	61	82	14	2	0	0.79
52114084--52114204	46	2.6	46	81	7	138	27	18	28	25	1.98
52114222--52114362	49	2.9	49	75	0	129	29	18	24	27	1.98
52118770--52118805	18	2.0	18	88	0	54	36	25	11	27	1.90
52119793--52119879	42	2.1	42	97	2	167	5	22	4	66	1.32
52120450--52120489	11	3.6	11	80	12	55	20	22	5	52	1.65
52121050--52121109	31	1.9	31	100	0	120	50	10	3	36	1.53
52126359--52126411	27	2.0	27	88	0	79	30	26	15	28	1.96
52130767--52130838	17	4.4	16	70	13	56	29	19	13	37	1.90
52133359--52133453	46	2.1	45	80	9	104	38	16	20	24	1.92
52134891--52134937	24	2.0	24	92	8	80	27	2	12	57	1.47
52140087--52140170	26	3.2	26	96	3	152	36	3	22	36	1.72
52141638--52141687	26	1.9	26	95	0	91	32	24	14	30	1.94
52141789--52141901	27	4.2	27	79	3	102	16	23	22	37	1.94
52141787--52141901	54	2.1	54	87	3	160	16	23	22	37	1.94
52143978--52144016	19	2.0	21	90	10	64	5	41	5	48	1.47
52144828--52144862	15	2.4	14	86	13	52	20	28	8	42	1.81
52148673--52148785	41	2.8	40	81	5	127	33	19	23	23	1.97
52148800--52148834	18	1.9	18	88	0	52	60	22	0	17	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52149505--52149634	66	2.0	66	85	0	179	46	29	0	23	1.57
52149595--52149689	22	4.4	22	66	18	65	47	30	0	22	1.51
52149512--52149732	65	3.4	65	74	10	198	44	33	0	21	1.56
52150010--52150035	7	3.7	7	100	0	52	76	0	0	23	0.78
52150004--52150060	30	1.9	30	85	0	78	64	5	0	29	1.15
52150004--52150043	15	2.7	14	84	7	53	72	7	0	20	1.08
52150041--52150070	14	2.1	15	93	6	53	50	0	0	50	1.00
52159164--52159201	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
52159426--52159555	46	2.8	49	78	12	155	30	26	20	23	1.98
52159428--52159571	46	3.1	45	71	18	127	29	27	19	22	1.98
52167135--52167195	27	2.3	27	82	8	79	50	3	14	31	1.59
52169588--52169904	50	6.6	50	75	9	257	22	27	19	30	1.98
52169588--52169810	95	2.3	97	85	5	281	23	26	18	30	1.98
52169532--52169861	145	2.3	146	81	6	375	23	27	20	28	1.99
52170930--52171011	40	2.0	40	100	0	164	32	18	2	46	1.62
52173771--52173818	24	2.0	25	87	4	71	47	2	29	20	1.61
52175667--52175792	41	2.8	45	82	9	143	36	24	16	22	1.94
52176345--52176383	21	1.9	20	94	5	69	46	20	0	33	1.51
52184020--52184064	21	2.2	21	88	11	67	42	22	2	33	1.66
52189109--52189185	29	2.7	29	87	4	111	29	12	16	40	1.86
52189172--52189264	29	3.2	28	80	8	98	21	17	18	43	1.89
52193571--52193696	46	2.7	45	85	8	164	24	19	32	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52196573--52196682	41	2.7	40	80	9	132	35	20	20	23	1.96
52199700--52199737	19	2.0	20	89	5	60	36	10	23	28	1.88
52206428--52206503	38	2.0	38	100	0	152	44	26	10	18	1.82
52207494--52207554	30	2.0	30	83	0	77	29	22	4	42	1.75
52212368--52212691	50	6.7	48	75	9	259	26	19	29	24	1.98
52212425--52212642	95	2.2	96	82	7	253	27	20	28	23	1.99
52212421--52212691	145	1.9	147	83	3	359	26	19	29	24	1.98
52217445--52217485	20	2.0	21	85	9	57	75	4	2	17	1.08
52218763--52219198	177	2.5	176	88	1	613	27	23	18	30	1.98
52218713--52219208	178	2.8	178	85	2	647	27	23	18	31	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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